如何用MS建模

1、如何用 MS 建模陶小马在第一原理计算中有个 POSCAR 文件，那里而有晶体结构得一些信息,主要包括基矢以及原 子得位子,那么一般来说简单得 BCC、FCC、HCP 以及 Diamond 结构都比较简单，可以直接 输入就可以了，但就是一般涉及比较复杂得结构如 D01 9、D022 等结构则可以用 MS mod cl ins 来建模。在建立模型之前,我们要找到该化合物得结构方而得信息，这个主要可以通过 Pear S 0 n F 册来找寻，也可以用 ICSD 软件找.在有了结构方面得信息后，我们就可以利用 MS Modeling 来进行建模。首先打开 MS Mode ling 软件：建立一个新得

2、文件名 examp 1 eH H esraBpleesraBple - - ISIS lodeilodei ineine血篡烈 u 越| HI -血 H 矢乳” 儘挣 A Q 如齟为 I 笛|於-8 酬陋 I E 因侮 I 回爭 H幻 /汁Pgjed:Pgjed:PiterPiter厂P Popop I I yaUeyaUeJescrJescr . . I I丁obob IdId GHGH敷土ayay S S空verver1 11 1 6*QEr556*QEr55tintinReadyReady点击 File 出来一个菜单，点击 New后出现以下画面XOilOil J3J3o o-,n, X双

3、击第一个 3D A t o mi s tic,出现以下界而Fii Sdit V：3. y BuiLd Tools Stotistios Modulo: Wr(以:，hlpJQ-(J S 电色 & 0 C 尙魂| kyQ4I 怨 H 致 八命皿I ifli *AJ I a q I 园 * 血 J * $T 、r (S IJ * tTjk $* 触 卒 | H 费* fi - - - _- - _ -I 闭 ffl m 虑护 H 9 / .4 y HVOTOCtHVOTOCtI IFilci,Filci,厂Prop.Prop. I I VolucVolucrrjoiix.KKlReadyR

4、eadyDescrDescr , , 1 1 JobJob IdId1 1 GatewayGateway1 1 ServerServer1 1 StatusStatus fr盹JJOURNALJOURNAL OFOF THETHE IRONIRON ANDAND STEELSTEEL INSTITUTE.INSTITUTE. LONDON.LONDON. 135.135. 334357334357 (1932)(1932)也就就是在 Enter Group 中输入 2 2 5,在 La 11 i ce Pa r am e ters 中输入 5. 7 8 9 A 就 可以了，点击 Build 得

5、到以下界面：下边就点击 Bu i 1 dCr y st a 1 s Bu i I d Crystal出现以下界而魁FileFile EditEdit Vie*Vie* flodifloditvtvBuildBuild FoolsFools StatisticsStatistics ModulesModulesWindowWindow HelpHelp- -SpaceSpace GroupGroup | | LatticeLattice ParametersParameters OptionsOptions | |EnterEnter group:group: | | 1 1 PIPINameN

6、amePIPI1 1X Xy y2ITIT N N umbelumbel1 1OptionOptionOrign-1Orign-1LengLeng NameNamePIPISchoenfieNeSchoenfieNeC1-1C1-1CrjiiblCrjiibl SiSilemlemTriclnicTriclnicCr?$blCr?$bl Oas?Oas?1 1PfmitvePfmitveenteTedenteTed(0.0(0.0 J)1J)1tttt ofof OperatorsOperators1 1DeldikDeldik1 1V V I I V|-PvV|-PvFillerFiller

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8、TTICE，二0 0尸1/21/2厂1/41/4ccc.ccc. - -1 1oeeoee - -I IM M . . - -I ISPACINGSSPACINGSOFOFIRON-AbUMJNlUMIRON-AbUMJNlUM ALLOYS.ALLOYS.LiLi金MM3groupsgroupsOpeTatcrsOpeTatcrsnapBuildBuild I I ApplyApply I I CancelCancelOption:Option:I I Origh-1Origh-1SpaceSpace geupgeup inlornatbninlornatbnimjMimjM i i在 El

9、emeni 中输入原子符号， 右边得 abc 就对应于上而我们找到得晶体结构信息中得 X, y,Zo 也即，在 Elcmcni 中输入 Al 时，ab c 中输入 0 00,点击 Add,再在 Element 中输入Fc,在 a, b. C 中输入 0、50、50、5 点击 Add,还就是 E1 e me n t 为 F c, a, b,cFTiFTi VKliMpXtfVKliMpXtf - - USUSMudtflAHKMudtflAHK - - LAiFtfXLAiFtfX d d J Jcrcr X X旳釦 g 削e e g g AoAo 移A1P.3.A1P.3. x%ax%aFii

10、Fii| |A AH HPropPropI I gmgmkVkibbkVkibbNoneNone$tylB$tylB佇 H H ) )B B朋IIIIRa&dyRa&dyMUNMUN : :现在就就是加原子了，点击 Build,下拉梔中有 Add Atoms,列外界而上也有就就是一 个原子左上角有个+号得就就是。点由 Add Atoms,nr 以瞧见以下得界而SBBBSBBBBBBSBKBXSBBSBBBSBBBBBBSBKBXSBB N NA A& &Q QX XQSQShh； rtdwrtdw K K lrlr_ _ _冠帖0 凭 14a帀 7 -宜討 H

11、0C 2 &他：立応| I 也国 tn T 以/ H 石苛刁百二石口 g Q 4AT 浄 I 的乔 WE:E: H H SflSfl SjSj厲誓 * * b* 旷可|NameName：厂a:a: |O.OGO|O.OGOOxdatonOxdaton SWeSWe：1T T b:b: |O.OGO|O.OGOOccupancy:Occupancy:r 0c c； |O.OGO|O.OGOAddAddHJPHJP I I MJyMC ASTEP 一Calc u lation 出现以下对话框:下面就就是去瞧瞧，保存下来得晶体结构得一些信息得文件。在 MS 得文件夹中找到 exam p le

12、这个文件夹，点击其中得 Docum e nts 文件夹，找到您所建立得晶体结构信息得文件名 得那个文件夹(如 AIFC3 CASTEP Energy)进入该文件夹.由于包含原子位子得那个文件 就是一个隐藏文件，您必须设置隐藏文件可以显示(具体设置方法就是工具 J 文件夹选项 A 查瞧一显示所有文件与文件夹这样就可以瞧见一个 cell 文件(AIFC3、cellb 打开 就可以瞧见：%BLOCKLATT ICE CART% E NDBLOCK LAT TICE CART% BLOCK POSIT 1 ONS FRACA I0、 000000 000 0 0 0、OOOOOFe0、4 9 9 9 999 9 999999990、49999999999999 990、5 0001Fc0、25 0 000、2 5 0 000、 25001Fe250 0 0-0. 250000 、 75000%EN DBLOCK POSITIONS FRAC这就是前面几行得信息，第二行到第四行就就是基矢坐标第八行到地十一行就就是 Al 与0、00 0 12、 8 94499 9 9 9 9 999992、89452、89449 9 99 9 99999 90 、 00002、894 52、89 4 52、8 9 450、000 0就是保存最小得原胞得基在对话框中得最下而有三个