生物信息学NCBI的使用

1、生物信息学生物信息学 -NCBI-NCBI的使用的使用 . . Blast Blast 是由美国国立生物技术是由美国国立生物技术信息中心（信息中心（NCBINCBI）开发的一个基于）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。序列相似性的数据库搜索程序。 Blast Blast是是“局部相似性基本查询局部相似性基本查询工具工具”(Basic Local Alignment ”(Basic Local Alignment Search Tool)Search Tool)的缩写。的缩写。BlastBlast简介简介 Blast 是一个序列相似性搜索的程序是一个序列相似性搜索的程序包，其包，其中中包含

2、了很多个独立的包含了很多个独立的程序程序，这些程序是根据，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。查询的对象和数据库的不同来定义的。 比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程程序。序。 下表列出了主要的下表列出了主要的blast程序。程序。 BLAST简介简介BLAST的用途w 对于全新序列或已知序列对于全新序列或已知序列: 寻寻找相似或同源序列，推测其结构特征找相似或同源序列，推测其结构特征（外显子、内含子、保守序列、非保守序（外显子、内含子、保守序列、非保守序列、所处的家族

3、等）及潜在的功能关系。列、所处的家族等）及潜在的功能关系。程序名程序名查询序列查询序列数据库数据库搜索方法搜索方法Blastn核酸核酸核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列Blastp蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列Blastx核酸核酸蛋白质蛋白质核酸序列核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。库中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白质蛋白质核酸核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译框翻译后的蛋白

4、质序列逐一比对。后的蛋白质序列逐一比对。TBlastx核酸核酸核酸核酸核酸序列核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。行比对。NCBI-BLAST的介绍的介绍蛋白质-蛋白质序列比对核酸序列翻译成蛋白质序列核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白蛋白质数据库中的序列比对质数据库中的序列比对蛋白质序列蛋白质序列-核酸数据库翻译后的核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对蛋白质序列比对核酸翻译成蛋白质序列核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对库中的核酸译成的蛋白质序

5、列比对常用的常用的Blast工具工具在此进入蛋白质数据在此进入蛋白质数据库搜索库搜索P03958序列序列按照工作要求按照工作要求,直接选择直接选择 Blast方法方法选择搜索数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。选择BLAST程序如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索设置搜索的范围，选择特定物种，或者Entrez关键词与核酸相关的数据库与核酸相关的数据库与蛋白质相关的数据库与蛋白质相关的数据库最多显示最多显示100条序列条序列E值上限10如果联配的统计显著性值(E 值)小于该值(10)，则该联配将被检出，换句话说，比较低的阀值将使搜索的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。Word长度打分矩阵，取默认打分矩阵，取默认对打分矩阵的调整详细参数设置空位罚分过滤简单重复序列图形示意结果图形示意结果检索结果检索结果检索结果检索结果-匹配序列列表匹配序列列表目标序列描述部分带有genbank的链接，点击可