七DNA和蛋白质序列同源分析ppt课件

1、七、DNA与蛋白质序列同源分析进化树构建 个体与数据库比较。个体与数据库比较。 两个或两个以上个体比较。两个或两个以上个体比较。不同情况：不同情况： internet网络。如，NCBI的BLAST; ExPASy的Alignment. 软件。如，Vecotr NTI分析方法：分析方法：Vector NTI Suit AlignX 同源比较主窗口Vector NTI Suit 同源比较进化树八、蛋白质一级构造分析 氨基酸组成。氨基酸组成。 PI PI MWMW 亚细胞定位亚细胞定位包括：包括： internet网络。 如，ExPASy的primary structure analysis top

2、ology prediction. 软件。如，Vecotr NTI, Antheprot分析方法：分析方法：Omiga 2.0 ORF Map三、限制性酶切位点分析 一种能识别特殊，短核苷酸序列，并在DNA的某些位点上切割的蛋白质。细菌包含了400种这样的酶，能识别和切割100种以上不同的DNA序列。 如：EcoRI 识别序列定义：定义：GAATTCGTTAAC三、限制性酶切位点分析 找到待分析的核酸序列。 利用Vector NTI软件分析。 利用webcutter 2.0在线分析。firstmarket/cutter分析步骤：分析步骤：四、DNA模拟电泳 找到待分析的核酸序列。 利用Vect

3、or NTI或其他软件分析。分析步骤：分析步骤：DNADNA模拟电泳具有一定实验预示功能。模拟电泳具有一定实验预示功能。模拟电泳不能作为实验结果或根据。模拟电泳不能作为实验结果或根据。注注 意：意：Vector NTI Suit 5.5 模拟电模拟电泳泳Gene Construction Kit 2.0 模拟模拟电泳电泳五、PCR 引物设计杂交探针设计引物设计的原那么引物要跟模板严密结合；引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹构造存在；引物不能在别的非目的位点引起高效DNA聚合反响(即错配)。如：引物长度primer length，产物长度product length，序列Tm值 (melti

4、ng temperature)，G值(internal stability)，引物二聚体及发夹构造duplex formation and hairpin，错误引发位点false priming site，引物及产物GC含量composition，有时还要对引物进展修饰，如添加限制酶切点，引进突变等。引物设计需求思索的要素引物设计需求思索的要素引物设计要点 普通引物的长度为16-23bp，常用的长度为18-21bp，过长或过短都不适宜。 引物3端的碱基普通不用A，由于A在错误引发位点的引发效率相对比较高，而其它三种碱基的错误引发效率相对小一些。 引物的GC含量普通为45-55%，过高或过低都不

5、利于引发反响。上下游引物的GC含量不能相差太大。 引物所对应模板序列的Tm值最好在72左右，当然由于模板序列本身的组成决议其Tm值能够偏低或偏高，可根据详细情况灵敏运用。 引物设计要点 G值反映了引物与模板结合的强弱程度，也是一个重要的引物评价目的。 普通情况下，在Oligo 5.0软件的G值窗口中，引物的G值最好呈正弦曲线外形，即5端和中间部分G值较高，而3端G值相对较低，且不要超越9G值为负值，这里取绝对值，如此那么有利于正确引发反响而可防止错误引发。 其原理，引物与模板应具有较高的结合能量，这样有利于引物与模板序列的整合，因此5端与中间段的G值应较高，而3端G值影响DNA聚合酶对模板DNA的解链，过高那么不利于这一步骤。引物设计要点 能够的错误引发位点决议于引物序列组成与模板序列组成的类似性，类似性高那么错误引发率高，错误引发的引发率普通不要高过100，最好没有错误引发位点，如此可以保证不出非目的产物的假带。 引物二聚体及发夹构造的能量普通不要超越4.5，否那么容易产生引物二聚体带，且会降低引物