转录组学研究的可视化

转录组学研究的可视化分析主讲人:王大鹏组员：桑杰卓嘎、西热桑姆、刘亚楠《生物信息学概论》开放式精品示范课堂引言转录组学是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科，对于人类更加深层次认识基因提供了方向。本研究选取陈超美教授开发的CiteSpace作为主要分析软件，对转录组学研究文献进行可视化分析，并结合文献的仔细阅读，进一步系统了解转录组学这门学科。1234数据库：WebofScience方法：CiteSpace分析共检出4952记录条时间跨度：2006-2015年数据来源与方法1.研究力量分析2.重要文献分析3.研究热点分析4.研究前沿分析结果分析1.研究力量分析：国家发文量中心性国家（地区）12230.28USA4540.23GERMANY3580.25ENGLAND2930.09NETHERLANDS2660.19FRANCE2440PEOPLESRCHINA美国的发文量和中心性都居首位，表明美国对于转录组学的研究力量雄厚，德国与英国的研究力量也较高。中国大陆的文献量虽大，但中心性不突出。1.研究力量分析：机构发文量中心性机构640.01MaastrichtUniv51-INRA44-ChineseAcadSci41-HarvardUniv41-UnivIllinois36-WageningenUniv34-UnivQueensland250.01UnivGroningen研究机构集中在高校和研究院，MaastrichtUniv达到了64篇，INRA有51篇，中科院有44篇，无论是发文量还是中心性，机构的研究力量相对薄弱，尚未有高产出和高影响力的机构出现。发文量20篇以上的高产作者:KleinjansJCS(27)PiersmaAH(24)NielsenJ(23)UhlenM(23)PenningsJLA(21)

1.研究力量分析：作者2.重要文献分析：早期奠基性文献年份频次中心性被引文献2001390.64BRAZMAA,2001,NATGENET,V29,P365,DOI10.1038/NG1201-3652006310.02LIWZ,2006,BIOINFORMATICS,V22,P1658,DOI10.1093/BIOINFORMATICS/BTL1582005310.08CARNINCIP,2005,SCIENCE,V309,P1559,DOI10.1126/SCIENCE.11120142.重要文献分析：早期奠基性文献第一篇:Minimuminformationaboutamicroarrayexperiment(MIAME)-towardstandardsformicroarraydata.文中提出了著名的MIAME，MIAME制定了基因芯片数据的信息的最低限度的标准。第二篇:Cd-hit:afastprogramforclusteringandcomparinglargesetsofproteinornucleotidesequences.第三篇:TheTranscriptionalLandscapeoftheMammalianGenome.重要文献分析——核心性?年份被引频次中心性被引文献20092500.58WANGZ,2009,NATREVGENET,V10,P57,DOI10.1038/NRG248420081890.89MORTAZAVIA,2008,NATMETHODS,V5,P621,DOI10.1038/NMETH.122620101460.04ANDERSS,2010,GENOMEBIOL,V11,P,DOI10.1186/GB-2010-11-10-R10620111360.11GRABHERRMG,2011,NATBIOTECHNOL,V29,P644,DOI10.1038/NBT.18832.重要文献分析：高被引文献第一：RNA-Seq:arevolutionarytoolfortranscriptomics.描述了RNA-Seq使用方法和与它的应用相关的挑战。第二：MappingandquantifyingmammaliantranscriptomesbyRNA-Seq，绘图和量化了哺乳动物转录组。第三：Differentialexpressionanalysisforsequencecountdata，一个新的算法——DESeq。年份频次中心性被引文献20081890.89MORTAZAVIA,2008,NATMETHODS,V5,P621,DOI10.1038/NMETH.12262001390.64BRAZMAA,2001,NATGENET,V29,P365,DOI10.1038/NG1201-3652004180.60JENKINSH,2004,NATBIOTECHNOL,V22,P1601,DOI10.1038/NBT104120092500.58WANGZ,2009,NATREVGENET,V10,P57,DOI10.1038/NRG24842.重要文献分析：高中心性文献中心性第一和频次第二是同一文献，表明这篇文献在转录组学领域具有一定的重要性。中心性第二的文献是奠基性最强的文献，表明这篇文献在转录组学领域有很大的奠基作用和核心作用力。中心性第三：Aproposedframeworkforthedescriptionofplantmetabolomicsexperimentsandtheirresults一文，完善了代谢组学的标准，推动了代谢组学的发展。3.研究热点分析:关键词词频分析频次关键词翻译1547transcriptomics转录组学1021Genneexpression基因表达459expression表达455proteomics蛋白质组学353microarray基因芯片298metabolomics代谢组学277identification鉴定264genomics基因组学Geneexpression、

identification表明基因表达、鉴定是当前研究热点。而研究热点集中的学科是transcriptomics、proteomics、metabolomics、genomics。另外microarray也是研究热点之一。高频关键词聚类3.研究热点分析:关键词聚类分析这6个大类代表了转录组学研究热点的6大分区，即小RNA分子、营养基因组学、数据库、骨骼肌、候选基因、动脉粥样硬化。4.研究前沿分析突变词权重年份dnamicroarray9.632006cdnamicroarray7.782007nutrigenomics5.552007functionalgenomics4.582006microarrayanalysis4.332006tandemmassspectrometry4.082006h1nmrspectroscopy3.792006expressedsequencetag3.702009DNA芯片、cDNA芯片、

营养基因组学都是转录组学的研