绵羊mhc-classⅱ基因的生物信息学分析-生物信息学毕业名师资料合集(完整版)资料

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绵羊mhcclassⅱ基因的生物信息学分析生物信息学毕业名师资料合集（完整版）资料(可以直接使用，可编辑优秀版资料，欢迎下载）毕业设计（论文）任务书生命科学学院院生物工程系（教研室）系（教研室）主任:（签名）2021年1月18日1设计（论文）题目及专题：绵羊MHCClass=2\*ROMANII基因的生物信息学分析2学生设计（论文）时间：自2011年1月18日开始至3设计（论文）所用资源和参考资料：3.1所用资源:万维网上的生物数据库;学校所购买的电子期刊;校图书馆;学院实验室网络；3.2参考资料:张阳德编著.生物信息学[M]北京:

科学出版社,2004.9.金伯泉.细胞和分子免疫学[M].科学出版社，2006,281-305.许忠能.生物信息学[M].清华大学出版社，2021,1-4.杨晶，胡刚，王奎，沈世镒.生物计算——生物序列的分析方法与应用[M].科学出版社，2021，105-111.4设计（论文）应完成的主要内容：4.1获取绵羊MHCClass=2\*ROMANII基因核酸与蛋白序列及与其同源的其它物种的序列，进行多序列比对，做出分子进化树，并分析；4.2对绵羊MHCClass=2\*ROMANII分子的疏水区、跨膜区、功能结构域和生物活性位点分析；4.3预测绵羊MHCClass=2\*ROMANII分子的二级结构与三级结构。5提交设计（论文）形式（设计说明与图纸或论文等）及要求：5.1严格按照<<湖南科技大学本科生毕业设计（论文）工作规范>>的写作完成毕业论文，完成不少于8000字信息量的论文；格式正确，包括目录、论文中英文题目及摘要、前言、正文、参考文献、致谢词和附录；5.2在实验及论文写作过程中，对数据和结果等要求实事求是，并且要在老师的指导下独立完成。6发题时间：2011年1月17指导教师：（签名）学生：（签名）湖南科技大学毕业设计（论文）指导人评语[主要对学生毕业设计（论文）的工作态度，研究内容与方法，工作量，文献应用，创新性，实用性，科学性，文本（图纸）规范程度，存在的不足等进行综合评价]指导人：（签名）年月日指导人评定成绩：摘要从NCBI中获取绵羊主要组织相容性复合体（MajorHistocompatibilityComplex，MHC）Ⅱ的核苷酸与氨基酸序列，应用生物信息学原理,对绵羊MHCⅡ分子疏水区、跨膜区、结构功能域和生物活性位点等几方面生物学特性进行了分析，预测出该基因的二级结构和三级结构，并将绵羊与其它动物的核苷酸和氨基酸序列进行多序列对比，做出分子进化树。结果表明，绵羊MHCⅡ分子有一个疏水区和跨膜区；该分子有主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号及N-糖基化位点、蛋白质激酶C磷酸化位点等多个生物活性位点。绵羊MHCclassⅡ的氨基酸序列和核苷酸序列与成都麻羊的同源性最高，分别达66%和73%，其次与亚洲水牛和肩蜂牛的同源性也较高，与大黄鱼的同源性最低，分别为25%和51%。关键词：主要组织相容性复合体Ⅱ类；生物信息学；序列分析ABSTRACTExtractOvisariesfromNCBIofnucleotidesandMajorHistocompatibilityComplexclassIIaminoacidsequence,applicationbioinformaticsprinciple,onOvisariesMHCclassIImoleculessuccothwatershedandtransmembranearea,thestructureandfunctiondomainandbiologicalactivitysitesaspectsofbiologycharacteristicwasanalyzedtopredictthesecondarystructureandlevel3geneticstructure,andtheOvisariesandotheranimalswillbemorenucleotidesequenceofaminoacidsequenceandcontrast,makemoresequencephylogenetictree.Resultsshowthat,OvisariesMHCclassIImoleculeshaveadredgingwatershedandtransmembranearea,themoleculesaremajorhistocompatibilitycomplexproteinimmunoglobulinsignalandN-glycosylationsites,proteinkinaseCphosphorylationsitessuchmultiplebioactivelocisites,OvisariesMHCclassIIthesequenceofaminoacidsandnucleotidesequencesandtheCaprahircusishighesthomologyof66%and73%.SecondlyBubalusbubalisandBosindicushomologyofhigher,withthelowest,homologyofLarimichthyscroceafor25%and51%respectively.Keywords:MajorHistocompatibilityComplexclassIImolecules;Bioinformatics;Sequenceanalys目录第一章前言 11.1生物信息学简介 11.2MHC的相关简介 1第二章材料来源 4第三章分析方法 53.1蛋白质序列的获取 5 5 53.2蛋白质的基本性质分析 5 5 5 5 53.3蛋白质结构预测 5 5 53.4绵羊MHCClassⅡ系统进化树分析 5第四章结果与分析 64.1绵羊MHCClassⅡ基因的核酸和蛋白质序列 64.2绵羊MHCClassⅡ蛋白质的疏水性和跨膜区分析 7 7 84.3绵羊MHCClassⅡ蛋白质的功能结构域分析 94.4绵羊MHCClassⅡ蛋白质生物活性位点分析 114.5绵羊MHCClassⅡ蛋白质的二级结构预测 124.6绵羊MHCClassⅡ蛋白质的三级结构预测 144.7同源序列对比和系统发生分析 15第五章结论 21参考文献 22致谢 23--ⅰ-第一章前言1.1生物信息学简介生物信息学是一门研究生物和生物相关系统中信息内容和信息流向的综合性系统科学，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义[1]。它的研究内容包括生物信息的存储于获取、序列比对、测序与拼接、基因预测、生物进化与系统发育分析、蛋白质结构预测、RNA结构预测、分子设计与药物设计、代谢网络分析、基因芯片、DNA计算等。它还是一门以信息知识为基础的学科，关键资源是知识，关键技术是信息处理。它为揭示人类及重要动植物种类的基因组信息，继而进行生物大分子结构模拟和药物设计，以及天然生物大分子的改造和基于受体结构的药物分子设计提供依据。生物信息学不仅对认识生物体和生物信息的起源、遗传、发育与进化的本质具有重要意义，而且可为人类疾病的诊断和防治开辟全新的途径，并为动植物的物种改良提供了坚实的理论基础。此外通过对影响药物代谢或效应通路、相关基因编码序列的再测序，很可能揭示个体对药物差别的遗传学基础[2]。生物信息学作为生命科学研究所必需的研究工具，在生命科学实践中越来越显示出它的重要作用，特别是在实验设计、结构分析上，离不开生物信息学的指导[3]。而生物数据库、相关软件是生物信息学研究与应用的重要资源。在生物信息学软件中，生物学研究人员用得最多的软件是搜索工具BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）[1]。本文则是对绵羊MHCclassII基因进行了生物信息学分析，也多次使用了BLAST软件。1.2MHC的相关简介诱导强而迅速排斥反应的抗原称为主要组织相容性抗原或主要移植抗原,编码这种抗原的基因群称为主要组织相容性复合体(MajorHistocompatibilityComplex,MHC)。主要组织相容性复合体是存在于脊椎动物某一染色体上的一群紧密连锁的基因群，编码主要组织相容性抗原，调控细胞间相互识别，并与免疫应答和免疫调节有关，呈高度多态性[4]。多态性是一个群体的概念,指MHC存在多个基因座位，染色体同一基因座有两种以上的基因型，即可能编码两种以上的产物。MHC的高度多态基因区，这些连锁的免疫应答基因控制着机体对抗原产生免疫应答的能力。MHC高度多态性赋於物种极大的应变能力造就了各式各样对抗原（病原体）入侵反应性和易感性不同的个体.使之能对付多变的环境条件及各种病原体的侵袭。在免疫应答的T-B、T-T、T-APC细胞的相互作用中，T细胞除识别抗原物质外，还必须同时识别与之作用细胞表面的MHC分子，这一现象称为MHC限制性。不同的物种，不同种属动物都有自身的MHC：如人的MHC通常称HLA基因(hunanleukocyteantigen，HLA)或HLA基因复合体,称其产物为HLA分子或HLA抗原；称小鼠MHC为H-2；称黑猩猩为ChLA；称狗为DLA；称猪为SLA；称牛为BoLA。根据主要组织相容性抗原分子结构、分布和功能不同分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类分子。按所含基因的功能不同,一般可将MHC区域分为ClassⅠ区、ClassⅡ区和ClassⅢ区。其编码基因也相应地分成三类。Ⅰ类和Ⅱ类分子是结构相似的细胞膜表面糖蛋白，除作为移植抗原外，还与抗原递呈及某些疾病相关。Ⅲ类分子包括C2、C4、B因子和肿瘤坏死因子等多种可溶性蛋白质。MHCⅠ类分子：所有有核细胞及血小板、网织红细胞。图1.1MHCⅡ分子结构图MHC-Ⅱ类分子是异源二聚体，它的分子的两条链均由MHC-Ⅱ类分子基因编码，由α链和β链以非共价键结合的多肽链构成（如图1.1所示），其中α链分子量为32～34kDa，有两个N—连接寡糖；β链为27～30kDa，有一个N—连接寡糖。两条链在整个结构上彼此相似，由于糖基化作用，α链比β链略大，α链、β链胞膜外区各有两个结构域α1、α2及β1、β2，每个结构域约含90个氨基酸残基。α链和β链均是跨膜蛋白，C端为胞浆区。除α1结构域外，α2、β1和β2每个结构域均含一个二硫键。胞膜外区(跨膜区和胞浆区)按功能进一步分为肽结合区和免疫球蛋白样区。MHC-Ⅱ类分子的两条链均由不同的MHC基因编码，呈多态性。肽结合区MHC-Ⅱ类分子的α1、β1结构域与免疫球蛋白样区结构域无相似性，是类分子结合抗原肽部位和高度多态性所在。每个结构域都是有4条β折叠和1个α螺旋组成，α1和β1结构域的β片层共同形成肽结合沟槽的底部，α1和β1结构域的α螺旋共同形成肽结合沟槽的侧壁。α2和β2结构域属于免疫球蛋白超家族C1型结构，具非多态性，α2和β2结构域是MHC-Ⅱ类分子的非多态部分，也是与CD4分子相互作用的位点。α2和β2结构域C端侧各有一个短的连接区，分别连接α2、β2结构域与跨膜区。跨膜区约含25个氨基酸残基，形成α螺旋将α链和β链固定在细胞膜上。胞浆区很短，有25～30个氨基酸残基，可能与信号转导有关图1.1MHCⅡ分子结构图在MHCⅡ基因内，第一外显子编码先导顺序或信号顺序，它将新生蛋白带向内质网。每个约由90个氨基酸组成的细胞外区残基各有一个大外显子跨膜区和胞浆区由几个小外显子编码。控制MHC基因转录的许多顺式调节顺序位于编码MHC分子外显子阅读框架的5’端，这些核苷酸顺序是DNA-结合蛋白的分子靶位，这些DNA-结合蛋白事反式转录调节因子。MHC基因转录调节的一般原则与免疫球蛋白基因相似。MHCⅡ类基因启动子序列位于基因编码区5’端上游，转录起始点上游200bp范围内。MHCⅡ类基因进侧基因启动子部分存在多态性，表现为顺式作用元件DQ，DP的多基因家族，是类分子多样性的分子基础，在免疫应答中起关键作用[5]。本文是对绵羊MHCclassⅡ分子进行生物信息学分析，应用生物信息学方法找出绵羊MHCclassⅡ的核酸和蛋白质序列，对绵羊MHCclassⅡ分子疏水区、跨膜区、结构功能域和生物活性位点等几方面生物学特性进行了分析，预测出该基因的二级结构和三级结构，并将绵羊与其它动物的核苷酸和氨基酸序列进行多序列对比和系统分子进化树分析，对绵羊MHCclassⅡ的研究做一下基础性工作。第二章材料来源绵羊MHCclassⅡ基因及其同源的其它物种的核酸和氨基酸序列编码（表2.1）。表2.1不同物种MHCclassⅡ基因的核酸和蛋白质序列种类（species）蛋白质编号（proteinID）核酸编号（nucleotideID）绵羊NP-001116870NM-001123398褐家鼠CAD86939AJ554216原鸡AAR14674AY357254小家鼠NP-034508NM-010378非洲爪蟾蜍NP-001079971NM-001086502家猫ACK99138EU915361家马XP-001493225XM-001493175野驴ABM92287EF204945欧洲兔NP-001164589NM-001171118欧洲野兔ACN39186FJ225345大熊猫XP-002914414XM-002914368鹪鹩AAN87894AY169005成都麻羊AAR97716AAR97716亚洲水牛AAY40169DQ016629肩峰牛CAX17688FM986339大猩猩AAU87999AY663403红毛猩猩ACL00582EU877227野猪ABA42968DQ159895大西洋鲱CAM34665AM492999三文鱼CAD27719AJ438965大黄鱼ABV48907EF681863人NP-002113NM-002122家犬CAH61722AJ630362第三章分析方法3.1蛋白质序列的获得绵羊MHCclassⅡ基因的核酸和蛋白质序列的获得在NCBI数据库上搜索绵羊MHCclassⅡ基因的核酸和蛋白质序列。同源序列获得利用NCBI上的BLAST程序对比直接获取与绵羊MHCclassⅡ基因同源的核酸和蛋白质序列。3.2蛋白质的基本性质分析疏水性分析用位于Expasyde的Protscale[6]()程序对其进行疏水性分析。跨膜区分析联网至（）使用服务器TMHMM-2.0[7]功能结构域分析[7]进行分析。生物活性位点分析利用位于Expasy的Prosite[6]绵羊MHCclassⅡ蛋白质进行活性位点分析。3.3蛋白质结构预测蛋白质二级结构的预测联网至（://P/）用PHD[8]对绵羊MHCclassⅡ进行分析或联网至PSIPRED[8]蛋白质三级结构的预测利用位于SWISS-MODEL[5]的AutomatedMode服务器返回到邮件的结果，观察蛋白质的三级结构。3.4绵羊MHCclassⅡ系统进化树分析[6]对所获得的同源蛋白质序列进行比对分析并构建系统进化树。第四章结果与分析4.1绵羊MHCclassⅡ基因的核酸和蛋白质序列在NCBI上获取绵羊的蛋白质序列（序列号：NP-001116870）：1

MKKALILRAL

ALAAMMSLCG

GEDIVADHVG

TYGTNVYQTY

GASGQFTFEF

DGDELFYVDL

61

RKKETVWRLP

EFNNITMFEI

QSALRNIVMS

KRNLDILMKN

SNFTPATNDI

PEVAVFPKSS

121

VILGIPNTLI

CQVDNIFPPV

INITWFYNGQ

FVAEGVAETT

FYPKSDHSFL

KFSYLTFVPA

181

SEDFYDCRVE

HWGLEEPLVK

HWEPKIPTPT

SELTETVVCA

LGLPMGLMGI

VVGTVLILRV

241

RCSGAASRRR

RAMSHGLKDG

KERKVFISVF

AAASGAQDHQ

PHAAWCFR

该蛋白质序列由288个氨基酸残基组成。在NCBI上获取绵羊的核酸序列（序列号：NM-001123398）：1

CATGGGCTGC

TCCAACATGA

TTTCTCCAGC

AGTTCTCTTT

AGACCACCTT

CCTGGTGAGG

61

CACCACTTGG

AACAGCCACT

CCTGAGGAAA

CCCTTGGAGG

AGGAGGAGGA

TGAAGAAAGC

121

TCTGATTCTG

AGGGCTCTCG

CTCTGGCCGC

CATGATGAGC

CTGTGTGGAG

GTGAAGACAT

181

CGTGGCGGAC

CACGTGGGCA

CTTACGGCAC

AAATGTCTAC

CAGACGTACG

GCGCCTCTGG

241

CCAGTTCACG

TTTGAATTTG

ATGGAGACGA

GCTCTTCTAC

GTGGACCTGA

GGAAAAAAGA

301

GACTGTCTGG

AGGCTGCCCG

AGTTTAACAA

TATCACCATG

TTTGAAATTC

AGAGTGCCCT

361

GAGAAACATT

GTTATGTCAA

AAAGAAATTT

GGACATCTTG

ATGAAAAATT

CCAACTTTAC

421

ACCTGCCACC

AATGACATCC

CTGAAGTGGC

TGTGTTTCCC

AAATCCTCCG

TGATCCTGGG

481

GATTCCCAAC

ACCCTCATCT

GTCAGGTGGA

CAACATCTTT

CCTCCTGTGA

TCAACATCAC

541

TTGGTTTTAC

AATGGACAGT

TTGTTGCAGA

AGGTGTCGCT

GAGACCACCT

TCTACCCCAA

601

GAGTGACCAC

TCCTTCCTCA

AGTTCAGTTA

CCTCACCTTT

GTTCCCGCCA

GTGAAGACTT

661

CTATGACTGC

AGAGTGGAGC

ACTGGGGCCT

GGAAGAGCCC

CTCGTCAAGC

ACTGGGAGCC

721

CAAGATTCCA

ACCCCTACAT

CAGAGCTGAC

AGAGACTGTG

GTCTGTGCCC

TGGGGCTGCC

781

CATGGGCCTC

ATGGGCATCG

TGGTGGGCAC

TGTCCTCATC

CTCCGAGTCC

GGTGCTCAGG

841

TGCTGCCTCC

AGACGTCGAA

GGGCCATGAG

TCATGGCCTG

AAAGATGGGA

AGGAGAGGAA

901

AGTCTTCATT

TCTGTTTTCG

CTGCAGCATC

GGGAGCACAG

GACCATCAGC

CTCATGCTGC

961

CTGGTGTTTC

AGGTGATCAG

TCTTTACAAG

AAAAGAAAGG

CATGGTTCAG

GCTCCAGTTC

1021

CCCATCTTGA

CCTTGACTGA

GACGTGCTCC

TTGGTCCATT

TCATCACAGA

GCTCCTTCCA

1081

CGCCCTCCTG

CTCTCCCTGC

TGGGGCAGAC

TTTATGGAGG

AATTTTCCTT

CGAAGATCAC

1141

TGACCCTCAC

GAATTCTCCC

AACTTAGTCT

TTGATTCATT

GCCTACCTGT

CACAGAGACC

1201

TGGATTGTTC

CACC

该核酸序列由1214个碱基组成。4.2绵羊MHCclassⅡ蛋白质的疏水性和跨膜区分析4.2.1绵羊MHCclassⅡ疏水性是每个氨基酸所固有的特性，即每个氨基酸远离周围水分子，将自己包埋进蛋白质核心的相对趋势。疏水性氨基酸在蛋白质内部，由于其疏水性的相互作用，在保持蛋白质三级结构的形成和稳定中起着重要作用。疏水性预测的方法依赖于疏水性的衡量尺度，每个氨基酸根据其一系列的物理特性（例如溶解性、跨越水-汽相时产生的自由能等），被赋予一个数值以代表其疏水性。组成蛋白质的20种氨基酸各自带有不同极性的侧链基团，氨基酸侧链的疏水性，用从各氨基酸的疏水性减去甘氨酸疏水性之值来表示。具有较高正值的氨基酸具有较强的疏水性；而具有较低负值的氨基酸则具有较强的轻水性[6]。利用位于Expasy的Protscale进行疏水性分析，当Windowsize设置为9时，当氨基酸残基的疏水性值大于2.34时，为明显的疏水区。单个氨基酸疏水性值：Ala:1.800Arg:-4.500Asn:-3.500Asp:-3.500Cys:2.500Gln:-3.500Glu:-3.500Gly:-0.400His:-3.200Ile:4.500Leu:3.800Lys:-3.900Met:1.900Phe:2.800Pro:-1.600Ser:-0.800Thr:-0.700Trp:-0.900Tyr:-1.300Val:4.200:-3.500:-3.500:-0.490MIN:-2.244MAX:3.122图4.1用Protscale对绵羊MHCclassⅡ蛋白质进行疏水性分析结果从上图返回的结果我们得知在第234位氨基酸处有最大值3.122，在第258位氨基酸处有最小值-2.244，在第位231至236位氨基酸的值分别为2.503，2.829，2.941，3.122，2.912，2.601这一区段氨基酸疏水性值大于2.34，所以我们得出结论：该蛋白质序列在位于231~236位残基之间具有明显的疏水性，从而说明该序列有一个疏水区。绵羊MHCclassⅡ蛋白质的跨膜螺旋区分析膜蛋白是一类结构独特的蛋白质，执行着重要的细胞生物学功能。蛋白质序列含有跨膜区，提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位在膜上的锚定蛋白或离子通道蛋白，所以含有跨膜区蛋白往往和细胞的功能状态密切相关，对膜蛋白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用[9]。通常使用单一的预测软件分析的准确性都不太高，综合不同的软件预测结果并结合疏水性图，可获得较好的预测结果。使用两种在线网络工具分析结果分别是：（1）利用TMHMM软件分析结果如下：#SequenceLength:288#SequenceNumberofpredictedTMHs:1#SequenceExpnumberofAAsinTMHs:21.83121#SequenceExpnumber,first60AAs:0.52936#SequenceTotalprobofN-in:0.06765Sequence TMHMM2.0 outside 1217Sequence TMHMM2.0 TMhelix 218240Sequence TMHMM2.0 inside 241288图4.2用TMHMM对绵羊MHCclassⅡ蛋白质的跨膜区分析结果根据以上数据和图表显示我们可以得出这样的结论：在位于位于218～240位氨基酸之间存在一个跨膜区。（2）利用Tmpred软件分析结果如下：possiblemodelsconsidered,onlysignificantTM-segmentsused>STRONGLYpreferedmodel:N-terminusoutside3strongtransmembranehelices,totalscore:3329#fromtolengthscoreorientation1425(22)742o-i2121143(23)542i-o3217240(24)2045o-i>alternativemodel3strongtransmembranehelices,totalscore:2867#fromtolengthscoreorientation1624(19)899i-o2114133(20)505o-i3216238(23)1463i-o图4.3用Tmpred对绵羊MHCclassⅡ蛋白质的跨膜区分析结果由分析结果和图像显示，可得出这样的结论：绵羊MHCclassⅡ蛋白质的跨膜区有两种可能，它有三个明显的跨膜区。一种可能为它的跨膜区一个位于4～25位氨基酸之间，一个位于121～143位氨基酸之间，另一个位于217～240位氨基酸之间。另一种可能为它的跨膜区一个位于6～24位氨基酸之间，一个位于114～133位氨基酸之间，另一个位于216～238位氨基酸之间。总体来看，Tmpred软件预测出三个跨膜区，TMHMM预测出一个跨膜区，显然，对于同一蛋白，两种不同的的方法给出了不同的预测结果，但部分预测结果大致相同。然而在多数情况下，Tmpred的预测结果比实际情况会稍微长一些或偏一些，基于综上考虑，认为该蛋白仅存在一个跨膜区，位于218～240位氨基酸残基之间，这与疏水性的分析也基本吻合。4.3绵羊MHCclassⅡ蛋白质的功能结构域分析结构域（StructuralDomain）是生物大分子中具有特异结构和独立功能的区域，特别指蛋白质中这样的区域，是介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。所谓结构域是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域，又称为辖区。在球形蛋白中，结构域具有自己特定的四级结构，其功能部依赖于蛋白质分子中的其余部分，但是同一种蛋白质中不同结构域间常可通过不具二级结构的短序列连接起来。蛋白质分子中不同的结构域常由基因的不同外显子所编码。有些球形蛋白的一条肽链，或以共价键相连的两条或多条肽链在空间结构上可以区分为若干个球状的子结构，其中的每一个球状子结构就被称为一个结构域。图4.4用InterProScan对绵羊MHCclassⅡ蛋白质的功能结构域分析结合Prosite数据库分析：hitsbyprofiles:[1hit(by1profile)on1sequence]HitsbyPS50835

IG_LIKE

Ig-likedomainprofile:USERSEQ1

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Immunoglobulinsandmajorhistocompatibilitycomplexproteinssignature:USERSEQ1

(288aa)185-191:

YDCRVEH图4.5用PROSIT对绵羊MHCclassⅡ蛋白质的功能结构域分析通过两种不同的数据库发现该蛋白质存在主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号、免疫球蛋白c1位点、免疫球蛋白样结构域、主要组织相容性复合体Ⅱ类样识别抗原、主要组织相容性复合体Ⅱ类样识别抗原蛋白、免疫球蛋白样折叠以及未整合区段。通过Prosite数据库我们发现在111～191位氨基酸之间存在一个免疫球蛋白样结构域，其期望值是11.134。其中131～187位氨基酸之间存在二硫化物，起着重要的生理作用。在185～191位氨基酸之间存在一个主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号。在InterProScan数据库中发现于126～197位氨基酸段为免疫球蛋白c1位点，27～104位氨基酸段为主要组织相容性复合体Ⅱ类样识别抗原，105～221位氨基酸段为免疫球蛋白样折叠。4.4绵羊MHCclassⅡ蛋白质生物活性位点分析Pattern-ID:ASN_GLYCOSYLATIONPS00001PDOC00001Pattern-DE:N-glycosylationsitePattern:N[^P][ST][^P]74NITM142NITWPattern-ID:CAMP_PHOSPHO_SITEPS00004PDOC00004Pattern-DE:cAMP-andcGMP-dependentproteinkinasephosphorylationsitePattern:[RK]{2}.[ST]62KKETPattern-ID:PKC_PHOSPHO_SITEPS00005PDOC00005Pattern-DE:ProteinkinaseCphosphorylationsitePattern:[ST].[RK]90SKR247SRRPattern-ID:CK2_PHOSPHO_SITEPS00006PDOC00006Pattern-DE:CaseinkinaseIIphosphorylationsitePattern:[ST].{2}[DE]76TMFEPattern-ID:MYRISTYLPS00008PDOC00008Pattern-DE:N-myristoylationsitePattern:G[^EDRKHPFYW].{2}[STAGCN][^P]30GTYGTN124GIPNTL149GQFVAE155GVAETT222GLPMGL229GIVVGT256GLKDGKPattern-ID:IG_MHCPS00290PDOC00262Pattern-DE:ImmunoglobulinsandmajorhistocompatibilitycomplexproteinssignaturePattern:[FY][^L]C[^PGAD][VA][^LC]HYDCRVEH结果表明，该蛋白质序列含有：2个N-糖基化位点，位于74～77和142～145位氨基酸段；1个A激酶位点，位于62～65为氨基酸段；2个蛋白质激酶C磷酸化位点，分别位于90～92和247～249位氨基酸段；1个酪蛋白激酶II磷酸化位点，分别位于76～79位氨基酸段；7个N-肉豆蔻酰化作用位点，分别位于30～35、124～129、149～154、155～160、222～227、229～234、256～261位氨基酸段；1个主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号，位于185～191位氨基酸段。4.5绵羊MHCclassⅡ蛋白质的二级结构预测蛋白质的二级结构预测是联系其一级结构和三级结构的桥梁和纽带，并为蛋白质三级结构和功能提供了大量信息，有助于蛋白质突变体的设计，有助于确定蛋白质空间结构与功能。用PHD预测蛋白质的二级结构，如图4.6。在该蛋白质序列中，螺旋结构(H)占总序列的18.06%，折叠结构（E）占总序列的28.47%，卷曲结构（L）占总序列的53.47%。由此可见该蛋白质卷曲程度较高。表4.1蛋白质二级结构预测组成结构类型螺旋（H）折叠（E）卷曲（L）所占比列（%）18.0628.4753.47用PHD方法预测如下：图4.6蛋白质二级结构预测的PROF结果图中缩词说明：AA:氨基酸序列OBS_sec:观察到的二级结构（H=螺旋，E=折叠，L=环）PROF_sec:PROF预测的二级结构Rel_sec:PROF的可靠性（0=低，9=高）SUB_sec:PROF预测的结果（“.”意味着对应残基未给出预测结果，因为其可靠性低于5%）O_3_acc:所观察到的具有相对溶解性的两种情况：b=0-9%,i=9-36%,e=36-100%P_3_acc:PROF预测相对溶解性的三种情况:b=0-9%,i=9-36%,e=36-100%Rel_acc:PROF预测的可靠性（0=低，9=高）SUB_acc:PROF预测的子集，所有残基期望的平均相关性>0.694.6绵羊MHCclassⅡ蛋白质的三级结构预测利用SWISS-MODEL对绵羊MHCclassⅡ蛋白质的模建结果如下：

Modelinformation:

Modelledresiduerange:23to202

Basedontemplate:1es0A(2.60Å)

SequenceIdentity[%]:67.222

Evalue:5.45e-72图4.7模建质量评价分析图4.8模建的蛋白质三级结构图(SWISS-MODEL)由以上分析结果和图像可得出：绵羊MHCclassII蛋白质三级结构是基于1es0的A链模建的，两者序列一致性达到67.222%。该模建的蛋白质三级结构是由第23～202位氨基酸参与的，其空间结构见图4.8。图4.7中绿色区域表示合适的空间结构，红色区域表示不合适的空间结构。4.7同源序列比对和系统发生分析利用BLAST程序得出绵羊MHCclassII与其它物种的同源性比较，然后利用CLUASTAL2.1软件进行物种之间的多序列对比作出进化树并做出分析。表4.2绵羊MHCclassⅡ与其它物种的同源性比较动物种类核苷酸相差数目同源性氨基酸相差数目同源性绵羊/褐家鼠28867.014447.0绵羊/人29566.014845.0绵羊/原鸡32457.016238.0绵羊/小家鼠27968.014048.0绵羊/非洲爪蟾蜍30666.015842.0绵羊/家猫25577.011357.0绵羊/家马16580.08263.0绵羊/野猪16182.08064.0绵羊/大西洋鯡40056.019226.0绵羊/三文鱼39264.017731.0绵羊/大黄鱼41051.020125.0绵羊/野驴19279.09160.0绵羊/欧洲兔27670.013850.0绵羊/欧洲野兔27769.013750.0绵羊/大熊猫22276.011657.0绵羊/鹪鹩36059.018030.0绵羊/亚洲水牛14483.07365.0绵羊/肩蜂牛14083.07565.0.绵羊/大猩猩30264.015644.0绵羊/红毛猩猩30063.015444.0绵羊/成都麻羊12286.06067.0绵羊/家犬24374.012056.0从以上对比我们可以看出绵羊MHCclassⅡ的核苷酸序列和氨基酸序列同成都麻羊的同源性最高，核苷酸的同源性为86%，氨基酸的同源性为67%，与大黄鱼的同源性最低，核苷酸的同源性51%，氨基酸的同源性为25%。CLUSTAL2.1multiplesequencealignment（用CLUSTAL2.1软件进行得多序列比对结果如下）：家猫VLGFCIMALLMGPQESLA--IKEEHVIIQAEFYLKPDSSGEFMFDFDGDEIFHVDM54家犬VLGFFIMAFLMGPQESWA--VKEEHVIIQAEFYLTPDPSGEFMFDFDGDEIFHVDM54红毛猩猩MLGVFIIAVLMSAQESRA--IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDM54欧洲野兔VLGFFIIAILMSPQKSWA--IKEEHVIIQAEYFLSPDDLGEFMFDFDGDEIFHVDM54亚洲水牛ILGLFIT-VLISLQESWA--IKEDHVIIQAEFYLKPEESAEFMFDFDGDEIFHVDM54肩峰牛ILGLFIT-VLIGLQESWA--IKENHVIIQAEFYLKPEESAEFMFDFDGDEIFHVDM54褐家鼠VIRFFFMAVLMSPQKSWA--IREEHTIIQAEFYLSPDQNGEFMFDFDGDEIFHVDI54人LLGALALTTVMSPCGGED-IVADHVASCGVNLYQFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDL55大猩猩LLGALALTTVMSPCGGED-IVADHVASCGVNLYQSYGPSGQFTHEFDGDEQFYVDL55成都麻羊ILGALALTTVMSPSGSED-IVADHIAAYGINVYHSYGPSGHYTHEFDGDEEFYVDL55野猪MWGAVALTTVMSACGGED-IAADHVASYGLNVYQSYGPSGYFTHEFDGDEEFYVDL55欧洲野兔DEQFYVDL8小家鼠ILGVLALTTMLSLCGGEDDIEADHVGTYGISVYQSPGDIGQYTFEFDGDELFYVDL56鹪鹩IWGILALATTLSPCGGEDDIKADHVGIYGMTMYQSHKPNGQYIFEFDGDELFYVDS56绵羊ILRALALAAMMSLCGGED-IVADHVGTYGTNVYQTYGASGQFTFEFDGDELFYVDL55家马VLGLHTLMTLLSPQEAEA-IKADHMASYGPAFYQSYGASGQFSHEFDGEQLFSVEL55大熊猫VLGLHSLMSLLSPHEAGA-IKADHMGSYGPAFYQSYGASGQFSHEFDGEQLFSVDL55野驴VLRTLSLAFLLSLRGAGA-IKADHVSTY-AAFVQTHRPTGEFMFEFDEDEQFYVDL55非洲爪蟾蜍MISVCALLVLGLKASDAVTVDYFDYGTDYYQSYGPSGEYLFLYNENELFHVDL53原鸡LSGAAVPLLLLGVLGGVG-AVLKPHVLLQAEFYQRSEGPDKAWAQFGFHFDADELFHVEL59三文鱼CWQVYAEHK-VLHIDLYISGCSDSDGLDMYGLDGEEMWYADF42大黄鱼MMKMIVVLVLSSVHCESADTLQEDLCIFGCSASDGEFMYGLDGEETWYADF52大西洋鲱MTLTWILLLLTGIICTETKIVHVDIALVGCTDSDGEKMFGLDGEEKGHADF52家猫EKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLDILIKRSNNTPNTNEPPEV-TVL110家犬EKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLDTMIKRSNHTPNTNVPPEV-TVL110红毛猩猩AKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEV-TVL110欧洲兔DKKETVWRLKEFGQFASFEAQGALANIAVDRANLDIMIKRSNHTPDTNVPPEV-TLL110亚洲水牛TKKETVWRLPEFGHFASFEAQGALANMAVMKANLDIMIKRSNNTPNTNVPPEV-TLL110肩峰牛GKKETVWRLPEFGHFASFEAQGALANMAVMKANLDIMIKRSNNTPNTNVPPEV-TLL110褐家鼠KKSETIWRLEEFAQFASFEAQGALANIAVDKANLDIMIKRSNNTPDANVIPEV-TVL110人ERKETAWRWPEFSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNEVPEV-TVF111大猩猩ERKETAWRWPEFSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNEVPEV-TVF111成都麻羊EKKETVWRLPEFSKFVGFDPQGALRNMASGKQTLEIMIQSSNSTAATNKVPEV-TVF111野猪EKKETVWRLPLFSKFTSFDPQGALRNIATAKHNLNILIKRSNNTAAVNQVPEV-TVF111欧洲野兔DKKETIWRLPEFSRFASFDPQGALGNIATERYNLDIMIKRSNSTAAINEVPEV-TVF64小家鼠DKKETVWMLPEFGQLASFDPQGGLQNIAVVKHNLGVLTKRSNSTPATNEAPQA-TVF112鹪鹩DKKETVWRIPEFGELTSFDPQGGLQDIATVKHNLEILTKRSNSTPATNKVPEV-TVL112绵羊RKKETVWRLPEFNNITMFEIQSALRNIVMSKRNLDILMKNSNFTPATNDIPEV-AVF111家马KKREAAWRLPEFGDLTRFDPQNGLASIAMIRVHLEVLVERSNRTRAINVPPRV-TIL111大熊猫KKRETVWRLPEFGNFAYFDPQNGLASIAMIRAHLDVLVERSNRTRATNVPPRV-TVL111野驴DKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNITIQRSNYTQAANDPPEV-TVF111非洲爪蟾蜍ESKSVVWTLPGLEKYTSFDPQGGLQDINIAKYNLDVMMKRPNFTAATNIPPLV-SVY109原鸡DAAQTVWRLPEFGRFASFEAQGALQNMAVGKQNLEVMIGNSNRSQQDFVTPEL-ALF115三文鱼NKGEGVVALPPFADPFTFP-GFYEGAVGNQGVCKANLAVNIKAYKNPEEKIDPPHS-SIY98大黄鱼VRGKGVEPQPSFVDHVSYVEGTYEGAVGALAACKQNLKYHIKPFKDFPVERDPPSSPMIY112大西洋鲱TKGKFIMTLPEFADPFKYEEGAYEGAVRDKEVCKQNLQVAIQAYKSPAEAEAPPMS-SIY111::.:.:::..:.*家猫SNSPVELGEPNILICFIDKFSPPVINVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPRE-DHLFRKFHYL169家犬SNTPVELGEPNILICFIDKFSPPVINVTWLRNGNPVTTGVSETIFLPRE-DHLFRKFHYL169红毛猩猩TNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLLNGKPVTTGVSETVFLPRE-DHLFRKFHYL169欧洲兔PSSPVELGEPNVLICFIDKFSPPVINVTWLRNGNPVTMGVSETVFLPRD-DHLFRKFHYL169亚洲水牛PNKPVELGEPNTLICFIDKFSPPVISVTWLRNGKPVTDGVSQTVFLPRN-DHLFRKFHYL169肩峰牛PNKPVELGEPNTLICFIDKFSPPVISVTWLRNGKPVTDGVSQTVFLPRN-DHLFRKFHYL169褐家鼠PKSPVNLGEPNILICFIDKFSPPAVNVTWLRNGQPVTKGVSETVFLPRE-DHLFRKFHYL169人SKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKS-DHSFFKISYL170大猩猩SKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKS-DHSFFKISYL170成都麻羊SKSPVMLGQPNTLICHVDNIFPPVINITWLRNGHSVIEGTSETSFLSKD-DHSFSKISYL170野猪PKSPVMLGQPNTLICHVDNIFPPVINITWLKNGHSVTEGFSETSFLSKN-DHSFLKISYL170欧洲野兔SKAPVRLGQPNTLICLVDNIFPPVINISWLINGHSVTEGVFETSFLSKS-DHAFLKIVYL123小家鼠PKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVADGVYETSFFVNR-DYSFHKLSYL171鹪鹩PKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLKNSKSITDGVYETSFLSNS-DHSFHKMVYL171绵羊PKSSVILGIPNTLICQVDNIFPPVINITWFYNGQFVAEGVAETTFYPKS-DHSFLKFSYL170家马PKSRVELGQPNVLICIVENIFPPVINITWLRNGQTITEGVAQTSFYSQP-DHMFRKFHYL170大熊猫PKFRVELGQPNVLICIVDNIFPPVINITWLRNGQIVSEGVAQTSFYSQP-DHLFRKFCYL170野驴PKEPVALGQPNTLICHIDKFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRT-DYSFHKFHYL170非洲爪蟾蜍ITKPVVLGEPNILICCVTNIFPPVMNTTWIKNGEKITVGFSQTSFLPAQ-DHSFRRLHYL168原鸡PAEAVSLEEPNVLICYADKFWPPVATMEWRRNGAVVSEGVYDSVYYGRP-DLLFRKFSYL174三文鱼PRDDVDLGVENTLICHVSGFHPAPVRVRWTRNNQNLTEGVRLSTPYPNA-DFTLNQFSSL157大黄鱼TKDDVELGEEDVLLCHVTGFSPAPVKVYWTKNGVNVTEGTSINAPHPNK-DGSYRQTSRL171大西洋鲱PRHEVKVGTVNTLICYIAGFYPPRLTVRWTRNNKNVTQGVSSSQLRLNVNDLSFNQFFTL171:*:*::*:*:*.**.:家猫PFLPSTEDVYDCKVEHWGLDEPLLKHWEFDAPTPLPETTENVVCALGLIVGLVGIIVGTI229家犬PFLPSAEDVYDCKVEHWGLDEPLLKHWEFEPPTPLPETTENVVCALGLIVGLVGIITGTI229红毛猩猩PFLPSTEDVYDCKVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSSLPETKENVVCALGLIVGLVGIIIGTI229欧洲兔PFLPSTEDVYDCKVEHWGLEEPTLKHWEFEARTPLPETTENVVCALGLVVGLVGIIVGTI229亚洲水牛PFLPTTEDVYDCKVEHLGLNEPLLKHWEYEAPSPLPETTENAVCALGLIVALVGIIAGTV229肩峰牛PFLPTTEDVYDCKVEHLGLNEPLLKHWEYEAPAPLPETTENAVCALGLIVALVGIIAGTI229褐家鼠TFLPSVEDYYDCEVDHWGLEEPLRKHWEFEEKTLLPETKENVLCVLGLFVGLVGIVVGIV229人TFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTV230大猩猩TFLPSADEIYDCKVEHWGLDEPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLAGIVVGTV230成都麻羊TFLPSDDDIYDCKVEHWGLEEPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLTVGLVGIVVGTI230野猪TFLPSDDDFYDCKVEHWGLDKPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLIVGLVGIVVGTV230欧洲野兔TFLPSADDIYDCRVEHWGLEKPLLRHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLAVGLVGIIVGTI183小家鼠TFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLVGIVVGTI231鹪鹩TFIPSDDDVYDCKVEHWGLDEPVLKHWELDVTAPMSELPETVVCALGLSVGIVGIVVGTI231绵羊TFVPASEDFYDCRVEHWGLEEPLVKHWEPKIPTPTSELTETVVCALGLPMGLMGIVVGTV230家马TFVPSADDFYDCKVEHWGLAEPFLRHWEPQVPILPPDITETLICVLGLAIGLVSFLVGTI230大熊猫TFVPFADDMYDCKVEHWGLEEPLLRHWEPQVPLPVPDTTETLICALGLALGLVGTI226野驴TFVPSAEDYYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQIPETTETVLCALGLVLGLVGIIVGTV230非洲爪蟾蜍AFIPNEHDIYTCEVEHWGLEKPTRRVWKHDVPTPISEAYQNAICALGLAVGIIGIIAGVM228原鸡PFVPQRGDVYSCAVRHWGAEGPVQRMWEPEVPEPPSESSATLWCAVGLAVGIAGIAAGTA234三文鱼PFTPEEGDIYGCTVEHKGLAEPLTRIWEPEVIQP--SVGPAVFCGVGLTVGLLGVAAGTF215大黄鱼EFTPQLGDVYSCTVKHLSLQHPLTMFWDVEVKQP--GVGPAVFCGLGLTVGLLGVAAGTF229大西洋鲱NFTPQEGDMYTCTVEHQALEGPMTREFDVEVSEP--SLGPSVFCGVGLTLGLLGVATGTF229*.*:***:****.*:..家猫FIIKGMRKVNAGERR-GP246家犬FIIKGMRKVKAGERR-GP246红毛猩猩FIIKGVRKSNAAERR244欧洲兔FIIKGVHKGNATERR-GT246亚洲水牛FIIKGVRKANTAERR-GP246肩峰牛FIIKGVRKANTVERR-GP246褐家鼠LIIKGLRKRNAVERRQGA247人FIIQGLRS-VGASRHQGP247大猩猩FIIQGLRS-VGASRHQGP247成都麻羊LIIRGLRS-GGPSRHQGP247野猪FIIQGLRS-GGPSRHQGS247欧洲野兔LIIRGLRS-SGASRQQGP200小家鼠FIIQGLRS-GGTSRHPGP248鹪鹩FIIQGLRS-GGTSRHPGP248绵羊LILRVRCS-GAASRRRRA247家马LLIISTCL-SGAPRRRGP247大熊猫LLIRGMCL-SSARRYRGP243野驴LIIKSLRS-GRDPRAQGP247非洲爪蟾蜍LIIKGMKQ-SAAQGRSQR245原鸡LILRAVRR-NAANRQPGL251三文鱼FLIKGNQCN224大黄鱼FLIKGNECS238大西洋鲱FLVKGNQCN238*:**:.*:::（“*”号代表保守性极高的残基位点；“：”号代表保守性略低的残基位点）重建系统发生树的方法有很多，各有优缺点。因此在实际操作中，往往需要根据自己的研究需要联合使用不同的购树方法以获得最佳分析结果。距离建树方法根据一些尺度计算出双重序列的距离，然后抛开真是数据，只是固定的距离建立进化树[9]。由这些动物氨基酸序列的多序列比对从而做出分子进化树用TREEVIEW打开如下图，从图中也可反映出它们进化关系的远近。我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一种适当的方法来对其进行评估，那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。因为所要比较的序列氨基酸差别大，所以在构建此进化树时，采用了距离依靠法，即进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的，进化树的枝条的长度代表着进化距离。家猫绵羊家马成都麻羊亚洲水牛肩峰牛野猪野驴大熊猫家犬欧洲兔欧洲野兔褐家鼠小家鼠人大黄鱼非洲爪蟾蜍三文鱼大猩猩红毛猩猩大西洋鲱原鸡鹪鹩图4.9绵羊MHCclassⅡ蛋白质与其同源动物氨基酸序列的分子进化树家猫绵羊家马成都麻羊亚洲水牛肩峰牛野猪野驴大熊猫家犬欧洲兔欧洲野兔褐家鼠小家鼠人大黄鱼非洲爪蟾蜍三文鱼大猩猩红毛猩猩大西洋鲱原鸡鹪鹩第五章结论5.1该蛋白质有一个疏水区和一个跨膜区，分别位于231~236和218～240位氨基酸残基区段；5.2该蛋白质存在主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号、免疫球蛋白c1位点、免疫球蛋白样结构域、主要组织相容性复合体Ⅱ类样识别抗原、主要组织相容性复合体Ⅱ类样识别抗原蛋白、免疫球蛋白样折叠以及未整合区段及2个N-糖基化位点，1个A激酶位点，2个蛋白质激酶C磷酸化位点，1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点，7个N-肉豆蔻酰化作用位点。5.3在该蛋白质序列中，螺旋结构占总序列的18.06%，折叠结构占总序列的28.47%，卷曲结构占总序列的53.47%，总体来看该蛋白质卷曲程度较高。5.4绵羊MHCⅡ分子模建的蛋白质三级结构是由第23～202位氨基酸参与的。5.5绵羊MHCclassⅡ的氨基酸序列和核苷酸序列与成都麻羊的同源性最高，分别达86%和67%，其次与亚洲水牛和肩蜂牛的同源性也较高，与大黄鱼的同源性最低，分别为25%和51%。参考文献[1]许忠能.生物信息学[M].北京:清华大学出版社,2021,1-15.[2]张阳德.生物信息学[M].北京:科学出版社,2005,4-5.[3]陶士珩.生物信息学[M].北京:科学出版社,2007,3.[4]刘建欣,郑昌学.现代免疫学—免疫的细胞和分子基础[M].北京:清华大学出版社,2002,139-152.[5]金伯泉.细胞和分子免疫学[M].北京:科学出版社,2006,281-305.[6]张成岗,贺福初.生物信息学方法与实践[M].北京:科学出版社,2002,64-89,120-146.[7]吴祖建,高芳銮,沈建国.生物信息学分析实践[M].北京:科学出版社,2021,82-89,105-177.[8]杨晶,胡刚,王奎,沈世镒.生物计算—生物序列的分析方法与应用[M].北京:科学出版社,2021,105-111.[9]李衍达,孙之荣等,生物信息学—基因和蛋白质分析的实用指南[M].北京:清华大学出版社,2003,175-197.[10]贾斌.中国美利奴羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析[DB]..[11]苏建明,肖调义,张学文,陈韬,章怀云.草鱼MHCⅡα基因cDNA的克隆与组织表达分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2021,34(6):45-56.[12]赵红娟,李华,于辉,王继文.鱼类MHCⅡ类基因与免疫抗性的研究进展[J].水生态学杂志,2021,03(5):40-51.[13]HowardA.Anderson,ElizabethM.Hiltbold&

PaulA.Roche.ConcentrationofMHCclassIImoleculesinlipidraftsfacilitatesantigenpresentation[J].NatureImmunology,2000,1(18):156-162.[14]Zeng,Gang.MHCClassII-RestrictedTumorAntigensRecognizedbyCD4+TCells:NewStrategiesforCancerVaccineDesign[J].JournalofImmunotherapy,2001,24(3):195-204.[15]Froeschke.G,Sommer.S.MHCclassIIDRBvariabilityandparasiteloadinthestripedmouse(Rhabdomyspumilio)inthesouthernKalahari[J].MolecularBiologyandEvolution,2005,22(5):43-59.[16]Qiu-HongWan,Chang-JunZeng,Xiao-WeiNi,Hui-JuanPan,Sheng-GuoFang.GiantPandaGenomicDataProvideInsightintotheBirth-and-DeathProcessofMammalianMajorHistocompatibilityComplexClassIIGenes[J].PLoSONE,4(1):41-47.致谢在这次实验研究中，经历了论文的选题、资料的搜集，以及实验过程中应用生物信息学的方法、技术和生物信息学的原理对论题的分析，我掌握了部分的生物信息学在线分析工具和生物学软件的操作，从而顺利地完成实验。在论文撰写过程中，得到了老师和许多同学的帮助，在此我要感谢帮助过我的老师和同学们，特别要感谢指导老师西北农林成人教育学院毕业论文题目：浅谈我国工程项目管理信息化的发展姓名：专业：建筑工程技术指导教师：摘要我国的建筑行业，正处在从传统建筑业向现代化建筑业的转型期。尤其是信息时代的来临，更是给建筑这一古老的行业注入了新的活力。目前国内外都把实现工程项目的科学管理作为改革建筑产业，降低工程运作成本，提高行业工作效率的主要突破口。随着建设工程项目的日趋大型化、复杂化和国际化，信息的交流与传递日趋频繁，建设工程项目管理信息化已引起国家、政府部门和许多企业的高度重视，在这方面的投入也在逐年增加，使得近年来我国建设工程项目管理领域在这方面的研究和开发水平在逐年提高，但实际应用状况却并不乐观，对建设项目管理的促进并没有达到预期的效果。本文通过建设工程项目管理信息化发展现状的分析，就管理体制、管理的基础工作、组织和组织行为方面存在的问题及产生的原因和解决方法进行探讨研究，采取一定的策略，形成一套科学合理的建设工程项目管理组织体系，从而确保建设工程项目管理信息化的实施。关键词建设工程、项目管理、信息化、管理体制目录前言 4第一章中国建筑行业的现状分析 51.1中国建筑行业的现状分析 51.2建筑工程项目管理的现状分析 51.3中国工程项目管理信息化的现状分析 6第二章解决工程项目信息化问题的主要途径 8第三章工程项目管理信息系统设计开发和应用的探讨 103.1项目管理与业务处理“流程”设计 103.2项目管理与业务处理的“角色”设计 103.3项目管理与业务处理的“活动”设计 11第四章中国工程项目信息化发展趋势 12致谢 15参考文献 16前言我国的建筑行业，正处在从传统建筑业向现代化建筑业的转型期。尤其是信息时代的来临，更是给建筑这一古老的行业注入了新的活力。目前国内外都把实现工程项目的科学管理作为改革建筑产业，降低工程运作成本，提高行业工作效率的主要突破口。而信息化则是实现科学管理的重要途径。但目前国内工程管理信息化的集成应用研究开发仍然处于各自为战、摸索尝试的开发阶段，引进的软件也存在消化使用的过程。或处于只能用其个别功能