基因BLAST及系统进化树构建操作步骤

1、基因BLAST及发育树构建操作步骤整理-周志勤1、输入“ ”网址。得到：图 12、单击 nucleotide blast巳 BLAST.日诏爵C漏月眄由roofHeme Recent Results Saved Slrtegres Help NCBlBLASTHCWieBLAST nods fegiorts o( gimilafitybiolaglcal 与白qucnc龄.nw“.DELTA-B LASTf a more sensitive protein-protein search 时BLASTGenomesFind Genomic BLAST pages.Em印 口gmnisrn nmm

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5、 LctM AUgnment sernft nSf W-SO BO-2AO -2M250500750100012507、下拉页面，如：图48、选择Accession下的基因编码。入选第一 4“HQ711983T日 Description 号乌蛔时 与tfiE 与 Emi.单击AcceiE下面的漏与Seil 削险 Sealed 0di 削lgnM9m&DDscridksnMaxg用T遇 BCOFBGiu叫囱明AcioflSEian IE的!：雄机响isstim 3甜81 1明1|）。3佃|1即W 倾日.曲血1 湖Ug月2912691盼00苗？11宓.1B口口史：3 mm Cl召:Ed俗诚 引I：

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8、7 口日-FEE-MI 1Bacillus subtilis straiiL Eavsl 16S ribas Dual OA gen 勺 psrlial sequenceu EW7119B3 mn iari. iFinds sub-seauences or csttems in the seauence ai11、得到如：图612、复制菌株种名跟16SrDNA序列，并粘贴到“.txt文件 中Retcoc&s k) HtrivToWNucleolidefJucleofideHA.anceclBa til liis subtilis strain Bawsl 16S ribosomal RNA g

9、ene, partial sequence决源如，_一复制菌株名字和基因煽码Ge 门日目nkGmhin.到记事本gi I 3212725761 gb |HQ7110S3.11 Bacillus subtilis fft ram Bavs 16S ri bos Dual们 partialqueuesJr7OGGCG NCTATACATGC叔 TCG簸CGGACMATGGGMC TTGCTCOC 走ATG TTAGCGGC时区GGG T / GAG TAACACGTGG&TAACCTCCC TGTAA&AjC TCGGATAACTCD&KAAACCGGGGC TAATAjCOGGATGC L TC

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11、T AGGGCG(CACCT TGACGG7ADC TAAOCA&AMGOCGGC TAACTCGTGOCAGCA GCCGCGGTAATACGT 通 TGCCAAGC&T T&7CCGGAAT7AT TG6GCGTAAA&GGCTCGCAGG0GGT TTC T 7AAJ；K： rGAIG K； AA1GCCCCCGGCTCAATC GCGG幽 GG ICATTKAAICIGGCAACT FGACTGCAGIA GA3GAGA3 rCGAArTCCACG ItlAGCGG rGAMrGCGIAGAGATtIGGAGGAACAZCAQ IGGOG AAGGCG AC1CTC rCGIC IG

12、TAAC1GACGC TGAGGAGCGAAASCG TGGGG AGCG AACAGG 占 口副侦AC* FGGTAG TCKACGCCGTAMC&APSAGTGC T AAGTGTTMGGGGTT TCCGCOCCTT TGC TGCCTAACGCATTA AGCACTCCGOC VGG* AG TACGG TmCAAJHjCTGAAACTCAJ!躬 GAATTGACGGGGGOCCGC 妃 AA&CGG 7KJLGCAIUIG&I TLLAUiXAAJJCLACG% AAGAAC 匚 T LfiC 匚心 TC7 rGACAICCTC rcAClAICCIA GA3ATAGGADGICCD

13、C riCGGGGGCAGAQTGAZAGG TGC TGCATK TK TCGIC 织 CTCGIGTCGIG 蛎 A TGITGGGI TA>COCGC 应GAGOGCMOCCHGATCUAGTT就 C 曲 CATTCAG TTGGCC AC FC TAAGEirfiXSP任13、新建“.txt”文件，如：图714、把测序菌株16SrDNA序列和选取blast所得的匹配度高的菌株16SrDNA序列粘贴在“.txt”文件下，在菌株种名前加“”，每个序列后空一行| S292-l.fasta.txt -记享本奁相曰 漏昼旧 格式茸看灿 帮助口如图粘必字前加ff_Bacillus subtil

14、is strain Bawsl常席就朝藤碣席席而翼蒲需藏S&TGGG麻ClT配了意TGMGTT%配G液G：亚GGT GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGG&AAACCGGGGCTAATACCGGATGGT TGTTTGMCCGCATGGTTCAGACATAAMGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCAT TAGCTAGTTGGTGAGGTMCGGCTCACCMGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCAC ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG

15、GAGGCAGCAGTA&GGAATCTTCCGCAATGGACGAAAG TCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACA AGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA&CA GCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGMTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCT TAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTG&AAAC

16、TGGGGAACTTGAGTGCAGAA GAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG ACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTMGTGTTGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTMCGCATTA AGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCMGACTGAMCTCAMGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGG T

17、GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAG&TCTTGACATCCTCTGACAATCCTA GAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATG&TTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCMCCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAG GTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGC TACACACGTGCTACAATG

18、GACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTG TTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGA AGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAGATGATTGGGGGAAGTCGTAACAA G&GCTTAGG图715、复制“.txt”文件，改“.txt”文件

19、为“.fasta”文件，如:图8 TOC o 1-5 h z dl、I I_ -M 、1Mj 29j-3fa!；ta .2314/12/4 2040 FagTA立件2D .,S292-2.fa2314/12/4 20:40文本文挡20 E改txt格式为fasta格式16、用MEGA 4.0.2软件打开.fasta”文件，如：图9图917、单击 Alignment 里的 Alinment Explorel/CLUSAC，如: 图10ttLeq:L T四切dr-cLI.p如bJnIJcqJD-qq.ucKIrlIJll-AaM-ZIdiNjJJE - -rIEIE二一 _ 二一 wmrqln目 E

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21、。如：图1522、在弹出的第一个窗口单击NODdta Edit Search Alignm&nT Web Sequencer Djsplay Helpom曲旧辉二屈狷财-*l-1土电W鼠X螫魁函 * I，DMA 5equc | JietiJftedRcteh S$queroa$ j回里帅节PV璀.匚DS函坚洽舞乒神快皿上功j I = 有i3j：!Lrllia_ei；diJ iL3_BxyLolii5QeacJ 15_皿匚口加如心 uj siJjzi 11 s arralkAE|T.rc|TAEc|A.|T|c3d c-LLL3_3i.-Qll 4iieaelns_3criLD_&ZL.Siil

22、lliLS juhylcDE：ititLla.iJB_a,craLL_LW- E atI,3in_523Z5tr-EFZDCE3_E3.QLapb.aeuE_atra lr._EIRLL.FiMTrrrrrn7图1523、在弹出的第一个窗口单击YES，如：图16魅 W:Mgr.EntEplowrSAU旺将TellW*kt叩华业i泌A.B/C.DS31E性定宙!歪样户M92-A3a =回24、将文件以“.meg”格式保存，如：图17Edi： SearchSeqjencEi Iransla11113lluallus aubcilisllua_p&lfen llusllua anLsli：1111311U9 SlXbClllS11U3lliia hmin S292ptcmycea图1725、关闭其余窗口，打开刚刚保存的“.meg”文件，如：图