分子细胞遗传学试验室（精）

本文格式为Word版，下载可任意编辑——分子细胞遗传学试验室（精）MolecularCytogeneticsLaboratory

L2分子細胞遺傳學實驗室MolecularCytogeneticsLaboratory

實驗室主持人：陳燕彰協同主持人：武光東

壹、背景資料

最近，染色體螢光原位雜交技術(insituhybridization)大幅度改良，結合細胞遺傳學、分子生物學、螢光顯微技術及電腦影像處理，發展出新的基因篩檢及定位技術，稱為螢光染色體原位雜交技術

(FluorescenceinsituHybridization;簡稱FISH)，基因體雜交比較法(ComparativeGenomicHybridization;簡稱CGH;Kallioniemietal.,

1992)，微陣列式基因體雜交比較技術(array-CGH)，頻譜式染色體分析(SpectralAutokaryotyping;簡稱SKY;Schrocketal.,1996)與多色螢光染色體原位雜交技術(multicolor/multiplexFISH;簡稱mFISH;Speicheretal.,1996)，為癌症研究帶來新的方向。本核心實驗室已有CGH，SKY與mFISH設備，將增設array-CGH及其他基因篩檢及定位技術之軟硬體，標準化及最正确化各種操作流程，並培訓研究工作人員。

一、設置緣由

1.从前本校為執行國科會尖端計劃，已於校內建立分子細胞遺傳學實驗室，主要利用CGH技術從事癌組織基因體變化之分析；自1997年迄今，已分析超過600例各種不同的人類癌組織，尋找與癌症相關之腫瘤基因及腫瘤抑制基因，成效良好。

2.本核心實驗室利用CGH技術分析之人類癌組織包含肝癌，鼻咽

癌，卵巢癌，子宮頸癌，乳癌，大腸直腸癌，胃癌及腦瘤，在過去數年內，已完成超過600例各類標本。

3.利用CGH分析眾多的人類癌組織，我們已從中獲得數個與癌症相

關的染色體好發區域，為進一步解析這些區域內所含的致癌或抑癌基因，我們已開始著手建立較高解像力的array-CGH技術平台。

二、核心技術簡介

Fluorescenceinsituhybridization（FISH）

利用螢光標定之DNA探針，藉由hybridization的過程，在染色體上將基因或DNA定位。

Comparativegenomichybridization（CGH）

利用兩種不同的螢光分別標定兩種不同組織細胞的GenomicDNA，再同時與正常的染色體進行hybridization的過程，藉由比較染色體上不同螢光間的強弱比值，而偵測基因體中之特定基因的拷貝數變異（copynumberchanges）。Spectralkaryotyping(SKY)

利用各個特異的染色體探針，以多種螢光試劑加以標定後與待測的染色體進行hybridization，利用螢光試劑光波頻譜的差異，藉由光波頻譜分析，可使得個別的染色體具有其特定的頻譜組合，並藉由軟體設定不同顏色給個別的染色體。藉由顏色區別，即可快速且正確的進行細胞的核型（karyotype）分析。

Array-basedComparativegenomichybridization(array-CGH)

基本原理同於CGH，但是將原有的染色體雜交模板替換成微陣列式的BACContig，可大幅提升CGH之解像力到100Kb。

三、服務相關之研究發展

研究目標

1.與肝癌研究計畫合作，利用CGH與SKY技術針對原發肝癌與再發肝癌之基因體變異進行比對分析。2.由於惡性腫瘤之基因體往往包含許多類型之變異，且不易區分這些基因體變異與癌化過程間之因果關係，因此，我們計畫針對良性肝腫瘤及一些早期肝病變組織，如再生性結節（RegeneratedNodules）及肝硬化組織（CirrhosisTissue）進行基因體變異分析。3.利用肝腫瘤之基因體變異圖像（GenomeAberrationProfile）來鑑定腫瘤組織之株源（Clonality）。4.利用CGH與SKY技術偵測肝腫瘤之遺傳物質不穩定性（Geneticinstability），並結合臨床資料以建立肝癌之預後或診斷工具。5.進行不同肝癌細胞株間之基因體變異比較，並與其細胞功能相對照。

四、與其他計劃之互動

C1（SequencingCenter）

殖株定序前，本核心實驗室將以FISH技術做其相關位置之定位，以確認不同殖株彼此之排序。利用CGH與SKY得到之基因體變異區，將交由定序中心做進一步分析。為確定array-CGH所使用BAC的正確，也須由定序中心進行BAC-end序列。C2（GeneExpressionAnalysisCenter）

利用CGH與SKY得到之基因體變異區之殖株，亦可作成微陣列，提供更便利及更精確的分子細胞遺傳學實驗操作；譬如，利用BACContig之微陣列代替染色體作為雜交模板，可大幅提升CGH之解像力，並可交由基因表現分析中心針對BAC內的基因，進行定量PCR(real-timequantitativePCR)分析，以找出相關基因。C3（BioinformaticsCenter）

CGH，array-CGH與SKY得到之癌症基因體變異區，可作成分子細胞遺傳學資料庫，提供其他基因體分析工作，如LOHstudy(L1GenotypingLab)之參考。

貳、設施規劃與說明

一、現有儀器

1.本核心實驗室目前設置一套細胞遺傳工作平台(CytovisionGeneticWorkstation)，可執行傳統G-baiding自動核型分析，DAPI螢光自動核型分析及分子細胞遺傳分析包括FISH,CGH,mFISH與RxFISH。共包含一組螢光顯微鏡、六組光學濾鏡、自動濾境轉盤(Filterwheel)與影像吸取及影像分析軟體。

2.本核心實驗室亦有執行傳統CGH及FISH實驗所需之各種分子生物學及分子遺傳學儀器，包含聚合鏈脢反應儀，細胞培養箱，烘箱，水浴槽等。3.頻譜式核型分析系統(SpectralImaging-basedAutokaryotypingSystem)，可同時偵測24種不同之人類染色體，並自動偵測染色體轉位及其他不正常變異，還可進行十種以上探針的FISH分析。4.本核心實驗室亦設立有大量抽取BAC(bacterialartificialchromosomes)DNA的相關儀器與設施，包括大型培養箱，高速離心機等。5.微陣列打點器(Lucidea?MicroarraySpotter)，製備array-CGH晶

片，進行BAC微陣列打點所需。

二、空間

以上設備目前放置於實驗大樓A區109室。

三、人員

每年將僱用研究助理一名。

參、常規服務

本核心實驗室可支援陽明校內外之相關研究，以使設備及技術得到最大之效能。支援的技術包括：

1.HumanChromosomeBandingAnalysis染色體色帶染色法之製作與分析。

2.FISH:利用FISH技術，從事人類染色體上基因或DNA片段之定位。3.利用CGH與SKY技術，分析相關細胞之染色體變異情形。4.Array-CGH提升CGH的解析力到100kb（規劃測試中）。

一、HumanChromosomeBandingAnalysis（染色體色帶染色法之製作與分析）

申請人應提供之材料與資訊

中期染色體的細胞液或新滴好的染色體玻片。申請人預期得到之服務成果

核型(karyotype)分析報告與digitalimagefile一份,需要紙張輸出者，每

份另收100元。操作所需的時間一星期。預估使用經費

服務所需費用請參考：.tw。目前服務能量

每年30cases。欲達最大服務量50case，須增加人力。

二、Fluorescenceinsituhybridization（FISH）

申請人應提供之材料與資訊

Cosmid,phage,BAC,YAC或是Insert大於10kb以上的DNAclone,濃度大於100ng/μl，量大於2μg。申請人預期得到之服務成果

DNAclonemapping的位置與digitalimage一份,需要紙張輸出者，每份另收100元。操作所需的時間三天。預估使用經費

服務所需費用請參考：.tw。目前服務能量

每年100cases。欲達最大服務量150cases，須增加人力。

三、Comparativegenomichybridization（CGH）

申請人應提供之材料與資訊

GenomicDNA，濃度大於100ng/μl（以Fluorometer測定），量大於2μg；待分析細胞來源之病人性別（假使可以取得）。申請人預期得到之服務成果

Chromosomalaberrationprofile,與digitalimage各一份,需要紙張輸出者，每份另收100元。操作所需的時間一星期。預估使用經費

服務所需費用請參考：.tw。目前服務能量

每年50cases。欲達最大服務量100cases，須增加人力。

四、Spectralkaryotyping（SKY）

申請人應提供之材料與資訊

欲分析之中期染色體的細胞液或新滴好的染色體玻片(不超過一個星期)。

申請人預期得到之服務成果

SKY核型(karyotype)分析報告與digitalimagefile一份,需要紙張輸出者，每份另收100元。操作所需的時間一星期。預估使用經費

服務所需費用請參考：.tw。目前服務能量

每年20cases。欲達最大服務量50cases，須增加人力與經費。

五、Array-CGH

本服務正規劃測試中，如有希望使用此項服務者，請洽陳燕彰老師實驗室

〈鍾尹禎：2826-7000轉5561〉

六、常規服務以單一Case為主，當所需服務之case量為同類檢體且數量

過多（如多於10個以上）時，相關細節由申請人