Single Nucleotide Polymorphisms( SNP )

1、Single Nucleotide Polymorphisms( SNP )SNP 概述ASNP 检测技术BSNP 的应用CContents目目录录 SNP 概述概述SNP，single nucleotide polymorphism，即单核苷酸多态性。是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A、T、C和G）的突变而引起的多态性。SNP广泛存在于人类基因组，其中发生频率约为1%或更高。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等，但通常所说的SNP并不包括后两种情况。 （转换是指 C-T，在其互补链上则为G-A； 颠换是指C-A，G-T，C-G，A-T）染色体DNA同一位置上的每个碱基类型叫做一个等位

2、位点。等 位位点：位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称作单倍型（haplotype），相邻SNP的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代。单倍型：单倍型是染色体上共同遗传的SNP组合根据SNP在基因组的分布位置可分为基因编码区SNP（cSNP），基因调控区SNP（pSNP），基因间随机非编码区SNP（rSNP）。从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：同义cSNP（synonymous cSNP）：即SNP所导致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；非同义cSNP（non-synonymous cSNP）：指碱基序列的改

3、变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。SNP 检测技术检测技术一类以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法，如： 限制性酶切片段长度多态性法（PCR- RFLP）；PCR-单链构象多态性法（PCR-SSCP）；毛细管电泳；变性高效液相色谱（DHPLC）等。目前国际上最常见的仍是通过DNA测序法获得新的SNP。基因分型（genotyping）是指利用数据库已有的SNP进行特定人群的序列和发生频率的研究，主要包括：m基因芯片技术；基因芯片技术；mTaqman技术；技术；m分子导标分子导标（molec

4、ular beacon）技术；技术；m焦磷酸测序法焦磷酸测序法（pyrosequencing）等。等。基因芯片技术基因芯片技术原理:m通过优化芯片杂交程序，使探针只与完全互补的序列杂交而不与含有单个错配剪辑的序列杂交。m将具有特定碱基序列的探针固定在特殊的载体上，待测基因样品经PCR扩增及荧光化学标记后与固定的探针进行杂交，最后根据荧光的强度和种类测出待测序列的碱基类别。 特点：m优点：高通量，一次可对多个SNP进行规模性筛选，被检起始材料少，操作步骤简单。m缺点：芯片设计成本高，由于DNA样品的复杂性，有些SNP不能被检测。Taqman 技术、分子导标技术技术、分子导标技术（书（书P68）焦磷酸测序法焦磷酸测序法m焦磷酸测序技术是由4种酶催化同一反应体系中的酶级联反应。m原理：引物与模板DNA退火后，在DNA聚合酶聚合酶(DNA polymerase)、ATP 硫酸硫酸化酶化酶(ATP sulfurytase)、荧光素酶荧光素酶(1uciferase)和双磷酸酶双磷酸酶(Apyrase) 4种酶的协同作用下，将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号的释放偶联起来，通过检测荧光的释放和强度，达到实时测定DNA序列的目的。m焦磷酸测序技术的反应体系由反应底物、待测单链、测序引物和4种酶构成。反应底物为5-磷酰硫酸(adenosine- 5-phosphosulf