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文档简介
1、语言入门,R语言入门,1,报告内容,R介绍2函数和目标3写脚本4 R绘图5写函数6数据保留,2,1 R介绍,3,R语言的由来,R语言是从S语言进化而来的。s语言诞生于20世纪70年代的贝尔实验室、Rick Becker、John Chambers和Allan Wilks。基于s语言开发的商业软件Splus在编写函数、构建模型、提高可扩展性和取得巨大成功方面取得了巨大成功。1995年,新西兰Auckland大学统计系的罗伯特格内曼和罗斯艾哈卡编写了一个可以运行s语言的软件,并公开了所有软件的源代码。这就是r软件,那个命令统称为r语言。(阿尔伯特爱因斯坦、美国电视电视剧、美国电视电视剧、第四、R软
2、件简介、R是开源软件,所有代码均公开,向所有人免费。)。r可以在各种操作系统下运行,包括Windows、MacOS、各种Linux和UNIX。r需要输入命令,可以编写函数和脚本批处理任务运算,语法简单灵活。目前R网站上有约2100个软件包,涵盖基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等多方面。5、下载和安装r,the comprehensive r archive network(CRAN)提供下载安装程序及其软件包。r主页/Windows版本下载地址之一:http:/FTP . ctex . org/mirrors/cr
3、an/bin/Windows/继续单击“next(下一步)”,每个选项都将设置为默认值。6,图1 R软件首页/,7,图2 R登录介面(Windows版本)路径:所有节目启动R 2.9.2,特定分析功能必须在该软件包中实现。示例:经常使用系统发展分析、ape包、群落生态学vegan包等。什么是包?r包是提供详细说明和示例的多个函数的集合。Window下的R包是已经编译的zip包。每个软件包都包含R函数、数据、帮助文档档案、说明档案等。11,常用R包,基本-R基本功能包stats- R统计包nlme-线性和非线性混合效果模型Graphics-绘图lat
4、tice-栅格图ape-系统开发和演化分析apTreeshape-进化树分析seq,一般r包,簇-聚类分析ecodist-生态学数据各向异性分析mefa-生态学和生物地理学多数据处理mgcv-广义加性模型相关mvpart-多元分解nlme-线性和非线性混合效果模型ouch-系统开发比较BiodiversityR-rcms 模型拟合和检查splancs-空间和空间点模式分析picante-图4 CRAN Task Views:软件包分类简介,15,图5 vegan软件包页面,16,r软件包,为CRAN提供每个软件包的源代码和编译提供CRAN:package source : vegan _ 1.
5、15-3 . tar . gz MAC OS x binary 3360 vegan _ 1.15-3 . tgz Window binary 3360,17,示例:打开RGui,然后在控制台上输入install.packages (ape) 2以安装本地zip包路径。选择packages install packages from local files CD或本地磁盘上存储zip包的文件夹。、18、使用软件包、在控制台中输入以下命令:与library(vegan) library(ade4)调用包内函数r中内置的函数调用方法一样,library(vegan)thisis vegan 1.1
6、5-3 warning message 3360 package vegant . test 3 help . search(t . test)4 apro pos(t . test)5 rguihelphtml help 6 r包查看pdf文档,22,帮助文档档案内容,lm函数示例:LmPlot.phylo将Example文件粘贴到控制台上以查看运行结果。24,图形介面之一:R Commander,图6 R commander介面库(Rcmdr),介面操作代码,结果输出,25,为什么编程,介面操作直观容易学,但也有几个茄子缺点。工作流程难以保留,数据处理不灵活,执行不同阶段的数据处理任务需要
7、很长时间。建立模型或建立函数本身也有困难。这些困难可以通过编程解决。要学习R编程,首先需要了解R的函数、对象及其操作。26,2r函数和对象,27,数据表中的行和列,行名Row names字符串,列名Column names,每列都是具有名称的矢量,表1数据表,表1;函数西餐function(对象,选项=)平均mean()线性回归lm(yx,data=test) R处理的所有数据、变量、函数和结果都存储为对象。29,R的函数,每个函数执行特定的功能,后跟括号。例如,平均mean()总计sum()绘图plot()排序sort()除了基本运算以外,r的函数分为高级和低级函数:30,部分函数,计算日志
8、(x)日志10 (x) exp (x) y) T. test () lm统计检查lm(y f x)lm(y x1x2x 3)bartlett . test binom . test fisher . test chisq . test glm(y x1x2x 3,biiBoxplot (countspray,data=insectsprays,col=lightgray)选项为boxplot (countspray,data=insectsprays)赋值符号,35,命名对象,r以大小分隔,a和a不同。对象名称不能以数字开头,但数字可以放在中间或末尾。间隔为“.”建议使用,例如anova.re
9、sult1。示例:包含四个元素a-c(10,15,21,18)的矢量a是长度为4的数值。保留名称(命名对象时不与保留名称冲突):字符na、nan、pi、letters、letters、month.abb、、36、对象类型-4.335数据框(数据帧)由一个或多个矢量和/或元素组成,这些矢量和/或元素的长度必须相同,但数据类型可以不同。列表(list)列表可以包含任何类型的对象。(根据Paradis,2005),38,运算符,在数学操作后提供数值结果-,*,/,在比较操作后提供判断结果(TRUE FALSE),=,=,=逻辑运算符和、或郑智薰!intake.prec(3,5,7
10、) v-c(3,5,7);intake . prev intake . pre 1:5;Intake.pre-c(3,5,7),63,资料方块中的元素参照,d-data.frame (intake.pre,intake.pre D5,64,资料with () FALSE () within () TRUE,然后使用逻辑值执行矢量中的元素滤镜。intake . pre 7000 1 false false false false false false true true true intake . pre intake . pre 7000 intake . post intake.结果;结果。调用函数:rcal(3,4),99,练习12函数写,函数写,提供两个数字,然后直接提供这两个数字的平方和。Sqtest-function(x,y)Z1=x2;Z2=y2Z3=z1 z2如果您有Z3,100,6存储数据,101,sink() unlink () LaTeX基础,请使用Sweave()将函数函数脚本、节目说明和计算结果转换为。可以直接保存为tex文件,数据保留,102,摘要,R是开放源代码统计绘图软件,自我解释语言,可以使用很多软件包。r的矢量、列表、数组、统计结果等都是对象,因此可以轻松生成和过滤所需的对象。r
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