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文档简介
PubMed内容提要一、概况二、PUBMED特点三、检索方法与技巧四、检索结果处理五、MyNCBIPubMed是由美国国立医学图书馆(NLM)的下属部门NCBI(NationalCenterofBiotechnologyInformation)开发的面向全球的免费的权威的生物医学文献检索工具。PubMed以前年报道大约是40万条,每年文献量都在大量增长,2008年报道67万多条,预计2009年将突破71万条,到目前为止共收录了1900多万篇文献。其收录的文献以英文文献为主,大约占80%,3/4有英文摘要。2009年收录了80多个国家或地区37种语言,5200多种期刊。收录期刊以欧美为主,其中美国出版的期刊大约占47%。一、概况数据构成:MEDLINE-(1948-现在)
over16.5million(92.7%)PreMedline-InProcessrecords-over238,000(1.3%)OLDMEDLINE-(1865-1948)
over450,000(2.5%)PubMed-onlyrecords-over612,000(3.5%)——Publishersupplied——以2007年为例MEDLINE是印刷刊《IndexMedicus》》(医学索引)、《IndextoDentalLiterature》(牙科文献索引)和《InternationgalNursingIndex》(国际护理索引)的光盘版每周更新。内容涉及:医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。记录标注[PubMed-indexedforMEDLINE]使用MeSH进行主题标引。PreMEDLINE是PubMed每天接收所新数据的临时性医学文献数据库,新数据在没有被MeSH词表索引之前和添加到MEDLINE数据库之前,都标记为[PubMed-InProcessCitations]经MeSH词表标引后而未添加到MEDLINE之前,记录标注[PubMed-inprocess]每周向MEDLINE添加一次,添加到MEDLINE中的数据就从PreMEDLINE中删去。PublisherSuppliedCitation
出版商直接向PubMed提交的文献记录,标注[PubMed-assuppliedbypublisher
],其状态显示为[in-process
],如果以后该数据被MEDLINE收录,则显示为[indexedforMEDLINE
],否则还是显示为[PubMed-assuppliedbypublisher
]或[PubMed].
如果出版社提交的数据先于印刷版出版时间[Epubaheadofprint].
。
注:提供的数据如果超出MEDLINE数据库的收录范围,如在综合性科学杂志(Science,Nature)上发表的地理学文章等,将不被采用。每天更新,时差短操作简便、快捷提供检索词自动转换匹配免费提供题录、文摘及部分全文提供原文链接(部分可免费获取)提供与NCBI其他数据库的链接二、PubMed的特点自动转换匹配:
PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对,将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则。MeSHTranslationTable主题词注释表JournalsTranslationTable期刊注释表CommonPhraseList常用词组表AuthorIndex作者索引表NoMapping检索词拆分AND基本检索输入框工具栏提供辅助检索功能侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索、特定文献检索检索按钮JournalsDatabase
MeSHDatabase
SingleCitationMatcher
BatchCitationMatcher
ClinicalQueries
SpecialQueries
LinkOut
MyNCBI旧版PubMed检索界面快速检索帮助区工具相关资源限制检索、高级检索新版PubMed检索界面个性化服务快速检索(QuickSearch)限制检索(Limits)高级检索(AdvancedSearch)主题词检索(MeSHDatabase)期刊检索(JournalDatabase)临床查询(ClinicalQueries)特定文献查找(Single/BatchCitationMatcher)三、检索方法(一)单词、词组(可以是主题词和副主题词,也可是自由词)检索(二)字段限制检索(三)截词检索(四)带逻辑运算符的复合检索快速检索(一)单词、词组检索提供索引词表(相关检索)及自动转换匹配,此外词组检索还提供自动分词功能,可帮助提高查全率也可进行精确短语检索单词检索系统自动进行转换匹配后生成的检索式词组检索(固定搭配)自动转换匹配后,进行逻辑或的运算词组检索(非固定搭配)精确(强制)词组检索针对特定的短语和词组的检索,需要在短语或者词组上加上双引号(加上引号后,系统不会再进行自动转换或自动分词)。(二)字段限制检索某些字段可直接输入检索词,如作者姓名;另一些字段则需要用语法命令来表达。语法命令表达方式:检索词[字段标识符]字段标识符(p.127)AB-AbstractLA-LanguageAD-AffiliationMH-MeSHTermsAU-AuthorsPMID-PubMedUniqueIdentifierCY-CountryPT-PublicationTypeDP-PublicationDateSO-SourceEDAT-EntrezDateTA-JournalTitleAbbreviationGS-GeneSymbo
TI-TitleIS-ISSNUID-UniqueIdentifiers作者姓名检索格式:姓+名缩写(不用标点),如要查找王智彪教授发表的文章,输入格式为:wang
zbORwangz,系统会自动在作者字段内进行检索。PubMed对2002年起的文献可以用全称检索,但检索结果显示的还是姓全称,名缩写的形式。使用姓名全称可提高查准率
使用期刊名称检索字段标识[ta]或者是[so],以免当期刊名称正好是一个单词或词组时被系统当作自由词进行检索。期刊刊名检索注:期刊检索可以使用刊名全称、缩写和ISSN。例:Journalofleukocytebiology、Jleukoc
biol、0741-5400(三)截词检索截词符:*表示任意数量的字符
在词的末尾加“*”号,PubMed就会检索出以该词为词根的所有的词。截词检索将关闭自动词语匹配功能。(四)使用逻辑运算符的复合检索布尔逻辑运算符:与:AND或:OR非:NOT
如我们要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献,可在快速检索输入框中输入:cancerAND(diagnosisORtherapy)。复合检索式检索限制检索限制检索(Limits)提供出版日期、文献类型、语种、研究对象种属、性别、子库、研究对象年龄、是否要全文或摘要及检索词所在字段等限制。点击进入限制检索Limits——进入:限定检索的时候检索输入框可以为空,也可以输入词汇全文、免费全文、摘要研究对象种属性别原文语种文献类型年龄子库检索词所在字段出版时间限定——界面:例1:查找2005年以来PubMed中收录的所有中文文献例2:查找2005年以来PubMed中收录的重庆医科大学的作者发表的中文文献(一)字段限定检索/索引(Index)检索(二)结果数量预览(Preview)(三)检索史管理(History)(四)布尔逻辑检索(五)查看详细匹配过程(Details)高级检索高级检索是一个综合性界面,将旧版的预览与索引检索、检索历史、检索详情综合在一起,更为易用。此状态下可进行以下操作:点击进入高级检索高级检索——进入:检索历史(History)即以前的预览/索引(Preview/Index)检索,可进行字段限制和布尔逻辑组配检索,以及结果数量的预览。高级检索——界面:详细匹配过程(Details)更多资源字段限制及索引检索提供入口字段选择、索引词表选词及逻辑组配功能例:查找重庆医科大学作者发表的文献①选择入口字段②输入检索词Chongqingmedicaluniversity③点击index按钮例:查找重庆医科大学作者发表的文献④点击AND按钮例:查找重庆医科大学作者发表的文献⑤输入其他检索词Chongqinguniversityofmedicalscience⑥点击index按钮⑦选择需要的词⑧点击OR按钮例:查找重庆医科大学作者发表的文献⑨点击Search或Preview(Chongqingmedicaluniversity[Affiliation])OR("chongqinguniversityofmedicalscience"[Affiliation]OR"chongqinguniversityofmedicalsciences"[Affiliation])预览功能(Preview)不直接显示检索的结果,而是在检索历史中先预览检索结果数量,以节约时间。例:上一例中直接点击Preview的结果检索史管理(History)布尔逻辑运算检索式删除查看检索结果查看详细匹配过程检索史保存查看更多检索历史删除所有检索历史检索序号检索式检索时间检出篇数两种方式:1、在序号上单击鼠标左键,选择逻辑关系2、直接输入序号组合例:查看杂志0741-5400上发表的与癌症治疗或诊断相关的文献,可在#16处单击鼠标左键后选择“AND”检索史——逻辑组配例:查看杂志0741-5400上发表的#17这一内容的文献,也可直接输入#16AND#17#17AND#16检索史——删除单个检索式(Delete)序号#3的检索历史已经被删除了检索史——删除单个检索式(Delete)其功能是查看详细检索结果均可以查看详细检索结果检索史——查看具体的检索结果(Go)检索史——查看具体的检索结果(Go)需要注册并登录(相当于CBM中利用“我的空间”保存检索策略)检索史——保存到MyNCBI(SaveinMyNCBI)注册输入用户名、密码登录检索史——保存到MyNCBI(SaveinMyNCBI)登录后,回到检索历史,选择要保存的检索式检索史——保存到MyNCBI(SaveinMyNCBI)输入检索式的名称,然后点击SAVE检索史——保存到MyNCBI(SaveinMyNCBI)是否需要将最新的文献定期发送到你的邮箱进行更新检索史——保存到MyNCBI(SaveinMyNCBI)检索史已经保存检索史——保存到MyNCBI(SaveinMyNCBI)详细匹配过程(Details)
点击后,系统可以显示其执行的检索式,可以看见系统详细的转换过程。有时可帮助我们找主题词查看当前检索式的详细匹配过程查看指定检索式的详细匹配过程检索提问词转换结果检索结果检索词语转换——检索词语如何转换成系统检索用词检索词语检索史——查看详细匹配过程(Details)期刊浏览检索主题词浏览检索单篇引文匹配检索临床查询其他检索功能主题词浏览检索
(MeshDatabase)功能:确定规范检索词查看词义注释、树状结构表副主题词、扩展、主要主题词主题词检索(MeSHDatabase)
点击这二处,均可进入主题词检索hepatitis12主题词检索(MeSHDatabase)3选择合适主题词,点击主题词进入副主题词选择界面主题词检索(MeSHDatabase)主题词注释可选副主题词限定作为主要主题词检索不进行下位词扩检词表中该主题词的款目词主题词树形结构表4选择合适副主题词主题词检索(MeSHDatabase)Text:以文本方式显示File:将选择结果以文件方式保存到本地硬盘Printer:打印结果Clipboard:发送到剪贴板此处一般选SearchBoxwith,以便进行文献检索。5主题词检索(MeSHDatabase)6主题词检索(MeSHDatabase)主题词检索结果主题词检索(MeSHDatabase)在主题词检索的时候可以进行主题词与主题词之间逻辑组配例如:查询肝炎并发肝癌相关的文献主题词检索(MeSHDatabase)选择副主题词病因学生成主题词肝炎与肝癌的逻辑组配检索表达式点击searchpubmed主题词检索(MeSHDatabase)肝炎并发肝癌的主题词检索结果主题词检索(MeSHDatabase)为何要使用主题词检索检准率、检全率更高可选择副主题词,缩小检索范围,提高查准率可进行加权检索,提高查准率如何找到主题词通过CBM查找主题词.通过上位词查找主题词.期刊浏览检索
(JournalDatabase)查看期刊相关信息便于准确查找某一种特定期刊期刊检索(JournalsDatabase)可以输入期刊名称全称、缩写、ISSN号或期刊主题进行检索期刊检索(JournalsDatabase)cancer点击期刊检索(JournalsDatabase)单篇引文匹配检索
(SingleCitationMatcher)输入题录信息,查找特定文献。刊名要准确,缩写要标准著者姓名大小写不敏感(可区分第一作者)如查找:王智彪教授1997年发表在Ultrason
Sonochem期刊上的一篇文章的其他作者的名字单篇引文匹配检索(SingleCitationMatcher)Ultrason
Sonochem1997Wangzb得出其他著者临床查询(ClinicalQueries)
主要针对临床医生。检索临床研究方法学(循证医学)文献,主要涉及治疗、诊断、病因、和预后等内容,并提供强调选择,即敏感度(强调查全)或特异度(强调查准)。有三个方面的内容:临床研究类别查询:治疗、诊断、病因学、预后及临床指导系统评价查询医学遗传学查询:诊断、临床描述、管理、基因、分子遗传学、基因测试等内容。临床查询(ClinicalQueries)临床研究类文献查询系统综述文献查询医学遗传学文献查询病因学诊断治疗预后临床预测指南——循证医学资料查找特异度检索敏感度检索可以查询系统综述、meta分析、循证医学、临床试验综述等文献可以通过下面的选项,查询各类医学遗传学文献。四、检索结果的处理显示(Display)输出(Sendto)检索结果默认以题录格式显示检索结果总数文献标题作者出处:刊名,出版时间;卷(期):页码改变显示设置综述与免费全文结果处理:显示——题录格式结果处理:显示——显示格式设置出处题名作者作者地址文摘全文链接文献类型、主题词、物质名称、基金项目等相关文献结果处理:显示——文摘格式查找相关数据Details(可修改检索式)最近操作结果处理:显示——辅助功能结果处理:显示——辅助功能RSS:订阅实时检索结果Savesearch——(SaveinmyNCBI)Sendto:File:将检索结果以文件的方式保存到本地硬盘Clipboard:将结果暂存在到剪贴板以便集中处理Collections:保存到myncbi的文献集中(即创建个
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