生物信息学软件及使用技巧1ppt课件

1、吴元明吴元明 讲师讲师第四军医大学基础部第四军医大学基础部生物信息学软件分类 单机分析软件：如winplas 在线分析软件: 如webcutter 生物学数据库: 如NCBI,DDBJ,EBI生物信息学软件的意义分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。提示、指点、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。用计算机管理实验数据。生物学软件常用功能核酸类）DNA 序列片断拼接-Contig Express分析mRNA开放读框限制性酶切位点分析DNA 模拟电泳PCR 引物设计RNA二级结构分析生物学软件常用功能蛋

2、白类）蛋白一级结构分析氨基酸分析）蛋白二级结构分析结构域分析）蛋白三级结构分析空间结构分析）生物学软件常用功能共同类）DNA、蛋白质序列同源分析进化树构建生物学软件常用功能其它类）生物学软件常用功能其它类）质粒绘图类质粒绘图类图象处理软件图象处理软件一、DNA 序列片断拼接电子基因克隆） 获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，规范：长度100bp，同源性50%以上、85%以下。 然后将检出序列组装为重叠群contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续

3、延伸，有时可获得全长的基因编码序列。 再与GeneBank核酸数据库进行相似性检测，假如有精确匹配基因，将EST序列数据据EST六种阅读框翻译成蛋白质，接着与蛋白质序列数据库进行比较分析。Vector NTI 5.2 - contig Express二、分析mRNA开放读框 （一)5-UTR结构1、mRNA5端m7G帽有增强翻译水平的作用2、“上游AUG密码子”(位于起始AUG上游的其他AUG密码子)的存在往往抑制下游开放读框的翻译效率3、起始AUG旁侧序列对翻译效率的影响 Kozak序列：GCCAUGG (二)3-UTR结构1poly(A)尾增加翻译效率2富含UA序列抑制翻译。二、分析mRN

4、A开放读框 获得尽量长的mRNA序列。 分析可能的读框六种）。 软件：Vector NTI， Omiga 等。 在线:（/tools/dna.html） 选取最可能的一种。看是否符合各种条件。分析步骤：分析步骤：同源预测(一级结构决定高级结构)结构与结构相对比DALI算法）当前最先进的结构预测方法：结构类识别fold recognition） 先建立一个已知的结构类数据库fold library)，将待测序列“穿过该数据库构成的座标，并根据事先确定的物理限制，逐个位置移动threading， sequence-structure alignment) ，并一个函数sequence-structure fitness alignment) 判断序列与结构类的符合程度，找出未知序列在目标结构上的能量最优和构象最稳固的比对位置。对计算机要求很高。Cn3D 2.5 显示 1EQF A链三维结构十