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文档简介

1、PCR引物设计流程详解本文目的:复制出IL-4基因片段查找基因序列1、进入NCBI主页,下拉选框选择 Nucleotide ,在搜索栏输入要查找的目的to NCisi基因,即IL-4 ,点击搜索JXIUDIHLMleatide 3d fclUJ卜ulQUiCsuf ItiHLOl Het&piin垂总制Thg IMtiEl %h)or 加i1白町1HhndI而砌加STni- jnJ hh,3口5,弓切 HeF:方ftnsnir iMaF-irlKWPuViM CMlRlPubfri口TUH t SlfLulUifeiGil SIMMEL*5-rtudAgx«di;&?

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25、Tur CtM L4Al 叫就 RfJVSUftn1两市2叫 Rw*ldillBOj使用 primer premier 5.0 设计引物1、建立新文件,将所得的序列复制进输入框内2、点击搜索按钮,搜索引物I I I I I H I I I I I I I I I I M I I I I I IS , rGCATCGrTA3CTTCTCCTgATAAAZrAAir2CCr:ACAI2£TCACT&CAAAICGACACCZArTAJir s&GICTCACCTCCC?L 3Primer Premier围 ResultPriman ij00在创Direct Select“

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27、 HILjctgataaa 3'Anti-senseFoundWon修dI2d3、设置引物设计参数(因为在之前查找基因序列的时候获知,外显子区域分别为:1-200、201-248、249-425、426-618 ,又知在引物设计时引物位置最好跨越一个内含子,PCR产物长度通常为100-150bp ,故设定上游引物位置为201-248 ,下游引物位置为 249-425 ,产物长度为100-150bp )4、确认条件后,显示搜索结果Spar匚卜 ProgressSearch Complete.Primer Search Results:Rema ining'Rej ecte dKe

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31、据后都需要点击accept按钮接收4、同理,录入下游引物fl. “Ue更上 即 AveHps.Tr«ral» JOgUo* b垢m, I-2*EErfiar"Qnv£lih:= «Er*ii."in1H味。仃白工下哂KGr 如的工蜀 Lmw C*w»i£一g Pfh4u£ ChMHK14- 丐mrcal x Inid SfcaHfei M, i*eli*g tewprtu1* Rl-merf第口七再 3 HMcd5、分析上下游引物二聚体形成情况6、分析上下游引物发卡形成情况7、分析上下游引物GC%fit-

32、 d*时fri?+w %de* 浜*ipbnihfwAfi #rfi n % HTUHi? fl fDnnjxiHun *nd Tdm SJnC Srte> 中*浦口14-4 A ur hfi M 6 0-ng MAMR回 Tmi 讶 ra#弛ah/ f rw- *tMiZi4M Tint Sdarrfe4bn*TH11。自TUpp«i ftrnarrwicrOm O4»Frlr* *ilTv8、检测上下游引物与PCR模板其它位置错配情况ME Zx X里 *teSeqtart:ncel - Lcwer 0首mer fal« lMm!nf SitesL)f1网

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34、 hewSequenctl - PCR口面四、 引物特异性检验(primer blast )1、进入NCBI主页,并选择blastWncbim mGF r.jflrf-jnr.n wijBJIaofiLir N*kd4«!«« Pubkwf FmiErri Cebte pneh"il9fEr rfrv'naifiin #74rK4i ar4ncf- mii hirtr» 1 pwwng ptem 用 oifmEtcrt 刈 9kg1* iitrnuun布± HC13 | F”3G iI 4工物巾 | 打走Eula &

35、目4GM stintsGwi« & ENfOf Nin Tn,- 5叫k 的3 yflcnkiCigtMg* r 国皿尚山 X KSIQM in WfiMliiMglM HilUl51F2、选择 primer blastSpKME BLASTdigg a typ» al 口小皿M JMixfi 伽 iMjAaat 彳-n« 力 pmgfgft |E 35: pn«ffpdnwrI».5、* 7 -。I_i Fifltfrfr p 冲swiLsprc# Inta FieSmeee! 1* BJEigy dim r(iT djMiri Bn

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37、t;K AiMtnifil TCi HIHf WMim' (ik»MIeI Smh ftriSgg&mNiAHid-LIB皿1 %get3、在输入框内输入模板序列和上下游引物,并设定对比数据库,点击primer 进行对比Rmer Pfflr Spw加Hr Chedcingi Peramrs,UzblH 3-Mim 旧 Mimif 日011 afNILtD-fM iriEf>±»d P£A li-glis y霓' K'勺'k:r* 不Tllti; J"1BLneJuIdiii >lpL>

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