分子对接和全局最优化方法

1、关于分子对接与全局最优化方法第一张，PPT共二十九页，创作于2022年6月分子对接配体受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法第二张，PPT共二十九页，创作于2022年6月配体与受体的相互作用生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间第三张，PPT共二十九页，创作于2022年6月结合自由能的理论计算静电相互作用氢键相互作用范德华相互作用疏水作用第四张，PPT共二十九页，创作于2022年6月结合自由能的理论计算几何形状互补静电相互作用互补氢键作用互补疏水作用互补第五张，PPT共二十九页，创作于2022年6月几种计算方法分子动力学自

2、由能微扰方法(FEP)经验计算方法第六张，PPT共二十九页，创作于2022年6月自由能的经验计算方法(Autodock)第七张，PPT共二十九页，创作于2022年6月自由能的经验计算方法(Autodock)第八张，PPT共二十九页，创作于2022年6月网格能量(Grid Map)近似计算利用计算好的参数三线性插值第九张，PPT共二十九页，创作于2022年6月现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题精确的计算和计算时间的问题表面计算数据库第十张，PPT共二十九页，创作于2022年6月Autodock的处理Pdb文件的准备/pdb/小分子的准备第十一张，PPT共二十九页，创作于2022年

3、6月分子处理文件格式：pdb, mol2, mol, pdbq优缺点各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等第十二张，PPT共二十九页，创作于2022年6月babel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。使用方法：babel ipdb 文件名 -h/-d -omol2 文件名Wendows界面babelwin第十三张，PPT共二十九页，创作于2022年6月Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)计算其最小能量构形用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数第十四张，PPT共二十九页，创作于2022年6月处理蛋白质程序

4、weblab viewer显示格式加氢减氢氨基酸显示去水除去小分子第十五张，PPT共二十九页，创作于2022年6月显示格式第十六张，PPT共二十九页，创作于2022年6月加氢减氢利用play scriptSetProperty Atom element=Oxygen :select=onSetProperty Atom element=Sulfur :select=onSetProperty Atom element=Nitrogen :select=onHydrogens Add第十七张，PPT共二十九页，创作于2022年6月多种显示模式New Hierarchy WindowNew Dat

5、a Window第十八张，PPT共二十九页，创作于2022年6月去水第十九张，PPT共二十九页，创作于2022年6月除去小分子第二十张，PPT共二十九页，创作于2022年6月全局优化方法SAGA-NGATabu-Search第二十一张，PPT共二十九页，创作于2022年6月Tabu-Search第二十二张，PPT共二十九页，创作于2022年6月新的发展Reactive Tabu SearchEnhanced Continuous Tabu SearchContinuous Reactive Tabu Search第二十三张，PPT共二十九页，创作于2022年6月缺点初始解具有较强的依赖性单-单

6、操作第二十四张，PPT共二十九页，创作于2022年6月与NGA的结合现在的做法：在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作Tabu Search，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。缺点第二十五张，PPT共二十九页，创作于2022年6月计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963第二十六张，PPT共二十九页，创作于2022年6月第二十七张，PPT共二十九页，创作于2022年6月讨论重点