分子分型在医院感染控制中的作用the Role of Molecular

分子分型在医院感染控制中的作用

（theRoleofMolecularTypingin

NosocomialInfectionControl）瑞金医院临床微生物科瑞金医院医院感染办公室杨莉1分子分型（分子流行病学研究）从核酸分子水平上分析医院感染的发生、发展规律及机理，更加准确有效地进行医院感染管理控制，已成为当前国际医院感染管理研究中的重要方向。从患者分离株到病区周围环境株的比较分析；从外源性感染到内源性感染从某一医院的医院感染暴发到大范围甚至世界范围的感染菌株流行变迁；基因多态性分析技术已成为医院感染监测控制的高水平研究领域。2微生物室在医院感染中的作用accuratelyidentifyingnosocomialpathogensdetectingunexpectedantimicrobial-drugresistanceepidemiologictypingPfallerMAetal.Theclinicalmicrobiologylaboratoryandinfectioncontrol:emergingpathogens,antimicrobialresistance,andnewtechnology.ClinInfectDis1997;25:858-70.鉴定特殊耐药菌的检出流行病学分型3PFGE(脉冲场凝胶电泳)RAPD(随机扩增DNA多态性)REA(限制性酶切)ribotyping(核糖体分型)分子分型基因分型分子流行病学研究41、脉冲场凝胶电泳(PFGE)制备琼脂糖栓块消化酶切脉冲电泳结果解释5消化、释放出DNAPFGE原理6Enzyme酶切PFGE原理约5～20个、长度10～800kb的大片段DNA7TenoverFC.etal.JClinMicrobiol,1995;33(9):2233～2239

8脉冲电泳PFGE原理9原理：DNA常规凝胶电泳脉冲场凝胶电泳10时间消耗从分离菌株到出结果平均2.5天标本准备、细胞裂解－－第一天酶切－－第二天染色、拍照－－第三天PFGE原理染色、拍照1112PFGE结果判读目测法：按美国疾病控制和预防中心(CDC)Tenover等人推荐的方法判读。图谱完全相同的定为一个型，彼此之间相差一个带的定为同一型的不同亚型，相差2－3个带的认为亲缘关系密切，相差4－6个带的认为可能相关，条带相差7个以上的认为无亲缘关系。并随机地选择不同的字母如A、B、C、D等的字母顺序分型。聚类分析计算机输入SPSS，做树状图13PFGE同源性分析14PFGE特点：DNA原位提取法，减少了断裂利用细菌全基因组信息细菌分型金标准152、RAPD（随机扩增DNA多态性）1990年Williams：RAPDWelsh：AP-PCR本质上相同引物：“短”、“单一”和“非特异性”，一般9～10bp

扩增条件：“非严格性”

退火温度一般较低,25～35℃

16ESHWARMAHENTHIRALINGAM.etal.JClinMicrobiol,1996;34(5):1129～1135

17ESHWARMAHENTHIRALINGAM.etal.JClinMicrobiol,1996;34(5):1129～1135

18ESHWARMAHENTHIRALINGAM.etal.JClinMicrobiol,1996;34(5):1129～1135

19分子分型在医院感染控制中的作用20SpecialIssue

NewTechnologyforDetectingMultidrug-ResistantPathogensintheClinicalMicrobiologyLaboratoryLanceR.Peterson*†andGaryA.Noskin*†

*NorthwesternMemorialHospitaland†NorthwesternUniversityMedicalSchool,Chicago,Illinois,USAEID,2001,7:30621NorthwesternMemorialHospital,Chicago700-bed,university-affiliatedmedicalcenter出院：>39,000/年急诊：56,000例/年门诊量：260,000/年

22分型确认后及干预效果P=0.002LRPetersonetal,EID,2001,7:3065.7923指标thetotalnumberofnosocomialinfectionsper1,000patientdays每千住院日医院感染数thenumberofpatientswithnosocomialinfectionsper100patientdischarges每100出院病人医院感染病人数(percentageofpatientswithnosocomialinfection)（医院感染病人百分比）24感染控制工作小组成员：Weformedapermanent,integratedinfectioncontrolandpreventionprogramthatfullyincorporatesHacekDMetal.AmJClinPathol1999;111:647-54.infectioncontrolpersonnel,infectiousdiseasepersonnel,pharmacypersonnel,clinicalmicrobiologypersonnelintoasingleworkinggrouptominimizehospitalinfections.感染控制感染性疾病药学临床微生物25资料收集方法（Methodsfordatacollection）：reviewofmicrobiologyreportsreviewofpatients'medicalrecords,directobservationofmedicalandnursingpractice,activesurveillanceofrectalculturesofpatientsinnursingunitsforhigh-riskpatients,evaluationofsuspectednosocomialinfectionsreportedbyhealth-careproviders.查阅微生物报告查阅病史记录对医护人员操作的直接观察高危病人直肠培养的动态连续观察对上报的可疑医院感染的评估鉴定由三位专职感染控制人员对资料进行汇总分析，并制定出相应控制措施，并在医院感染控制和预防部门主管的指导下实施。26Twointerventions：amoleculartypinglaboratoryaweeklyplanningmeetinginfectioncontroldiagnosticmedicalmicrobiology(molecularepidemiology)Pharmacyandinfectiousdiseases两个主要的干预措施：分子分型周会包括以下方面的代表：感染控制微生物诊断（分子流行病学）药学感染性疾病27周会内容：医院感染动向（短期、长期）感染控制专职人员和微生物实验室的工作决定需要做的调整需分型的病原体与主管讨论决定weeklymeetings：theongoingshort-andlong-termtrendsinnosocomialinfectionswithinthecenteractivitiesoftheinfectioncontrolprofessionalsandmicrobiologylaboratorypersonnel;anyneededchangesweredetermined.Theorganizationalstructureforselectingmicrobesfortypingwassharedbythemedicaldirectorsofinfectioncontrolandclinicalmicrobiology28需基因分型的微生物：routinelygenomicallytyped：VREPeriodicroutinetyping：fluoroquinolone-resistantP.aeruginosa,methicillin-resistantStaphylococcusaureus(MRSA),

Enterobactercloacae,

Clostridiumdifficile

Additionalorganismsfortyping：selectedthroughsurveillanceofmicrobiologyculturereportsdiscussedattheweeklymeeting.常规基因分型：VRE周期性分型：氟喹诺酮耐药的铜绿MRSA阴沟肠杆菌难辨梭菌其他：根据微生物报告并在周会上讨论后决定需基因分型的病原体

任何时候工作小组要求进行基因分型，临床微生物实验室即将菌株提供给分子分型部门并执行29实验方法REAanalysisrestrictionofgenomicDNAwithconventionalelectrophoresisDNA限制性酶切30基因分型相关费用thecostofequipment,remodeling,reagentandothersupplies,salariesandbenefitsforthreete