affymetrix芯片产品及配套试剂清单

表达分析（Gene ysis 全转录本表达谱.....................................................................................................外显子MicroRNA DNA分析 推荐产品： 推荐产品：cytoscanHD，cytoscan 方向：单疾病连锁分 推荐产品 推荐产品 研究方向：农业组学分型 Axiom®Genome-WideBOS1Bovine teGenotyBundle1 表达分析（GeneExpressionysis 相比cDNA ，Affymetrix通过大量的序列比对选判断。这种设计一方面使每一段探针的特异性更好（长度为２５mer的探针特异性要好于60mer的探针另外，相当于在 25mer衡，从多个探针位点检测的荧光信号，经过综合评估、统计运算和分析，获得的数据比单Affymetrix技术使用了多段探针判断和PM-MM探针联合对应的双为解决的特异性提出了完美的解决方案。11-2025mer在PM-MM探针设计中，MM探针是有效的内参照，它们与PM探针一样可以和非特设计对于区分特异性和非特异性杂交是相当灵敏的。比较那些单一的探针来说，PM-MM探针设计的结果更加准确可靠，尤其保证了低丰度表达的准确定量。 False FalseI/D(>2<而与MM探针联合使用则可以探测出。PM-MM探针对的使用可以探测出的样品中转录物的范围为1:100,000-1:300,000。PM-MM探针对照设计可提高对复杂背景特异性检测，使Affymetrix的原位光刻合成技术准确控制每一个探针的合成量，标准化的样 FalseI/D(>2< 不同间、不同批次样品间实验结果很好的吻合，保证了多张间的比较的有效、 组 ArabidopsisATH1Genome ArabidopsisGenome B.subtilisGenomeArray大麦组BarleyGenome牛组BovineGenome犬组CanineGenome2.0线虫组C.elegansGenome鸡组ChickenGenome果蝇组DrosophilaGenome2.0大肠杆菌组EcoliGenome2.0大肠杆菌反义组E.coliAntisenseGenome玉米组MaizeGenome苜蓿组MedicagoGenome绿脓杆菌组PaeruginosaGenome恶性疟原虫/按蚊组smodium/AnophelesGenome组 rGenome猪组PorcineGenome恒河猴组RhesusMacaqueGenome水稻组RiceGenome S.aureusGenome SoybeanGenome SugarCaneGenome TomatoGenome V.viniferaGenome WheatGenome爪蟾组XenopuslaevisGenome酵母组YeastGenome2.0斑马鱼组ZebrafishGenome最小最小规格：片HumanGenomeU133Plus2.0人2人类全组表达谱一张代表人类全组47000个转录本，对应着38500明晰的人类，较之前的U133set多6500个新，Build159oftheUniGenedatabaseNCBIhumangenomeassembly(Build GeneExpressionArray2011620000个的36000个转录本（探针设PM探针设计）AlmacXcel™ArrayFFPE6片，此共含~111,000探针组，97,000个转录本。大约70%Affymetrix®HumanGenomeU133Plus2.0Array(Plus2.0)，另外8%是包含在plus2.0以外的RefSeq更新数22%源自高质量的Almac GenomeU133A2.02集中U133Plus2.0上面的全长序18,400个转录本，对应着14,500个明晰的RatGenome2302.0Array大鼠2大鼠全组表达谱涵盖了30,00028,000个UniGenedatabaseBuild99等公共RatToxFX1.0Array大2专为毒理学研究设计的产品，上面设计有2,073条探针组，用来代表55个signatures以及22条pathways中相关的更有价值库ToxFX™StudyBuildersoftwareandToxFX™ ysisEngine,提 Genome2.02小鼠全组表达谱涵盖了3900034000个UniGenedatabaseBuild107等公MouseGenome2.0Array2条全长，非全长Non-EST3771条，EST437114000条明晰的基 ATH1Array拟南芥5拟南芥组表达谱代表了近24,000种，可用于研究植物发B.subtilisGenomeArray(Antisense)枯草64，350个ORF,600个间序列，序列信息来源于RefSeqgenome,BarleyGenome6400,000rawbarleyBovineGenome牛2牛组表达谱代表了23,000BovineUniGeneBuild57(March24,2004) Array线虫522,500个线虫转录本。是研究发育 Array犬218000个转录本和EST序20000个非冗余的预测基因，来于UniGeneBuild#11(April,2005)EBIonMay92005ChickenGenome鸡2鸡组表达谱代表了32,773转录本，对应着28,000多个，外还在同一张上面代表了最常见的17种禽的684转录本，为CitrusGenome233,879UC此外上还包含了5,023个SNP165Kb的正反两条链的TILING10bp有一个25bp的探针，用于发现跟该疾病抗CottonGenome2GenBank®dbESTandRef-Seq,GossypiumhirsutumUniGenedatabase(Build2,August2006)andtheGossypiumraimondiiUniGenedatabase(BuildDrosophilaGenome2.0Array果蝇2Drosophilamelanogaster组的18,500多个转录本，数据来源于(release3.1)oftheDrosophilamelanogastergenomebyFlyBaseandtheBerkeleyDrosophilaGenomeProject(BDGP)E.coliGenomeArray2别是K12(MG1655labstrain), GenomeArray405大肠杆菌反义组涵盖4200MaizeGenome214,850个Zeamays的转录本，对应着13,342个，代表个B73,Ohio43,W22,W23,W64A,and来源于ZeamaysUniGeneBuild42(July232004)数据库。除此之 Array苜蓿2苜蓿/中华根瘤菌组代表48,116M.truncatula的转录本1,850个M.sativa的转录本，8,226S.melilot序列来源于TIGR和IMGAGP.aeruginosaGenomeArray绿脓杆菌5PAO15549个蛋白编码序列、18个tRNA序列和1个核糖体RNA117个其GenomeArray恶性疟原虫/按蚊组表达2恶性疟原虫/按蚊组表达谱4300个转录和提供了极好的组平台PorGenome256,055PopulustremulaxPopulustremuloides、Populusbalsamiferasubsp.trichocarpa、Populusbalsamiferasubsp.trichocarpaxPopulusdeltoides、PopulustremulaPopulusdeltoides、Populusbalsamiferasubsp.trichocarpaxPopulusnigra、Populuseuphratica、Populustremuloides、Populuscanescens、Populuseuramericana、Populustomentiglandulosa、PopulusalbaxPopulustremula、PopulusalbaxPopulusglandulosa序列来源于GenBank®mRNAsandESTsindbESTApril26,2005，(UniGeneisrestrictedtoPopulustremulaxPopulusPorcineGenome猪2猪组表达谱代表Susscrofa(domesticpig)23,256个转录本，20,201条，此外这张芯片上面还包括porcinemitochondrialrRNA序列，序列来源于UniGeneBuild28(August2004)andGenBank®mRNAuptoAugust24, GenomeArray恒河猴2恒河猴组达谱代了超过,0个M.mtta并有3个检测的针组适用于s,Afrcnrnmky,cymsmcs等源于vrstyfrska(rr,t.,teByrSclfMc’srssmce-mestnssmy(October2004),和公共数据库GenBankXXXSTSs,ESTs,andmRNAsuptoMarch30,2005.RiceGenomeArray水2两个品种的51,279个转录本，其中包括粳稻（Japonica）48,564个转录本，籼稻（Indica）1,260个转录本，59,712条TIGR’sosa1version2.0预计的 Array金黄葡萄球菌6金黄葡萄球菌组表达谱代4N315、Mu50、NCTC8325、COL3,300个ORF，4,800反向的间序列SugarCaneGenomeArray甘蔗2Saccharumofficinarum6,024个，这其中包含UniGeneclustersnon-UniGeneclusters， Array大豆237,500Glycinemax的转录本、大TomatoGenome29,200L.esculentum，序列来源于LycopersiconesculentumUniGeneBuild#20(October3,2004)GenBank®mRNAsNovember5, vinifera(Grape)GenomeArray葡萄214,0001,700WheatGenome2共检测小麦42的55,052个5个品种的小麦序列，分别是Triticumaestivum普通小麦、T.monococcum一粒小麦、T.turgidum圆锥小麦、AegilopstauschiiTturgidumsubsp.XenopuslaevisGenome2.0Array爪2爪蟾组表达谱2.0代表大29,900XenopuslaevisGenomeArray的升级 5GenomeArray13,600个覆盖超过14,400个明晰的，其余10，400EST序 Array酵母2升级版的酵母组表达谱代Saccharomycescerevisiae酿酒酵母（5,845genes），Schizosaccharomycespombe粟酒裂殖酵母（5,031genes Array酵母40+/-此款现在为Made-to-OrderArrays定制产品，以前的预置 谱S98涵盖6400多个啤酒酵 Array斑马鱼5斑马鱼表达谱：上覆盖Daniorerio14，900个转录Test3Array测试5菌中普遍表达的可适用 Arrays定制用户自行设计可依照用户实际的格GeneChip®3'IVTExpressKitReactionssufficientfor10用于RNA交前的实验步SensationPlu™FFPEAmplification3’IVTLabeling3IVTGeneChip®HybridizationWashStainKitsufficientfor30骤RNA的产品之外，以上两种试剂即可完成affymetrix格GeneChip®HumanGenomeU13310片人类表达谱芯2.0Arrayand3'IVTKitsufficientfor10GeneChip®PrimeView™HumanExpressionArrayand3’IVTExpressKit10片人表达谱，GeneChip®MouseGenome4302.0Arrayand3'IVTExpressKitBundle10片小鼠表达谱芯GeneChip®Rat2302.0Arrayand3'IVTExpressKitBundle10片大鼠表达谱芯Affymetrix表达谱系列中的成员，侧重于更精确的阐明已知的转录活性变化，HumanGene2.0ST从NCBIBuild51、RefSeqmRNA、EMBL/EBIEnsemble和CDSGenBank数据库中挑选出24838个已知的40716个转录本，其中编码蛋白张上共>1.35million个PM探针（不含MM探针），可以检测转录本各区域的转录人外显子1.0ST探针更为精简，大大缩小了最小规格（169format）和制作成GeneGene1.0ST- 和人外显子1.0 最小最小HumanGene2.0STArray6编码的转录本和>11,000个长链非编码转（lncRNAHumanGene1.0STArray221,014genes26probes，覆盖从5’到3’端的全长。GeneChip®MouseGene2.0STArray6编码的转录本和>2,000个长链非编码转（lncRNAGeneChip®MouseGene1.0ST227probes Gene2.0STArray622probes5’3’端 Gene1.0STArray226probes5’3’端 Gene2.0ST619,670genes26probes，覆盖从5’到3’端的全长。数数HumanGene2.0HumanGene2.0STArrayRatGene2.0STArrayRatGene2.0STArrayCHOGene1.0STArrayEnsembl(release (release51)，Ensembl(release

鼠细胞

Ensembl(release65) 51)，Ensembl(release

ArabidopsisGene1.0STBovineGene1.0STArrayCanineGene1.0STArrayChickenGene1.0STArray

Cyno-RhesGene1.0ST猕猴-

rheMac2(Rhesus)

CynomolgusGene1.0STEquineGene1.0STArrayFelineGene1.0STArray MarmosetGene1.0STArray绒WUGSC 猴MedicagoGene1.0STArray蓿蓿OvineGene1.0STArrayPorcineGene1.0STArraySscrofa9 RhesusGene1.0STArray恒河 Rice(Cn)Gene1.0 Rice(Jp)Gene1.0 Array(sspIndica)水稻Array(ssp.Japonica)水稻（Jp） Rice(US)Gene1.0STArray(sspJaponica)水稻（US）SoyBeanGene1.0ST

大豆/ Array(includesBradyrhizobium Array(includesBradyrhizobium 瘤菌 ZebraFinchGene1.0ST ZebrafishGene1.0STArray斑马danRer6& C.elegansGene1.0ST DrosophilaGene1.0ST 格AmbionAmbionGeneChip®WTTerminalLabelingControls用于RNA交前的实验步GeneChip®HybridizationWashStainKitsufficientfor30骤RNA的产品之外，以上两种试剂即可完成affymetrix 除常规的用于检测已知/EST及其剪接体的表达水平的外，Affymetrix还推出了分析人、大鼠、小鼠的全部外显子表达的，这将有助于人们分析同一个在不同生长发育阶段或不同生理病理下或不同组织器官中或不同细胞类型中所表达的转录本(剪接体)，这将可以更精确地解释在一张上代表1百万个外显子序 而事实上同一个在不同的组织/不同的病理条件下存在着不同的拼接方式，以实现 最小规格GeneChip®Human1.0ST2100GeneChip®Mouse21001.0STGeneChip®RatExonST2外显子配套试剂（与genest的试剂相同格WTExpression外用于RNAGeneChip®WTTerminalLabelingControlsKit,GeneChip®HybridizationWashStain骤除抽提RNA的产品之外，以上3种试剂即可完成Affymetrix外显子的实验MicroRNAMicroRNA探针设计方案在一张上针对153个物种的每条microRNA序列设计9次重复探针对小RNA中的每一条核仁小RNA（snoRNA）及催化小RNA（scaRNA）设计ArrayFeature11OligonucleotideprobeUpto25-mer,dependingonmiRNAtargetlength(perfectNineformiRNAs,≤11forothernon-controlRNANon-controlRNAtarget19,931probesetsformiRBaseNineidentical2,999probesetsforhuman,mouseandpre-miRNAhairpin≤112216probesetsforsnoRNAsfromsnoRNABaseand≤11Controltarget95GC-binnedbackgroundprobe≤9454BioB,C,D,Crer2hybridizationcontrol119BioB,C,D,Crehybridizationcontrolprobe2022oligonucleotidee-incontrolprobe10identicalprobes/set(i.e.,eachprobeistiled1010identicalprobesetsforhuman11AffymetrixMicroRNA代表物miRNAmiRNAAcyrthosiphonEchinococcusAedesEchinococcusAegilops草2EchinococcusAmphimedonEpstein-BarrAnophelesEquus马FestucaAquilegiaFuguArabidopsisGallusArabidopsisGlycineArachisGlycineAesGorillaBK2Gossypium1袋狸瘤样增癌扩散1Gossypium1袋狸瘤样增癌扩散1GossypiumBombyxGossypium4Bos牛Haliotis5BovineherpesHeliconius4BrachypodiumHerpesB3BranchiostomaHerpessimplex单纯孢疹BrassicaHerpessimplexBrassica7 ofBrassicaHomosapiens人（成熟BrugiaHomosapiens(pre-人（前体CaenorhabditisHomosapiensCaenorhabditisHomosapiens（Caenorhabditis人（CDCanis人（HAcaHordeumCarica1HumanCerebratulus2 14ChlamydomonasHydraCionaInfectiousCionaIxodesCitrus5JCJC2Citrus4 a-CitrusLagothrixCitrus枳6LemurCricetulus2LocustaCulexLottiaLotus4MacacaDictyosium2MacacaDrosophila2DrosophilaMareksdiseaseDrosophilaMareksdiseasetype穆立克氏病型DrosophilaMedicagoDrosophilaMerkelcell细胞多瘤病2DrosophilaDrosophilaMouseDrosophilasec洋 DrosophilaDrosophilaMusmusculus(pre-DrosophilaNasoniaDrosophilaNasoniaNasoniaSaccharumNematoslaSaccoglossusOikopleuraSaccharumOrnithorhynchusSaguinusOryzaSchistosomaOryzias4Schistosoma5OvisSidteaSelaginellaSimian2PetromyzonSolanumPhaseolusSorghumitrellaStrigamia5PiceaPinusSus猪SymphalangusPopulus5TaeniopygiaPopulusTetraodonPristionchusTheobromaPygathrix9TriboliumRattus Triticum1Rehmannia62Rhesus恒河猴淋巴隐伏病RhesusmonkeyXenopusRicinusXenopusXenoturbella8Zea卡式（7G系统PartGeneChip®miRNA3.02GeneChip®miRNA3.06GeneChip®miRNA3.030GeneChip®miRNA2.02GeneChip®miRNA2.06GeneChip®miRNA2.030GeneChip®Expression3'Reagents-HybridizationSufficientfor30GeneChip®Hybridization,Wash,StainSufficientfor30 BiotinHSRRNALabelingSufficientfor10 BiotinHSRRNALabelingSufficientfor30（PartAffymetrix®miRNA3.1ArrayGeneChip®Expression3'Reagents-HybridizationSufficientfor30GeneAtlas®Hybridization,Wash,andStainKitformiRNAArraysSufficientfor60 BiotinHSRRNALabelingSufficientfor10 BiotinHSRRNALabelingSufficientfor30为了探索更深入的转录Affymetrix公司推出了真正意义的全组，它依据全基个组范围内，因此命名为Tiling。先后推出人类、小鼠、拟南芥、线虫、果蝇、酿酒酵母、粟酒裂殖酵母的组Tiling芯CHIPonchip下面所列以“F”为标志的表示探针序列是根据正义链设计。Tiling产 Promoter1.0RArray2人类全组启动子反义链Tiling由125,500个启动子区域，每35bp125mer适用于CHIPonChip Tiling2.0RArraySet7人类全组反义链Tiling一套包含35bp125mer的探针序列，适用于CHIPonChip实验。 Tiling1.0RArraySet人类反义链全组Tiling，一套包 Promoter1.0RArray2小鼠全组启动子反义链Tiling由35bp序列间设计有1条的探针序列，适用于CHIPonChip Tiling2.0RArraySet7小鼠全组反义链Tiling一套包含35bp125mer的探针序列，适用于CHIPonChip实验。 Tiling1.0RArraySet小鼠全组反义链Tiling，一套包GenechipArabidopsisTiling1.0RArray6拟南芥全组反义链Tiling，由1张35bp125merChip elegansTiling1.0R6线虫全组反义链Tiling，由125bp125mer的探针序列，适用于新转录本发现、CHIPonChip 2.0R6果蝇全组反义链Tiling，由1探针序列，适用于新转录本发现、CHIPChip Tiling1.0RArray水稻全组反义链Tiling，由333bp125mer的探针序列，适用于新转录本发现、CHIPonChip实验。由于属于定制类，订购以16GeneChipS.prombeTiling1.0FRArray6裂殖粟酒酵母全组反义链Tiling，由1片组成，每20bp序列间设计有1条25mer的探针序列，适用于新转录本发现、CHIPonChipGeneChipS.cerevisiaeTiling1.0RArray6酿酒酵母全组反义链Tiling，由1ChipTilingChIPonchip配套试最小规AmbionWTExpression Poly-ARNAControlPolyA HybridizationControl WashandStain除以上试剂外还需要其他非Affy试剂，详细请咨询技术支DNA分析（DNAysisArrays）遗传疾病研究应用产推荐产品：SNP6.0代表的Marker数量及内一片上代表906,600946,000CNV1.8millionMarker，MarkerSNP和CNVMarkerAffymetrixSNP6.0SNP6-84,-2,+1.+3,+42-3SNP6－8次独1SNP的结果SNP6.0SNP位点无偏选择的重要意SNP6.0SNP位点中有相当大的一部分的选择主要考虑尽量平均在的各部，这称为无偏选择；就好似高速公密集的路标，这样的设计保证了在各部位都覆盖markertagSNPMAFgeneticspowerHumanSNP6.05—片包括代表了90万个SNP位点及HumanSNPArray—片包括代表了50万个SNP位点及Affymetrix®SNP6CoreReagentKitSNPArray6.0配套试剂盒，提供试验流DNA抽提外的所有试剂推荐产品：cytoscanHD，cytoscanFISH技术，CytoScanHDCytoScan750KUPD、血CytoScan的设计策略---拷贝数+SNP所有CytoScan上拷贝数探针均通过了计量效应检测筛等以外，还均匀分布于人类组的整个范围，没有遗SNP探针特SNP结果能协助分析三倍体、DNA样品异质性以及DNA混杂情SNP探针的选择符合细胞遗传学研究特点，包括对于SNP密度以及为中心的分布要求因为中心的分布要求2.2CytoScanHD以为中心进行设34,000RefSeqgenes，880Marker75SNP195万个拷贝数探针覆盖12,000条OMIM，659碱基就有一个Marker100%覆盖X，486碱基就有一个MakerCytoscan750K—750,000个生物学标志物，其中：200,000SNP标志物，550,000个非多LOH等另外的疾病相关可以得到检测（ISCAconstitutionalgenes、Cancergenes、OMIMMorbidgenes、XChromosomegenes等）2.3CytoScan™HDArrayKitandReagentKit195CNV探针，超过75万组SNP检测探针均匀的分布在全 ReagentKitBundle55CNV20万组SNP检测探针均匀的分布在全901834CytoScan®HDTrainingKit，containsArraysandreagentssufficientfor24reactionsplustrainingmaterials最小规格GeneChip®HumanMap250KNsp525SNP位点，一套25SNP位点，每片由不同的限制性内切酶完成片命名为GeneChipHumanMap500KArraySet。500K由两种芯250Karray250KNsparraySNPs262,000Map250KNspAssayKit250KNsparrayDNA抽提外的所有试剂GeneChip®HumanMap250K5250KStyarray含有SNPs探针Map250KStyAssay