医学文献的检索与利用09 pubmed

1、2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室1 医学文献数据库医学文献数据库 MEDLINE 2014.4 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 2 一、数据库概况一、数据库概况 （一）编制单位：美国国立医学图书馆（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM) (NLM) 。 （二）收录学科内容：（二）收录学科内容： n主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关 文献。文献。 n包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工 艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、

2、卫生 政策发展或相关教育活动的内容。政策发展或相关教育活动的内容。 n20002000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植 物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学 方面的研究内容。方面的研究内容。 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 3 （三）文献来源：（三）文献来源： n美国卫生研究院文献选择技术评估委员会美国卫生研究院文献选择技术评估委员会 Literature Selection Technical Review Literature Selection Technical Review C

3、ommittee(LSTRC)Committee(LSTRC)评估挑选评估挑选 nNLMNLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐和各专业协会的数据协作采集专家推荐 n7070多个国家和地区的多个国家和地区的56405640种生物医学期刊（种生物医学期刊（20132013年年 数据）数据） n近年数据涉及近年数据涉及3737种语种，回溯至种语种，回溯至19491949年的数据涉及年的数据涉及 6060种语种。种语种。47%47%为美国本土出版文献，为美国本土出版文献，90%90%为英文文为英文文 献，献，79%79%的文献有文摘的文献有文摘 一、数据库概况一、数据库概况 2021-7-17复旦大

4、学图书馆文献检索教研室 4 二、二、 MEDLINE的检索平台的检索平台 n广域网免费平台：广域网免费平台： nNCBI-PubMed（含非（含非MEDLINE数据）数据） 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 5 n校园网内可用平台（校园网内可用平台（IP控制）：控制）： nOvid SP nEBSCO nOCLC First Search nWeb of Science 二、二、 MEDLINE的检索平台的检索平台 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 6 校园网内可用平台的校园网内可用平台的Medline 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室7 PubMed

5、数据库检索数据库检索 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 8 （一）开发机构：（一）开发机构： nNCBI（美国国立生物技术信息中心）（美国国立生物技术信息中心） nNCBI的任务的任务: n利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化 学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关 先进方法的研究。先进方法的研究。 n促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件促进生物技术研究者和医药治疗人

6、员对数据库和软件 的使用。的使用。 n促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。 一、一、 PubMed简介简介 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 9 NCBI网站网站 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 10 NCBI提供的数据库提供的数据库 n检索大分子生物学数据检索大分子生物学数据 n获取获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；等数据库的核酸序列； n获取获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，等蛋白质序列， 从核酸序列翻译到蛋白质的序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列； n获取基因和染色体图谱

7、；蛋白质三维结构数获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数 据及大分子模式（据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息）等其他生物信息 数据库检索。数据库检索。 nPubMed等文献数据。等文献数据。 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 11 n广域网免费提供题录和文摘广域网免费提供题录和文摘 n提供与原文的网址链接提供与原文的网址链接( (部分免费获取）部分免费获取） n提供检索词智能转换匹配提供检索词智能转换匹配 n界面简洁，操作简便界面简洁，操作简便( (须须IE7.0IE7.0以上版本以上版本) ) （二）（二） PubMed的特点的特点 2021-7-17复旦大学图书馆文献检

8、索教研室 12 nMEDLINE Indexed 1966 to prensent的的MEDLINE已标引数据，已标引数据， 有有MeSH字段和摘要，每条记录标有：字段和摘要，每条记录标有： PubMed-indexed for MEDLINE nOldMEDLINE 1949-1965年间的年间的MEDLINE数据，无数据，无 MeSH字段和摘要，每条记录标有：字段和摘要，每条记录标有： PubMed-OLDMEDLINE （三）（三） PubMed收录数据收录数据 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 13 nMEDLINE Inprocess 最新的最新的MEDLINE处理中数

9、据，未标引，无处理中数据，未标引，无MeSH字字 段。每条记录标有：段。每条记录标有： PubMed-in process。 nPublisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录，每条记录标有出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher，分为两类：，分为两类： n MEDLINE 收录，逐步转为收录，逐步转为In Process, Indexed状态。状态。 n Not MEDLINE：PubMed 收录，收录，MEDLINE不收录，不收录， 一直标注一直标注PubMed-as supplied by publisher或

10、或PubMed （三）（三） PubMed收录数据收录数据 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 14 二、二、PubMed的检索功能的检索功能 检索指南检索指南 检索工具：检索工具： 特定文献检索特定文献检索 临床查询临床查询 专题查询专题查询 其他资源：其他资源： 规范词数据库规范词数据库 期刊数据库期刊数据库 临床试验等临床试验等 基本检索输入框基本检索输入框高级检索高级检索个人空间个人空间 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 15 n检索栏可输入检索栏可输入一一个或多个检索词（系统默认空格个或多个检索词（系统默认空格 为为AND检索）检索） 如：如：aloe ps

11、oriasis（芦荟治疗牛皮癣的文献）（芦荟治疗牛皮癣的文献） 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 多个检索词输入多个检索词输入 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 16 n检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写） 如：如：asthma AND (therapy OR treatment) n字段限定符：字段限定符： ，空格按词组匹配，空格按词组匹配 如：如：aloe AND psoriasisti 如：如：Stem cell transplantationti 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 2021-7

12、-17复旦大学图书馆文献检索教研室 17 逻辑运算式输入：逻辑运算式输入： aloe AND psoriasisti 牛皮癣出现在篇名中牛皮癣出现在篇名中 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 18 字段限定字段限定 stem cell transplantationti 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 19 n著者检索：姓全称在前，名首字母在后，著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。 如如: smith abau “paulsen e”au 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 逻辑运算式输入：逻辑运算式输入： Paulsen E撰写的芦荟撰写的芦荟

13、治疗牛皮癣的文章治疗牛皮癣的文章 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 20 n刊名检索：全称或刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写认可的标准缩写, so 如：如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 输入刊名检索发表在该刊上输入刊名检索发表在该刊上 的文献（限定出处字段的文献（限定出处字段SO） PubMed字段说明 21 第一著者单位地址第一著者单位地址 出版商提供文献识别号出版商提供文献识别号 全字段全字段 著者著者 著者识别号著者识别号 图书

14、图书 评论评论 合著者合著者 文献生成日期文献生成日期 文献处理完成日期文献处理完成日期 酶及化学物质登记号酶及化学物质登记号 编辑编辑 数据输入日期数据输入日期 滤过滤过 第一著者第一著者 著者全名著者全名 调研者全名调研者全名 基金、合同代码及其他资助单位名称代码基金、合同代码及其他资助单位名称代码 22 调研者名称调研者名称 国际标准书号国际标准书号 期刊期号期刊期号 语种语种 最后著者最后著者 地区代码地区代码 主题词建立日期主题词建立日期 主要主题词主要主题词 副主题词副主题词 主题词主题词 勘误日期勘误日期 美国国立医学图书馆文献识别号美国国立医学图书馆文献识别号 非主题词补充非主

15、题词补充 提供数据机构提供数据机构 页码页码 作为主题词的人名作为主题词的人名 23 已知药理作用的特定物质已知药理作用的特定物质 出版国出版国 原文及手稿号原文及手稿号 出版商出版商 出版日期出版日期 文献类型文献类型 二次文献文档号二次文献文档号 子文档子文档 补充概念词补充概念词 文本词文本词 标题标题 标题标题/文摘文摘 英语翻译标题英语翻译标题 原文识别号原文识别号 原文识别版本原文识别版本 卷卷 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 24 n截词检索：截词检索：treat* 可检出：可检出：treat, treated, treatment. n强迫短语检索：强迫短语检索

16、：“ ”，不进行自动转换匹配，不进行自动转换匹配 和扩展检索和扩展检索 如：如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素（血管紧张素1缩写）检出缩写）检出1085篇篇 比较：比较：ang 1 检出检出9956篇，误检多，其中有：篇，误检多，其中有： 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 25 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 26 n自动转换匹配检索词：自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、 副主题词、物质名称）中转换、并默认在所

17、有记副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记 录字段中匹配。录字段中匹配。 如：如：liver cancer liver neoplasmsMeSH Terms OR (liverAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR liver neoplasmsAll Fields OR (liverAll Fields AND cancerAll Fields) OR liver cancerAll Fields 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 27 结果显示页右侧结果显示页右侧Details 显示系

18、统自动匹配转换显示系统自动匹配转换 的检索词的检索词 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 28 n自动转换匹配检索词：自动转换匹配检索词： 如：如：hypertension therapy Details: (hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields) 三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则 2021-7-17复旦大学图书馆文献

19、检索教研室 29 四、四、PubMed 检索限制检索限制 nPubMed结果显示页有针对检索结果的限制结果显示页有针对检索结果的限制 条件条件 nArticle types 文献类型限定文献类型限定 nText availability 全文、免费全文、摘要限定全文、免费全文、摘要限定 nPublication dates 出版日期限定出版日期限定 nSpecies 研究对象人研究对象人/动物限定动物限定 nLanguages 语种限定语种限定 nSex 性别限定性别限定 nSubjects 各主题领域限定各主题领域限定 nJournal categories 各种专题子数据库限定各种专题子数

20、据库限定 nAges 年龄限定年龄限定 nSearch fields 字段限定字段限定 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 30 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 31 五、五、PubMed 高级检索功能高级检索功能 n一个网页中集多种功能于一体一个网页中集多种功能于一体 其他检索资源其他检索资源 检索历史检索历史 检索式编制检索式编制 检索词索引检索词索引 基本检索基本检索 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 32 nSearch Builder（检索式编制）：（检索式编制）： n选某个字段，输入检索词选某个字段，输入检索词 n如需输入检索式，选如需输入

21、检索式，选All Fields nSearch History（检索历史）：（检索历史）： n检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇 数数 n可组配检索式，如：可组配检索式，如：#1 OR #2，#1 AND child n点击编号可对检索式进行删除、保存等操作点击编号可对检索式进行删除、保存等操作 五、五、PubMed 高级检索规则高级检索规则 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 33 六、六、PubMed其他资源其他资源 1. Mesh Database（规范化医学主题词表）（规范化医学主题词表） n功能：功能： n确定规范化主题词确定规范

22、化主题词 n查看主题词词义注释、树状结构表查看主题词词义注释、树状结构表 n选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 n进入途径：进入途径： nMeSH Database链接：链接：PubMed主页，主页，Advanced Search 界面界面 nMeSH选项：基本检索框前选项：基本检索框前Search下拉菜单的下拉菜单的 文章文章A A 著者用词：著者用词： Liver cancerLiver cancer 规范主题词规范主题词MeSHMeSH： Liver neoplasmsLiver neoplasms 文章文章B B 著者用词：著者用词

23、： Liver tumorLiver tumor 规范主题词规范主题词MeSHMeSH： Liver neoplasmsLiver neoplasms 词表中：词表中：liver cancer 见见 liver neoplasms （2）医学主题词表（）医学主题词表（MeSH） 规范词查找规范词查找“肝肿瘤肝肿瘤”的文献的文献 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 35 进入进入 MeSH MeSH 注释界面注释界面 MeSH详细注释界面详细注释界面 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 38 MeSH词检索词检索 例例1 1：检索：检索2009-2013年关于舌根癌治疗的

24、文献。年关于舌根癌治疗的文献。 n课题分析：课题分析： n舌根癌的不同表达形式（舌根癌的不同表达形式（OR）：）： tongue base cancer、 cancer/carcinoma/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue n治疗的不同表达形式（治疗的不同表达形式（OR） ： therapy/treat/treatment, surgery, radiotherapy n两个概念之间：舌根癌两个概念之间：舌根癌 AND 治疗治疗 输入检索词，输入检索词， 查找规范词查找规范词 未匹配到规范词未匹配到规范词 改用上级概念改用上级

25、概念 “舌癌舌癌”匹配匹配 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 40 输入自由词，输入自由词， 查找规范词查找规范词 规范词规范词 同义词同义词 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 41 选择副主题词选择副主题词 建构检索语句建构检索语句 限定检索主要主题词，只限定检索主要主题词，只 查重点论述的文献查重点论述的文献 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 42 输入舌根的自由词检索式，输入舌根的自由词检索式， 进行进行AND运算。运算。 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 43 初步结果，初步结果， 未限定年份未限定年份 2021-7-17复旦大学

26、图书馆文献检索教研室 44 设定的限制设定的限制 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 45 自由词检索最新文献自由词检索最新文献 输入输入(tongueti AND baseti AND (cancerti OR carcinomati OR tumorti) AND (therapy OR treat OR surgery OR radiotherap* OR rehabilitat*) 加工中，无加工中，无MeSH词词 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 46 合并两次检索结果合并两次检索结果 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 47 2021-7-17

27、复旦大学图书馆文献检索教研室 48 文摘增强格式文摘增强格式 相关论文相关论文 MeSH词、物质名、词、物质名、 文献类型等信息文献类型等信息 LinkOut外部资源链接外部资源链接 全文链接，我校订购的数据库可链全文链接，我校订购的数据库可链 全文，需在校园网内设免费代理全文，需在校园网内设免费代理 相关的网上免费医学指南信息相关的网上免费医学指南信息 全文链接全文链接 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 49 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 50 输出方式选择输出方式选择 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 51 输出方式选择（输出方式选择（send

28、 to） nFile：保存检索结果为文本文件：保存检索结果为文本文件 nClipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每剪贴板，多次检索，可暂存每 次检索需下载的记录，最后一起保存。次检索需下载的记录，最后一起保存。 最最 多允许存储多允许存储500条，保留条，保留8小时。小时。 nEmail: 通过邮件发送通过邮件发送 nCollections：将检索结果存到：将检索结果存到My NCBI中中 nOrder：全文传递服务，需帐号、收费。：全文传递服务，需帐号、收费。 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室51 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 52 订阅最新结果订阅最新结

29、果 点击后点点击后点“XML”按钮按钮 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 53 需需IE7.0以上版本以上版本 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 54 定期点击链接，接收定期点击链接，接收 课题最新相关论文课题最新相关论文 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 55 MeSH词检索词检索 例例2：用：用MeSH检索检索2003-09年期间关于霉酚酸年期间关于霉酚酸 酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。 n课题分析：课题分析： n匹配物质名称：匹配物质名称：mycophenolate mofetil n匹配主题词：匹配主题词： r

30、enal failure, treatment effect（AND） n匹配副主题词：匹配副主题词： drug therapy, surgery, therapy,rehabilitation 药物名称药物名称MeSH检索检索 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 57 疾病概念疾病概念MeSH检索检索 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 58 疗效观察疗效观察MeSH检索检索 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 60 MeSH检索的优点检索的优点 n查全同义词查全同义词: 如：如：renal/kidney insufficiency; tongue can

31、cer/tumor n查全子概念查全子概念: 如：如：acute kidney injury; ATN; chronic kidney insufficiency; 查全子概念：查全子概念： 自动扩展检索下位词自动扩展检索下位词 勾选后不扩展勾选后不扩展 下位词下位词 树树 形形 结结 构构 上位词上位词 MeSH检索的优点检索的优点 查全同义词查全同义词 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 63 MeSH检索的优点检索的优点 n根据树形结构调整检索词根据树形结构调整检索词 缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词； 扩大：选用上位词，或选用多个同

32、位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词； n了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考 款目词：规范词款目词：规范词 所替代的不同表所替代的不同表 达形式的自由词达形式的自由词 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 64 MeSH检索的优点检索的优点 n提高文献相关度提高文献相关度 n标有标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章词的都是文章的主题，筛去非主题的文章 nMajor Topic Headings（加权，重点论述的主题）（加权，重点论述的主题） 带带*的是文献的是文献 重点论述的主题重点论述的主题 2021-7-1

33、7复旦大学图书馆文献检索教研室 65 MeSH检索的缺陷检索的缺陷 n人工标引费时，最新论文还未标人工标引费时，最新论文还未标MeSH词词 （ In Process），用），用MeSH会漏检。会漏检。 nMedline不收录的文献，不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标的文献，不标MeSH词。词。 n新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。 如：舌根癌如：舌根癌 n查上述类型的文献需查上述类型的文献需结合自由词检索结合自由词检索 2021-7-17复旦大学图书馆文献检索教研室 66 六、六、PubMed其他资源其他资源 2. Journal in NCBI Database（期刊信息库）（期刊信息库） n通过输入刊名全称或缩写、通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出号等浏览期刊出 版社等详细信息。版社等详细信息。 n提供期刊：提供期刊： n在在PMC中的免费全文链接中的免费全文链接 n在在Nu