核酸序列的基本分析

1、核酸序列分析,内容： 1、污染序列的去除 2、阅读框架（Open reading frame,ORF） 3、对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换 4、酶切位点的识别和分析 重点 1.DNAM和PRIMER软件的使用,一、污染序列的去除,序列污染：指一个被检索序列（如测序的序列）含有一个外源序列因而无法反映其来源物种的真实遗传信息 序列污染的来源 1.载体（vecscreen） 2.接头和PCR引物 3.转座子和插入序列 4.样品纯度不高,基因序列,载体序列,引物,引物,如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen,如何识别和去除载体序列和判断引物序列等， 1、通过align比对

2、 2、通过vecscreen操作,1、通过align比对可找出扩增gfp的引物gfp 720bp 但突变的gfp 762bp,GFP1 ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG

3、 CTTCAGCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GCCGACAAGC AGAAGAACGG CA

4、TCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAA GFP2 TAAA GGG ATCC ATGG TGA GCA AGGG CGA

5、TGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCCATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGCGAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGCTACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCT

6、ACGTCCAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAGTTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGACGGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATGGCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCTAAGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG C

7、AGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAA CATCTCG GAATTC TCGCAC,2、通过vecscreen操作找出下列序的载体序列,GCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAATGCTTGATGCTTTTTC

8、TAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTGGTAACAGACGTTTGGATGCTGTAAATGCGATCGCAAGCAACGCTAGCTGCATGGTTTCTGATGCTGTAGCTGGAATGATCTGCGAAAACCAAGGTTTAATCCAAGCTGGTGGTAACTGCTATCCTAACCGTCGTATGGCTGCTTGCTTACGCGATGCAGAAATCGTCTTACGCTATGTAACCTACGCTCTATTAGCTGGTGACGCTTCAGTTCTAGATGATCG

9、TTGCTTAAACGGTTTGAAAGAAACCTACGCTGCTCTAGGCGTACCCACCACCTCTACAGTACGTGCCGTTCAAATCATGAAGGCTCAAGCTGCTGCTCACATTCAAGACACTCCCAGCGAAGCTCGTGCTGGTGCCAAATTGCGTAAGATGGGAACCCCCGTTGTTGAAGATCGTTGCGCTAGCTTAGTTGCTGAAGCTTCTAGCTACTTCGAATCCGCCGTAATCTCCTGCTTTTGAGCTAATTGGATTGGCCACTTTCCAAACTCAACTCACTCCGAGGGGGGGGGCCCCGGTAACCA

10、ATTCCGCCCCTATAANTGAGTCGTATTACCCCCCGCTCCNCTGGGCCCGTCTTTT,NCBI首页的sequence analysis,二、阅读框架（Open reading frame,ORF）,ORF（从起始密码子到终止密码子） ATG TAA TAG TGA 双链，共有潜在的6个阅读框架 原因： +，-，链都可以是编码链 三联体密码子 从1开始，从2开始，从3开始，从4开始，相当于从1开始 最长的阅读框架可能是的 通过NCBI的ORFfinder操作,GCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAA

11、TGCTTGATGCTTTTTCTAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTGGTAACAGACGTTTGGATGCTGTAAATGCGATCGCAAGCAACGCTAGCTGCATGGTTTCTGATGCTGTAGCTGGAATGATCTGCGAAAACCAAGGTTTAATCCAAGCTGGTGGTAACTGCTATCCTAACCGTCGTATGGCTGCTTGCTTACGCGATGCAGAAATCGTCTTACGCTATGTAACCTACGCTCTATTAGCTGGTGACGCTT

12、CAGTTCTAGATGATCGTTGCTTAAACGGTTTGAAAGAAACCTACGCTGCTCTAGGCGTACCCACCACCTCTACAGT,ATGCGAAATGCGTAA ATG CGA AAT GCG TAA.从1开始读 A TGC GAA ATG CGT AA从2开始读 AT GCG AAA TGC GTA A从3开始读 ATG CGA AAT GCG TAA 从4开始读,NCBI首页的sequence analysis,三、对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换,DNAM软件使用介绍 TAAA GGG ATCC ATGG TGA GCA AGGG CGATGGTGAGCAA

13、G GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC C

14、AGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCTAAGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGA

15、ACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAA CATCTCG GAATTC TCGCAC,四、酶切位点的识别,PRIMER 5 软件使用介绍 克隆基因时使用双酶切还是单酶切,gggacattcc ctggacctct tattgttggc accaagctta gcacattctt catg

16、agctca gccgatcacc tgaccgacat gatgatgttg agaagcacta gcatccattg gcatggcttg ttccagaatg gctccagctg ggcagacggt ccagttggag tgacacagtg ccccatcacc cctggtaact catttttgta ccagttctct gtccctgatc aggctggaac cttttggtat cattcccacc attccacaca atattgcgac ggcttgagag gcactttggt ggtttgcgat ccttctgacc catacagcca tttgtat

17、gac ttcgataatg aatcaactgt cattacactc gcggactggt accatacccc cgctccatcc gccggcctcg tccctacagc agacttgtca ttgatcaacg ggaagggtcg ttactctggc ggacctactt cttccctttc gaccatcagc gttcagcacg gcgtgcgcta ccgcttctgc ttagtctcga tttcttgcga ccccaacttt actttctcca ttgacggaca taacatgacc atcatcaaag tcgatggcat caacattcaa

18、 ccaacaactg tggactccat tcagatcttc gctgggcaga gatattcttt cattttgacg gctaatcagc cagttgctaa ctactgggta cgtgcactac ctaatctcgg gacacaaggc ttctccgggg gagtcaactc ggccattctc ggctattccg gtgctcctaa ctcggatcct acgacaaatg aaactaccag cgtcattccc atgcttgaaa ccaacctcca cccgttgacg agcccaggcg ctccaggaaa tcgagttgct ggaggtgctg atgtcaatat caacttgaat atcgcgctta acttcacgga atttctattc actgtgaatg gggcgactt