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药物设计学兰州大学药学院,李加忠思考题·简述虚拟筛选的基本类型和它们的基本流程?药物设计学兰州大学药学院,李加忠第三章药物发现中的虛拟筛选新靶标发现新先导化合物发现药物开发基因/功能靶标新候选物新药功能基困吧标发现靶标确证先导化合先导化合临床前庆研究场研究物发现物优化/研究药物设计学兰州大学药学院,李加忠第一节概述发表论文数目化合物库搜寻的基本要素搜寻标准命中结构H、搜寻标准;化合物(提问结构)库;计算方法药物设计学兰州大学药学院,李加忠基本方法直接法基于靶点结构的基于分子对接(docking-based的两类方法间接法基于配体相似性(ligandsimilarity-based)的基于药效基团(pharmacophore-based的药物设计学兰州大学药学院,李加忠合成化合物库天然化合物库化合物数据库组合化合物库药物分子库数据库类药性化合物库生物大分子」核酸分子库数据库蛋白质分子库小分子化合物或配计算生物大分子化学信息学生物信息学命中结构药物设计学兰州大学药学院,李加忠第二节小分子结构的化学信息学处理化学信息学Chemoinformatics,chemicalinformaticsCheminformatics,chemi-informatics√利用计算机信息处理技术对化学分子结构和相关信息进行管理的一种综合性技术和学科,应用化学信息学可促进化学信息的获取、转化与共享6药物设计学兰州大学药学院,李加忠一、2D和3D分子结构的计算机处理方法化学分子结构的层次ID:CHCHO2D:H3C-C3D药物设计学兰州大学药学院,李加忠(一)以一维形式表示对2D结构进行编码—储存和交换化学结构式数据的命名法SMILES(SimplifiedMolecularInputLineEntrySystem,简化分子线性输入系统)SLN(Sybyllinearnotation,Syby线性标己法)药物设计学兰州大学药学院,李加忠SMILES按化合价模型,毎个原子被氢原子饱和;双键用=表示;三键用#表示;环化分子用闭合原子序号表示;芳香环中不饱和原子用小写字母表示,分支用括弧表示甲烷CH4乙醇C2H5OHCCO氰化氢HCNC#N环已烷C6H12C1CCCC12-Propanol吡啶C5H5nncccc1CC(OC药物设计学兰州大学药学院,李加忠

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