喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异

1、喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异     【摘要】  目的：研究喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异。方法：对2例经病理证实的喉鳞状细胞癌标本和邻近的正常黏膜组织标本与基因表达谱芯片进行杂交，利用激光共聚焦荧光检测系统扫描芯片杂交信号，获得样品中基因序列及表达信息。结果：对比2例喉癌和邻近正常组织的基因表达图谱，发现癌组织和正常组织存在差异表达，2例标本重复出现且差异表达的基因共74个，其中喉癌组织表达上调的基因(R5)27个，表达下调的基因(0R0.2)47个。结论：利用基因表达谱芯片可以在喉鳞状细胞癌组织和邻近的正常组织之间一次

2、比较7000多个基因表达变化，并能找出病理组织中表达异常的基因。 【关键词】  喉肿瘤 鳞状细胞癌 基因表达 基因芯片      ADifferentially expressed genes in  laryngeal squamous cell    ABSTRACT  Objective: To screen for the differentially expressed genes in laryngeal squamous carcinoma cells and norma

3、l laryngeal tissues using  cDNA microarray. Methods: The samples from two laryngeal squamous carcinoma tissues were tested using DNA microarrays. The DNAs were fixed on a glass plate by a series of treatments. The mixed probes were then hybridized to DNA microarrays and scanned for fluorescent

4、signals. Differences between the two tissues were produced. Results: Ran belonging to Ras gene family increased 12.207 times, RAB32 belonging to Ras gene family increased 4.904 times and BIRC5 (Survivin) increased 15.495 times. They were significantly highly expressed in  laryngeal cancer. The

5、GFI1B gene decreased 0.0265 times. The GATA1 gene was significantly lowly expressed in one laryngeal cancer and was not expressed in carcinoma cells of another patient. Conclusion: cDNA microarray made in our Lab can recognize more than 7000 gene differences between cancer tissues and normal tissues

6、 at the same time and find  gene variation. These results accord with other studys.    KEY WORDS  Laryngeal neoplasms; Squamous cell carcinoma; Gene expression; DNA microarray    喉癌是我国常见的恶性肿瘤之一，其中鳞状细胞癌占90%以上1。我们利用基因芯片法，对来源于不同个体、不同细胞周期、不同分化程度的细胞内的mRNA进行检测，分析正常组

7、织与喉癌组织基因表达谱的差异，动态地了解细胞从正常到癌变的不同阶段基因表达谱的变化，为喉癌的早期诊断、治疗及预后评估提供理论基础。    1  资料与方法    1.1  临床标本  2例经病理证实的男性喉癌标本，由天津市第一中心医院耳鼻咽喉-头颈外科提供，患者分别为58、65岁；病理类型均为鳞状细胞癌，1例是T3N0M0，1例T4N1M0。根据临床分期行全喉切除术，术后即刻切取癌组织及邻近正常组织约700?mg，迅速放入液氮冻存。    1.2  表达谱芯片的制备

8、  用自动点样仪(美国PE公司,SpotArray)将大约15?000个基因点于芯片片基上。点样区分为4个DNA矩阵,共包含7267个人类基因, 分为human cancer、 apoptosis、 signal transduction 和liver enzymes 4部分。每个人类基因有两个复点。点样后在杂交前于300?mJ紫外交联。待烤箱温度升至110? 130?后，迅速打开烤箱门，将装有玻片的提篮放入烤箱中干烤5?s后立即取出。0.2SDS的3×SSC溶液摇动（60YPM）洗涤2次，每次1?min。高纯水摇动（60YPM）洗2次，每次1?min。0.256NaBH4

9、摇动（60YPM）1?min封闭。高纯水摇动（60YPM）洗涤1次1?min。0.2SDS的3×SSC溶液摇动（60YPM）洗涤1次1?min。高纯水摇动（60YPM）洗涤2次，每次1?min。将玻片放入离心管中，2?000?r/min离心5min（平角离心机）。取出，置于-20?备用。    1.3  差异基因检测  计算基因在标本中信号值的比值(Radio)，用以表示表达基因的差异性。    Radio(CH2 MedianCH2 B Median)/    (CH1 M

10、edianCH1 B Median)    基因表达差异有显著性意义的判定标准为：(1)Radio5; (2)0Ratio0.2;(3)Ratio0且CH2 MedianCH2 B Median1000, Ratio0且CH1 MedianCH1 B Median1000。再进行一致性点的筛选，即选出同一基因的两个点的Radio都符合标准。最后将2例标本符合标准的数据对比，筛选出共同的基因。对筛选出的点作进下一步分析。    2  结  果    2.1  总RNA提取的定性定量分析及cDNA分析结果  将提取的喉癌组织和邻近正常组织的总RNA进行1琼脂糖凝胶电泳,其对应于28?s和18?s的两条带的亮度之比约为21，见图1。应用紫外分光光度法测得RNA在260nm和280nm的OD值比值,均在1.8 2.0之间，符合基因芯片实验要求。cDNA分析显色好，复点显色一致。    图1  RNA 1%琼脂糖凝胶电泳扫描图像    N：正常