pubmed生物学数据库.ppt

2019/4/24,1,6课 PubMed生物医学数据库,内容见教材4章1节（P59） 目的与要求： 了解PubMed的特点，掌握使用该数据库进行课题检索的基本途径与方法。本课内容安排有实习，要求掌握检索途径与方法。 教学重、难点： 利用PubMed可检索哪些数据资源。 自动词语匹配转换功能； 主题词/副主题词检索； 五种检索辅助工具的特点及使用。,2019/4/24,2,教学内容：,6.1 Pubmed简介 6.2 通过PubMed可检索到的信息 6.3 PubMed检索界面的结构 6.4 PubMed的检索 6.5 检索结果显示及下载 6.6 My NCBI,2019/4/24,2,3,6.1 PubMed简介,PUBMED是美国国立图书馆（NLM）所属国家生物技术信息中心（NCBI）建立的生物医学文献检索系统（1997年免费开放），是NCBI开发的Entrez检索系统重要组成部分。 IM MEDLINE PubMed (手工检索) (联机检索、光盘检索) (网络检索) 特点：信息资源丰富、质量高、更新及时、检索方式灵活多样、链接功能强大、使用免费等。,2019/4/24,4,6.2 通过PubMed可检索信息,6.2.1 Medline 6.2.2 PreMedline 6.2.3 出版商提供的书目信息 6.2.4 NCBI其它数据库的相关记录,2019/4/24,5,6.2.1 MEDLINE：,美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库。 收录1966年以来70多个国家近4800种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。 每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINE标志。,2019/4/24,6,6.2.2 PreMedline,未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个前期临时库，可检索。 “PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，每天NLM把最新记录加入到PreMedline库。 工作人员一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。 带有PubMed-in Process标志。,2019/4/24,7,6.2.3 出版商提供的书目信息：,出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做PubMed-as supplied by publisher的标记。 出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文 。,2019/4/24,8,图1,2019/4/24,9,6.2.4 NCBI其它数据库的相关记录：,PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系，通过Medline记录链接获取相关的基因库记录，也可以通过基因库记录链接获取相关的Medline记录。,2019/4/24,10,PubMed与其它数据库的关系,2019/4/24,11,NCBI数据库,PubMed：在主页上提供与NCBI的7个数据库建立了超链接： Nucleotide：DNA序列数据库。 Protein：氨基酸（蛋白质）序列数据库。 Genome：基因组序列数据库，提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。 Structure：分子结构模型数据库，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库，是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。Taxonomy：生物分类数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学联机数据库。 Books：相关图书，可链接到相关参考书籍的文摘页。,2019/4/24,12,All Database跨库检索,2019/4/24,13,Pre-Medline,Medline,New Data,Collect,PubMed,Process,检索,出版商提供 书目信息,PubMed可检信息示意图,NCBI其它数据库,2019/4/24,14,PUBMED进入方式, /pubmed 或用搜索引擎搜“PubMed”地址。,2019/4/24,15,6.3 PubMed检索界面的结构,基本检索区相关数据库链接、 检索提问框,检索提示区对各项检索功能的简单描述,Entrez简介、 PubMed服务、特有检索、相关资源,辅助检索区,个性化检索区,2019/4/24,16,Overview-介绍PubMed的覆盖范围和刊物信息。New/Noteworthy-关于PubMed系统更新和未来发展。 Journal Databases-通过标题，关键词，标题缩写，或者ISSN号，在PubMed和其他Entrez数据库中检索期刊标题，还可以查看提供全文的刊物的列表。MeSH Databases-浏览MeSH表并选词检索。Citation Matcher-通过输入文献的线索查找某一特定文章，特定一期内容，或者整个刊物的内容。Clinical Queries-为临床医生准备，关注于四个领域：疗法，诊断，病因，和预后。My NCBI-为注册用户（免费注册）提供的检索策略存储空间，可以生成检索历史信息，并及时更新。 Order Documents-购买原文（大约$5/篇）。NLM Gateway-连接到NLM集成数据库系统，可对MEDLINE/PubMed, OLDMEDLINE, LOCATORplus, MEDLINEplus, DIRLINE, AIDS Meetings, Health Services Research Meetings, Space Life Sciences Meetings, and HSRProj等NLM数据库进行检索。 Consumer Health-提供与MEDLINEplus的链接，是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。Clinical Alerts-迅速公布由NIH资助的，会显著影响发病率和死亡率的临床研究结果。Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息。PubMed Central-可免费提供全文的生命科学文献。,服务功能,2019/4/24,17,6.4 PubMed的检索,6.4.1 基本检索 6.4.2 PubMed检索辅助工具 Limits （限定功能） Preview/Index（预览/索引） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏） 6.4.3 主题词/副主题词检索 6.4.4 其他检索,一框五键,2019/4/24,18,6.4.1 基本检索,一. 词语检索* 二. 期刊检索 三. 作者检索 四. 截词检索,2019/4/24,19,词汇自动匹配转换 MeSH词转换表 期刊名称转换表 短语转换表 作者索引 “单个词”间AND 联接,一. 词语检索,UMLS （一体化医学语言系统） 以概念表达为基础，将40多种生物医学词典、词表和分类词表中的词汇指引向MeSH中的意义相同或相近的规范主题词。 有主题词表的检索工具，最好的检索结果要在主题词检索基础上得来。,2019/4/24,20,例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。 基本检索的优点：提高查全率，涵盖最新文献。,2019/4/24,21,强制短语检索,PubMed首先将键入的检索词（如： diabetes mellitus ）视为合理的短语在短语索引中进行查找，并自动把两个词分开以“逻辑与”组配检索。 如不希望系统将两词分开： 增加了关系不大的文献（如“gastric cancer” ） 分开后意义有变化（如 “single cell” ） 用“”进行强制词组检索。如 “single cell”、 “gastric cancer ” 。 注意：强制短语检索时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。,2019/4/24,22,PubMed的基本检索,二. 期刊检索 在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation ta,2019/4/24,23,PubMed的基本检索,三. 作者检索 在检索框内按照“姓+名缩写”的格式(不用标点) 键入作者姓名，如“Smith j”，系统会自动查找“Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文献。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au,2019/4/24,24,PubMed的基本检索,四. 截词检索 截词符“*”、“？” 截词功能可扩充检索词以检出更多的相关文献。如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。 PubMed一次最多可以检索出600个词形变异词。若超过600个如tox*，将显示警告信息，提醒增加词根长度。,2019/4/24,25,提示信息,2019/4/24,26,6.4.2 PubMed检索辅助工具,一. Details： 显示转换后的检索策略（下有结果数）。 可直接在检索框中修改检索策略，点击Search按键即重新执行检索。 点击“Save Search”，检索策略将以浏览器的网页收藏功能保存该策略。,2019/4/24,27,例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌(gastric cancer)的文献。 优点：提高查全率，涵盖最新文献。,存储检索策略 点击后可用浏览器的书签功能（bookmark)保存该策略。,2019/4/24,28,2019/4/24,29,6.4.2 PubMed检索辅助工具,二. Limits（限定功能）: 对检索词的限定和修饰，能同时进行多种条件限制，限定检索结果的范围。 可有效地控制文献的检出量，并提高查准率。,2019/4/24,30,All Field（字段选择）： Publication Types（出版物类型选择）： Languages（语种选择）： Ages（年龄组选择）： Gender（性别选择）：男性、女性 Human or Animal（人或动物实验选择） Subsets（子集）：13个子集 Entrez Date（日期）：8个时间段,Limits,2019/4/24,31,字段限定(有29个字段可供选择),字段限定,2019/4/24,32,出版物类型及年龄限定,出版物类型限定(有49种选择),年龄组限定(共有13个年龄段),2019/4/24,33,文献语种限定(共57个语种限定),检索子集限定(3种期刊子集、8种主题子集、3种数据库子集）,语种与子集限定,2019/4/24,34,文摘与全文限定,出版时间及收入数据库时间限定（有11种选择）,人与动物实验选择,性别限定,时间、性别、文摘等的限定,2019/4/24,35,例：查找有关学龄前儿童糖尿病的英文RCT文献。,diabetes mellitus Randomized Controlled Trial English preschool child,2019/4/24,36,2019/4/24,37,2019/4/24,38,2019/4/24,39,2019/4/24,40,6.4.2 PubMed检索辅助工具,三. Preview/Index(预览/索引) Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数和检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。适合于各类检索概念并未十分明确下的试探性查询。 Index列出提交的检索词在某一选取字段中，按字顺排列的索引词表中的位置和数量（括弧内），可用滚动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。,2019/4/24,41,检索式,检索结果条数,检索式序号,检索提问输入框,选择逻辑算符,2019/4/24,42,2019/4/24,43,6.4.2 PubMed检索辅助工具,四. History(检索史) 保留所有的检索策略和结果，只有执行后的检索才能在History中有记录。 显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按钮可以清除History中的检索策略。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。,2019/4/24,44,2019/4/24,45,五. Clipboard：剪贴板或文件夹。 便于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。 剪贴板中可存的最多记录为500条，8小时内无作何操作，记录将自动消失。,6.4.2 PubMed检索辅助工具,2019/4/24,46,使用方法： 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，该文献序号将变成绿色。再点“sent to”后选“ Clipboard”。,2019/4/24,47,6.4.3 主题词/副主题词检索,MeSH Database：具有检索功能的MeSH词表。 作用：帮助用户查找MeSH词并进行检索。 每个主题词的定义和树状结构等信息。 提供副主题词选择、主要主题词限定、扩展主题词等功能。 2.MeSH的使用 印刷本Medical Subject Headings MeSH Browser UMLS Metathesaurus MeSH Databases,2019/4/24,48,2019/4/24,49,主题词及其解释、沿革,副主题词选择,扩展下位主题词,主要主题词限定,入口词列表,2019/4/24,50,2019/4/24,51,2019/4/24,52,此界面供检查检索词或用布尔逻辑增加检索词,2019/4/24,53,microbiology (MI) 与器官、动物和高等植物以及疾病主题词组配, 说明与其有关的微生物学方面的研究, 对寄生虫方面的研究则用“寄生虫学”。 微生物学的下位词包括：病毒学。 virology (VI) 用于器官、动物和高等植物以及疾病的病毒学研究。细菌、立克次体、真菌等用“微生物学”，对寄生虫方面的研究用“寄生虫学”。 标引要求使用最专指的副主题词。副主题词在应用范围上相互独立。,2019/4/24,54,正确的检索策略,优点： 1）与课题要求相吻合，提高查准率。 2）在精力与时间允许范围内。,2019/4/24,55,6.4.4 其他检索服务,一. Clinical Queries： 临床咨询 二. Citation Matcher：单篇/多篇 引文匹配器 三. Journal Browser：期刊浏览器,2019/4/24,56,一. Clinical Queries临床咨询,Clinical queries具备特殊的过滤器装置，帮助临床医生更快捷获取与临床关系密切的PubMed数据：如有关疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，以及获取系统综述、医学遗传方面文献。能滤除部分不相关或相关性差的文献。,2019/4/24,57,2019/4/24,58,1）Search by Clinical Study Category,治疗（therapy) 研究范畴 诊断（diagnosis） (Category) 病因（etiology） 预后（prognosis） 临床预报指南（clinical prediction guides ） 强调程度 灵敏度（broad, sensitive search） (Scope) 专指度 （narrow, specific search）,2019/4/24,59,2）Systematic Reviews,2019/4/24,60,3）Medical Genetics Searches,全部 诊断 鉴别诊断 临床记录 管理 遗传咨询 分子遗传学 遗传学试验,2019/4/24,61,二. Citation Matcher 单篇/多篇引文匹配器,单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。 多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。,2019/4/24,62,2019/4/24,63,三. Journal Database：期刊浏览器,查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链 journals with links to full-text web sites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。,2019/4/24,64,2019/4/24,65,6.5 检索结果的处理,6.5.1 显示检索结果(Display)： PubMed可用6种不同的格式显示检索结果，默认Summary格式。可通过Display下拉菜单选择其它显示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根据需要进行选择。 点击Show键，可选择每屏显示记录的条数。 点击Sort键，可以对检索结果进行排序