常用DNA分子标记类型和特点

1、常用 DNA 分子标记类型和特点依据对DNA多态性的检测手段，DNA标记可分为四大类：第一类为基于DNA.DNA杂交的DNA标记。主要有限制性片段长度多态性标记（RFLP）可变数目串联重复序列标记（VNTR卜卜单链构象多态性RFLP（SSCPRFLP等;第二类为基于PCR的DNA标记。主要有随机扩增多态性DNA（RAPD）,简单重复序列DNA标记（SSR）测定序列标签位点（STS）表达序列标签（EST,测序的扩增区段（SCAR）第三类为基于PCR与限制性酶切技术结合的DNA标记。主要有两种，一种是扩增片段艮度多态性（AFLP,第二种是酶解扩增多态顺序（CAPS；第四类为基于单核苷酸多态性的DN

2、A标记。主要是单核苷酸酸多态性（SNP）o各类常用分子标记的特点和应用如下:标记名称引物设计方法特点应用多态性原因RAPD以几个随机寡核苷酸（常用10个）为引物简便、易行、灵敏、安全性好、DNA用 量少，能快速进行 基因多态性研究， 但重复性较差遗传资源保存、遗传 多样性研究、种质资 源鉴定、遗传资源分 类、品种纯度鉴定、 遗传图谱的构建、突 变检测、 基因标记和 基因组比较多态性是由于引 物与不同区段的 同源序列结合，产生不同的DNA产物RFLP以单拷贝或低拷贝的DNA克隆（基因组DNA或cDNA）作探针共显性、信息完 整、稳定性、重复 性好品种鉴别和品系纯 度鉴定、分子标记连 锁图谱构建、

3、基因定 位、种质鉴定和遗传 背景分析、遗传多样 性分析多态性主要足由 于限制性内切酶 酶切位点或位点 间DNA序列中 单碱基的替换、DNA片段的插入、缺失、易位 和倒位等引起SSR两端序列较保守，SSR引物根据与微卫星重 复序两端的特定短序 列设计，用来扩增重 复序列本身， 从而揭 示微卫星的多态性。共显性、信息完 整、稳定性重复性 好，操作简单生物遗传作图、基因 定位、群体遗传研 究、个体间亲缘关系 鉴定多态性是由于SSR座位的基本 单兀重复次数的 小同而形成SNPDNA测序中碱基的峰 高和面积变化，已有DNA序列比较，设计 特定区域DNA片段的 特异PCR引物，扩增 相虑DNA片段并进行

4、序列比较SNP的数量极其 丰富，并且可以进行自动化检适应于复杂性状的 遗传分析、引起群体 差异的基因识别多态性足由于单 个核苷酸的变异 所引起AFLP用两种能产生黏性末 端的限制性内切酶将 基因组DNA切割成分不需要预先知道DNA序列信息的 情况下就可以同构建高密度的遗传 连锁图，DNA指纹 图谱构建多态性是由于酶 切位点和其后的选择子量人小不等的限制 性片段，然后将这些 片段与其末端互补的 已知序列的接头连 接，所形成带接头的 特异片段用作随后的PCR反应模版，PCR引物5端与接头和酶切位点序列互补，3端在酶切位点后增 加13个选择性碱 基时进行多数DNA酶切片段的PCR扩增，既有RFLP的可靠性又有RAPD的方便性性碱 基的变异SCAR根据RAPD或AFLP碱基序列设计特异引物克服了RAPD标记 的不稳定性，AFLP标记的难操作性生物遗传作图、基因 定位 多态性是由于引 物与不同区段的 同源序列结合，产生不同的DNA产物CAPS适合