(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍

DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍DNAMANDNAMAN是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。该软件是所有生物信息学研究人员所必备的，强烈推荐使用!!

专题讲座（一）DNAstarDNAstar软件，即著名的LasergeneSuite，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。由EditSeq、MegAlign、GeneQuest、MapDraw、PrimerSelect、Protean、SeqManII七个模块组成。专题讲座（一）PrimerPrimer是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和纹基分析窗口（Motif）。专题讲座（一）EndNoteEndNote是THOMSON公司推出的最受欢迎的一款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！

养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会事半功倍。专题讲座（一）DNAMAN功能很多，这里我们主要讲以下几个常用功能：序列形式的变换DNA序列的限制性酶切位点分析序列比对分析专题讲座（一）专题讲座（一）打开DNAMAN会出现如下界面主菜单栏浏览器栏工具栏载入序列的方法：主菜单栏⇒文件⇒打开⇒选择要载入的序列主菜单栏⇒文件⇒新建⇒直接将序列复制过来主菜单栏⇒序列⇒载入序列⇒选择要打开的文件类型⇒选择相应的要打开的文件专题讲座（一）序列格式转换载入序列主菜单栏⇒序列⇒显示序列专题讲座（一）专题讲座（一）寻找酶切位点载入序列主菜单栏⇒限制性酶切⇒限制性酶切分析专题讲座（一）专题讲座（一）专题讲座（一）序列比对主菜单栏⇒序列⇒比对⇒多重序列比对工具栏⇒多重序列比对专题讲座（一）专题讲座（一）专题讲座（一）DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。专题讲座（一）file⇒open专题讲座（一）选择所需的序列⇒SetEnds⇒输入序列起始和终止位点专题讲座（一）该命令用来去除5’和3’端污染序列寻找开放阅读框：打开序列⇒search⇒FindORF专题讲座（一）点击FindNext专题讲座（一）DNA序列翻译：找到开放阅读框后选择Goodies⇒TranslateDNA专题讲座（一）引物设计以及Primer5.0的使用引物设计的原则1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对各基因相同的序列就是该基因的保守区。专题讲座（一）2.引物长度一般在15~30碱基之间。引物长度常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq酶进行反应。3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值在55－80℃之间，最好接近72℃。4.引物3′端要避开密码子的第3位。如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。专题讲座（一）5.引物3′端不能选择A，最好选择T。引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。6.碱基要随机分布。引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。专题讲座（一）7.引物自身及引物之间不应存在互补序列。引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Crossdimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。专题讲座（一）8.引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。△G值是指DNA双链形成所需的自由能，它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G值越大，则双链越稳定。应当选用5′端和中间△G值相对较高，而3′端△G值较低（绝对值不超过9）的引物。引物3′端的△G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。专题讲座（一）9.引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。引物的5′端决定着PCR产物的长度，它对扩增特异性影响不大。引物的延伸是从3′端开始的，不能进行任何修饰。3′端也不能有形成任何二级结构可能。10.引物应具有特异性。引物设计完成以后，应对其进行BLAST检测。如果与其它基因不具有互补性，就可以进行下一步的实验了。专题讲座（一）打开Primer5.0，会出现如下界面专题讲座（一）选择File⇒New⇒DNASequence或者File⇒Open⇒DNASequence，输入或者打开所需的序列。专题讲座（一）这里我们主要讲引物设计这个功能，点击Primer，则会出现以下界面：专题讲座（一）点击Search专题讲座（一）引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围引物长度产物大小点击OK,出现搜索结果，选择其中一条专题讲座（一）发夹结构引物二聚体错误引发一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，但是，实际操作中我们常常遇到：专题讲座（一）选择要修改的引物，点击EditPrimers，对引物进行修改，修改完成后点击OK。专题讲座（一）引物设计完之后我们再来看一下引物内部的稳定性：主菜单栏⇒Report⇒InternalStability

专题讲座（一）运行EndNote后，出现的第一个界面如下：专题讲座（一）我们可以新建一个数据库：专题讲座（一）如何将文献导入数据库电脑里的