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1、PAGE PAGE 3实用生物信息技术课堂测验农科院研究生院暑期班2009年6月28日姓名_座位号CAAS09SS_ 得分_从GenBank中下载河豚鱼质粒（Cosmid）序列(AF164138)，提取前两个基因（MDR2和MDR3）编码区序列（CDS）及其所编码之蛋白质序列，用序列比对程序分析一致残基(Identity)、相似残基(Similarity)和空位(Gap)百分比。Identity (%)Similarity (%)Gap (%)CDSProtein以小鼠血红蛋白A链（P01942）为检测序列进行BLAST搜索，找出Swiss-Prot数据库中所有小鼠珠蛋白（Globin）家族成

2、员；用邻接法（Neighbor-joining）对搜索到的小鼠珠蛋白家族构建系统发育树。利用欧洲生物信息学研究所提供的数据库检索系统检索碳酸酐酶。UniProtKB/Swiss-Prot数据库中收录了_条碳酸酐酶（Carbonic Anhydrase）序列，其中具有蛋白质水平证据的_条。找出物种来源为酵母（Yeast）的两条序列，其登录号分别为_、_，序列长度各为_、_；对它们进行双序列比对，将结果填入下表：LengthLengthIdentity（%）Identity（%）全局比对Similarity（%）局部比对Similarity（%）Gaps:（%）Gaps:（%）ScoreScore

3、斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析以“bar-headed goose hemoglobin”检索SwissProt序列数据库，可找到斑头雁血红蛋白序列_条，其中斑头雁血红蛋白A链（HBA_ANSIN）序列登录号（Accession）为_，登录日期为_，序列最近更新日期为_，注释信息最近更新日期为_；相关文献_篇，其中关于X-射线晶体结构研究_篇；该蛋白质功能为_，属_家族。UniRef数据库中和HBA_ANSIN序列相似性高于90的序列共_条。选取斑头雁（HBA_ANSIN）、灰雁（HBA_ANSAN）、野鸭（Mallard，HBA_ANAPP）、家鸭（Domestic duck，HBA_ANAPL）、水凫（Widgeon，HBA_ANAPE）和疣鼻天鹅（Mute swan，HBA_CYGOL）6个物种序列，画出用MEGA软件包中最大简约法（Maximum Parsimony）构建的种系发生树；该系统树表明，与斑头雁亲缘关系最近的物种为_。用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F）和灰雁氧合血红蛋白（1FAW）空间结构：找出斑头雁和灰雁血红蛋白第119位差异残基；斑头雁血红蛋白中该残基侧链碳原子（CB）周围4埃

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