农学毕业论文

水稻和大麦耐盐性的比较基因组学研究郭秋林（农学，310118）摘要：大麦（HordeumvulgareL.）是最耐盐的禾本科作物之一，其野生种质中蕴含丰富的耐性基因资源，这些基因通过多种分子机制调控植株的耐盐性。然而，水稻是禾本科作物中耐盐差的物种之一。但大麦和水稻在基因组序列及其体现模式上具有高度相似性。这些基因往往较保守，在生长中具有功能明显性和等效性，称为共有基因，具有某些转录因子、酶家族、构造蛋白等，这些基因的作用也许与耐盐性有关。本试验选用以水稻日本晴(Oryzasativasubsp.Japonica)和西藏野生大麦XZ26（Hordeumvulgatesubsp.spontaneum）为代表材料，用转录组测序寻找盐胁迫下大麦与水稻基因组中响应盐胁迫的共有基因和物种间特异体现基因，结合对应的耐盐表型与元素含量进行分析，初步探索大麦和水稻基因组与耐盐性的关系，从基因层面揭示大麦和水稻物种间耐盐的有关机理，为水稻耐盐性改良提供理论参照。关键词：盐胁迫；差异体现基因；体现型；元素含量;转录组测序。ComparativegenomicsanalysisofsalttolerancebetweenriceandbarleyQiu-linGuo(Agronomy,310118)Abstract:Amonggramineouscrops,barley(HordeumvulgareL.)isoneofthemostsalt-tolerantspecies,whichcontainsrichresourcesofsalt-tolerancegenesregulatingsalttoleranceofplantsinitswildgermplasm.However,riceissaltsensitive.Barleyandricehavehighsimilarityinthegenomesequencesandtheexpressionpatternofgenes.Theseconservativegenesinbarleyandrice(cBRgenes)includingtranscriptionfactors,enzymefamilies,structuralproteinsmaintainthelawofgrowthregulation,whichplayingimportantrolesinsalttolerance.Inthisstudy,ricecultivarNipponbare(Oryzasativasubsp.Japonica)andaTibetanwildbarleyXZ26(Hordeumvulgatesubsp.Spontaneum)wereselectedforthisresearch.ThecBRsdifferentlyregulatedinriceandbarleyundersaltstresswereidentifiedthroughRNA-seq.ThenthecorrelationbetweencBRsgenesandsalttoleranceinbarleyandricewasdiscussed,revealingthemechanismofsalttolerancebetweenthetwocropsatthegenomelevel,whichcouldprovideavaluablereferenceforimprovingandbreedinginrice.Keywords:Saltstress;differentiallyexpressedgenes;phenotype;elementcontent;RNA-seq.

目录1.引言 32.研究背景综述 32.1大麦的耐盐机理 32.2大麦与水稻的耐盐性比较 42.3转录组及其测序技术（RNA-seq） 43.材料与措施 43.1试验材料 53.2植株处理与取样 53.3元素含量测定 63.4RNA提取与RNA-Seq分析 63.5数据分析 84.文献综述 94.1大麦和水稻耐盐性比较 94.2盐胁迫对大麦及水稻元素含量的影响 104.3盐胁迫下转录组分析 145.讨论 225.1响应基因的体现与耐盐性的关系 225.2大麦和水稻耐盐性差异的基因组层面的探讨 235.3研究展望及局限性之处的改善 23参照文献 24

1.引言土地盐渍化是全球农业生产所面临的严峻挑战之一，盐害的产生来源多种多样，最普遍的是植物蒸腾作用引起的地下矿质资源上升到土表，这一趋势伴随全球变暖和精耕细作深入加剧。目前，全球大概有8.31亿hm2的土地已受到盐渍化的威胁，而我国盐渍土面积约为3600万hm2[3]。盐害对植物的毒害作用重要有渗透克制、矿质营养失调和离子毒害等[2]。水稻是我国种植面积最大、单产最高粮食作物，总产目前位居我国第二。作为重要粮食，稻米在全国居民粮食消费中占65％以上。水稻的年种植面积约占全国粮食作物的30％，总产量则要占40％以上，建国以来，我国稻米生产有了较大的发展，总产量不停增长，为我国粮食生产做出了重大的奉献[3,29]。耐盐性作为水稻品种改良方向之一，备受关注[6]。水稻对于土壤盐分具有极大的敏感性，这严重威胁到了我国粮食供应，影响了农业生产，经济损失估计超过120亿[4-5]。大麦是禾本科耐盐作物的代表之一，且资源分布与适应性广[6]。因此，研究大麦的耐盐性与水稻的盐敏感性可为揭示植物耐盐机理提供重要的参照和指导；对大麦耐盐有关基因组的研究及其与水稻的同源基因比较，将对克隆耐盐基因与培育耐盐水稻新品种提供重要的理论根据和技术支持。2.研究背景综述2.1大麦的耐盐机理 大麦适应性广，耐盐性强，其野生抗逆种质资源丰富大麦作为一种耐盐作物[1]。近年来，某些研究者对青藏高原一年生野生大麦开展了遗传多态性分析和干旱、酸铝及盐害等非生物胁迫耐性鉴定和优秀种质的发掘，发现青藏高原一年生野生大麦具有丰富的遗传多态性和耐非生物胁迫的遗传变异[2,4]。浙江大学大麦课题组从西藏野生大麦材料中鉴定到耐盐性具有明显差异的种质资源，如XZ16、XZ26、XZ169等，其中XZ26具有优秀的耐盐性[3,23]。 普遍认为，渗透胁迫、离子毒害和次生胁迫是盐胁迫对植物导致危害的重要机制[1,2]。如某些植物受盐胁迫时，Cl-的毒害作用往往表目前克制植物的光合作用[6]，而细胞中过多的Na+积累将导致离子失衡并产生特异性损伤。目前，渗透调整、离子平衡和抗氧化作用被认为是植物的重要耐盐机制[29]。如植物在胁迫下产生大量的活性氧自由基（ROS），导致一系列次生胁迫，植物通过体内的抗氧化系统清除掉一部分的ROS，转基因植物试验研究中，过量体现抗氧化酶有关基因可增强转化植株对渗透和氧化胁迫的耐性[9]。大麦耐盐机制波及到多种生理途径与调整[2]，最重要的是离子转运平衡，包括渗透调整的改善、根部Na+的摄入与Na+回流根际土壤的调整、木质部离子运送的调控、细胞中K+、Na+的置换与保留、细胞内Na+的区隔以及对氧化胁迫的耐受等[31]。总体而言可被分为如下几方面：（1）Na+排出机制；（2）K+保留；（3）氧化胁迫耐性；（4）渗透调整[27,31]。阐明各个机制的作用原理及其在大麦耐盐性上的相对作用，对于指导大麦及其他作物的耐盐性研究无疑具有重要的意义。2.2大麦与水稻的耐盐性比较 相比较而言，大麦与水稻大概在5000万到1亿年发生分化，具有相称悠久的历史，但在其基因组的构成乃至RNA修饰、蛋白构造乃至功能上仍然具有较高的相似性。基因若不受功能约束，其体现形式很轻易变化，长期以来使萌发调整规律得以保持的水稻、大麦基因，体现序列与形式较恒定，在萌发中具有功能明显性和等效性，有较高的研究价值[23]。此外，大麦中还存在特有的保守基因序列。鉴于大麦具有较强的耐盐性，而这从主线上又是由基因进行调控的，因而将耐盐性的差异划归为基因组的比较也是十分必要的。水稻栽培种的耐盐性普遍低于大麦，以水稻在盐处理下的生长状况作为参照指标，研究表明水稻幼苗期对盐碱较敏感，同一品种在发芽期和幼苗期的耐盐性存在一定差异，整个营养生长阶段，水稻耐盐性逐渐增强[5]。此外，有关研究[17]指出在盐碱胁迫下，水稻成熟期的株高和秆长不能很好地反应品种间耐盐性强弱，最佳取样期在分蘖期结束前，而单株分蘖数等是衡量水稻耐盐碱强弱的良好指标[4]。有关研究表明，在检测到的大麦、水稻构造与功能基因中，同源数量到达57661个，大麦特有基由于4650个，即在漫长进化史中，大麦分化出少部分具有特异性的基因[2]。而水稻与大麦在同源基因的蛋白质序列和体现形式上具有很高的相似性[23]。基于同源基因组和大麦特异基因组的研究价值，分析特有基因在体现过程中的调控机理，比较同源基因调控差异，从中找出耐盐有关基因的也许性较高。这些基因组的分析以及文库制备等也可以成为耐盐水稻开发的一项技术储备。2.3转录组及其测序技术（RNA-Seq） 转录组是特定细胞或组织在特定期间或状态下转录出来的所有RNA的集合。通过对转录组的研究可以揭示生物体的基因体现、研究构造变异及发现新基因等。转录组分析的研究措施、研究平台发生着日新月异的变化，同步生物信息学分析的内容也在逐渐完善。分子生物学技术的迅速发展极大地提高了人们对转录组(Transcriptome)的分析能力，尤其是伴随高通量测序技术的发展，RNA-Seq分析已经逐渐成为一种常用的试验手段[7]。作为一种新的转录组研究手段，RNA-Seq运用新一代测序技术可以更为迅速、精确地为人们提供更多的生物体转录信息，并在生物信息学分析等有关领域得以不停应用[10]。3.材料与措施3.1试验材料本试验所用的水稻和大麦分别选用日本晴和西藏野生大麦XZ26作为试验材料。各取200粒左右具有活性的休眠种子。3.2植株处理与取样3.2.1种子萌发 水稻种子发芽：取2个500mL的锥形瓶用去离子水洗净，各加入200mL蒸馏水，供试的的日本晴种子分别放入锥形瓶中，并标识名称，放入培养箱25℃饱和湿度进行暗室培养，每隔8小时换水一次，并注意轻摇混匀。48h后，用同温去离子水冲洗一次，取2个发芽盒，标识水洗后，垫上3层用蒸馏水浸润的发芽纸，将种子均匀摆在发芽纸上，加蒸馏水至浸没。再另用滤纸加水浸湿，覆盖在发芽盒底部，发芽盒置于25℃培养箱中。恒温箱暗培养3d，出芽后补光培养。 大麦种子发芽：水稻种子播种7d后进行大麦种子发芽。供试的XZ26种子用3%H2O2表面灭菌处理20min，用去离子水冲洗4次后在发芽盒中发芽，播种措施同水稻种子。发芽盒放置在25℃的生长室中暗培养3d，出芽后补光培养。3.2.2苗期盐胁迫处理大麦发芽9天后，将水稻和大麦幼苗各自移栽到6个盛有营养液的6*8孔塑料黑箱（15L）中进行水培，水稻、大麦各分为2个处理组与1个试验组。每处理（箱）各设置46=24个反复，每个反复取2粒发芽状况良好的种子在海绵固定下种1个孔。大麦的水培箱用气泵持续充气。所有处理在温室中培养，培养条件为光照14h，黑暗10h，昼夜温度设置为22℃/18℃，营养液pH控制在5.6左右。定期更换营养液，配方如表1，其中大麦使用的营养液编号H1到H6，水稻使用的营养液编号R1到R3及H1到H3[2]。元素种类营养液编号化学成分浓度(g/L)每10L营养液用量(mL)大量元素（大麦）H1KNO310110Ca(NO3)2·4H2O236H2MgSO4·7H2O2464H3NH4H2PO41152微量元素H4H3BO31.851MnCl2·4H2O0.99(NH4)6Mo7O24·4H2O12.36ZnSO4·7H2O1.15H5CuSO4·5H2O0.251H6Fe(Ⅲ)-EDTA42.11大量元素（水稻）R1KH2PO424.85R2MgSO4·7H2O134.85(NH4)2SO448.2R3KNO318.55Ca(NO3)2·4H2O86.4表1水稻与大麦营养液配方水培8d起进行盐胁迫处理，每个基因型的3组处理分别将营养液中NaCl的浓度设定为0mM（对照）、100mM（处理）、150mM（处理）；所有营养液每3d更换一次，加缓冲液以控制pH在6.0左右，试验组开始时NaCl浓度每次换营养液增长50mM，直抵到达目的浓度，使植株逐渐去适应高盐环境。3.2.3取样措施盐处理7d（播种第33d）后对材料进行取样，取样品种为XZ26、日本晴，浓度为0mM、100mM，共4组处理。每组处理各收取生长状况最佳的6个反复，每个反复分别剪取地上和地下共2部分，各自作为1个样本。地下部的根用自来水冲洗3次，持续冲洗1min，洗去吸附在根表面的离子，地上部剪清除生长状况不佳的老叶片。取样时就将6个反复先后分2批收取，每批随机3个反复。第一批样品，编号地上部S1-S12，地下部R1-R12，在80℃下烘干72h称干物重，烘干后称重。烘干后的样品用于短期盐处理的金属元素含量测定。第二批样品同为3个样本，编号地上部S1-S12，地下部R1-R12，立即放于液氮冷冻烘干，-80℃保留备用于代谢含量测定（RNA-seq）[2,31]。3.3元素含量测定 取样后，将地上部和地下部的第一批烘干后样品，研碎后称取重量。将样本加入试管，冷却后再加入10mlHNO3:H2O（1:1），用试管加热器以160℃消煮约2h，直至消煮液只剩试管半球部分。用滤纸过滤，搜集提取液并定容至20mL，保留于试管并标识。各样本Na、K、Ca、Mg、Cu、Fe、Mn和Zn离子含量用电感耦合等离子体发射光谱仪ICP-OES（iCAP6000型号，美国赛默飞世尔科技企业）测定。3.4RNA提取与RNA-Seq分析3.4.1总RNA提取 将第二批样品送样，每组取液氮冷却后的样本约0.5g，其中地上部取第三完全展开叶，采用QIAGEN的RNeasyPlantMiniKit(50)试剂盒提取总RNA，于-80℃冷库备用。3.4.2mRNA分离和纯化通过两次纯化，使用结合有poly-T寡核苷酸的磁珠从总RNA中分离纯化出具有poly-A的mRNA。环节如下：保证总RNA起始量有1ug-5ug，加NucleasefreeWater补齐到50ul；取15ulNEBNextOligod（T）25beads到另一种新的PCR管中；取100ul2XRNABindingBuffer洗磁珠两次；往磁珠中加入50ul2XRNABindingBuffer和第一步中50ulRNA，吸打混匀；放入PCR仪，65℃5min；当PCR仪的温度到达4℃时，就拿出PCR管，室温放置5min，使mRNA充足绑定到磁珠上；将PCR管放到磁珠板上2min，使已绑定到磁珠上的mRNA分离出来；吸走上清液，加入200ulWashBuffer洗掉未绑定的RNA；置于磁珠板上2min，吸走上清液，再洗一次；往磁珠中加入50ulElutionbuffer，吸打混匀；放入到PCR仪中，80℃2min，25℃保留；当PCR仪温度到达25℃，立即拿出PCR管，往PCR管中加入50ulRNABindingBuffer，吸打混匀；室温放置5min，使mRNA充足绑定到磁珠上；按以上环节加200ulWashBuffer洗两次；往磁珠中加入10ulNucleasefreeWater混匀，置于PCR管中80℃2min；立即将PCR管放到磁珠板上分离，等液体变澄清后，吸出6.75ul到新的PCR管中，即为mRNA。3.4.3mRNA热打断加入纯化后的的6.75ulmRNA、2ulFirstStrandSynthesisReactionBuffer、0.5ulRandomPrimers，混匀后放到PCR仪中，94℃11min，时间一到立即拿出置于冰上。3.4.4mRNA反转录往上一步结束的反应中加入0.25ulMurineRNaseInhibitor、0.5ulProtoScriptIIReverseTranscriptase，混匀后按如下程序进行反应合成第一条cDNA链：25℃10min42℃15min70℃15min4℃hold往合成的第一条连中加入24ulNucleasefreewater、4ulSecondStrandSynthesisReactionBuffer、2ulSecondStrandSynthesisEnzymeMix放到PCR仪中，16℃1h，热盖温度40℃3.4.5cDNA纯化（1）往上述结束的dscDNA中加入72ul(1.8x)AMPureXPbeads（2）吸打混匀，室温放置5min（3）放置于磁珠板上，等液体变澄清（大概5min），小心吸除上清（4）往PCR管中加入200ul80%的酒精，洗30s，吸除上清，洗两次（6）往已晾干的磁珠中加入30ul的NucleasefreeWater，吸打混匀磁珠（7）将PCR管放到磁珠板上分离（8）等液体变澄清后，吸出27.75ul到新的PCR管中3.4.6末端修复通过切除或者补平3’和5’突出端，得到平末端。对5’端磷酸化后，再对3'端加‘A’，使其能与下一步具有‘T’的Adapter互补连接加入1.5ulNEBNextEndPrepEnzymeMix、3.25ulNEBNextEndRepairReactionBuffer(10x)、27.75ul纯化后dscDNA，混匀后将PCR管放入PCR仪中，按如下程序运行：20℃30min65℃30min保留于4℃3.4.7接头连接在双链cDNA片段上加上Adapter，使其能杂交到flowcell上往末端修复结束的PCR管中加入7.5ulBlunt/TALigaseMasterMix、1.25ulDilutedNEBNextAdaptor、1.25ulNucleasefreewater，混匀后将PCR管放于PCR仪中，设置为20℃15min，时间到立即加入1.5ulUSERenzyme，混匀后放置于PCR仪中，设置为37℃15min。3.4.8磁珠筛选用0.6xAMPureXPbeads抓取600bp以上的DNA片段，再用0.8x的浓度对600bp如下的DNA片段进行300bp以上片段的抓取，筛选出300-600bp的范围富集PCR，环节如下：（1）往接头连接结束的PCR管中加入1.25ulNucleasefreeWater，补齐到45ul（2）加入27ul(0.6x)AMPureXPbeads，吸打混匀，室温放置5min（3）放置于磁珠板上，等液体变澄清（大概5min），吸取上清到新的PCR管中（4）再次加入9ulAMPureXPbeads，吸打混匀，室温放置5min（5）放置于磁珠板上，等液体变澄清（大概5min），吸除上清（6）往PCR管中加入200ul80%的酒精，洗30s，吸除上清，洗两次（7）将PCR管放置于磁珠板上，打开盖子晾干，使其完全龟裂（大概5min）（8）往已晾干的磁珠中加入13ul的NucleasefreeWater，吸打混匀磁珠（9）将PCR管放到磁珠板上分离（10）等液体变澄清后，吸出11.5ul到新的PCR管中3.4.9PCR富集PCR选择性的富集两端具有接头的DNA片段，放大cDNA文库。向文库中引入检索引物以用于多样本测序。加入11.5ul筛选后的DNA片段、12.5ulNEBNextHighFidelity2xPCRMasterMix、0.5ulIndex（X）Primer、0.5ulUniversalPCRPrimer，混匀放入PCR仪中，按如下程序进行：预变性98°30s1个循环变性98°10s退火65°30s15个循环延伸72°30s终延伸72°5min1个循环保留4°∞3.4.10胶回收纯化用2%的琼脂糖凝胶进行电泳，切取350-450bp之间的片段，用QIAGEN胶回收试剂盒进行回收，剩余2ul用Qubit测RNA浓度。3.4.11文库接头效率测定使用AglientTechnologies2100Bioanalyzer仪器对每个文库进行条带大小确实定，然后再用KAPA的文库定量试剂盒进行文库接头效率的测定，以保证数据的精确性。3.5数据分析 采用Excel（MicrosoftOfficeExcel）进行相对干物重的计算，先用t检查清除偏差值较大的样本组数，剩余数据求平均值。相对干物重对2个品种的试验组、对照组的各个元素含量的数据进行处理。按元素分类，计算均值、原则差，绘制图表。采用Blast2go3.3软件对RNA-seq检测到的各品种地上部、根部及根部的mRNA序列文库进行检索及注释。计算体现上调或下调倍数（Foldchange）。FoldChange=X1~X3是试验组三个反复的体现量，日本晴：S1~S3，R1~R3，XZ26：S7~S9，R7~R9Y1~Y3是试验组三个反复的体现量，日本晴：S4~S6，R4~R6，XZ26：S10~S12，R10~R12筛选出FDR＜0.001，相对体现FoldChange＞2或＜0.5的差异体现基因（mRNA序列），将同一基因体现出的转录组进行归纳，合并为单个基因，列出各品种各部位差异基因表。从差异基因表中选出水稻和大麦中具有高度序列相似性的共同体现基因，再从中选出在一对多或多对一中评估成绩较高的基因，列出共同差异基因表，以待深入比较分析。4.成果与分析4.1大麦和水稻耐盐性比较图1三种盐浓度处理下大麦与水稻体现型的差异如图1，与对照组相比，在100和150mM浓度的NaCl处理条件下，大麦组、水稻组的生长状况均受到一定影响。图1为在盐处理7d取样时，各组的生长形态。对照组水稻生长状况良好，叶片正常展现绿色、挺直；对照组大麦的生长状况良好，叶片宽敞茂密，但基部老叶倒伏较严重，部分叶片有发黄，这与预期有所不符。在盐浓度100mM下，大麦总体长势与对照组相比变化不大，叶片疏密合适，呈绿色，叶宽减小；而水稻组则开始展现一定影响，重要表目前新叶生长速率减缓，老叶开始发黄，根系生长减缓，部分叶片叶尖下垂。150mMNaCl处理下，大麦生长受到一定影响，但并不明显，仅生长速率稍减缓；与之相对，水稻所有品种的生长均受到严重影响，从株高来看，生长速率缓慢，部分植株基本停止生长，靠近死亡，叶片窄小、蜷缩萎蔫。 以XZ26和日本晴分别作为大麦、水稻的代表品种，第一次取样所测得干物重成果如表2。可见清除水分后与对摄影比，XZ26和日本晴在100mM下干物重呈基本不变或减小趋势，由相对干物重可见变化幅度不大，大概在0.75至1.0之间，日本晴根部及XZ26地上部干物重对盐处理较为敏感。就整珠而言，高浓度盐含量时，XZ26的相对干物重随浓度增长减少更明显。表2盐处理前后大麦与水稻根和地上部干物重比较编号“S”为地上部，“R”为根部，干物重为差异明显性分析后求求平均所得部位品种处理浓度干物重/g相对干物重地上部日本晴对照0.19650.958100mM0.1883XZ26对照0.15480.815100mM0.1261根部日本晴对照0.04610.757100mM0.0349XZ26对照0.04240.892100mM0.03784.2盐胁迫对大麦及水稻元素含量的影响 保持离子平衡是大麦的重要耐盐机制，也是作物正常生长的基本要素之一。在大体理解大麦与水稻重要品种的耐盐性差异后，即可测定它们对照组、100mM两个盐浓度水平的地下部和地上部的大量元素K、Ca、Na及微量元素Mg、Mn、Fe、Cu、Zn含量。从图2和图3中可以直观理解盐胁迫对大麦及水稻两个组织中元素含量的影响，其成果对该时期基因组功能及体现量变化等深入研究具有参照价值。以日本晴和XZ26分别作为水稻和大麦的代表品种，选用盐处理后7d进行测定。 盐处理后，日本晴、XZ26地上部、地下部的Na含量均明显上升，升至对照组的10-30倍，其中根部XZ26处理前为0.745mg•g-1，与日本晴的0.725mg•g-1靠近，处理后上升至22.24mg•g-1较之日本晴含量更高。而地上部状况则有所不一样，处理前日本晴和XZ26分别为0.278mg•g-1与0.284mg•g-1非常靠近，盐处理后XZ26上升至33.52mg•g-1远低于日本晴的52.18mg•g-1，两个品种的变化趋势与根部相反，阐明大麦在高盐环境下，Na自根部到地上部的转运趋向于受到克制，体现了大麦品种的离子平衡机制。日本晴、XZ26的地上部、根部在高盐环境下，K含量均明显下降，与Na含量变化展现明显的负有关。其中日本晴根部由39.0mg•g-1降至19.24mg•g-1，为对照组的49%，降幅最明显，XZ26由68.10mg•g-1降至52.1mg•g-1，降幅仅23%；地上部日本晴K元素含量仅降至75%，由对照组的50.83mg•g-1降至38.07mg•g-1，XZ26与之相比，试验组62.76对比对照组100.78，降至62%，幅度愈加明显，阐明高盐环境对K的吸取产生了一定影响，并且日本晴在高盐环境下更趋向于将K元素输送到地上部，而XZ26趋向于保留在根部。两个品种的地上部、地下部的Ca含量在盐处理时发生不一样程度的下降。其中对处理最不敏感的是日本晴的根部，试验组1.276mg•g-1与对照组1.152mg•g-1相比降幅10%，而XZ26根部由2.731mg•g-1降至1.802mg•g-1，降幅34%；与之相对的，地上部日本晴的试验组与对照组Ca含量分别为3.77mg•g-1与5.36mg•g-1，XZ26分别为3.84mg•g-1与6.21mg•g-1，盐处理后的Ca积累量两者相近，处理前XZ26有稍高的积累量，降幅分别为30%与38%，XZ26降幅仅仅稍不小于日本晴，可见XZ26钙含量对盐处理愈加敏感，而日本晴仅地上部积累量受到较大影响。微量元素方面，最值得关注的是Fe元素和Cu元素，与其他元素不一样，它们的根部积累量明显高于地上部。未进行盐处理时，日本晴和XZ26根部的Fe积累量分别为0.235mg•g-1和0.822mg•g-1，大麦品种明显更高，而地上部含量分别为0.0872mg•g-1和0.0875mg•g-1，基本相似；盐处理时，日本晴根部和地上部Fe含量均一定程度的上升，分别为0.396mg•g-1和0.112mg•g-1，对照组的1.66和1.28倍，而XZ26根部和地上部Fe元素均下降，分别为0.642mg•g-1和0.0776mg•g-1，对照组的78%和89%，变化趋势相反。Cu浓度在地上部盐处理时均受到克制，日本晴试验组0.0266mg•g-1与对照组0.0385mg•g-1相比仅为69%，XZ26试验组含量0.0097mg•g-1为对照组0.0122mg•g-1的80%；盐处理根部的Cu含量同样为克制作用，且降幅明显，试验组0.0316mg•g-1仅为对照组0.0980mg•g-1的大概1/3，与之相对，日本晴的Cu含量小幅度上升，试验组0.465mg•g-1是对照组0.375的1.24倍。Mg含量在盐处理下变化趋势与Ca有所类似，日本晴根部基本未受到影响，100mM下Mg含量1.37mg•g-1与对照组1.36mg•g-1相比可视为不变，而XZ26也仅受到微小影响，试验组1.15mg•g-1与对照1.23mg•g-1相比到达93%；日本晴地上部分别为3.86mg•g-1与5.08mg•g-1，降幅24%，结合文献，表明Mg在由地下输送到地上部时受到一定影响，XZ26由2.44mg•g-1下降到试验组的2.03mg•g-1，对应降幅17%不小于根部，但不及日本晴变化大。此外，日本晴、XZ26地上部和根部在盐胁迫下，Mn、Zn含量均发生不一样幅度的下降，均为明显变化。在盐胁迫条件下，元素Na如此大幅度的上升，据猜测重要是由盐处理所引起，品种特异性的影响次之。资料表明[29]水稻地上部叶片组织代谢对于Na含量比大麦更为敏感，而本次地上部RNA-seq重要材料就是叶片，印证了取材和分析成果的对的性。除Na外，元素含量明显上升的只有日本晴地上部与根部的Fe元素，日本晴地上部的Cu元素，其他均为下降或无明显变化。可见高盐环境对于水稻和大麦的大量元素吸取具均有明显的克制作用，不利于生长发育；微量元素在盐胁迫下也许伴随更复杂的调控方式。

根部Mg含量地上部Mg含量图2盐处理前后大麦与水稻元素含量差异浓度单位mg•g-1根部Mg含量地上部Mg含量地上部Fe含量根部Fe含量根部Cu含量根部Mn含量根部Zn含量地上部Cu含量地上部Mn含量地上部Zn含量根部Fe含量地上部地上部Fe含量根部Fe含量根部Cu含量根部Mn含量根部Zn含量地上部Cu含量地上部Mn含量地上部Zn含量根部Fe含量地上部Fe含量

4.3盐胁迫下转录组分析4.3.1差异体现基因调控初步分析：通过之前所分析的生长外观表型、金属元素含量变化等，已经能大体理解水稻、大麦代表品种存在一定的耐盐性差异。而RNA-seq成果表明水稻和大麦大多数基因在盐胁迫下进行了差异体现，且差异基因的调控状况也有所不一样，重要表目前不一样品种、不一样部位的基因上调或下调数目不一样。如图3所示[30]，满足FDR＜0.001，FoldChange＜0.5或FoldChange＞2或具有体现量=0（Foldchange未知）的条件下，共筛选出地上部差异体现基因3371个，包括XZ26（大麦）187个，日本晴（水稻）3246个，地上部共同体现基因62个。有13和16个基因分别在所有品种中均上调和下调。共有基因中分别有3个和30个基因在XZ26中受到上调和下调，而在日本晴中调整方向相反。分别有36个和89个基因在日本晴中未被检测到，而在XZ26中分别上调和下调。有39个和119个基因分别仅在XZ26上调和下调，由共有差异基因和大麦特有基因的特殊性，初步推测其中具有耐盐基因。地上部根部图3大麦与水稻盐处理下差异体现基因数的比较根部差异体现基因5326个，包括XZ26（大麦）606个，日本晴（水稻）4919个，根部共同体现基因199个。有43和60个基因分别在所有品种中均上调和下调。共有基因中分别有81个和15个基因在XZ26中上调和下调，而在日本晴中调整方向相反。分别有260个和147个基因在日本晴中未被检测到，而在XZ26中分别上调和下调。有341个和162个基因分别仅在XZ26上调和下调。同理猜测共有及大麦特有基因中有应对盐胁迫的组员。差异基因越多表明对盐胁迫越敏感，根部差异体现基因明显多于地上部，水稻差异体现基因明显多于大麦。基因下调是生理活动受到克制的体现，大麦根部基因大多上调，地上部基因大多下调，水稻则相反。而非共有基因数目明显多于共有基因阐明耐盐调控方式不一样。4.3.2大麦与水稻中共有的盐胁迫响应基因 通过初步筛选得到地上部（表3）和地下部共有差异基因，结合Blast2go基因注释，将其归入不一样的基因组，并根据其注释的功能与耐盐性之间的联络。由于软件原因，根部基因并未所有获得注释，无法进行统一，本试验仅就地上部基因进行了分析。蛋白质功能类似的基因被归为1个基因类。按作用对象筛分出A、B、C、D、E共5个基因类别。A类基因中共7个组员，蛋白具有构造域，通过直接与DNA、RNA结合的蛋白而直接起到调控作用，可参与多项生理反应。1、2、48号基因的蛋白属于WRKY转录因子家族，是含高度保守的关键氨基酸序列的质膜内在蛋白，在受到病原菌、损伤、盐害等胁迫因子诱导后体现，其锌指构造域能与DNA或RNA结合，调控并参与多项生理过程包括抗病、生长发育、修复损伤等方面[28]。该基因组的这3个基因在XZ26中均下调，在日本晴均上调。16号的蛋白也在XZ26下调而在日本晴地上部明显上调，其属于VQ蛋白家族，具有VQ-motif保守序列。此外，35号锌指CCCH构造域蛋白是转录遏制物，克制植物色素形成，通过调控GA和ABA的体现控制生长，XZ26和日本晴都上调。37号的蛋白属于螺旋-环-螺旋（HLH）DNA构造域家族，在两个品种中均发生下调。B类基因共具有6个组员，是参与激素合成或调控的酶。编号9对应蛋白为9-顺式-环氧类胡萝卜素加双氧酶，注释表明它是植物合成ABA的关键物质，在XZ26和日本晴中均上调，即增进ABA合成。编号27对应合成ACC氧化酶，重要功能是乙烯生物合成途径的限速酶，调控乙烯的生成速率，在日本晴和XZ26中体现均下调[15]。44号对应合成小麦萌发素，该类激素与逆境刺激有关，而文献[11]表明它是一类重要的胁迫响应蛋白，位于细胞外基质，使草酸分解生成H2O2，属于Cupin超家族组员，该基因在大麦中下调，水稻未知。49号参与调控FERONIA受体激酶，大麦中下调，水稻未知，该酶能正向调整生长素，克制ABA信号转导及磷酸酶的失活，使植物生长趋向活跃；50号为脱落酸受体PYL4，与49号具有功能相似性，克制ABA及磷酸酶失活，需在生长受克制等胁迫环境下体现。57号为细胞分裂素-O-糖基转移酶，可以使CTK发生O-葡萄糖基化而失活，由于可通过β-葡糖苷恢复，发生此类糖基化对CTK的克制作用影响不大，可防止CTK被降解，便于其运送、储存，该基因大麦下调，水稻明显上调[20]。C类基因共5个组员，与叶绿体的脂类及色素类调控有关的酶。30、33号基因对应α-酮戊二酸加双氧酶，与黄酮素、花青素等的生物合成有关，均在XZ26下调，日本晴上调。40号基因在XZ26上调，日本晴明显上调，参与脂氧合酶形成；46号PAP14同样存在于叶绿体并参与脂质形成，它们均在日本晴地上部明显上调[25]。62号对应A1-Igammal磷脂酶，参与叶绿体脂质代谢，可水解甘油磷脂、糖脂，在XZ26上调，日本晴下调。D类为与金属元素调控有关的酶，共有2个组员。31号在XZ26下调，日本晴上调，参与合成钙调蛋白PBP1，可结合Ca，增进其吸取，并在胁迫反应中起调整作用。47号为储铁蛋白，在叶绿体中，搜集可溶性Fe2+并以Fe3+形式储存，影响光合作用，也许对Fe元素平衡有影响，在两个品种中均上调。E类为过氧化物酶，可催化过氧化氢、酚类等的分解。包括26号（XZ26明显下调、日本晴明显上调）、41号（XZ26下调、日本晴上调）、58号（XZ26下调、日本晴明显上调）。剩余编号的有标注蛋白或作用于各类蛋白质，或作用于无明确分类的小分子，由于种类繁多，对它们的功能进行深入分类。F类为与免疫调控有关的基因组，6个组员。3、20号为病程有关蛋白，与发病原有关的一种细胞外蛋白，具有多种免疫效应，XZ26下调[19]。5号在两个品种均下调，对应CBL互作激酶，与CBL蛋白结合，调整NAF域，使之以Ca依赖方式激活，激活后CBL作用于免疫反应[22]。7号对应内切几丁质酶，可以降解入侵真菌的细胞壁，XZ26下调，日本晴明显上调。17号对应GPI锚定的赖氨酸构造域蛋白，是一种细胞表面受体，日本晴下调。51号对应蛋白可引起作物过敏反应和抗病性，两个品种均下调。G类是位于细胞膜上的转运或信号蛋白，3个组员。23号的COBRA-7，离散分布，与纤维素沉积及细胞的伸长有关，在日本晴、XZ26中体现均受克制。2号ATP与细胞膜的结合蛋白，增进细胞膜细胞骨架上ATP水解酶的催化效率，两个品种都上调。53号为丝/苏氨酸激酶受体，跨膜信号蛋白，接受胞外信号，使下游信号中丝/苏氨酸磷酸化。H类是与逆境胁迫直接有关的调控基因，9个组员。10号对应海藻糖-磷酸盐合酶，其体现在XZ26和日本晴分别上调至2.01和5.00倍。24号对应油体钙蛋白，XZ26和日本晴中分别下调和明显上调。43号对应HVA22，在XZ26和日本晴中分别上调至2.773和9.109倍。55号对应线粒体精氨酸转运蛋白，需Cl-诱导下体现，XZ26未知，日本晴明显上调至16.80倍。28、36号对应半胱氨酸受体激酶，应对胁迫、调控生长过程的保守信号组件，与病原体防御及细胞程序性死亡有关，两个基因在XZ26与日本晴中均下调[24]。29、60号对应胰蛋白酶克制剂，能结合胰蛋白克制底物分解，会在高盐等逆境下诱导体现，增长糖分积累，均在XZ26下调，水稻上调。此外尚有之前提到的44号。除以上分类，某些对应各类参与氧化、水解、羧化等生化酶的基因被单独列出。6号α-半乳糖苷水解酶，两个品种均上调。12号枯草杆菌蛋白水解酶，XZ26下调。13号含黄素单氧酶，与含N、S、P、Se等亲和杂原子化合物的化学异物氧化代谢有关，XZ26下调，日本晴明显上调。14号对应多胺氧化酶降解多胺，均下调。15号磺基转移酶，结合磷酸盐与外源化合物或代谢产物，调控解毒、生长发育，保持黄酮化合物多样性，XZ26上调，日本晴下调[21]。18号HAD家族水解酶，XZ26下调，日本晴上调。39号对应磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶，XZ26下调，日本晴明显上调，TCA循环中依赖Ca催化形成草酰乙酸。45号基因体现的阿魏酰辅酶A为转移酶，将阿魏酰基转移至羟基棕榈酸上形成酸酐，缺水环境下的组分存贮，两个品种均下调；而同对应酰基转移酶的56号两个品种均上调。59号对应的1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶，催化3-磷酸甘油醛产生1-脱氧木酮糖-5-磷酸和丙酮酸的酮醇缩合反应生成DXP，是一种质体类异戊二烯生物合成必需的限制酶，和叶绿体的发育亲密有关，该基因在XZ26中下调，而在日本晴中明显上调至70.4倍。61对应β-1-3内切葡聚糖水解酶，水解可溶性纤维素，两个品种均下调。此外尚有某些功能不够明晰的基因。8号属于cupin超家族组员，在日本晴、XZ26中分别下调、上调，同属该家族的尚有9、30、44号，调控方式各不相似。19号调控某种合成克制剂，54号调控某种糖激酶，它们都在XZ26中下调，日本晴中上调。而4、11、21、25号等基因无注释，功能有待探明。

表3大麦（左）与水稻（右）地上部盐处理共同差异基因体现量变化及其调控蛋白No.基因MSUfoldchangeblast2go注释基因MSUfoldchangeblast2go注释1MLOC_102640.252probableWRKYtranscriptionfactor50LOC_Os05g460208.402probableWRKYtranscriptionfactor502MLOC_120790.255WRKYDNA-bindingdomainsuperfamilyLOC_Os01g402609.056WRKYtranscriptionfactor28-like3MLOC_125810.278pathogenesis-related1-17LOC_Os05g51680?pathogenesis-related1A-like4MLOC_140090.411predictedproteinLOC_Os01g486200.071---NA---5MLOC_158340.435CBL-interactingkinase21LOC_Os07g442900.293CBL-interactingkinase216MLOC_15872.478alpha-galactosidaseLOC_Os10g351107.068alpha-galactosidase7MLOC_163200.126endochitinaseLOC_Os06g5106028.679endochitinase8MLOC_1695018.027---NA---LOC_Os08g134400.179germintype19MLOC_183002.799---NA---LOC_Os03g443807.8509-cis-epoxycarotenoiddioxygenase10MLOC_187252.011probablealpha,alpha-trehalose-phosphatesynthase[UDP-forming]9LOC_Os02g548204.996probablealpha,alpha-trehalose-phosphatesynthase[UDP-forming]911MLOC_207470.492Rpr4901.2LOC_Os11g119800.371Os11g0227000,partial12MLOC_365290.414Subtilisin-likeproteaseLOC_Os04g03100?subtilisin-likeprotease13MLOC_368490.306probableflavin-containingmonooxygenase1LOC_Os04g1469065.590probableflavin-containingmonooxygenase114MLOC_373280.334probablepolyamineoxidase4LOC_Os04g575600.452probablepolyamineoxidase415MLOC_392353.716flavonolsulfotransferase-likeLOC_Os11g309100.249cytosolicsulfotransferase8-likeisoformX316MLOC_402540.407VQmotiffamilyLOC_Os06g3397030.225VQmotiffamily17MLOC_43178?lysMdomain-containingGPI-anchored1-likeLOC_Os09g278900.207lysMdomain-containingGPI-anchored1-like18MLOC_45180.440catalytichydrolaseLOC_Os03g494408.960HAD-superfamilyhydrolase,subfamilyIA,variant3,19MLOC_484290.132synthesisinhibitorIILOC_Os01g073005.361synthesisinhibitorII20MLOC_485310.277Pathogenesis-related1LOC_Os01g284505.933pathogenesis-relatedmaizeseed21MLOC_509710.303hypotheticalproteinTRIUR3_04936LOC_Os02g534105.751PREDICTED:uncharacterizedproteinLOC433088722MLOC_51830.468Pleiotropicdrugresistance4LOC_Os01g424105.957ABCtransporterGfamilymember3723MLOC_528640.391COBRA7LOC_Os07g490800.265COBRA724MLOC_529300.147caleosin2LOC_Os04g4320029.345caleosin225MLOC_536213.096predictedproteinLOC_Os04g4714011.782PREDICTED:uncharacterizedproteinLOC433664026MLOC_541290.078peroxidaseN-likeLOC_Os10g0207010.602peroxidaseN-like27MLOC_542720.361ACCoxidaseLOC_Os09g277500.2551-aminocyclopropane-1-carboxylateoxidase128MLOC_552070.175cysteine-richreceptorkinase10LOC_Os10g047200.225cysteine-richreceptorkinase1029MLOC_56460.350Bowman-BirktypetrypsininhibitorLOC_Os03g608408.734Bowman-Birktypetrypsininhibitor-like30MLOC_595960.421Naringenin,2-oxoglutarate3-dioxygenaseLOC_Os03g030345.444naringenin,2-oxoglutarate3-dioxygenase-like31MLOC_603120.258calcium-bindingPBP1-likeLOC_Os06g469505.132calcium-bindingPBP1-like32MLOC_605170.327---NA---LOC_Os11g02250?---NA---33MLOC_614970.277naringenin,2-oxoglutarate3-dioxygenase-likeLOC_Os04g491940.363naringenin,2-oxoglutarate3-dioxygenase-like34MLOC_632752.323glutamatedecarboxylaseLOC_Os03g133007.463glutamatedecarboxylase135MLOC_635252.921zincfingerCCCHdomain-containing2-likeLOC_Os05g106709.270nucleicacidbinding续表3大麦（左）与水稻（右）地上部盐处理共同差异基因体现量变化及调控蛋白No.基因MSUfoldchangeblast2go注释基因MSUfoldchangeblast2go注释36MLOC_641640.451Lectin-domaincontainingreceptorkinaseLOC_Os09g169500.031---NA---37MLOC_64470.374HLHDNA-bindingdomainsuperfamilyLOC_Os02g451700.346HLHDNA-bindingdomainsuperfamily38MLOC_644750.290---NA---LOC_Os01g0673028.516receptor1239MLOC_647240.381phosphoenolpyruvatecarboxylasekinaseLOC_Os02g4158023.715phosphoenolpyruvatecarboxylasekinase40MLOC_649726.511？LOC_Os12g3726023.255lipoxygenase,chloroplastic41MLOC_652260.276rootperoxidaseLOC_Os07g480205.696peroxidase2-like42MLOC_652882.211predictedproteinLOC_Os09g0857052.887ribosomal-like43MLOC_670972.773HVA22eLOC_Os11g305009.109HVA22e44MLOC_674380.322Germin3-7LOC_Os03g59010?germin3-845MLOC_677520.399omega-hydroxypalmitateO-feruloyltransferase-likeLOC_Os11g424800.261agmatinecoumaroyltransferase46MLOC_688850.446probableplastid-lipid-associated14,chloroplasticLOC_Os01g4672028.431probableplastid-lipid-associated14,chloroplastic47MLOC_692953.315Ferritin-1,chloroplasticLOC_Os12g015304.314ferritin-1,chloroplastic48MLOC_701900.329WRKYtranscriptionfactor40LOC_Os06g4401010.132probableWRKYtranscriptionfactor6049MLOC_711250.400ReceptorkinaseFERONIALOC_Os05g25370?receptorkinaseFERONIA50MLOC_713490.337abscisicacidreceptorPYL4LOC_Os03g186000.198abscisicacidreceptorPYL4-like51MLOC_732030.332Harpin-induced1containing,expressedLOC_Os12g062200.359Harpin-induced1containing,expressed52MLOC_732082.685EHdomain-containing1LOC_Os04g5735019.957EHdomain-containing1-like53MLOC_737720.243serinethreonine-kinasereceptorLOC_Os04g013104.719---NA---54MLOC_747130.460uncharacterizedsugarkinaseslr0537LOC_Os01g016203.372uncharacterizedsugarkinaseslr053755MLOC_74725?mitochondrialargininetransporterBAC2LOC_Os01g1252016.800mitochondrialargininetransporterBAC256MLOC_751546.906acyltransferaseAt1g54570,chloroplasticLOC_Os09g335309.789acyltransferaseAt1g54570,chloroplastic57MLOC_764800.198Cytokinin-O-glucosyltransferase2LOC_Os02g5193028.456Cytokinin-O-glucosyltransferase258MLOC_791760.216Peroxidase2LOC_Os07g4801013.478peroxidase2-like59MLOC_800270.174probable1-deoxy-D-xylulose-5-phosphatesynthase2,chloroplasticLOC_Os07g0919070.248probable1-deoxy-D-xylulose-5-phosphatesynthase2,chloroplastic60MLOC_804760.393Bowman-Birktypewound-inducedproteaseinhibitorLOC_Os01g04040?wound-inducedserineproteaseinhibitor61MLOC_808490.235beta-1,3-endoglucanase,partialLOC_Os01g713500.326beta-1,3-glucanaseprecursor62MLOC_808784.456phospholipaseA1-Igamma1,chloroplastic-likeLOC_Os05g323800.234phospholipaseA1-Igamma1,chloroplastic-like4.3.3大麦中特有的盐胁迫响应基因 除共有差异体现基因外，大量差异基因仅在水稻或大麦中存在。水稻和大麦分化以来不一样环境的长期选择下，大麦中必然保留某些特有的基因及其体现调控，它们同样为提高大麦的耐盐性做出了奉献。所有检测出的大麦特有的响应盐胁迫的基因共125个，如表4所示。它们从离子平衡、氧化、可溶物渗透等不一样途径进行调控，根据功能不一样，可以筛选出某些推测的关键耐盐基因组并分类。表4大麦特有的盐胁迫响应基因体现量变化及其调控蛋白基因MSUfoldchangeblast2go注释基因MSUfoldchangeblast2go注释MLOC_580640.4413-N-debenzoyl-2-deoxytaxolN-benzoyltransferase-likeMLOC_641920.260glucosyltransferaseMLOC_733800.2337-deoxyloganetinglucosyltransferase-likeMLOC_770793.383Glucosyltransferase,,expressedMLOC_526980.404ABCtransporterGfamilymember28-likeMLOC_233676.734Glutaredoxin-C1MLOC_107480.314ABCtransporterGfamilymember37MLOC_587894.996Glutaredoxin-C1MLOC_565710.102ABCtransporterGfamilymember6-likeMLOC_580410.431glycerophosphodiesterphosphodiesteraseGDPD6MLOC_60739?abscisicacidreceptorPYL4-likeMLOC_776900.337GTP-bindingSAR1AMLOC_590190.387agmatinecoumaroyltransferaseMLOC_56390.455heatshock70kDa17MLOC_145022.291aminoacidtransportMLOC_112860.356heatstresstranscriptionfactorA-4d-likeMLOC_649670.437Asparticasenepenthesin-2MLOC_74263?hypotheticalproteinF775_03829MLOC_592270.467BluecopperMLOC_787450.057hypotheticalproteinF775_03829MLOC_209013.152BTBPOZdomain-containing,partialMLOC_29100.040hypotheticalproteinF775_20921MLOC_639262.062BTBPOZdomain-containingAt3g05675-likeMLOC_617680.428hypotheticalproteinF775_32425MLOC_20.466bZIPtranscriptionfactor60MLOC_3958511.752invertaseinhibitorMLOC_646852.813C-4methylsteroloxidaseMLOC_147870.362IQdomain-containingIQM1MLOC_442470.337caffeoylshikimateesterase-likeisoformX1MLOC_513930.258isoflavonereductaseMLOC_50.408CBL-interactingkinase14MLOC_600220.281L-ascorbateoxidase-likeMLOC_729290.386cellnumberregulator13-likeMLOC_810030.496light-inducibleCPRF2-likeisoformX2MLOC_118750.452ceramideglucosyltransferaseMLOC_642020.349longchainacyl-synthetase4-likeMLOC_547622.119chloridechannelCLC-c-likeMLOC_666300.436L-typelectin-domaincontainingreceptorkinase-likeMLOC_77020.381cysteine-richreceptorkinase19MLOC_565070.353MLO1MLOC_232210.365cysteine-richreceptorkinase25MLOC_115480.469NADP-dependentmalicenzymeMLOC_719580.356cytochromeP450711A1MLOC_533630.211NRT1PTRFAMILY-likeMLOC_673190.434DSBA-likethioredoxindomaincontainingMLOC_593820.400NUCLEARFUSIONDEFECTIVE4-likeMLOC_650560.259E3ubiquitin-ligaseEL5-likeMLOC_61322.369OTUdomain-containingAt3g57810MLOC_662980.329endoglucanase7MLOC_631250.412pathogenesis-related1-14MLOC_136180.228ent-kaur-16-enesynthase,chloroplastic-likeMLOC_729650.265pathogenesis-related1-16MLOC_668435.464ethylene-responsivetranscriptionfactor12-likeMLOC_564710.387pentatricopeptiderepeat-containingAt1g26900,mitochondrialMLOC_432070.307Ethylene-responsivetranscriptionfactor1BMLOC_363383.327pentatricopeptiderepeat-containingAt3g29290MLOC_374922.242F-boxLRR-repeat13MLOC_662542.489pentatricopeptiderepeat-containingAt5g39980,chloroplasticMLOC_724894.935F-boxLRR-repeat3-likeMLOC_559803.303pentatricopeptiderepeat-containingAt5g46580,chloroplasticMLOC_445488.662F-boxLRR-repeatAt4g14096MLOC_70399?PeroxidaseNMLOC_572840.498ferredoxin,rootR-B1-likeMLOC_345710.198Phenylalanineammonia-lyaseMLOC_446300.369floralorganregulator1,partialMLOC_511282.766phosphoenolpyruvatecarboxykinase[ATP]-likeMLOC_45890.475GDSLesteraselipaseAt5g45910-likeMLOC_382910.134postacrosomalsheathWWdomain-binding-likeMLOC_257630.393Glucan1,3-beta-glucosidaseMLOC_119600.237PR17cprecursor续表4大麦特有的盐胁迫响应基因体现量变化及其调控蛋白基因MSUfoldchangeblast2go注释基因MSUfoldchangeblast2go注释MLOC_672130.418prolineoxidaseMLOC_793350.306probablebeta-1,3-galactosyltransferase19MLOC_384000.348ReceptorkinaseHSL1MLOC_124522.669RNApolymerasesigmafactorsigCMLOC_615792.987probablecalcium-bindingCML22MLOC_748012.029RNA-bindingpno1-likeMLOC_648060.426probableglucuronosyltransferaseOs01g0926700MLOC_556630.207rootperoxidaseMLOC_719483.531probablelinoleate9S-lipoxygenase5isoformX1MLOC_652250.199rootperoxidaseMLOC_712754.435probablelinoleate9S-lipoxygenase5isoformX2MLOC_383672.105rootpimordiumdefective1MLOC_545012.577probablepolygalacturonaseAt1g80170MLOC_752230.470RPM1-interacting4-likeMLOC_678510.392probableWRKYtranscriptionfactor33MLOC_367352.305superoxidedismutase[Fe]2,chloroplasticMLOC_811310.346probableWRKYtranscriptionfactor50MLOC_615850.295sigmafactorbinding1,chloroplastic-likeMLOC_358280.353PREDICTED:uncharacterizedproteinLOCMLOC_721570.436somaticembryogenesisreceptorkinase2-likeisoformX1MLOC_508392.721uncharacterizedLOCisoformX1MLOC_368860.407two-componentresponseregulatorARR3-likeMLOC_509682.427uncharacterizedtransporterYB