(分子生物学本科生课件)生物软件概述

1、( (分子生物学本科分子生物学本科生课件生课件) )生物软件生物软件概述概述通常研究阶段通常研究阶段资料资料收集收集整理整理序列分析、序列分析、实验设计实验设计模拟阶段模拟阶段实验操作实验操作和数据分和数据分析阶段析阶段文章写文章写作和结作和结果发表果发表资料整理阶段Reference Manager 9.5n在线查找PubMed和609个Z39.50数据库的专业资料，保存为本地文件；n与word整合，直接在word中查找资料，插入引用，并对参考文献进行相应杂志引用格式要求的格式化；n强大的资料管理功能；序列分析、实验设计模拟阶段序列分析、实验设计模拟阶段Vector NTI Suite 7.

2、1限制酶分析限制酶分析引物分析引物分析序列对比序列对比质粒作图质粒作图结构域（结构域（motifmotif）查找查找RNARNA二级结构预测二级结构预测蛋白二级结构分析蛋白二级结构分析克隆策略图谱克隆策略图谱三维结构显示三维结构显示Vector NTI Suite 7.1n特有良好的数据库管理系统；n大部分分析可在数据库中进行 选定（数据）分析结果（显示、保存和入库）n对核酸蛋白酶分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析操作；n生成重组分子策略和实验方法、进行限制酶片段的虚拟电泳；n输入各种格式的分子数据、加以注释、输出高质量的图像功能简介n3DMol显示PDB格式分子三维结构nAlignX序

3、列相似性比较nAlign Xblocks序列局部完全相同比较nBioPlot几十种核酸蛋白序列分析、理化分析nContigExpress将小片段拼装成长序列nGCGConverterGCG格式文件转换成NTI格式nPubMed/Entrez Search搜索PubMed、PDB、GenBanknBack Translation核酸反向翻译工具nMatrix Editor矩阵数据编辑DNAsisDNAsis 限制性内切酶分析DNAsis 质粒作图DNAsis 翻译分析DNAsis 引物设计DNAsis RNA二级结构预测DNAsis DNA测序策略构建DNAsis 多序列比较以及进化树分析DNA

4、sis 蛋白2D结构预测Primer Premier 5.0Primer Premier 5.0自动搜索引物Primer Premier 5.0强大功能GeneDoc 3.23 亮丽的序列对比Gene Construction kit 2.5最好的克隆策略与质粒作图软件本阶段的其他相关软件n各种软件不同数据格式转换软件Seqverter 1.3n三维结构显示RasMol 2.7nRNA二级结构分析RNAdraw实验操作和数据分析阶段实验操作和数据分析阶段BandScan 4.5 分析流程BandScan 4.5统计分析nSAS (Statistical Analysis System)nSig

5、maPlot 2000nExcelMotic Fluoscense显微照片分析软件多种图象分析功能通常的流式细胞仪周期分析系统OVSXX/SO+AV+AS+AX+AX/S+A 0.00%10.00%20.00%30.00%40.00%50.00%60.00%70.00%80.00%Apoptotic Cellsno-ADR6.18%4.53%4.06%62.60% 6.83%90uM ADR 23.10% 29.30% 18.80% 71.50% 49.20%OVSXX/S显微镜系统细胞周期分析系统n依据显微镜照片对视野的细胞数进行计数依据显微镜照片对视野的细胞数进行计数（Quantifyin

6、g cell mono-layer cultures by video imaging）n原位荧光分析进行单细胞原位荧光分析进行单细胞DNA定量（定量（To test the feasibility of in situ DNA quantitation of adherent cells nuclei by fluorescence imaging）n处理获得的数据，对细胞进行细胞周期分析处理获得的数据，对细胞进行细胞周期分析Computer-assisted Detection of ApoptosisnAnal Quant Cytol Histol. 1999 Dec;21(6):489-97. nRelated Articles, Links nDNA content by in situ fluorescence imaging and S-phase detection, with chromatin structure preserved.Chassoux D, Franchi J, Cao TT, Debey P.Institut National de la Recherche Agronomique Unite 806/Equipe Associee 2703 Museum National dHistoire Naturelle, Paris, F