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DeNovoSequencingMethodsinProteomics蛋白质组学中的从头测序方法ChristopherHughes,BinMa,andGillesA.Lajoie摘要本综述描述了通过质谱进行多肽从头测序的方法。从头测序方法利用计算的方式，直接从MS/MS谱实验来推断多肽序列或部分序列。讨论了很多从头测序方法背后的概念。通过串联质谱来识别多肽的其他方法是匹配碎片离子和来自一个基因组或蛋白质数据库的有效肽离子。当基因组未知时，从头测序方法对识别蛋白质是必不可少的，但甚至当基因组已知时，它们也是非常有用的，因为它们不受在一个搜索数据库中的错误的影响。从头测序方法的另一个优点是，部分序列能够被用来搜索翻译后修饰，或进行由基于同源的软件的突变的识别。引言

质谱分析法（MS）在生物科学中扮演了一个越来越重要的角色。MS一直被用于分析小分子但是最近已经成为了一种可选择的检测蛋白质特性的工具。现代质谱仪能够在一个相对较短的时间里分析一个成千上万条肽的混合物并获得序列信息。因为它的灵敏度、准确性和稳健性，MS已经取代早期化学和酶的方法进行蛋白质测序。MS的最新进展，分离科学和生物信息学，都有助于蛋白质组学的快速出现。事实上，蛋白质组学，或全球研究的整个蛋白质的细胞或组织，已经形成了一个自己的领域。由于这些技术的进步，在一个高吞吐量的程度下，使完成分析一个非常复杂的蛋白质混合物成为可能。蛋白质组学可以提供基因组分析中特别是蛋白质的修饰、定位和量化中不能探究的问题的答案。引言各种质谱分析仪和仪器设计目前可用于蛋白质组学实验。绝大多数仪器设计在现在的研究实验室发现的均是混合工具，结合两个或更多的质谱分析仪（Fig.1）。Database-DependentMethods从MS/MS谱鉴别肽的主要的方法可以被划分为两大类：databasedependentanddatabaseindependent（fig.3）。Database-DependentMethods的鉴别策略企图匹配从MS谱中获得的实验光谱与表现出从一个蛋白质或从基因组数据库生成的已经被翻译的假设肽的理论光谱。显然，这些

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