细菌鉴定的一般步骤课件

1、细菌鉴定的一般步骤1细菌鉴定的一般步骤李荣南京农业大学资环院办公室：综合楼b419邮箱：细菌鉴定的一般步骤2一、确保菌株的纯度在鉴定菌株之前首先确保菌株的纯度确保菌株的纯度。假若菌株没有纯化好，将会做大量的无用功细菌鉴定的一般步骤3二、pcr扩增16s rrna片段菌落直接pcr 菌体新鲜、加菌量少、阴性菌较阳性菌容易、退火温度要高点dna扩 pcr 高盐法或ctab法提取细菌总dna dna量不要加太多 细菌鉴定的一般步骤4三、16s rrna片段测序pcr产物直接测序产物直接测序 条带特异，注意产物的浓度要足够，不要纯化不要纯化pcr产物克隆测序产物克隆测序 挑单菌落，菌液测序或质粒测序。

2、 细菌鉴定的一般步骤5四、系统发育树的构建首先将所获得的16s rrna片段序列在ncbi数据库中进行序列的比对（序列提交genbank 获得登录号）从相关数据库下载相关模式种16s rrna片段序列采用mega 软件邻近法做树细菌鉴定的一般步骤6核酸序列数据库核酸序列数据库现在比较通用的核酸序列数据库有：现在比较通用的核酸序列数据库有：pgenbank（national institutes of health ）、prdp。p embl（european molecular biology laboratory）、）、pddbj（dna data bank of japan）细菌鉴定的一般

3、步骤7五、发育树的构建及作用确认目标菌株跟模式菌株间的遗传距离确认目标菌株的分类定位同源性较低，认定可能为新种或新属，有必要重新扩同源性较低，认定可能为新种或新属，有必要重新扩增序列克隆测序增序列克隆测序细菌鉴定的一般步骤8六、序列同源性差异分析16s rrna序列同源性在大于97% 慎重考虑16s rrna序列同源性在97%以下 有做新种的意义16s rrna序列同源性在95%以下 有可能是新属细菌鉴定的一般步骤9新属的判定依据16s rrna序列同源性在95%以下拥有该科的共有特性与相邻属的脂肪酸组成及含量有显著差异生理生化差异明显极性脂成分有差异注意：判定依据要根据实际情况而定注意：判定

4、依据要根据实际情况而定细菌鉴定的一般步骤10七、几个发育树例子的分析细菌鉴定的一般步骤11地衣芽孢杆菌模式种的生理生化特性细菌鉴定的一般步骤12分类在一个支上，同源性大于99%，初步判定为地衣芽孢杆菌 生理生化特性的分析等dna杂交(实际情况而定)细菌鉴定的一般步骤13细菌鉴定的一般步骤14细菌鉴定的一般步骤15细菌鉴定的一般步骤16细菌鉴定的一般步骤17细菌鉴定的一般步骤18确定菌株种属首先确定菌株属的定位（与同属模式菌株数据的比较）查阅文献到ijsem杂志阅读邻近种属的分类文章细菌鉴定的一般步骤19形态学分析菌落形态菌株 wd的lb平板菌落照片细菌鉴定的一般步骤20菌体照片间的比较菌株 w

5、d扫描电镜照片细菌鉴定的一般步骤21starkeya koreensislm et al. ijsem (2006), 56, 24092414细菌鉴定的一般步骤22ancylobacter rudongensisijsem (2004), 54, 385388细菌鉴定的一般步骤23angulomicrobium amanitiformeijsem (2004), 54, 651657细菌鉴定的一般步骤24生理生化性质ijsem (2004), 54, 651657细菌鉴定的一般步骤25选择模式种进行实验菌种 15561 angulomicrobium amanitifo 培养基编号： 1 830菌种 5895 angulomicrobium tetraedrale 培养基编号： 628菌种 18406 starkeya novella 培养基编号： 830菌株送国际菌种保藏中心保藏菌株送国际菌种保藏中心保藏细菌鉴定的一般步骤26细胞壁脂肪酸（与模式种同步试验）细菌鉴定的一般步骤27测定g+c含量细菌鉴定的一般步骤28dna-dna杂交同源性测定细菌鉴定的一般步骤29api实验进行生理生化的特性的获得“biolog”鉴定系统进行糖代