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文档简介

1、12点位:移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置, 如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面, 一般出现黑方块,称之为光标块,选择块或操作块。 光标块常用术语3单击:快速按下鼠标键(左或右键),然后快速抬起;双击:快速操作两次单击;拖动:由三部分动作组成按下鼠标左键选择对象, 移动鼠标,将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标;选择:用鼠标的光标选中某种选择,使对象产生光标。选择对 象并不意味着动作,只是标记要操作的对象和点位;4“键单击”:按下特殊的键和单击鼠标键同时进行。 如,“Shift单击”意思是按下”Shift”键和单击鼠标键;“键拖动”:按下特殊的键和鼠标键,移动鼠标。

2、如,“Shift拖动”意思是按下”Shift”键和拖动鼠标光标。5图形工具板状态/信息栏编辑区滚动栏菜单栏工具栏6套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环7键工具模板工具箭头工具轨道工具画图工具基元工具符号工具弧形工具原子反应工具8模板工具氨基酸模板工具17类9模板工具芳香化合物模板工具10模板工具双环模板工具11模板工具生物模板工具12模板工具玻璃仪器模板工具(I)13模板工具玻璃仪器模板工具(II)14模板工具构象异构体模板工

3、具15模板工具环戊二烯模板工具16模板工具脂环模板工具17模板工具DNA模板工具18模板工具官能团模板工具19模板工具己糖模板工具20模板工具苯环模板工具21模板工具多面体模板工具22模板工具RNA模板工具23模板工具特殊符号模板工具立体中心模板工具24快捷键命令灰色表示命令未激活小三角表示子菜单省略号表示新对话框25文档设置页面规划26页眉页脚27绘图28标题ChemDraw V7.0Times New Roma字体ChemDraw V7.0Arial字体29原子标记NOH30颜色设置背景颜色31优选项32优选项显示设置错误警告33优选项打开/存盘默认路径默认打开文件格式默认存盘文件格式34

4、国外化学刊物默认文档格式35打开文件不同文件格式36文件格式介绍1 CD Template(*.ctp, *.ctr)用于保存模板文档2 ChemDraw (*.cdx)ChemDraw原本格式,是一个公共标记 的文件格式,易被其它程序建立和解释3 ChemDraw Steyl Sheet(*.cds)用于存储文件设置和其它物体4 Connection Table(*.ct)一种实例格式,存储关于原子与元素、 系列编号、X和Y轴、键序、键类型等的连接和联系的列表。是 用于多类应用程序间互换信息的通用格式375 DARC-F1 (*.fld)Questel DARC系统中存储结构的原本文件 格式

5、7 ISIS Reaction(*.rxn)MDL开发的格式,用于存储元素反应信息8 ISIS Sketch(*.skc)在Windows或Macintosh环境下,存储并传输 到另外的ISIS应用程序中6 DARC-F1 Query(*.flq)Questel DARC系统中存储查询的原本 文件格式389 MDL MolFile (*.mol)MDL(分子设计有限公司) MolFile文件 格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学 数据库和绘画应用软件11 Jcamp Spectra(*.jdx,*.dx)图谱文件格式,可读入紫外、 质谱、红外、核磁等数据文

6、件12 MSI ChemNote(*.msm)一种ASCII文本文件,可以用于像 ChemNote一类的应用程序10 Galactic Spectra(*.spc)银河图谱文件格式3913 SMD 4.2 (*.smd)ASCII文本文件,一般用于检索化学文摘 数据库14 Windows Metafile(*.wmf)图片文件格式,可以将ChemDraw 图片传输到其它应用程序中,如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的结构信息,可被ChemDraw早期版本编辑40一、反应方程式OOHOOH2-propanone2mol4-Hydroxy-4-methyl-pentan-2-on

7、e1mol41选择点位拖动定位单击单击定位单击生成双键拖动生成双键一、反应方程式42双击生成文本框输入字母按Ctrl键拖动复制一、反应方程式43一、反应方程式定位单击生成一单键再定位连续单击生成三单键定位双击后输入OH44一、反应方程式用套索或蓬罩进行部分选择45一、反应方程式按Ctrl键拖动复制生成独立的两个分子46一、反应方程式选择反应箭头在两个分子中单击生成一反应箭头47一、反应方程式箭头上方建立文本框输入反应条件48一、反应方程式选择电荷定位添加负电荷49一、反应方程式选择居中分子下方建立文本框50一、反应方程式依次输入文本信息51一、反应方程式选择阴影框将反应方程式全部罩上52二、绘

8、制中间体结构OOH53二、绘制中间体结构选择环己烷以建立六员环模型选择橡皮,擦去六员环一部54二、绘制中间体结构选择单键定位连续单击生成新的单键单击单键中央,生成双键55二、绘制中间体结构在原子上定位建立标记56二、绘制中间体结构选择笔工具在曲线菜单中选择箭头位于末端57二、绘制中间体结构定位拖动鼠标左键定位单击生成曲线箭按Esc键退出绘制模式58单击箭头二、绘制中间体结构用小手形光标移动造另一虚线59小手形光标选中虚线柄二、绘制中间体结构拖动改变虚线箭形状按Esc键60三、复杂环结构CHO61三、复杂环结构选择环己烷;并添加第一个环添加第二个环62三、复杂环结构橡皮擦去多余部分63三、复杂环

9、结构选择键工具;单击生成新的单双键64三、复杂环结构在原子上定位建立标记65四、Fischer葡萄糖结构图CHOCH2OHOHHHHOHOHHOH66四、Fischer葡萄糖结构图选择键工具;连续单击生成五连键67四、Fischer葡萄糖结构图建立与五连键垂直的水平键68四、Fischer葡萄糖结构图在原子上定位建立标记69OOHOHOHOHCH2OH五、透视图形70五、透视图形选择环己烷旋转环己烷在原子上定位建立标记旋转指示箭头71五、透视图形添加垂直键按Alt键,任意键长72五、透视图形选择套索工具,阴影右下脚按Shift键向上按动,垂直压缩5073五、透视图形在原子上定位建立标记74五、

10、透视图形选择黑体楔键单击下部两侧键的中央75五、透视图形选择黑体键单击底键的中央76六、Newman结构77六、Newman结构选择键工具;连续单击生成三键对称结构按Ctrl键拖动复制78六、Newman结构选择键工具;按住Alt键,连接两个结构79六、Newman结构选择轨道工具定位中心原子;按住Alt键,按下鼠标键,向外按动建立轨道80六、Newman结构部分选择上面分结构右上脚双击旋转柄,对话框中输入180单击旋转81六、Newman结构从Object菜单选择Bring to Front命令82六、Newman结构后面结构移至前面按Esc键添加阴影框83七、立体化学84七、立体化学85七

11、、立体化学86七、立体化学87七、立体化学88七、立体化学89七、立体化学90七、立体化学91H3CCCCH3BrHHBr虚键实键楔键虚楔键3.1 键工具92实键(Solid Bond)双键(Double Bond)虚键(Dashed Bond)切割键(Hashed Bond)切割楔键(Hashed WedgedBond)黑体键(Bold Bond)黑体楔键(Bold WedgedBond)空心楔键(Hollow WedgedBond)波浪键(Wavy Bond)93双键(Double Bond)异构键(Tautometic Bond)双抉键(Double Either Bond)三键(Tri

12、ple Bond)双黑体键(Double Bold Bond)芳香族键(Aromatic Bond)配键(Dative Bond)94OOHOHCH3HOOHH2COHOHOHOHOHOOHOHHOHOOHOHOHOHOHOHOHOHHOOHOOH3CH3COHHOOHOHOHOHHOOHCH3OHCH3OHONHOHOCH3OOOH2NOHOHHOPolytoxin(海葵毒素)95更改页面设置96改为“横向”97更改文档设置98点击”Drawing”99选择固定长度100改为”0.6”1013.2 环工具环丁烷(Cyclobutane Ring)环己烷(Cyclohexane Ring)环辛

13、烷(Cyclooctane Ring)环己烷椅式1(Cyclohexane Chair Ring)苯环(Benzene Ring)102环丙烷(Cyclopropane Ring)环戊烷(Cyclopentane Ring)环庚烷(Cycloheptane Ring)环己烷椅式2(Cyclohexane Chair Ring)环戊二烯(Cyclopentadiene Ring)103选择六员环六员环光标按住Ctrl键,不定域共轭环光标1043.3 无 环链工具无环链工具无环链光标按住拖动105定位按住拖动106定位,单击输入键的个数107CH3CH3CH3CH3CH3CH3H3CCH3CH3C

14、H3108先画一半结构;按Ctrl 键复制109点击水平翻转110点击垂直翻转111橡皮擦去多余部分靠近原结构112全部选择113结合114CH3CH3CH3CH3CH3CH3前后顺序错误前后顺序正确115CH3CH3CH3双击选择后键116置后选择单键117NOCNHCHCOCH2ONHCHCOCH3NCH3CHCONCH3CHCOCH(CH3)2OCH2SCH3SCHCONCH3COCHHC(CH3)2NCH3COCHNHCH3COCHNHCONEchonomycin(海胆霉菌素)D-SerL-MeValL-AlaL-AlaL-MeValD-Ser118文本原子标记4.1 文本119使用快

15、捷键输入文本和原子标记更改快捷键设置120字号柄文本框按动字号柄,文本框宽度发生变化121改变说明文本的字体、字号和字形说明文本菜单122文本字体123文本字形下标下标公式124文本字号125文本行间距1261274.2 原子符号的标记使用文本工具建立原子标记框使用键工具建立原子标记框定位单击定位双击128使用快捷键输入文本和原子标记更改快捷键设置129标记同位素选择上标130标记电荷选择上标131重复原子标记选中自动原子标记132重复原子标记(快捷方式)标记原子新键定位三击133原子标记的调整原子标记调整菜单134原子标记的调整Alt + Enter左对齐右对齐135原子标记自动调整136H

16、3CNH3CNCH3NNCH3NCH3NCH3左对齐右对齐137CCCCCCHHHHHH1385.1 轨道工具s-轨道单瓣型轨道d-轨道dz2-轨道139s-轨道杂化轨道p-轨道140s-轨道的绘制定位原子选择轨道点击或向外按动141单瓣型轨道的绘制定位原子点击或向外按动选择轨道142p-轨道及杂化轨道的绘制定位原子点击或向外按动选择轨道1435.2 化学符号环正、负电荷一般正、负电荷阴、阳离子自由基H-划孤对电子H-点144H-划:表示沿Z轴向平面里进入的氢H-点:表示沿Z轴向平面外伸出的氢定位单击145孤对电子定位单击146电荷符号定位单击147化学符号的旋转选择旋转旋转角度1486.1

17、箭头箭头工具149普通箭头粗体箭头虚箭头上半箭头下半箭头双头箭头150空心箭头全头曲箭头半头曲箭头平衡箭头后开口空心箭头151箭头的绘制定位按动152箭头的选择两个编辑块153箭头的选择旋转按钮154OCHCH2CH2CH2HROCHCH2CH2CH2HROCHCH2CH2CH2HR用箭头指示电荷的转移155Ph3PPtPh3PCCPhPh103391401.32用箭头指示键角及键长156CH3CH3NO2CH3NH2CH3NHCOCH3CH3NHCOCH3BrCH3NH2BrCH3N2Cl+BrCH3BrCH3NO2CH3NH2CH3N2Br+CH3BrHNO3H2SO4FeH+(CH3CO

18、)2OBr2H2OH+NaNO2HClH3PO2HNO3H2SO4FeH+NaNO2HBrCuBr甲苯m-溴甲苯o-溴甲苯甲苯的溴化1576.2 绘图元素及基元圆基元工具椭圆基元工具基本方框图形工具基本线形图形工具158括号工具短键工具159灰圆工具(上)和空心圆工具(下)建立的分子结构160线工具绘制的交叉线是相交的实键工具绘制的交叉线是不相交的1616.3 弧形工具90、120、180、270弧162BBBBHHHHHHHHHH90弧163旋转指示旋转角度164缩放指示缩放比例1656.4 笔工具笔工具按钮1661 定位、单击并按动2 二次定位、单击并按动3 三次定位、单击并按动1674

19、鼠标右键,选择是否箭头位于末端5 选择箭头位于末端6 取消箭头位于末端168笔工具处于编辑状态笔工具选中编辑部位169按动控制柄末端,改变曲线角度按动控制柄中央,改变曲线长短170用笔工具绘制的反应曲线1717.1 使用快捷键标记原子7.1.1 标记最后被绘制的原子(方法1)绘制键按快捷键C1727.1.2 定位快捷标记原子(方法2)1737.1.3 选择工具快捷变换原子(方法3)1747.1.4 标记被选结构中的原子(方法4)1757.1.5 运用默认快捷键(方法5)1) Enter 键:打开原子标记文本框2) Space 键:删除原子标记3) / 键:当指向定位原子时,显示原子属性对话框4

20、) = 键:显示列举俗名对话框5) . 键:增加一个连接点1767.1.6 快捷键效果(方法6)177俗名式7.2 俗名的使用EtMeNHOHCH2CH3CH3NHOH普通式178俗名列表对话框179定义俗名1) 建立一个结构,其中含有将定义为俗名的官能团;2) 选择该官能团,其中必须有一个原子,它的一些键被选择, 而其余的键没被选择,用于表示官能团的连接键;可定义俗名不可定义俗名连接键无连接键1803) 从Structure菜单中,选择Define Nickname,出现Define Nickname对话框;4) 给俗名输入一个简短的名称;5) 单击OK按钮,俗名被定义,即可用此俗名标记原子

21、。181定义俗名输入俗名182注意1) 如果定义的俗名符号与元素符号相同,将被警告元素符号 被俗名符号取代;2) 要恢复元素的定义,从File菜单中选择List俗名,可删除俗名 定义。183查看俗名1) 从File菜单中,选择List Nicknames,出现俗名列表对话框;1842) 使用快捷键 =,前提是编辑区必须有一个未被选择的键。光标移至单键末端选择俗名确定1857.3 多中心结构Fe多中心键多中心键中心原子多中心节点多中心节点二茂铁186187警示标志的去除与添加警示标志显示(去除)警示188分别添加多中心节点189选择实键工具,在上下两个中心节点画出上下两根单键在其中一根单键上标记

22、Fe190另一根键与Fe没有连接选择键的末端,拉动与Fe连接调整对齐191键的前后次序错误键的前后次序正确192结构展开7.4 结构展开与调整193展开标记结构调整194结构的符号形式结构展开结构调整195结构调整1967.5 检查化学结构信息结构分析197分析结果窗口分子式精确质量分子量质谱分析元素分析结果粘贴两位小数质谱图198结果粘贴199化合物命名将结构转化成名称200将名称转化成结构2011HNMR预测1HNMR位移2021HNMR预测结果203预测结果Protocol of the H-1 NMR Prediction:Node Shift Base + Inc. Comment

23、(ppm rel. to TMS) CH2 3.12 1.37 methylene 0.63 1 alpha -C=C 1.12 1 alpha -C(=O)-C CH2 3.71 1.37 methylene 1.22 1 alpha -1:C*C*C*C*C*C*1 1.12 1 alpha -C(=O)-C CH 7.06 7.26 1-benzene -0.20 1 -C CH 7.14 7.26 1-benzene -0.12 1 -C CH 7.07 7.26 1-benzene -0.19 1 -C CH 7.14 7.26 1-benzene -0.12 1 -C CH 7.0

24、6 7.26 1-benzene -0.20 1 -C CH3 3.76 0.86 methyl 2.90 1 alpha -OC(=O)-C=C H 5.97 5.25 1-ethylene 0.80 1 -C(=O)O-R gem -0.08 1 -CC=O cis H 7.12 5.25 1-ethylene 1.18 1 -C(=O)O-R cis 0.69 1 -CC=O gem20413CNMR预测13CNMR位移20513CNMR预测结果206部分预测结果207绘制完结构后,在 网站查找相关信息208该化合物的相关数据209该化合物的其它相关数据210该化合物的供应商查询211两

25、个查询结果212化合物名称化合物其它名称213索取详细资料214详细资料展示215216由结构查询ACX数据库编号217编号显示218浏览 219220浏览 221222浏览ChemOffice SDK数据库223224ChemOffice SDK 主页菜单225ChemDraw 控件窗口226227有机合成电子刊物 228开始检索229接受协议230检索界面231检索条件1 画出检索条件2 反应结果列表3 检索232检索结果检索到76个结果,显示1-5反应摘要233文献全文本文所在期刊的卷号及页码操作过程注意事项234本文被其它论文引用参考文献本文所用化合物及其CA登记号2359.1 利用键

26、工具建立模型9.2 利用Replacement Text建立模型9.3 检查结构能量9.4 ChemDraw和Chem3D信息转换9.5 分子轨道(HOMO及LUMO)2369.1 利用键工具建立模型Chem3D起始界面2379.1 利用键工具建立模型Chem3D起始界面238选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮239显示设置240显示设置属性线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型带状模型241选择【单键】工具,在模型窗口向右按动圆柱键模型242线状模型243棒状模型244球棍模型245比例模型246带状模型常用于生物分子247选择【轨迹球】工具,使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴

27、旋转指示248选择【轨迹球】工具并按“Alt”键,使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示249模型结构信息 光标位于原子上,自动显示原子信息250光标位于键上,自动显示键信息模型结构信息 251模型的进一步信息 252模型的键长数据 253模型的键长和键角数据 254乙烯模型中的双键信息 255键级改动 256显示氢及孤对电子 257不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数258选择工具,双击原子,按顺序改变原子序号259利用【键】工具建立的结构,键角及键长可能不正常,应【整理结构】260环己烷的椅式构象2619.2 利用Replacement Text建立模型使用【文本】工具输入结构式

28、262按【Enter】自动转化为模型263括号表示支链264265整理结构266简单优化2674-甲基-2-戊醇模型268建立1,2-双甲基环戊烷模型269270整理结构271建立Ibuprofen(布洛芬)模型H3CCHCH3CH2CHCOOHCH3272273建立十肽菌素模型274275建立十二丙氨酸醇分子模型276277改变显示方式278设为线状模型279280设为带状模型281a-螺旋模型282使用子结构建立模型283子结构模型库284选择所需的子结构,然后复制285粘贴复制结果286在子结构上进行编辑2879.3 检查结构能量288模型旋转对位交叉289总能量计算290空间位阻能:0

29、.977kcal/mol计算结果291模型的二面角数据292数据与模型对应293显示原子符号及序号294按动旋转数据相应改变295对位重叠296空间位阻能:3.906kcal/mol计算结果2979.4 ChemDraw和Chem3D信息转换ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中298Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中2999.5 分子轨道(HOMO及LUMO)300显示轨道时必须选择301选择分子轨道302选择HOMO轨道HOMO轨道显示303乙烯分子的HOMO轨道304选择LUMO轨道LUMO轨道显示305乙烯分子的LUMO轨道30610.1 数据库检索10.2 反应查询10.3 表单的制作10.4 数据库连接10.5 建立自己的数据库10.6 制作子表单30710.1 数据库检索打开数据库文件308双击编辑309From ChemFinder310选择【子结构】311选择【

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