ncbi数据库使用方法

1、PubMed数据库/entrez/（National Center for Biotechnology Information，NCBI)1997年6月起提供全免费服务一、概述一、概述（一）（一）数据来源数据来源 1 MEDLINE (1966至今) 2 PreMEDLINE 3 Publisher supplied citations 4 Oldmedline(19511965) MEDLINE收录了全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，目前文摘条目1300万篇，年报道量近40万条，英文刊物占90%、3/4有英文

2、摘要，每周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。记录标注PubMed - indexed for MEDLINEPreMEDLINE临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。记录标注PubMed - in processPublisher Supplied Citation出版商直接向PubMed递送的电子文献。其中有一部分在Medline中未收录。记录标注PubMed - as supplied by publisher字段标识符（字段标识符（54个）AB-Abstract LA-Language AD-Affil

3、iation MH-MeSH TermsAU-Authors PMID-PubMed Unique IdentifierCY-Country PT-Publication Type DP-Publication Date l SO-SourceEDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-TitleIS-ISSN UID-Unique Identifiers格式： 检索词字段标识符 smith jcau lancetta gene therapytiPubMed的特点的特点一、能获取到当月、甚至当日发表的最新文一、

4、能获取到当月、甚至当日发表的最新文献、以及献、以及19661966年以前的文献。年以前的文献。二、具有强大的词语自动匹配转换功能，能二、具有强大的词语自动匹配转换功能，能对意义相同或相近的词或词组进行全面搜对意义相同或相近的词或词组进行全面搜索，并自动转换后再检索。索，并自动转换后再检索。三、把相关的期刊文献、数据、事实、图书三、把相关的期刊文献、数据、事实、图书连接在一起，形成相互贯通的信息链，方连接在一起，形成相互贯通的信息链，方便进行追溯性检索。便进行追溯性检索。 四、能在线获取部分免费电子版全文四、能在线获取部分免费电子版全文。 二、检索规则二、检索规则（一）Automatic Ter

5、m Mapping词汇自动转换 1、 MeSH Translation tablenVitamin c 转换为 “ascorbic acid”Mesh Terms OR vitamin cText Word 想要查验检索词的转换情况，并进行调整和保存检索策略，可点击“details”按钮（一）Automatic Term Mapping 2、Journals Translation tablenNew England journal of medicine 转换为“N Engl J Med”Journaln三种不同表达方式 刊名全称、MEDLINE刊名缩写格式、ISSN（一）Automatic

6、 Term Mapping 3、Phrase ListnCold compresses 在前两个表中均未找到，而在短语列表中找到这个词（一）Automatic Term Mapping 4、Author Indexn姓前（全称）、名后（首字母缩写）smith jc 当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，并且有1或2个字母在词后时，PubMed就会到作者索引中查找。如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语劈开，用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找，直到找到相应的词为止。例：pressure point转换为(“pressure”MeSH Terms OR

7、pressureText Word) AND pointAll Fields)（二）短语检索n如果在短语上加双引号，系统将只在 Phrase List中查找，不再进行转换。例如： “single cell” “oxygen free radicals”（三）布尔逻辑运算：nAND、OR、NOT必须大写大写。 lung AND apoptosis; vitamin c OR ascorbic acid； Lead poising NOT childrenn运算优先级为（）（） NOT AND OR。 例如：drug therapy AND （asthma OR hay fever）n布尔逻辑检索

8、允许在检索词后面附加字段标识 例如：dnamh AND crickau AND 1993dpn查带文摘的文献（1975年以后出版的文章） 检索词 AND hasabstract 例如，Neoplasms AND hasabstract（四）截词检索：*n例：输入infect*，可检出infection、infectious,infective,infectivity,infector等 截词检索只限于单词，对词组无效， 三、检索途径与方法三、检索途径与方法n基本检索 - Basic Searchn高级检索 - Advanced Searchn (preview/index)n限定检索 - Li

9、mits Searchn期刊检索 Journal Databasesn主题词检索 - MeSH Databasesn引文匹配 - Citation Matchern临床查询 Clinical Queries基基 本本 检检 索索直接输入检索词或检索式n检索步骤：输入检索词，点Go按钮或按回车n检索词的输入形式：输入单词或短语或表达式，也可用*及“ ” 如，aspirin；stomach ulcer Iddm AND apoptosis asthma Kamada A 或asthma,Kamada A著者姓名：weng xz、 “ weng xz ”au刊名标题：刊名全称、缩写、ISSN Jou

10、rnal of leukocyte biology、J leukoc biol、 0741-5400备注：n刊名后附加字段标识符刊名与主题词相同的期刊 gene therapyta、scienceta、cellta单个词刊名的期刊,Scanningtan带括号刊名的期刊，录入时应将括号省略 J Hand SurgAm输入格式为J Hand Surg Am高高 级级 检检 索索选择字段输入检索词检索“阿尔茨海默病的基因治疗”检索步骤：n在Search for框中输入alzheimer disease，点击特征栏的Previed/Index按钮n在“All Fields”选择一个检索字段，其右侧输

11、入框中输入检索词gene therapy，点击AND，点击屏幕上部Preview开始检索并显示记录条数，这样可以反复操作；若点击Go则显示结果。n如果选择了一个检索字段，在提问框中输入检索词，点击Index，则系统显示相应字段的索引词列表。选中一个索引词，点击逻辑符（AND、OR、NOT），被选中的索引词会自动粘贴在提问框中，然后点击“Preview”或“Go”按钮备注：在高级检索界面，可以用逻辑组配符将检索历史中的序号加以组配。例，#1 AND english限限 定定 检检 索索检索“近2年有关细胞凋亡的综述文献”检索步骤：n在特征栏点击“Limits”键n输入检索词apoptosisn在

12、Limited to栏下,进行如下各种限定： 选择字段、只检带文摘的记录、文献类型（选择review）、语种、子集、年龄组、人体或动物实验、性别、录入系统日期（2 years）、文献出版日期n点击“Go”期期 刊刊 检检 索索JAMA期刊编目信息浏览页机读格式NLM馆藏情况检索步骤：n有两种方法检索基本检索状态下，输入刊名高级检索状态下，在All Fields中选择Journal字段，然后输入刊名n期刊数据库Journals Database输入格式：刊名全称、ISSN、刊名缩写（MEDLINE、ISO）、NLM ID A List of Journals with Links to full

13、-text Web Sites列出与PubMed有全文链接的刊名，按字顺排列。主主 题题 词词 检检 索索MeSH入口输入检索词，点“GO”后会自动转换为相应的MeSH词供选择。点击相符的主题词组配副主题词可组配一项或多项仅作为主要主题词不对下位主题词进行扩展检索主主 题题 词词 检检 索索 款目词（同义关系） 相关词（交叉关系）树状结构表 用逐级缩格的形式显示所选主题词（黑体）的学科隶属关系，由总到分、由大类到细类逐级展开，清晰地体现主题词间的隶属、派生、平行关系，满足族性检索的需要，也便于扩大或缩小检索范围。主主 题题 词词 检检 索索有文摘无文摘提供免费全文链接到相关文献链接到NCBI其

14、它数据库及外部资源4. 4.结果输出格式的选择结果输出格式的选择免费下载HTML或PDF格式的全文所有检出文献仅综述文献检索“阿司匹林引起胃溃疡的文献”检索步骤：n点击“Mesh Browser”，进入MeSH浏览器的首页n在提问框中输入aspirin，点击Go按钮，显示该主题词的定义及其在词表中的位置。n点击Detailed Display键可做如下3种选择：选择副主题词adverse effects； Restrict Search to Major Topic headings only； Do Not Explode this term浏览树形结构n选择AND（OR或NOT）、点击Ad

15、d按钮n输入第二个检索词stomach ulcer,点击Gon点击Detailed Display，选/SH为chemical inducedn选择逻辑符AND，点击Add键 n点击PubMed Search按钮备注：如果键入的词不规范，MeSH浏览器将提示该词不是主题词，并显示与之相对应的MeSH词。 引引 文文 匹匹 配配检索步骤：n点击页面左边的“Single Citation Matcher”n按界面提示分别填入所知信息n点击Search按钮，可得到相应的特定文献信息。 临临 床床 查查 询询是专为临床医生设置的可以检索某一临床主题领域的治疗、诊断、疾病和预后4个方面内容的文献，同时还

16、可选择强调查全率或是查准率也可以检索该主题词领域的系统性综述、元分析等类型文献。 PubMed Central四、检索结果四、检索结果1、结果的显示、结果的显示n显示每屏记录条数显示每屏记录条数 Show：默认20（5-500） page: 1 of 13 Nextn显示特定记录显示特定记录 Display：显示所有记录 记录前方框：显示标记记录 著者名：该条记录 n显示格式选择显示格式选择 Display旁的下拉菜单，选择记录格式： summary默认、brief、Abstract、Citation、ASN.1、MEDLINE、XML等格式n纯文本格式纯文本格式 Sent to-Text2、

17、排序、排序 无序（Sort） 著者（Author） 刊名（Journal） 出版日期（Pub Date）3、打印或存盘、打印或存盘n打印：使用浏览器的打印功能，n存盘：点Send to下拉按钮选file 首先选择所要存盘的数据（show），其次点击display显示所要存盘的格式，然后点Send to-file即可4、订购全文、订购全文nSend to-Order备注：想要集中打印、存盘或订购全文时，首先点击Send to下拉按钮，选择Clipboard，将每次检索结果保存，然后再点击特征栏上的Clipboard即可。五、链接功能五、链接功能nRelated Articles - 链接相关文献

18、nLinks - 链接NCBI其它数据库 Necleotide、Protein、Genome、Structure、Popset、Taxonomy、OMIM、Books、Probeset、3D DomainsBooks - 链接相关图书nLinkout 链接外部资源，与生物医学文献出版商Web站点期刊全文的链接六、特征栏六、特征栏（Feature Bar）nLimitsnpreview/indexnhistorynClipboardnDetails练习题n用MeSH Database 检索主要论述“心间隔缺损的诊断（heart septal defects；diagnosis）”的文献，要求对其下位概念词进行扩展检索。n用MeSH Database 检索主要论述“微量元素铜、铁、锌