基因检测案例16

视网膜色素变性RPGR基因ORF15检测基因检测过程中，数据解读是很重要的一个环节。如果对疾病了解不清楚，或者对数据不敏感，很有可能会漏检。后续我们会为大家介绍解读过程中遇到的各种坑儿。今天为大家带来的是一个视网膜色素变性RPGR基因ORF15的检测案例。视网膜色素变性简介视网膜色素变性(retinitispigmentosa，RP)是一组以感光细胞和色素上皮细胞进行性选择性丧失为特点的遗传致盲眼病，世界范围内发病率为1/3000，是致盲的主要病因之一，目前无有效疗法。该病早期症状为夜盲，随病程发展，中心视力逐渐减退，最终可完全失明。RP可以在眼部单独存在，也可以是全身多个系统疾病或综合征的眼部组成部分。RP可呈常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、X连锁遗传、线粒体遗传和双基因遗传。在所有RP患者中，常染色体显性遗传占15-25%，常染色体隐性遗传占5-22%，X连锁遗传占5-15%。RPGR是X连锁视网膜色素变性的主要致病基因，外显子ORF15具有复杂结构在各类遗传型的RP患者中，X连锁视网膜色素变性(X-linkedretinitispigmentosa，XLRP)临床表现最为严重，患者发病早，通常在20岁之前出现夜盲等视觉障碍，在40岁之前可进展为部分或完全失明。RPGR是XLRP最重要的的致病基因，能解释XLRP70%-75%的病因［参考文献1］。RPGR又称为视网膜色素变性GTP酶调控因子(retinitispigmentosaGTPaseregulator)，位于Xp21.1。该基因有多种剪切体，最初发现的剪切体A含有19个外显子，编码815个氨基酸的蛋白。检测该转录本上的变异，能够找到10-20%的XLRP患者的致病变异。后来剪切体C的发现是RPGR研究的一个重要的里程碑，该转录本含有15个外显子，编码1152个氨基酸。该转录本含有一个新的外显子ORF15，它是由原来的Exon15及一部分Intron15序列组合构成。研究表明，60%左右的XLRP致病突变发生在该区域。RPGR基因剪接体C的ORF15区虽然是一个重要的突变热点，但是对该区域的检测并不容易。原因在于该区域含有大量嘌吟重复序列，编码富含谷氨酸的氨基酸序列。二代高通量测序对该区域的捕获存在局限性，如果不了解这一点，在数据解读时仅分析二代数据，很可能会造成漏检。建议对XLRP的所有男性患者，加测RPGR基因ORF15的sanger测序。4.案例分析：临床印象：患者，男，10岁。临床诊断为RP，家族中多位男性患病，符合X连锁遗传(详见以下家系图)。检测项目：眼科遗传病基因检测(441个基因)方法说明：从受检者外周血中提取基因组DNA，构建基因组文库，通过探针杂交捕获相关的目的基因外显子及相邻内含子部分区域，进行富集。富集的目的基因片段基于NovaSeq6000技术测序平台测序，对明确的致病性变异，采用Sanger测序进行验证。检测结果：该病例最初采用二代芯片未检测到致病基因，加测RPGR基因的ORF15sanger测序之后，检测到如下致病变异。基因名称基因组位置变异合子类型ACMG变异评级遗传方式变异来源关联疾病RPGRchrX:3814579638145897CT>-NM_001034853.1：c.2405_2406delAG;p.Glu802Glyfs*32半合子PathogenicX-Linked母源视网膜色素变性3型［MIM:300029］备注：按照美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）制定的遗传变异分类标准，变异分为以下5种类型，Pathogenic表示致病的变异；Likelypathogenic表示可能致病的变异；Benign表示良性的变异；Likelybenign表示可能良性的变异；Uncertainsignificance表示意义不明确的变异。AD表示常染色体显性遗传；AR表示常染色体隐性遗传；X-linked表示X连锁遗传。遗传解析：RPGR基因变异常引起视网膜色素变性3型（Retinitispigmentosa3），以X-Linked方式遗传。该病男性患者病情较重，女性携带者因为存在X染色体随机失活现象，表型差异较大，从无症状到表型严重均可能发生［参考文献4］。先证者样本经检测发现：RPGRc.2405_2406delAG;p.Glu802Glyfs*32，此变异巳被HGMD数据库收录为有害变异［参考文献1-3］。根据《ACMG遗传变异分类标准与指南》，该变异符合“致病性变异”：PVS1+PM2+PS4_Moderate。PVS1：该变异为移码变异，功能丧失（LOF）为其致病机制；PM2:该变异在gnomAD、ExAC等多个正常人群数据库中的人群频率均未收录；PS4_Moderate:中因数据库中，在6个男性RP患者检测到该变异。遗传咨询建议:RPGR关联的视网膜色素变性3型，以X-Linked方式遗传。本次检测先证者和患病的外祖父该变异为半合子，母亲和堂姨均为杂合。MRPGRC.2405_2406<1&lAGip.Gln0O2GI2先证者父母：母亲为杂合携带者。如果父亲为野生型，再生育时，儿子有50%概率患病（半合子），50%概率不患病（野生型）。女儿有50%概率为杂合携带者（无症状到症状严重均有可能），50%概率为野生型（不患病）。先证者堂姨：先证者堂姨为杂合携带者，如果配偶为野生型，再生育时儿子有50%概率患病（半合子），50%概率不患病（野生型）。女儿有50%概率为杂合携带者（无症状到症状严重均有可能），50%概率为野生型（不患病）。先证者：先证者为患者（半合子），将来生育时，如果配偶正常（野生型），则儿子均正常（野生型），女儿均为杂合携带者（无症状到症状严重均有可能）。建议：对家系中其他成员，尤其是患病成员进行该变异位点检测。生育之前进行遗传咨询。金标准检验:RPGRc.2405_2406delAG参考序列CCTCTCCCCTCTGTTTCCTCCT合子类型先证者CCTCTCCCCTGTTTCCTCCT半合子先证者母亲CCTCTCCCCTGTGTCTTCCC杂合先证者堂姨CCTCTCCCCTGTGTCTCCTC杂合先证者外祖父CCTCTCCCCTGTTTCCTCCT半合子参考文献：VervoortR,LennonA,BirdAC,etal.MutationalhotspotwithinanewRPGRexoninX-linkedretinitispigmentosa.NatGenet.2000,25(4):462-6.[PMID:10932196].JiY,WangJ,XiaoX，etal.MutationsinRPGRandRP2ofChinesepatientswithX-linkedretinitispigmentosa.CurrEyeRes.2010，35(1):73-9.[PMID:20021257].ThiadensAA1,PhanTM,Zekveld-VroonRC,etal.Clinicalcourse,geneticetiology,andvisualoutcomeinconeandcone-roddystrophy.Ophthalmology.2012,119(4):819