便携式纳米孔测序数据的获取、处理、传输、储存与分析的技术标准

单次测序可获得序列信息的基因⽚段数或可测定的脱氧核糖核酸和核糖2345.1.1人工合成的多聚合物膜上布满了经改造的穿膜孔的跨膜通道蛋白（纳米孔在膜两侧施加不同的电压产生电压差，DN6兔红细胞膜上⾃组装为纳⽶孔径的七聚体，其β桶区可插787.4.1附录A给出了便携式基因测序设备的使⽤条件。7.5.1附录B给出了便携式基因测序设备的实验室⼯作条件。9c)测序信号的分析：对得到的测序信号进⾏处理分析，通过碱基识别将8.1.3在使⽤基因组快速PCR法进⾏蛋⽩纳⽶孔测序时，⾸先将打断后的待测8.2便携式固态纳米孔杂交测序通则杂交实验后的双链样本以及原始单链通过固态孔；同时收集过孔时的电信号变10.1.1固态纳⽶孔数据压缩针对检测装置输出的原始电信号⽂件（通常以abf序数据进⾏压缩与解压缩处理后对数据进⾏完整性⽐对，确保压缩算法的保真然关联性压缩数据，如QUIP使⽤四阶⻢尔可夫模型。有损压缩是将延时传输能⼒以及商⽤的5GCPE终端,5G切⽚和动态专⽹技术能够保证这些11.1.3云端计算平台在数据传输过程中， 11.2.3云端计算平台在数据传输过程中，11.3.3云端计算平台在数据传输过程中，11.4.1设备通过以太⽹与云端计算平台建11.4.3云端计算平台在数据传输过程中，11.5.1在数据传输过程中采⽤国家密码⾏政主管部⻔认可的加密算法对数据的11.6.1在数据传输过程中采⽤国家密码⾏政主管部⻔认可的加密算法保护数12.1.1便携式蛋⽩纳⽶孔测序⽣信分析的常规流程及⼯具如图4所示。针对经.GUPPY或者Metrichor软件（英国OxfordNanoporeTechnologies商业.Bonito(/nanoporetech/bonito).BasecRAWller(/).Chiron(/haotianteng/Chiron).DeepNano(/vboza/deepnano/src/master/).Flappie(/nanoporetech/flflappie).Nanocall(/mateidavid/nanocall).MinKNOW.nanoQC(/wdecoster/nanoQC).Filtlong（/rrwick/Filtlong）对于质不合格的序列进⾏.samtools(/samtools).seqkit(/shenwei356/seqkit/releases).seqtk(/lh3/seqtk).Minimap2(/lh3/minimap2).BWA(/lh3/bwa.git).GraphMap(/isovic/graphmap).Kart(/hsinnan75/Kart).LAMSA(/hitbc/LAMSA).LAST(http://last.cbrc.jp/).NanoPipe(http://bioinformatics.uni-muenster.de/).NGMLR(/philres/ngmlr).Miniasm(/lh3/miniasm).Wtdbg2(/ruanjue/wtdbg2).Flye(/fenderglass/Flye).Canu(/marbl/canu/releases).Cobbler(/bcgsc/RAILS).HINGE(/HingeAssembler/HINGE).LINKS(/bcgsc/LINKS).MECAT(/xiaochuanle/MECAT).Medaka(https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html).NanoPipe(http://bioinformatics.uni-muenster.de/tools/nanopipe2/index.hbi).Nanopolish(/jts/nanopolish).npScarf(/mdcao/npScarf).PBJelly(/projects/pb-jelly/).Racon(/isovic/racon).RAILS(/bcgsc/RAILS).SMART(/ruanjue/smartdenovo)12.1.6便携式蛋白纳米孔测序对组装好的序列进行优化时经常使用medaka(https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html)，在进行评估时使用Mummer主要采用以下工具：.nanopolish(/jts/nanopolish.git).nanosv(/mroosmalen/nanosv).ngmlr(/philres/ngmlr).Sniffles(/fritzsedlazeck/Sniffles/releases).Clair(/HKU-BAL/Clair).HapCUT2(/vibansal/HapCUT2).Medaka(https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html).NanoPipe(http://bioinformatics.uni-muenster.de/tools/nanopipe2/index.hbi).Nanopolish(/jts/nanopolish).PBHoney(/projects/pb-jelly/).Snifflfles(/fritzsedlazeck/Snifflfles).WhatsHap(https://whatshap.readthedocs.io/en/latest/).ont-tombo(/nanoporetech/tombo)进⾏甲基化分析.kraken2(/DerrickWood/kraken2)进⾏微⽣物的物种丰度.Metaphlan3.0(/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-3.0)12.1.8对于常规测序的序列⽐对分析，可.Galaxy(/galaxyproject/galaxy).KNIME(/).Snakemake(/snakemake/snakemake).Nextflow(/nextflow-io/nextflow).GenPipes(/c3g/GenPipes).bPipe(/ssadedin/bpipe).Pachyderm(/pachyderm/pachyderm).SciPipe(/scipipe/scipipe).Luigi(/spotify/luigi).nf-core(https://nf-co.re/).snakePipes(/maxplanck-ie/snakepipes).Snakemake-Workflow(/snakemake-workflows/).GenPipes(/mugqic/genpipes/src).GalaxyCommunity(/community/).BioWDL(https://biowdl.github.io/).KNIMEHub(/)定是否有多级事件(Multi-levelevents，主要当DNA不是以线性构象通过纳⽶孔.pCLAMP(/products/axon-patch-clamp-system/acquisition-and-analysis-software/pclamp-software-suite).EasyElectrophysiology().OpenNanopore(https://www.epfl.ch/labs/lben/79460-en-html/).Transalyzer(https://ceesdekkerlab.nl/research/downloads/).MOSAIC(/usnistgov/mosaic).EventPro(/eventpro.html).AutoNanopore(/bellstwohearted/AutoNanopore)13.1.5建议禁⽌存储⼤⽂件或者⼤照⽚。⼤⽂件和照⽚存名称后加-s标识，备库在名称后加-ss标识；线上从库：dj.xxx-s.db的列使索引/索引统计/值⽐较都更加复杂，对MySQL来说更难优化。null这种13.1.18建议禁止使用属性隐式转换。SELECTuidFROMt_userWHERE4)图6所示为一个肺部微生物数据库的架构图示例。13.2.1运行基于互联网或者小型增值应用时，通常采用开放的x86服务器架构13.2.4要保证硬件系统和业务系统都具13.2.7便携式纳⽶孔测序云计算平台应兼具数据计算分析