pubmed文献查询

1、文摘型数据库PubMed检索方法与技巧主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他辅助功能其他辅助功能p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1996年1月开始向全球开放p特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在网上直接免费获得全文。pPubMedPubMed简介简介是什么？是什么？NCBI (NCBI (National Center for Biotechnolo

2、gy National Center for Biotechnology InformationInformation，美国国立生物技术信息中心，美国国立生物技术信息中心) )目前国际上几个重要分子生物信息网站之一成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性1988年11月4日成立是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫生研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 PubMedPubMed简介简

3、介是什么？是什么？NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物数据库生物信息工具PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？生物数据库生物数据库永久数据的大的组织体结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题的信息EntrezEntrez： NCBI的数据库搜寻与存取系统，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具生物信息

4、工具PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？EntrezEntrez一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。可以检索相关的序列，结构和参考文献。BLASTBLAST序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。附加软件工具附加软件工具 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。PubMedPubMed简介

5、简介是什么？是什么？Entrez可以检索的数据库：Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO

6、 Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关

7、文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMedPubMed，科学文献报导数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP

8、)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库Entrez可以检索的数据库：PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？http:/ 提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？MEDLINE：pubmed-indexed for medlinePublisher-Supplied Citations：出版商提供的电子文献 PubMed-as supplied by Publisher。In Process C

9、itations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processPubMedPubMed简介简介是什么？是什么？数据来源PubMed数据范围MEDLINE4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH

10、字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？In process citation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用PubMed-in process标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。Pu

11、bMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMed not MedlinePubMed收录Medline不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？数据来源主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他辅助功能其他辅助功能1. 1. 查文献查文献：查找目的文献的文摘题录信息书目文摘条目2千万余条，每年约增加50万条（2011年

12、数据）2. 2. 找全文找全文： 获得部分文献的全文PMC（Pubmed Center）可提供部分文献的全文提供可以获得全文的网站和数据库链接Linkout3. 3. 扩展阅读扩展阅读：提供相关文献链接Related citationsPubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？Pubmed小工具跟踪某一领域的最新进展Cubby（My NCBI)PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他

13、辅助功能其他辅助功能1. 检索机制自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping) 对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表 期刊刊名注释表 短语表 作者索引短语检索(Phrase Searching)要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同

14、义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vitamin h,PubMed会这样检索：(“BiotinMeSHOR vitamin htw)vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Medta”查询。如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用

15、词组表，如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用AND组配并在所有字段中查找。A BA B Hepatitis not Animal） AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome）A BPubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？2. 布尔逻辑运算符3. 检索方法基本检索高级检索限制检索主题检索临床咨询PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？Pub

16、MedPubMed简介简介怎么用？怎么用？高级检索主题检索限制检索基本检索临床咨询PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？默认检索字段为主题、作者、期刊PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号“ ”作为短语检索：“cancer therapy”； 带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smithau2002年以后的

17、文献若文中有作者全称可用全称检索如：Joshua LederbergPubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索 PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索作者姓名检索按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名smith jPubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？精确检索避免PubMed自动词汇转换，实现精确查找smith jau期刊刊名： 可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) Pub

18、MedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索期刊的一般检索，是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号Immunol期刊的标准检索，是在期刊名后面加字段限定TA. 比如:celltacellta 复杂表达式：liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND has abstractPubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对

19、所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？一.基本检索截词检索可以扩大检索范围提高查全率。bacter*TI字段限制检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？1.基本检索常用字段组成标识符 字段名称TI TitleAU AuthorAD AffiliationAB AbstractDP Publication DateEDAT Entrez DateSO SourceTA Journal Title Ab

20、breviationMH MeSH TermsPT Publication Type INTERNET字段限制检索其规则是：检索词+字段标识 DNAmh AND crickau AND 1993dp分析该检索课题，包含两个方面： 肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？1.基本检索举例：肝癌的治疗输入：liver cancer AND therapyPubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？基本检索举例：肝癌的治疗所得结果数文献出

21、处文献标题Pubmed编号，文献类型文献著者高级检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？2.高级检索检索式生成框检索史检索框分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为： 北京大学（peking university） PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？2.高级检索举例：北京大学马大龙的文章第一步：输入作者姓名输入：ma dl第二步：输入作者单位输入：peking university限制检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？3.限制检索限制日期限制语种限制是否带有全文、摘要限制字段限制研究对象限制性别

22、限制子集限制年龄限制文献类型分析该课题，可知：主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapy限制条件有两个：语种为英文（English）；文献类型为综述（Review）PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？3.限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献3.限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献第1步：输入 liver cancer and therapy第2步：限制语种为英文（English）第3步：限制文献类型为综述（Review）3.限制检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献主题为： liver cancer and therap

23、y限制条件：英文；综述根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSH Database打开主题检索界面PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？4.主题检索查找主题词分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。PubMedPubMed检索方法检索方

24、法怎么用？怎么用？4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1

25、步：检索长春新碱/治疗应用4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检

26、索白血病/药物疗法4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用” 的检索结果“白血病/药物疗法” 的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献4.主题

27、检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献4.主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。 PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？5.临床咨询和系统评价PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？5.临床咨询和系统评价临床研究