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文档简介

1、系统生物学软件系统生物学软件Software of Systems Biology An Ocean Food WebNodes = organismsEdges/arrows = flow of energyNodes = people/phonesEdges = can callHere we track the flow of information analogous to the flow of energy in a food webCore Features of CytoscapenDisplay network data using visual stylesn Powerf

2、ul graph layout toolsn Easily organize multiple networksn Easily navigate large networksn Filter the networkn Plugin生物复杂网络的数学模型ABCDE图论(graph theory)中的一个图(graph)：两个集合V(A,B,C,D,E)和E(AB,AC,AB,BC,CD,DE)1A2B3C4D5EIf you are interested in building your own Cytoscape Plugin, check out http:/wiki.cytoscape.

3、org/cytoscape_developer_tutorialABCDEOncogeneTumor suppressor geneGary D Bader and Christopher WV Hogue. An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction networks. BMC Bioinformatics. 2003.Qinghua Cui et al. Molecular Systems Biology 2007Altered genes23465S1-3=8.1S1-4=11.7S1-5=19.2S2-6=9.3101281514S=29.6P=1.39E-13130对共改变模块对共改变模块613个改变基因个改变基因共改变模块对例子共改变模块对例子冗余模型冗余模型共改变模块对例子共改变模块对例子20

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