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文档简介

QM/MM法Combinedabinitio&MolecularMechanics1/15近年来人们发展了一个量子力学与分子力学结合方法（QM/MM方法），该方法既包含了量子力学准确性，又利用了分子力学高效性。基本思想是：用量子力学处理感兴趣中心，如酶和底物结合活性位点，其余部分用经典分子力学来处理。

2/15分子力学介绍

分子力学法(MM)用于预测大分子几何构型，其势函数可用于分子动力学模拟(MD)一、原理忽略分子振、转、平动运动。原子视为经典粒子，原子间作用力用经验势函数表示体系平衡几何结构由能量最低原理确定3/15二、作用在粒子上瞬时协力

原子i在其它原子作用势场Ei(ri)中运动在平衡位置总作用力：4/15三、有效作用势近似

粒子势能Ei及梯度

Ei借助经验势函数计算经验作用势二体及三体以上作用势叠加5/15分子力学中分子能量1键伸缩2键角弯曲3键扭转4范德华力5静电作用6氢键作用6/15键伸缩(BondStretching)键伸缩势能函数Taylor展开Morse势能函数展开后得存在关系式MM3力场7/15键角弯曲(ValenceAngleBending)类似于键伸缩势能函数MM3力场取到6次项，Amber力场只取到4次项存在问题：1在键角靠近180º时候函数不能正确反应实际能量2无机化合物中，同一类键角在同一化合物中存在不一样平衡构型8/15键扭转(Torsions)周期性势能函数j：扭转角多重度；y：相角

9/15面外弯曲(ImproperTorisons)三种定义方式：10/15范德华力(vanderWaalsInterations)1色散作用:瞬时偶极作用考虑到更高电极矩2交换排斥作用近核处远离核处Drude模型11/15分子或原子之间静电相互作用

原子点电荷模型三种方式确定原子上电荷按原子类型确定原子上电荷依据原子之间连接方式与电负性确定原子上电荷使用量子化学方法计算得到原子上电荷12/15氢键

(Hy

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