整理简答题11

1、精品文档名词：1. Degeneracy （简并性）：指密码子的第三个碱基上的变化不会改变它所代表的氨基酸。2. Discontinuous replication （不连续复制）：指DNA 以小片段（岗崎片段）合成然后连接起来。3. Intron （内含子）：一段DNA片段，它转录但通过将其两端的序列（外显子）剪接在一起而被移出转录本。4. Nucleosome （核小体）：染色质的基本结构亚单位，由200bp DNA和组蛋白质八聚体组成。5. Operon （操纵子）：细菌基因表达和调控的单位，包括结构基因和能被调控基因产物识别的DNA控制元 件。6. Shine-Dalgarno seq

2、uenee （s-d序列）：部分或所有细菌 mRNA 上AUG 起始密码之前的 AGGAGG序列，与16S rRNA上3末端序列互补，在核糖体与 mRNA结合中起作用。7. Tran scription （转录）：以 DNA 模板合成 RNA。& Coding strand （编码链）：与mRNA 有相同序列的 DNA 链。9. Denaturation of DNA （ dna变性）指它们从双链转变成单链状态，双链分开一般因加热产生。10. Exon（外显子）：割裂基因中在成熟 mRNA产物中表达的任何片段。11. Heterogeneous nuclear （hn） RNA 不均一核RNA

3、 :由RNA聚合酶II产生的核基因转录产物。12. Lagging strand of DNA dna后随链：总体上沿着5到3方向延伸，但以小片段形式 （5 -3不连续合成，最 后共价连接起来。13. Melting temperature 解链温度：DNA变性过程中温度范围的中值。14. Nucleolar organizer 核仁形成区：携带编码rRNA基因的染色体区域。15. Okazaki fragment 冈崎片段：在非连续复制中产生的1000 - 2000bp短片段，随后被连接成完整的共价链。16. Polyadenylation 多聚腺苷磷酸化：真核RNA转录时，向其3 端加入一

4、系列聚腺苷酸的过程。17. Attenuator弱化子：衰减发生处的一种内部终止子序列。18. Promoter启动子：结合RNA 聚合酶并起始转录的 DNA 区域19. Renaturation复性：指DNA双螺旋的两条互补单链重新结合。20. RNA polymerase Rna聚合酶：使用DNA作为模板合成 RNA的酶（正式应为DNA-依赖性RNA聚合酶）。21. Semidiscontinuous replication复制：一条新链连续合成而另一条链不连续合成的模式。22. Sigma factor。因子：起始必须的RNA聚合酶的一个亚基，主要影响RNA聚合酶结合位点（启动子）的选择

5、。27. Sigma factor :起始必须的RNA聚合酶的一个亚基，主要影响RNA聚合酶结合位点（启动子）的选择。23. Splicing剪接：指内含子切除和外显子连接，因此内含子被剔除，而外显子剪接到一起。24. Terminator终止子：转录本后部所代表的 DNA序列，能够引起 RNA聚合酶终止转录。25. Wobble hypothesis摆动假说：一个tRNA通过与密码子第三个碱基非寻常配对（不是GC,AT）而识别不止一个密码子。26. Southern blotting印迹法：指将变性DNA从琼脂糖凝胶转移到硝酸纤维膜从而与互补核算杂交的过程。36. Northern blot

6、ting :将琼脂糖凝胶上的 RNA转移到硝酸纤维膜上从而能够与互补DNA杂交的技术。28. Restriction Enzyme限制性内切酶：特异性识别短的DNA序列并且切割双链（在靶位点或别处， 因类型而异）。29. PCR聚合酶链式反应：指通过变性与引物退火，在DNA聚合酶作用下使DNA延伸的循环技术，能将目标 DNA序列数量扩增到106咅以上。30. Okazaki fragment 冈崎片段：在非连续复制中产生的1000 - 2000bp短片段，随后被连接成完整的共价链。31. Enhancer强化子：是一个顺式作用序列，能够提高一些真核生物启动子的利用，并能够在启动子任何方向以及任

7、何位置（上游或者下游）作用。32. Cap （帽）:是真核生物 端的结构，在转录后通过末端5 GTP的磷酸基团和mRNA的末端碱基而引入。增加的G（有时是其它碱基）是甲基化的，产生了的结构。33. Coding strand （编码链）：与mRNA 有相同序列的 DNA 链。34. Lariat （套索）:RNA剪接过程中的中间结构，其中有由? -2 键形成的带尾巴的环形结构。35. positive supercoiling 正超螺旋：双链以两条链缠绕的方向形成的超螺旋。精品文档精品文档37. Telomere端粒：是染色体的实际末端，DNA序列包括简单的重复单位以及突出的、可形 成发夹结构

8、的单链末端。38. Genetic code基因序列：DNA(或RNA)三联体与蛋白质中氨基酸的对应关系。39. Consensus sequenc共有序列：当许多实际序列比较时，每个位点上的碱基能够代表最常出现的碱基理想 序列。40. Replication fork 复制叉：双螺旋DNA两条亲本链分开使复制进行的部位。问题：1. Remember the major features of B-DNA . B 型 DNA 的结构特征：(1) 、两条相互独立、反向平行、互补配对的单链DNA分子以螺旋方式相互缠绕，形成右手螺旋(2) 、带有负电的戊糖-磷酸骨架在分子的外侧，碱基则堆积于螺旋的内

9、部(3) 、双链间靠氢键相互作用形成碱基对，相邻碱基对之间相距0.34nm(4) 、碱基平面基本与螺旋轴垂直(5) 、螺旋轴穿过碱基对，大沟宽而略深，小沟窄而略浅2. Describe the properties of nucleic acids(including chemical, physical, spectroscopic, thermal properties) 核酸的物理、化学、光谱学、热力学性质核酸的理化特征：稳定性：核酸螺旋的稳定性是疏水作用和堆积在碱基对间的偶极矩作用的共同作用结果酸效应：强酸条件下核酸可水解为碱基、糖和磷酸，中度的酸性可使嘌呤的糖苷键水解而产生脱嘌呤 核

10、酸。碱效应：强碱条件下 DNA和RNA因其碱基的互变异构态的改变以及特异氢键被破坏而变性。强碱条 件下，RNA也易发生水解。化学变性：某些化学试剂，如尿素和甲酰胺，在中性条件下能够破坏堆积于碱基间的疏水作用而使DNA和RNA变性。黏性：DNA分子很细长，因此其溶液具有较高的粘性。浮力密度：DNA的密度约为1.7g/cm3 ,可以通过氯化铯密度梯度离心法加以分析和纯化。核酸的光谱学和热力学特征：紫外光吸收：核酸因含有共轭的苯环而吸收紫外光，核算中的芳香族碱基在 260nm处具有最大光吸收。减色性：由于碱基在疏水环境中的堆积造成双链DNA相对于单链DNA吸收值减少的现象称为减色效应。核酸定量：A2

11、60/280比值可用于估计双链 DNA样品的纯度。对于纯DNA该比值为1.8，若比值大于1.8 , 则意味着有RNA污染：若比值小于1.8则意味着有蛋白质污染。热变性：升高温度可使 DNA和RNA变性。复性：降温可使DNA复性，但仅当这一过程进行的足够缓慢时才能使互补链退火而形成完全的非变性双链 DNA.3. Describe several reasons why the major groove have more information than the minor groove 为什么大 沟比小沟有更多信息，列出一些原因？ 大沟由碱基对糖苷键的广角(240 )的一侧形成的，它的宽度为2

12、.2 nm ,而小沟是由窄角 (120 )的一侧形成，宽度仅有1.2nm,从大小来看，大沟就可比小沟容纳更多的信息 大沟为蛋白质的结合处和基因的调控处，因而含有更多的信息 大沟处的A-T,T-A,C-G ,G-C的有关基因的分布各不相同，可以提供与蛋白质识别的丰富信息4. What is closed circular DNA, positive supercoiling and negative supercoiling.什么是闭环 DNA、正超螺 旋和负超螺旋？ 闭环DNA:自然条件下，DNA每条互补链自身的 3端和5端连成环状，而且两条互补链之间螺旋 相互缠绕所形成的 DNA结构 正超螺

13、旋：按DNA双螺旋相同方向缠绕而成的超螺旋称为正超螺旋 负超螺旋：按DNA双螺旋相反方向缠绕而成的超螺旋成为负超螺旋5. DNA in the cell is commonly negatively supercoiled, why? 为什么细胞中的 DNA 中的通常是负超螺旋？ 精品文档精品文档负超螺旋易于解链，DNA复制、重组和转录都需要将两条链解开，负超螺旋有利于这些功能的进行6. Describe the difference between topoisomerase I and topoisomerase II 描述拓扌卜异构酶 I 禾口拓扌卜异构酶 II之间的不同I型酶在DNA的

14、一股链上产生的一个切口，是另一条链得以穿越，连接数每次改变土1II型酶由ATP水解提供能量，则在DNA双链上产生切口，使另一双链DNA片段得以穿越，连接数每次改变土 27. How is DNA in eukaryote compacted to fit into a nucleus?真核 DNA 是如何压缩入细胞核内？ 核小体形成是染色体DNA压缩的第一阶段，核小体中DNA盘绕组蛋白八聚体核心，使分子压缩成1/17,将其压缩在10nm核小体中。 当离子强度较高且 H1存在时可形成30nm纤丝，主要由10nm的染色质细丝绕成螺线管，螺线管每 个螺旋包含6个核小体，压缩比为 6 30nm螺线管折

15、叠成环，旧染色体纵轴结合在核基质上构成放射环，幅宽约300nm,每18个复制环呈反射状平面排列，成为染色单体。8. What is DNA cloning? Describe the steps of DNA cloning.DNA 克隆是什么？描述下克隆的步骤。将基因组中携带有该基因或其它相关序列的较小片段连接到一段可以自主复制的DNA ,即载体上形成可以在另一宿主中进行复制的重组DNA，这种复制独立于原初基因组，当带有重组DNA的宿主细胞增殖时就构成了一群具有遗传一致性的个体，或称为单克隆。这一系列操作过程称为DNA克隆。步骤： 含有目标克隆序列的质粒DNA的提取 用限制性内切核酸酶将质粒

16、酶切成不连续片段 经琼脂糖凝胶电泳分离片段4纯化目标片段5将目标片段连接在一质粒载体上，形成新的重组分子6转化细菌的筛选7重组质粒的分析9. Describe the principle of alkaline lysis.描述碱裂解的原理碱裂解法是基于 DNA的变性与复性差异而达到分离目的。碱性使质粒DNA变性，再将PH调至中性使其复性，复性的为质粒 DNA，而染色体DNA不会复性，缠绕成网状物质，通过离心除去。10. The principle of agarose gel electrophoresis, how to do it?琼脂糖凝胶电泳的原理，如何做 原理：当电场加载于导电性的

17、缓冲溶液中的琼脂糖凝胶后，DNA片段在凝胶中依据其大小和形状一定的速率向正极移动，较小的线性片段比较大的片段移动的快，因为较大片段会被构成凝胶的琼脂糖纤维网 的障碍所阻滞，因此电泳过程中可被用来根据大小分离不同DNA片段。凝胶的不同大小范围内有各自的最佳分辨率。 步骤：得DNA样品上样于凝胶表面的上样孔内，打开电源开关，DNA将沿不同的泳道或路径在凝胶中迁移，被用指示电泳进程。DNA可通过在凝胶中加入溴化乙锭或待凝胶在电泳后浸于溴化乙锭溶液中进行染色，在紫外光照射下DNA呈现出橙色的条带。11. Why can white-blue screening be use to test for t

18、he presence of a cloned insert in a plasmid?为什么可以用white-blue 筛查来测试基因插入在质粒？在鉴定重组质粒时，它是利用一种蓝色化合物的形成作为指示剂。质粒上的lacz基因的插入失活被用来在含有IPTG和X-galde平板上筛选重组体。当lacz基因完整时，IPTG诱导其表达后，xgal可转化为蓝色产 物，因而重组体的平板上长出白色菌落12. What is multiple cloning site(MCS)? What is the advantage of MCS to clone insert to plasmid vector?什

19、么是多个克隆站点(MCS)?利用MCS克隆插入到质粒载体的优点(1) 定义：即具有多个限制酶酶切位点的一段DNA序列，为选择限制酶或克隆中所用的酶提供跟多的选精品文档择性（2）优点：目的 DNA插入于这些多克隆位点中的任意个位点或任两个位点之间，都会使lacz基因失活，并在适宜的平板上产生白色菌落，mcs使在选择位点用于克隆的限制酶具有一定的灵活性13 Which vector would you commonly choose to express a foreign gene in a plant?哪种载体你通常会选择 在植物中表达外源基因？T-DNA:根瘤农杆菌的质粒，能浸染某些植物，并

20、将部分Ti质粒整合到植物的染色体 DNA上（结果在T-DNA 基因指导下造成植物细胞失控生长，形成冠樱或根瘤）14 What are genomic library and cDNA library? Describe their main steps and address the difference ofgenomic library and cDNA library.描述什么是基因组文库和CDNA 文库，它们的主要步骤和不同点（1）定义：基因组文库：有基因组DNA所制成的基因文库cDNA文库：由互补 DNA所制成的基因文库，不包括不能转录的核基因序列。步骤：基因组文库：DNA提取-剪切

21、成小片段-切胶回收，合适大小片段 -与载体连接-转化和 鉴定文库质量cDNA文库:分离纯化 m RNA-CDMA 合成末端处理-连接到载体-转化-鉴定文库 质量15 Describe the principle of PCR, DNA sequencing by Sanger method, Southern and Northern blotting.PCR原理，DNA测序中的酶学法原理，souther和northern杂交的原理 PCR原理：PCR方法模仿体内DNA的复制过程，首先使 DNA变性，两条链解开，然后使引物与模版退火，二者碱基配对，DNA聚合酶随即以四种dNTP为底物，在引物的

22、引导下合成与模版互补的DNA新链，重复此过程，DNA链以指数方式扩增。DNA测序中的酶学法原理：用双脱氧核苷酸作为链终止试剂，通过聚合酶的引物延伸产生一系列大小不同的分子后在进行分离的方法。souther和northern杂交的原理：Southern杂交是用于检测 DNA,northern杂交用于检测RNA，核酸经琼 脂糖凝胶电泳分离，在转移到尼龙膜或硝酸纤维素膜上，对于southern印迹而言，转移前 DNA通常用碱变性形成单链之后方可以用来杂交，而对与RNA而言，并不需要碱变性。转移之后，两者一样，核酸被固定在膜上，与标记探针杂交，充分洗涤后，检测出杂交的探针。16 ddress the

23、steps of colony and plaque hybridization.描述菌落及噬菌斑杂交的步骤步骤：1将噬菌斑活菌落中的部分DNA转移到一张尼龙膜或硝酸纤维素膜上2膜上的DNA通过碱溶液处理变成单链，再通过烤馍或紫外光照射单恋将于莫牢固结合3膜被浸于含有通常为放射性标记32P的核酸，探针溶液中，保温以使探针与其互补序列进行杂交，杂交后，充分冲洗除去膜上未杂交的探针，显影后有探针的区域就可显示出来4通过将膜与原始平板进行比较，标出被杂交的区域，可以鉴别出最初的菌落和噬菌斑。17 hich aspects can the cloning technology be used克隆技术可

24、在那些方面应用（1）重组蛋白：将编码珍贵蛋白的基因插入质粒并在细菌中表达出大量身缠重组蛋白。如果反以后的修饰很重要，则基因需要在真核细胞中表达（2）遗传修饰生物体：向一个生物体引入一个可在其内增值的外援基因，构成一种遗传修饰生物体。（3） DNA指纹分析：将基因组 DNA与可识别单链核苷酸重复的探针进行southern杂交，产生出为某一 个体所独有的图谱，可被用来进行指纹分析。（4）医学诊断：可根据已克隆的具有重要医学价值基因的序列信息设计多种诊断试剂盒，来对多种疾病 进行预测与确诊。（5）基因治疗：通过向病人导入特定基因，试图来治疗某种遗传疾病的方法。18 What function of

25、alkaline phosphatase in DNA cloning 碱性磷酸酶在 DNA 克隆中的功能用碱性磷酸酶处理线性载体片段，该酶可以从DNA分子的5端去除磷酸基。以为没有连锁反应所需的磷酸基，线性载体将无法再连成环状，降低反应物中载体自身环化的比例，但与目的DNA插入片段的连接仍可进行，因为每个酶切位点都有一个磷酸基可连接成一条链，剩下的另一条链的切口将在转化后用 精品文档精品文档 细胞机制修补。19 Draw the structure of ribose and deoxyribose, nucleosides and nucleotides画出脱氧核糖核糖，核苷和核苷酸的结构

26、primers?20 Which enzyme made the primer required for DNA synthesis? Which enzyme remove theDNA合成中哪种酶需要引物？用哪种酶消除引物？1.引发酶2.DNA聚合酶I21 Explain how the design of the Meselson and Stahl experiments addressed the question of DNA replication.半保留复制机制1515大肠杆菌细胞在含有N标记的培养基中生长几代，他们的 DNA就完全被 N密度标记上。然后将细胞14转移到含正常N

27、的培养基中，每一次细胞分裂后，都取样提取DNA并进行CsCI平衡密度梯度离心，可根据浮力密度将不同的分子分开。第一次细胞分裂后，DNA复制了一次，全部都是杂合分子，在梯度上15“14“14“14“14“15“14.处于纯 N/ N与纯N/ N dna之间。在N的培养基上第二代细胞分裂后，一半是杂合N / N的密14141414度，一半是纯和的轻链 N/ N。在接下来每一代中，N/ N DNA比例逐渐上升，但仍有一部分是杂1514合 N/ N分子。所以DNA分子都是以这种方式复制，模版以3宀5方向读，而新生链以 5宀3方向读合成。22 Which molecule serves to desta

28、bilize the DNA helix in order to open it up, creating a replication fork23 What are negative and positive regulation in lac operon? How do they regulate transcription of lac 精品文档精品文档 structure genes?什么是正调控、负调控？乳糖操纵子如何调控基因的表达？(1) 正调控：是对 RNA聚合酶结合到启动子上去的调控；负调控：是对操纵基因的调控。(2) 当在培养基中只有乳糖时，由于乳糖是lac操纵子的诱导物，

29、他可以结合在阻遏蛋白的变构位点上，使构象发生了改变，破坏了阻遏蛋白与操纵基因的亲和力，不能与操纵基因结合，于是RNA聚合酶结合于启动子，并顺利通过操纵基因进行结构基因的转录，长生大量分解乳糖的酶，这就是大肠杆菌的培养基中只有乳糖是利用乳糖的原因。在含有乳糖的培养基加入葡萄糖时不能利用乳糖的原因，即在lac操纵子的调控中，有降解基因活化蛋白(CPA),当他特异地结合在启动子上时，能促进 RNA聚合酶与启动子结合，必须在细胞内有足够cAMP时，CAP首先与CAMP形成复合物，此复合物才能与启动子相结合。葡萄糖的降解产物能降低细胞内CAMP的含量，当向乳糖培养基中加入葡萄糖时，照成CAMP浓度降低，

30、CAP便不能结合在启动子上。此时即使有乳糖在，RNA聚合酶不能与启动子相结合，虽已解除了对操纵基因的阻遏，也不能进行转录， 所以不能利用乳糖。24.What is properties of codon?密码子的特性遗传密码子是核酸中的核苷酸铵序列指定蛋白质中的氨基酸序列的一种方法。是由三个核苷酸组成的 三联体密码，密码子是相连的、中间没有任何的停顿，由于64个密码子中的许多是编码同一氨基酸的因此密码具有简并性。25 How do hnRNA in eukaryote be processed into mature mRNA? hnRNA 怎么加工成为 mRNA ？hnRNA 是mRNA的前

31、体，加工经过 ：1) 5-cap：在RNA5 端经化学修饰加一个 T-甲基鸟苷残基2) 3端剪切及加尾：许多真核生物的前 mRNA在多聚A位点被剪切后，多聚体A聚合酶在形成的 RNA3 端加上ployA尾巴，形成成熟的 3端。3) 剪接：在真核生物前 mRNA加工过程中，打断编码区的内含子序列被切除，然后两侧的外显子片段相 连接。26 llustrate the principle of DNA gel electrophoresis 说明 DNA 电泳凝胶点用的原理。答案同第10题27 ow to screen library to find your interest gene using

32、 DNA or RNA probe.筛选文库如何利用 DNA或RNA探针找到你所要的基因 ？通常是用一段与目的基因序列的某一段互补或部分互补的放射性或荧光标记的DNA探针，通过杂交检测出该基因。若基因的蛋白质产物可以获得，则探针可以使该蛋白质产物序列推测出寡糖核苷酸。或者 探针也可以来自另一物种中的某一相关基因。28 Understand the transcriptional termination mechanism of E. coli.大肠杆菌的转录终止机制(1) 基因3端自身互补的序列会在RNA中形成发夹结构作为终止子。发夹的茎部通常(G+C )含量较高，使其稳定性强，从而使聚合酶在此停顿。发夹之后通常是4个或更多的U碱基，导致RNA和反义DNA链的弱结合。这利于RNA链解离，从而终止转录。(2) 有些基因的终止序列需要一个辅助的蛋白质因子p才能有