生物信息学作业实验

1、广州大学学生实验报告开课学院及实验室：生命科学学院计机楼407 2013年12月6日学院生命科学学院年级、专业、班生物工程10姓名学号10142000实验课程名称生物信息学成绩实验项目名称实验六蛋白质序结构与预测指导教师一、实验目的1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。二、实验内容1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；2、总结进行上述分析所需注意的关键事项三

2、、实验步骤1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；1、人脂联素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址()；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 Homo sapiens)后显示序列信

3、息；（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：打开BioEdit软件将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框点击左侧序列说明框中的序列说明点击sequence栏选择protein点击Amino Acid Composition查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte& Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看该蛋白质分子疏水性水平；3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质

4、同源性分析：（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-protein BLAST (blastp)；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的蛋白质；4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：（1）expasy-tools()中的链接进入，或直接输入网址（）进入网页。（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（3）在Prosite Profile前打钩，然后点击Search；（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：（1）可由e

5、xpasy-tools()中的链接进入，或直接输入网址（）进入；（2）进入predictprotein页面后，先register（注册）；（3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列；（4）分析结果。PHD predictions结果：PROF predictions结果6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：（1） 进入http:（SwissModel First Approach Mode）网页；（2） 选择Automated mode （自动模式）；（3） 进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，点击“submit modeling request”后，等待结果。（4）下载蛋白PDB文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。2、总结进行上述分析所需注意的关键事项1、 对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析和motif结构分析。2、 二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序列