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文档简介

1、1 .进入 NCBI 主页:/在 search 后面选择Gene,在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示:点击“GO',出现以下界面:1迸ll心仙1 %理鸟迟hDvftjilf 1Dvpbr Summary7 &O- 33 w Senctm 7| MH|y-"C un«-n4 diM 1夺黑4# |.hp凭Ittrtvi 1 50 fiif 刍*卩靭訂1J3 N*.tOflQrkilCTOF ud Zf : erpEI杭 J:與qr 卵wlb ftctgj ffoww 率叭岛Otkfr AL 心鹹

2、CCWLHCSJ- GFBPS. M0C1 豳岡 H0V30 Mr Drfi|Mtii«3H: hypntK)phir 咔Drdnxyti! fj5*nfk pnlvia 24. wdiAr!0&i fjnwth fhrtortsndin mltih 8ChjQiwiQw; 6e Lao6tm : 6q23 1 KCJXC006 10 C1WI0199 132314i»Enpkwn1> miHsioGaelD: 1490Offiriil S t-jiiMI Clgf ud; Hunr: coEmKtM- hfnxi 卿诃tbJh&j m畑恥;.2J 二

3、:0 ihrr AUwrf;気I Fffpl 応 ti2 ftep-12ChjuwioDv |O/jk<aiitnL 3D 170rMAmotii齡昭 ChroffiOKEtt Ift. NCOOOffK 3Q«13313 WIW6) Ojh>W: 14219OfflrhJ 野H Clgf md Naw: cefiwctM H gnwth taOcJhf rCTORTCkroiMMOMF: l.latiir: Ipl2Oilirr 0”3(血翔;(ftiibbhtfl urihf :nbmI 衬flbnbbtttl usduc创t vcmid 网悼in. hj/pvrtn

4、ptet dhcfriHKjUdperiflc 9» pidud MAmqi>»k; ChoKKwoR* I, NCJ&031® J(113i7O?W.213302DPtotBpieiaMiJl) Gr 勲 lEh 64G32出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有 “Order cDNA clone ”的链接,这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名( Other Aliases)与你的目的基因一致,根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的大鼠CTGF是标号为3的序列点击序列3的ctgf出现页面如下图所示(部分页面):丸

5、rtkhtad t ii&L! II-忡:Ifli>L»rw IhHH* pwafiB n rr- 4罟¥ ! 士碑-ti «tlj>_ - i * 打吕皿.血g*, 乂/*扣丫w#CTyAlwlinawn *> 匚WPHunnwrYthi- mH? b* *«1<« <n 心陀iili*S.娜日心杯 r rti-> r«d-clpcp ind r-n*J ik-alwi1! p#E*»1A*"«I|<a4 X曹«*!£!:3ddi“n

6、 * w丄 t imk*CE>HA cltil-t' *fi v*d D*fi i« ftntM司f &岳直空:N*ih<*O*m乍 p S i<-r*F -vrvu-G-ki-r#*Q|fcp|8il<IptfL. 4B<GcMh C off erf*1 L J-SW)f|hf 祕识H1: |g#ti> 1B13f- ICW.IUEl«tU'j* 丹pb.h*4Ct fli-ubMd (OiH«:riT 4»-4<4m¥uhimEhl-tblEU.BV4 ICMKgI帖LmIC

7、uIf H-WMWfrl翼0紳JHvb<1 f feftlbKlk 二!EtaHHJ Ifiifruiaa2.1 查找cDNA序列2.1.1 点击Order cDNA clone,出现目的页面如图所示:OrdecONLA Clianes f&rno rvegicus gene CtgfClyi ;rSfx-fl$ itla rTThb folJcwing clan电住】can be porrhasBd thrtnjghdf 1t1e IMAXjE dlslrlbulQr. Snie of IMerti hve prEM电d dlnBizE DTder link($)帕ryO* c

8、omBm-enw:lane MGCr»169ZClone S&qLienct(BCflZ2SttJ tWcior pExpr&f1on exp 1 &om RZPO Germsn Resource Cent er for Gemome Research 0氏&» fro Gends imat LtdLMJLGJEOilitritNJtotsThe I M AG E Cofi&wUuth, heatfQy&nered it Lwencs LfFmore Nalionai Labarwiy, has handled clone a

9、rtaylnfl! -att h-Mnfl, and dHIfibuliM for a nwnbes of larg-e-就oM fenekidliirig m3C nM Th电 ORFeonii COilat)orali<Ni<2.1.2 点击 Clone Sequenee后面的链接即可得到cDNA序列。点击后ok mu hum Open Biotjfsl&rnS如图所示(只抓取其中一部分);Nucleotidee i .i-rUQ.MVjiT «"jrwiTir伽nBlfv Sbw5*So toV"DicpleyDfRlISCkaercDW

10、tions Uiwi:J:J Rji£fus fiorvtgjcui gtJ7?3?)17ij :-MFiiiiTicefACCESSICMVZP3ICW KEYI-j-RDS 3OWSCEFZFCFENIE MTWt曲HD左畑3T16 top袖au1LMV Rafi EAJmfYdCMRRrta rtervj啊ji十m甘bve ti-ss-u* arcrSimHiJi icpmaKCe91S$7 I!U«E7CW774i#. «plrt< cAs.HD左阿K0755M rl QI: -ITWll1KC.fcmttjs nervefl-iicwa! Nuri

11、ev c«n7超空;un 負里痉gftikaiyc?esj- Rec&£0< Chacd&in: Csa&itEa; /ercdb-Ea: s*m»iiLAjrw«Mo«i.irti7 G* lire si 凰 gt 检Sciwgfl-nHhi;賣町工匚工de日:nuriclaer Hujidh#-: Fb-luj;, L ibuea I to 盘7=壶 inL.*也.豊円* o號!0)审十匸北* 舛賈审hd,;百*rtlaixanjer,£(;:>-,. Co 111B9, F.S,| VaLin

12、er rL . f Sh.eiTuwiDCg St. Schuler 4 AJLiachuJid:? . F .Xce-E-u. D.Dvet»YrUnEE-r r 3bncfr «j bbarK dpkiMV.r * J 右 EdMuPL# KdxT. J Iak P S. J . d Van«4 J .Kaitlt,. Fx q.L c|tLcnk-3,1 L. (I Hfu u<±> 久 Fi.a申 K申 Fnt be e a JL X 4 p.j l 9 - M. j lu 攀 fL 扌 jspletQfir R*PI - F Bq界

13、BklMp E-F-*T-L“#3#h««t. T. K. g.廿f fhbj J*# Hi虛血曲 T 屮 T«jB h 1 yukLH V .reraiiieiiFi# raeHCBi 用l&quella±ifli,H-1. p Pw弹!.仇J.2.2查找mRNA蛋白序列回到步骤1点击“GO'之后出现的页面,点击目的基因的名字,出现以下页面(只抓取相关部分,即页面的下半部分,即可以获取mRNA和蛋白序列的部分):ntfiNA am/ Proliis)I i|呼亚卫字 II tit)7iMiEft沁律 tissue growth fect

14、orSourer *eu>irPir rC>) 曷刖UQ史艺曲门£02巧I go%rrwrd lirim-)|> ( I) y ymp>rylicAtion :- t Btit corr>*FLcK«t>DnE lai 141 nfMt Cums I闻 jpjomgqgL4C£31 -护" BL»tt ccmbi 115sdMwMl啟鼻rCQ * 740Ma-5 t tcorK-al1 rftuhn gwwh F*cta時曲“勺 p*el»lin homfrlogm*!j High Affinity

15、- bndi pfer>*rf eF migrowthf>«dtarxjVWC? eo*t Willebrand #*et&T tp« CCji jkn&t; Cy«n«9 knot nd*nln- TH* f-mdl!, co-mpnata Hlf«pT鮎in h知urv科 悔£oE"i呻时i/aviaus «jrtriic*lluilAr prot»»ns C is belisv nd to b« 曲 昌m.lAd* ”狗kitidl 曲納曲n*4tti

16、$rfkTSf*_lj Thp0mbQip<Qridin %yp>« 1RetSeq of- Annotated Gnene-s: Build 4J找到 “NCBI Referenee Sequences (RefSeq) ”,它分为几个板块,第-个“mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein 下面有两个序列代码(中间划有一个箭头),这代表了 mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点£13o11 ill4K151击后如图所示,mRNA序列:其中包括了翻译的蛋白序

17、列蛋白序列如下:/preduct,hconnectivt tissue grovth factor" g、沱 jH JJP 07102. A l-/db_xr* t»HI GI: 11560035*/dbxr电 f 祇 C*ri*ID:6403Z "/db sr * t Hl PCD ig213924'ORIGINnilasvagpvs qlgeIcterd qctcldgavg r Ledcfgpdp eadleenikk vefkepdge1qvztakdqat tvklpgkcac cgmgiscrvt cwvkcytftk ndlfeSlyyrcp

18、agvs Ivld evfggsvyrs ft wcdepkdr ndnefer Lek fcgvctdgrc kniygdinagcgccrvcrak qesfqsscky twgp* laay qsrlciiArrpc ctphrcLt LpSequences(RefSeq)的第二个板块是 Referenee assembly ,它下面显示的是Genomic,点击 Genomic 下面 Referenee assembly 对应的 Genbank 或 FASTA即可出现编码的DNA序列(注意:只是/db xref°"RGD; 621392"Lalvl1lctr

19、 pcdphkglfc cvp lesindvr Lvq gkkcitcpki »nkkii2itif lktpatgqdcsaq dfgsp anuki lppdcp£pir ctewsacskc Akpvktelsg cachyn crpgdNCBIRefere neeaageggegee gegetgege agrg'gt ct-ct t sagstggr&gc gcag&trgicaaagacccfibct caccgataca gccgcgcecec&c&gctctt cgAcctcccctcgcctetga ccjg

20、9;grt. accgt 皿亡 t geagegc gcetggtrget,ccccgcaaag<cCcagac ccgcccgag gcgT-cctcct- tttgctcc tgcgcagctg ggctgctg 亡匚 母总七cc 旦匸亘 tgcactgcca trcct.&ccaaactctccaaga 亡廿夸亡gr acaccaaccc accccgctg t agrcctcgcc gcagtgtcag ggacggctge ta-ecctgc gattggcgtg cagcggcgagccgrgrcct. yc c gegetgeeer caagcMgctg etgeg

21、aette accctgt.gtc atraacagccagetccgftc cctaggagac accacagigagBfi-afa.匚 egge c geegg 亡齐 ga. ggagaaet-gt gigfctcccccgr tteggtgrg-grt act&gcctgmw蛋白序列/tranElaticn- "HLJiSVAGPUSLALVLLLCTRPiLTGQDCSAQCaCXAEAAPRCPAG VSLVLDGCGCCkVCAKCLGELCTERDPCI>PKKGLFCDFGSlkNMCIG7CTAK3>GAP:V fGGsWa£c

22、63;EFQSSCKYOCTClX'GAVCCVt'Ld£:lE>VfcLPSPl>CPFmhVKLPGf<CSE EUVClEPKDXTWCPAlAAYftLHDTf&P&PTHHWrCLVQTTEWSACSKTCCMISrR V7WPNT?CRLEKQSFLCMVR>CBAPLEHNIKKGKKCIRTPKIAKPVKFEL5GCrSVKT Y EAK f C GVC TE-G FCCTPHJiTTT LPV E FKC PD ?E IICOCNW! FIKT C ACj<YTJC P GPWVIF ESLYYPKKi

23、'GDHA" 1363.72158/sc aidar d_r>4 文学“皿 *“2丐1辽岱:"移&2?. £170. , 2託、/ftne- Ct9f、E£芨己公布的弓Ift 刚/ ft anda rA- _ - - 编码序列,其中包括内含子,但一般没有5,非编码区)Reference assemblyNC_OD5100.2 Reference aemblyDovtinilodd£«mplRFT>*rit 应痕曲F恥TAReterenct a$ennbly ion RG$C y3川DisfiiyGenBan

24、kShowiv Send toV21330215ftttn +':-',;r*Hide . sequence I ill tut gene, CDS wid inRNi0 Rsv*rs s rorhplMfifrJitd 1: MC Oi DO.匚T ort'. Rattus nonsguf.5i 6750315UcirimerU 匚也”氐 牝口兀氓LOCUSDEFINITIOM1CCE3SICW VERS IOH FftOJECT KEYUORDC SOUPCEOfCANISH耐匚 0051003117 bp DNAlinearRattus nopv皀Qiuum ch

25、r&mosom lf i:皀ierence asaerttoly -I) *hJi _OOS1QO REG1CN: complement (21327099. .2 133021S)GI:62?50S4SNC 005100.2GenoMPtoj ect: 1 討 55CON 26-JUN-2006 tased on RGSCRl FERENCECCNSKTHTITLEJCU1WALFUBVEDPFFFREKCE AUTHORSRattU3 norveQicus Korwav rat,)Eukaryota; HeLazoa; Chordata; Cramataj Vertetorata;

26、Hgjfwai i a; Euttier la; Euarchputogl ireaj GLires; Rodent ia; Sciuragnathi: Hurra idea; Huridae; Hurinae; Batt us 1 (bases 1 to 3117)Rac Genome equencm Project censorciumG4ncmft u*ne« “ th* Broun Norvny ft yitlda mcighta ino meumci«lian evclut ionNature £2日(6982), 93-521 (200)150575Z

27、22 (h呻秤髀 1 ro 3117Rat G-nome Sequencing Consortiunhute 丄巳 口3上口1«:1;这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA 序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。相信这些操作对很多人还是有用的。2.3查看蛋白质的三级结构如2.2查找mRNA、蛋白序列中的图1所示(见下图),itiUNA. Ptoleit)(s)1.制"&22豆6窈卫冬匝 _i©Qg£b»»wcti ve Us sue gro 艸 th fa ctorSource斗亡口廿芒nt料占u点

28、F12Q2?5observed Domaifis (4) wimwrYrtmdjrtOBlltl&j Jnifylin girQwth fitr-bhnding pF试.injHjocdticns-K - 01High iffinfty binding p«rtn«irx of iniulin"lik« growthScore:®?factor!XrwC ;単en WiElebtnd factorC dcuTiAnn,LuHtatimixi* 1 一 1>1Bl-ast Scores 104Cvt.-n-ot; Crfbn-krM

29、3t domdiin, Tha f«milvr tompii書議$LocdtiDnsl 143glycoprotein hfmcrhts 4nd th* rt*irmin*l ddrr)«in of8)4<«t Score; 143v«riouf «xtrac«0ular protainf. It ic beli«v«d to b« invoh«d in d is ud-e-linked di mens atiam.pf 0|«110091 DT合P_%Thrormbo»po

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