X-tile-软件的操作流程

1、Xtile软件的操作流程由于最近在做某基因表达与预后相关性的分析，对如何选择最佳cutoff值很疑惑。搜了丁香园的各大帖子，发现对 x-tile如何使用并没有人分享 过。经过对照软件中的操作说明，终于搞明白是怎么回事了，现分享给大 家！首先，将你excel表格中的“某基因的表达值” “生存期” “删失情况” 等等其他一些数据复制到文本文档中。注意：“删失情况”要写成“censored” , “uncensored” , or “unknown” 形式。然后打开软件（软件下载见附件），如图点击“"open"打开刚建的“ txt”文本，接着就可以进行设置了。如下图X-tile

2、SetupClick ihc "Load" button to seleci he auriEni culujiin u ihr caiNcr, inurkcr, elcCur&UcUXilc pbis 1 raidt g1 Num 皿 ihc i r I的 ill dphy on the J之三三三三HH三三= 三 iB三 imjBBBjB=Survivat TinwMark or 1Marker 2:p Limitsih riu'll'国. a.Li2s oi tht cnJ jmn neltcud on the k/L "NA&quo

3、t; ii displaod if the ccJI扩大来看！（下图）将“删失情况” 即图中的DOD-censor放入"censor”中，然后将“inter type" 改为"DeadOfDiese;将“生存期”即图中的 “Followup-months”放入 “Survival Time'J 将 “inter type”改为你所用的时间度量，如“天”或“年”；将“表达量”即图中的“HER2放入“Markerl"，Mark2如果没有可以不填 剩余的也可以不填。N- 1r "恬,hDOD_CensurFol q ampP53 HER2 E

4、R ER Quartiles HERS luarDles PwkwBu0. Nc dejositive 1. Me dPositive 2' Nod_Postive 3 Ncde_Positive 4; Ncd«_N«gativa 5: NodoFoUive S: NcdePsitive 7: Ncde.PositiveA Nod4_Po»fav4 9： Nod«.Pg 蜗 w10 Node.PositiveM Ncd«,Posrtiva 12 Mccfe_Po$ilive 13 NcdePosrtive 14 NtodePosrtiv

5、e 15l Mode_Posiliva 16 Ncde_Poi!tive 17 Node.Posrtive 1 R kLnrl 口mtirfiLr白Survival Time:Followup_mWMMarker 1:LoadHER2Marker 2Load然后点左上角的Murit»r 1Kfip>lan Mh6ido"，选择"Kaplan-Meier" -MSrkerl ”.即可。接着会出现下如图所示结果。鼠标左键点击“2Pop X-tile Plot'所指的矩形图，软件会自动找到最佳的cutoff值，得到两条线（两组：高表达低表 达）。鼠标左键点击“ 3Pop X-tile Plot'所指的三角形，软件会自动找到最 佳的cutoff值，得到三条线（三组：高表达中度表达低表达）。条形图下