收藏级资源肿瘤数据库汇总

1、收藏级资源|肿瘤数据库汇总现如今，随着人们生活方式和环境的改变， 恶性肿瘤已经成为疾 病死亡病因之一。肿瘤在全球呈现发病率增高，以及发病年龄年轻化 的趋势。2019 年，A Cancer Journal For Clinicians 杂志发布了最 新的数据。该报告估计，2019年美国将有1,762,450例新的癌症病 例和606,888例与癌症相关的死亡。传统化疗是对抗癌症的常见方法，但它会攻击全身，造成不必要的副 作用，如脱发，恶心和疲劳。靶向治疗选择性地杀死癌细胞而不影响 健康组织。靶向药物开发将成为治疗癌症的重要手段。图1肿瘤靶向治疗高通量检测技术迅速发展，使得与肿瘤相关的组学数据迅速积

2、累。这些数据对于研究肿瘤的发生发展机制具有重要意义。 对数据的 挖掘能够确定许多与疾病有关的基因，为治疗和发病机制的研究提供 新的思路。如何有效利用和存储这些信息就显得尤为重要。肿瘤的生物信息学数据库的建立提供了有效的解决方案，对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平的提高具有极大的推动作用。以下是一些肿瘤相关的数据库分类和大致的信息。1.综合性肿瘤数据库2.肿瘤基因组数据库3.肿瘤DNA甲基化数据库4.肿瘤转录组数据库5.肿瘤蛋白组数据库6.肿瘤相关基因的数据库7.肿瘤与药物数据库1.综合性肿瘤数据库综合肿瘤数据库汇总如表1所示。表1综合性肿瘤数据库DatebaseDescriptio ncan

3、EvolveWeb portalforin tegrativeon coge no micscBioPortalcBioPortal for Can cer Geno micsCGAPCan cer Genome An atomy ProjectCGHubCan cer Geno mics HubCGWBCan cer Genome Work BenchCOSMICCatalogue Of Somatic Mutati ons InCan cerICGCIntern ati onalCan cerGenomeCon sortiumTCGAThe Can cer Genome AtlasUCSC

4、 Genome BrowsejrUCSC Can cer Geno mics Browser以下是对数据库的简要概述i1.1 can Evolvecan Evolve存储的信息包括：基因、microRNA (miRNA)和蛋白质表达谱、多种癌症类型的拷贝数变化(CNAs)以及蛋白质-蛋白质相互 作用信息。21.2 cBioPortal for Cancer Genomics (cBioPortal)cBioPortal for Ca ncer Ge no mics是一个癌症基因组数据探索、可视化及分析平台，可用于多个癌症基因组学数据集的交互式探索。 该数据库可提供CNA基因突变信息。针对每个基

5、因，它可给出多个 信息，主要包括：基因的CANB息、基因突变在样本中的分布、突变 位点和频率、共表达基因以及生存曲线等。对于用户提供的基因列表, 还可生成互作网络并提供已知的相互作用的药物。cBioPortal在发现肿瘤相关突变、分析基因的生物学功能以及 药物选择等方面的研究中具有重要推进作用。BOhc-l S&ukkia Ml VuLUuft LA-丹aGaHWtu.貳i甲KWwilGhvriWTdLg. HfTit in-h hpFWW*.舸竹ii F f細由|!lBaHiM4ViFiiPingbilKrrriuw*imt血*I -414 Fh-4-TFPGrV ft 責口 w iw*fb

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7、l?nr nnHlP?* KQCni*4i NtW UhHMrflftngi VvHWG* 和 4vnwvK Ekmogk iriipw lav ttowi wnAgni-bkI prtunldiwiil Mi 4iv Hav Mamphn 補 cHr jffc-nar!lr3MlLUL.j图5 ICGC的主页1.8 The Can cer Genome Atlas (TCGA) 问TCGA是由美国国立癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所 资助，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析，所提供的数据 包括：基因组拷贝数变化、表观遗传、基因表

8、达谱、miRNA等。NATIONAL CANCER INSTITUTE1 -SOiM-CANCERiLlw ChatPubteatiomOctioruryMCHJT CANCERCANCEQTW1S副ESEAAUHU4UMTS 1 TMINRMG卜 1 rs 也 fventz申QFkWHH AbuJL MCI NCR OlniLufbari CCG A QflMirch &uu.tLMdl承材 f W TCGAogrm HrfjwyTtC* CfliKfri MkIkI fowiiClThe Cancer Cenorne Atlas ProgramThr Cinrtr爲rl审$fTQ31 *

9、km-dmiit亠咛卿 gimpmic prgr*m, mQlffulArlycfwjiCiWin wvrgQQQQriwtY cxeir maiched wrwi 购呷i薛 pri nifig 11 cjikih-射pE乐 Thi打改恥 创Tn berwt4!- rtie Naooral Cancer Institute ard the Nartwnal HuiTiian Genome Rewarch ntifurte began in 2W6. bringing together researchers from clMsrse disciplines and mjlDple mEEitu

10、OmE-Owr Ijbt n*Kt戸*厂备 TCGAmir Z.S ptfb戸of ffe 14. whtcii ixsslesd io irnpc 的庚 in 啦 r iu|iy g比 treat jth! Rewi ccanrer. will remain putiliE 肌狎.巧 ip for jnwie in (tie search cownunfly io us#图6 TCGA的主页1.9 UCSC Can cer Geno mics BrowserUCSC Can cer Gen omics Browser是一个可以对癌症基因组学和临床数据进行整合、可视化、分析的网络分析工具。它保

11、存癌症基因 组及临床数据并收集了样本的多种信息，包括基因表达水平、CNA通路信息等。在UCSC勺癌症基因组浏览器中，可实现不同样本以及 癌症类型之间的比较，分析基因组变异与表型之间的相关性。届1. 剛临-FfAl!IHCIIIINAlGenemies 出 VtrUrrt An notfltl On I nt-egTMOfft lUn 改 d* 凶lecl predlt 砒幅 fat 阴&储 Data IntegratoramMni data Mdirces- from Uk. Gsn&m Eko幅也 aitataM Gene Sorterfind en*s char are i mlUr br

12、aM ocher rnetrlcs Gerwme Brawsef in a Box GBiESrun eve Genome Brwser 甘 yourlaptc d or 理色r In-Siliw PCFt=ipk-y aPt闻 priniPi p#i5 tcifw.芳1阿已 LiftOverBnvet genome coordSnates betwwn assemtji純歩 Track Hubs(mu3f tad 屁罠 external ildtd tracksMwt tool d图7 UCSC癌症基因组浏览器主页2. 肿瘤基因组数据库肿瘤细胞的基因组中都存在着大量的变异，主要包括染色体结构

13、的变异、CNA基因融合以及SNP等。拷贝数改变（CNAs）在很大程度上有助于癌症发病机制和进展。肿瘤基因组数据库汇总如表2所示表2肿瘤基因组数据库DatebaseDescripti onarrayMapReferenee resource forgenomic copy numberimbala ncesBioMutaIn tegrated seque nee feature databaseCan GEMCan cer GEnome Mi neCasSNPCopy number alterationsof cancer genomefromSNP array dataCGPCan cer G

14、enome Project2.1 ArrayMapArrayMap提供预处理过的肿瘤基因组芯片数据以及CNA图谱。在ArrayMap数据库中，用户可搜索自己感兴趣的样本，并在此基础 上分析感兴趣的基因或基因组片段上的 CNA用户还可以比较两个样 本之间的CNA的差异。arrayMap:;.卜 i JT3 t .eardi fribhodtionsvisualizing cancer gencnw array data Univnltjrof Zurich*CriSOtiOlt UE4#如唯*UplE? t curtmi曲m!wfawMcrnitiQ nrsoiras u

15、rpririg 丹 iHTbpr pr-offing 曲诣片n htimn空ng. The ht密卅lap 鱼冋逋盅pwdes fi Hmtry pot-1 m已吕-汕印丫巧ar Mnign-ztaiJici肯 cnsgfiWH CNAThe-ajirrtn/t urta Teflecta:gM ue*vrnic tnly1 iraMlA4*113116C9CfyLkwNCKtSeftcsn39S eijW HbTB 坤區.C& M1 Ita-OCfl- *nMiSF円 ptib ：-alriE. Pu：r- UMGecrrac ccpy number irrtfiLKXiM 30 crniW

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17、 fKqt-3-Ta-ieapcfl by tie naUp T卜eb4iEl Cyl丙时ieIp0i宅冈宅nEia jL ttie Flrlu lc1 B Mleisulji Lrft 5cflc.cB 出mt Unwsily of Zuiidii图8 ArrayMap的主页2.2 BioMutaiiBioMuta数据库存储了癌症细胞中基因的非同义单核苷酸变异,这些突变会影响基因的正常功能。BioMuta中的数据来源于COSMICClinVar、UniProtKB以及一些文献中。用户可搜索感兴趣的基因, 获得该基因在癌细胞中的突变位点及其分布频率。就 MedJcae 也Sewim*The H

18、IVE Lab iw-. *4.1 - (taric图9 BioMuta的主页2.3 Cancer GEnome Mine (CanGEM) 12Can GE耀一个公共的数据库，用于存储定量微阵列数据和临床肿瘤样本数据。它主要利用ArrayCGH芯片来发掘基因的拷贝数变异。I LjjS 曰皿11Jim FUOaiJb I SalM 3Uh *vnl I Itiplm和: MPWekarhE to CdnGEMCmqt GEwMlhAM H 4-fiAI% AkHmm-Icv sluHifi *4cdt McniwIiiifrdbMri.kflMVwd wk just ip hMilmw n*f

19、ehgi. qh* mwhi ”4 .Eu h*ll筑 2 制 .切 grw!|!ii * Ihjwsw gNGH1 寸*Edmj !：! *M* IH时n-t PTtf： Z n SK/Un r 电*1 *iO- 6tiVET1C HriGem4- Wm jfearaliDft taqiflBiai kem dv | lB 1 B，l*-*Fl ! -9 a J IMBinMniy niti* AMh1冗芦白* F- *叫- |. 貢I.* H-uvir ii *jj 卜UHjiiii”dwtrfli* Iti iJlflf Mi d dMpbMi. t diWbidti MMiMfrfcd

20、MilLUL* HAvf rririTjrtiro h iTr nd .Ji4, ir IF il-rr itHTUIfi-JD w甬n fv iPMPflMUlk： AHHI tM |b |H HIfW iUMMFl feldMBL lo caetacE H*w d*flb*sik drriirikir-HrF 比 w um TILkHD图10 Ca nGEM勺主页2.4 Can cer Genome Project (CGP)CGP提供了肿瘤中的CNA及基因型信息，该数据库的主要目标是利用人类基因组序列和高通量的突变检测技术识别体细胞突变，进而发现人类肿瘤发生过程中重要的基因。 该数据库还

21、提供了一些识别突变、CNA勺软件，如 BioView、GRAFT等HftKMhMM pM 4 MU U1 低4 jWLjiZNjrf lri!.aHmirlar BijgiiniiJiSCIENCf Q叭rammMQmi) caUwdfUm Ite. Dvy fm,hhm32 / 34 下载文档可编辑GroupsFaculty GroupsOu igfaucf As, EJH dpan our FnI, ifitl 出spkihenssdarati iGisfaik Ead 知Haq hteor bef ew:怖事也耳壬#ri tw SfHdnfi. s-tkn; s-iVars-iD|iiC

22、iiKihl niih-ii i|ia afc a !i i IH Ih bi-ir _i if.4 1 |i! 1沖“R W I * Luiiir | 11 4112|1：81 a-4irAj州*駅岬啣時押口2HKWt FfCUtV&*UV4GifWR MManK M iiMkhsue-tamr 口憫 let&r HU rm suer m inmrwrt jiAiiur Gtt啤Haili GvuptaiuptQehJv GnrlECahrar nrErwra A slnr rei TirilEitomcsBwim*Bdkf CinupConcjar Odnow PiniiKC* 昴 * i

23、 巧 i.jn內侮I*伽帧応飞备 tefsmiC*TfilirDtagfDHHMkMvanpfirr Myp04 堂沪 GftMQFwOCTBiM CimomkiQwwflik：* OfpwwQmwh 4m*Tiwlaiicmai CiraiQWfWiM rWBlB 14#*4 444讨&9Wn|C TMHEiHl电 UMMA图11 CGP主页3. 肿瘤DNA甲基化数据库DNA甲基化修饰是表观遗传学的一种重要形式，它调节基因的转 录水平，对维持细胞的正常功能起着重要作用。DNA甲基化模式的改变可能导致癌症。肿瘤DNA甲基化数据库汇总如表3所示。表3肿瘤DNA甲基化数据库DatebaseDesc

24、ripti onDiseaseMethHuma n disease methylati on databaseMENTMethylati on and expressi on database of no rmal and tumor tissuesMethDBCommon resource for epige netic phe nomenonMethHCDNA methylati on and gene expressi on in huma n cancerMethyCa ncerHuman DNA Methylatio n and Can cerNGSmethDBNext-ge ner

25、ati onseque ncingsin gle-cytos in e-resolutio n DNA methylatio3.1 DiseaseMeth15DiseaseMeth是一个人类疾病甲基化数据库，其重点是对各种疾 病的DNA甲基化数据集进行有效的存储和统计分析。它涉及的疾病包括癌症、神经发育和退行性疾病、自身免疫疾病等。在DiseaseMeth中可以比较疾病与疾病之间、基因与基因之间以及疾病与基因之间的 甲基化关系DiseaseMeth version 2.0human disease methylation databaseDis Meth EJruwxrUuwiikMiclwi

26、ufru 門加 Mar ! D14 - rhe js-srdi Er-gin* 柿rsdss-sgntd n.s tir-se sjlkfy s-itr-arKe. jaiiSsarch. Di-as E?e-ardi an AjrdiInrtrDdluietloniTH* hKjrwi dtaaEfi nK-thiilabn Mih vrin 1.0 h a vtets bared re-sraLrce kvcuMid on Ebe iibErriant methvkimw cf hum-an dise-sscs. Untl recflnttfj buki 討 jiBl卯 i-Gah 4 a

27、re- 4tf-ahlB and rKrw5ing(Y 审frmi wftCt* 4Y1O*巾fqdCEMica. 33jn.a口1 詁 E3mnaflh3(!PRCA|: 1374iFnjd clflarfdl ranmcmalKIRC;51冃| Harm阳rumaLLIAJ 51-4 nnari -samaiJE rEradyrHirsr口Hem/GV” l吕LtianFH Ccrpus Erdwr須E=l 匚aranDmLUCE匚 ILiun口 qLiam:us csAl rarensma；LUSCT ll-l?Th raid cararicmalTHCA; S7H-aaid and E

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29、niS of ProfitsDHeaicTVpra4- r3B EEa040.Lor图 12 DiseaseMeth 的主页3.2 MENT16MENT数 据库收集和整合了来自 Ge ne Expressio n Om nibus(GEO)和TCGA的DNA甲基化、基因表达水平数据，同时将 DNA甲基化和基因表达水平关联起来MENTMetnytaucii mud Expression datAtMitt or Normal and Tumor tissues H prMdrv： inr*-m*nn da:asci 45amv5 Rnami s-alQdnd Jaijrtomitha GC t&

30、Gfib Ej甲mmofl Dmn :_s i hd TOGA Tho- Canr Nir mn Ml嚴Gene SearchCMrgl CarKsry Normal Sutt p&CCTTIimfiData&et Safch CFCt *4 NdrmjJ-CuirtUiunOverview-knbc-liclon DB &tstfiiyiInformation DalasEl irTltirTarlcjn” BtamplB InfniEcu-EanjIilLifiLJd aP0He ail. 0* 旳111 Ottah-xign? niLaang-gu Dmjqm kcmUEL -3l-X2

31、-iMa-41U -32丄叭.卄阳Cafrfl-ri Is* K-ynHt i ai?fh n百lii jr* 餐 Fh“ei*r號 凹4 F 广拍ftmelfiq &迥RH; Ail nMi rH tuf!图13 MENT的主页3.3 MethHCMethHC是一个集成数据库，包含大量 DNA甲基化数据和mRNA/microRNAE人类癌症中的表达谱。这些数据可以帮助研究人员确定表观遗传模式Data ProcessAnnotationTCGA iThe Cancer Genome Atlas)mdftS-tart DISIQNA lUelhvifliooncriOlVNAu H EllHWE

32、HHl dirt? ERNASeaimicrol&dA 直pmsnn drtfl 协横bvta vtlue ciltuhliGnL_ _ RMethHC DB|nw画叫 e电dbn. mK|iDeHne fene rejton；Pr-omofer 呼即o T5SJ 丸心 TSSj&O.SUTR leKon. gene bod and 3UTR.Dc-finie tip石 llaimfl irEgion:CpG Inland, CpG Uioe. arnud CpG sbelf图14 MethHC的数据生成流程173.4 MethyCancer18该数据库拥有来自公共资源的咼度整合的 DNA甲基

33、化数据、癌症相关基因、突变和癌症信息，以及我们大规模测序得到的CpGIsland(CGI)克隆。MethyCancer可用于研究DNA甲基化、基因表达与癌症的相互作用。MMiYCkHr iiw曲亡ilflC W 试斗rn涎I*h 1* 闻w M(pflr*mniwnKgdJfand44llriirdnMirh”:P w出 fikJWh nriu qt Cuwir 1ifebdAMf* fhr-faiiQ Mxl*unt E rrndiicii taw ir :.iruB ind toMtEpAk1M1 w*i lw in-fvnMii 卵# hi沪An akwwi FflMlnm rwTl i

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37、上述针对癌症基因组甲基化的数据库外，还有一些数据库搜集和整理更为广泛的甲基化数据，如 MethDB和NGSmethDBMethDB是较早的DNA甲基化数据库，主要集中于环境因子对甲基 化的影响；NGSmethD叫基于高通量测序数据，最近更新中还包含了SNP信息，以便后续分析。4. 肿瘤转录组数据库肿瘤细胞具有较强的生长和繁殖能力，生命活动旺盛，因此与正 常细胞相比，基因的转录水平和模式也存在较大的差异。表4肿瘤转录组数据库DatebaseDeseriptio nArrayExpMieroarray gene expressi on dataressChiTaRSChimeric tran se

38、ripts and RNA-seque nci ng dataGEOGene Expressi on Omn ibusmiRCa nee rMieroRNA can eer assoeiatio n databaseOn eomi neCan eer mieroarray databaseOn eomiRDExperime ntallyverifiedon eoge nicandBtumor-suppressive mieroRNAsSomamiRSomatic mutations impaeting mieroRNAfunctionin can eer4.1 ArrayExpressArra

39、yExpress是基于微阵列和高通量测序（HTS）的功能基因组实验的主要知识库之一。ArrayExpress中的所有数据都以MAGE-TA格式提供。EMEl-t Bl:直：Hrwlm ELfiL-EBi . Servx嗣空 細EearE * Tr*fing： o AtwwusArrayExpressidData ContentUpdal&u today al 03:00* 770T2 gRimenb.-2W544M 幽平 541 IB ofarrhiwl 询刊gh fehfoughpul1 funimblQtncnic乐 Nprmorvl%, And prvids lfws dMi rws#

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