多态性和分子进化课件

分子进化常用方法华大基因：大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。比较基因组学发展大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他理论背景之NJ邻接法(neighbourjoining)MP最大简约法(maximalparsimony)ML最大似然法(maximallikelihood)常用系统进化树构建方法MP最大简约法（maximalparsimony）假设4种核苷酸或者20中氨基酸可以突变为与其自身不同的任何一种，这样对于任何一个给定的拓朴结构，可以推断每个位点的祖先状态。对这一拓朴结构，可以计算出用来解释整个进化过程所需核苷酸或者氨基酸的最小替代数。对所有可能正确的拓朴结构进行这种计算，并挑选出所需替代数最小的拓朴结构作为最优系统树。C1T2T3A5A6T4CTTATATTabcde理论背景常用系统进化树构建方法之在该拓朴结构下，最小的替代数是3。ML最大似然法（maximallikelihood

）在ML法中，以一个特定的替代模型分析既定的一组序列数据，使所获得的每一个拓朴结构的拟自然率最大，挑选出其中拟自然率最大的拓朴结构作为最终树。1234v1v2v3v4v5v6650把每个节点变成其他节点的概率分别相乘,取概率最大的拓朴结构和枝长.理论背景常用系统进化树构建方法之较好数学理论支持大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他SNP的分类位点的分类Ka,Ks的概念TCG(Ser)ACG(Thr)CCG(Pro)GCG(Ala)TAG(stop)TTG(Leu)TGG(Trp)TCC(Ser)TCT(Ser)TCA(Ser)Phase0Phase2Phase1S0=0S1=0S2=1N0=1N1=1N2=0TCG(Ser)GCG(Ala)非同义TCG(Ser)TCA(Ser)同义理论背景进化选择压力Ka/Ks之Ks=同义突变SNP数/同义位点数Ka=非同义突变SNP数/非同义位点数同义突变SNP数=∑同义SNP非同义突变SNP数=∑非同义SNP同义位点数=∑同义位点非同义位点数=∑非同义位点Ka,Ks的概念理论背景进化选择压力Ka/Ks之检测序列的功能性（funcionalorpseudo）筛选正在快速进化的基因（rapidevolution）Ks可以反映事件发生的时间（age）Ka>>Ks或者Ka/Ks>>1，基因受正选择(positiveselection)Ka＝Ks或者Ka/Ks＝1，基因中性进化(neutralevolution)Ka<<Ks或者Ka/Ks<<1，基因受纯化选择(purifyselection)Ka,Ks的作用和意义理论背景进化选择压力Ka/Ks之筛选快速进化的基因Ka,Ks的作用和意义理论背景进化选择压力Ka/Ks之当Ka/Ks>>1时，序列受到强烈正选择（positiveselection），这样的基因即为近期正在快速进化的基因，对于物种的进化有着非常重要的意义。我们可以根据ka/ksratio筛选部分基因，然后做后期的功能研究，这种方法已经普遍的被应用到分子进化领域，已有多篇文章在nature，science等杂志发表。水稻segmentalduplication时间的定义：根据水稻的中性突变率6.510-9，当ks为0.69时，事件发生的年代是大约53Mya。Ks可以反映事件发生的时间Ka,Ks的作用和意义理论背景进化选择压力Ka/Ks之大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他简介：Phylip程序包是常用的进化树计算软件,有华盛顿大学,美国科学院院士loe

felsenstein编写,其中包括30个左右的程序,详细说明书和下载信息见:http:///phylip.html程序运行：各个独立的程序多为交互式操作模式，如要运行某个程序可以直接键入程序名称，然后按照程序的提示操作即可。Phylip使用说明系统进化树构建软件之输入格式513AlphaAACGTGGCCAAATBetaAAGGTCGCCAAACGammaCATTTCGTCACAADeltaGGTATTTCGGCCTEpsilonGGGATCTCGGCCCPhylip使用说明系统进化树构建软件之常用程序说明：Dnaml：基于dna序列，应用最大似然法（maximallikelihood），构建系统发育树。portml：基于protein序列，应用最大似然法（maximallikelihood），构建系统发育树。NucleicacidsequenceMaximumLikelihoodmethod,version3.6Settingsforthisrun:USearchforbesttree?YesTTransition/transversionratio:2.0000FUseempiricalbasefrequencies?YesCOnecategoryofsites?YesRRatevariationamongsites?constantrateWSitesweighted?NoSSpeedierbutrougheranalysis?YesGGlobalrearrangements?NoJRandomizeinputorderofsequences?No.UseinputorderOOutgrouproot?No,useasoutgroupspecies1MAnalyzemultipledatasets?NoIInputsequencesinterleaved?Yes0Terminaltype(IBMPC,ANSI,none)?ANSI1PrintoutthedataatstartofrunNo2PrintindicationsofprogressofrunYes3PrintouttreeYes4Writeouttreesontotreefile?Yes5Reconstructhypotheticalsequences?NoYtoaccepttheseortypetheletterforonetochangePhylip使用说明系统进化树构建软件之常用软件说明：dnadist：基于dna序列， 计算距离；portdist：基于protein序 列，计算距离；Neighbor：基于距离数据 构建系统进化树NucleicacidsequenceDistanceMatrixprogram,version3.65Settingsforthisrun:DDistance(F84,Kimura,Jukes-Cantor,LogDet)?F84GGammadistributedratesacrosssites?NoTTransition/transversionratio?2.0COnecategoryofsubstitutionrates?YesWUseweightsforsites?NoFUseempiricalbasefrequencies?YesLFormofdistancematrix?SquareMAnalyzemultipledatasets?NoIInputsequencesinterleaved?Yes0Terminaltype(IBMPC,ANSI,none)?ANSI1PrintoutthedataatstartofrunNo2PrintindicationsofprogressofrunYesYtoaccepttheseortypetheletterforonetochangeNucleicacidsequenceDistanceMatrixprogram,version3.65Settingsforthisrun:DDistance(F84,Kimura,Jukes-Cantor,LogDet)?F84GGammadistributedratesacrosssites?NoTTransition/transversionratio?2.0COnecategoryofsubstitutionrates?YesWUseweightsforsites?NoFUseempiricalbasefrequencies?YesLFormofdistancematrix?SquareMAnalyzemultipledatasets?NoIInputsequencesinterleaved?Yes0Terminaltype(IBMPC,ANSI,none)?ANSI1PrintoutthedataatstartofrunNo2PrintindicationsofprogressofrunYesYtoaccepttheseortypetheletterforonetochangePhylip使用说明系统进化树构建软件之输出格式

+Beta!!+Gamma2---------------3!!+-------------Delta!+--------------------1!+Epsilon!+-------AlphaPhylip使用说明系统进化树构建软件之常用Inputformat:>AK058218_Chr02_28573573_28577956atggcttccagggcattcctcctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggcaagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacgacgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctgggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgct多条序列必须在一个文件里面Fasta格式#AK058218_Chr02_28573573_28577956atggcttccagggcattcctcctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggcaagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacgacgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctgggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctGDE格式:clustalw使用说明系统进化树构建软件之outputformat:CLUSTALW(1.8)multiplesequencealignmentAK058218_Chr04_29937165_299414CCGGCGACACCTGCTGCCCGCTGCTGTCCGGCGTCGCCGACCTCGACGCCAK058218_Chr04_29947665_299519CCAGCGACACCTGCTGCCCGCTGCTGTCCGGCGTCGCCGACCTCGACGCCAK058218_Chr10_20790906_207951CGACGGAGCCGTGCTGCCCGCTGCTGAACGGGCTGGTGGACCTGGAGGCGAK058218_Chr02_28573573_285779CGTACGAGCCGTGCTGCGGCGTCCTCGGCGGCCTCGCCGACCTTGAGGCCAK058218_Chr04_26559317_265635CCGCCCAGCCGTGCTGCAGCCTCATCAGCGGCCTCGCCGACCTCGAGGCC*************************AK058218_Chr04_29937165_299414GCGCTCTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAGGCGCTCGGCCTCAGCCTAK058218_Chr04_29947665_299519GCGCTCTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAGGCGCTCGGCGTCAGCCTAK058218_Chr10_20790906_207951GCGGTGTGCCTGTGCACGGCCATCAAGGCCAACGTGCTGGGCATCAACCTAK058218_Chr02_28573573_285779GCCGTCTGTCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAACGTGCTCGGCATCACCCTAK058218_Chr04_26559317_265635GCCGTCTGCCTCTGCACGGCCATCAAGGCCAACGTGCTCGGCGTCGTCGT*************************************AK058218_Chr04_29937165_299414CGTCCTCCCCGTCGCCATCTCCGTGCTCGTCAACGAGTGCGGCAAGCACGAK058218_Chr04_29947665_299519CGTCCTCCCCGTCGCCATCTCCGTGCTCGTCAACGAGTGCGGCAAGCACGAK058218_Chr10_20790906_207951CAACCTCCCCATCCACCTCAGCCTCATCCTCAACTTCTGCGGCAAGGGCGAK058218_Chr02_28573573_285779CGACATCCCCGTCAAGCTCAGCCTCCTCGTCAACTACTGCGGCAAGAACGAK058218_Chr04_26559317_265635CAACATCCCGGTGAAGCTGAGCCTCCTTGTCAACTACTGTGGCAAGTGCG**************************AK058218_Chr04_29937165_299414TCCCCTCCAGCTTCCAGTGC---AK058218_Chr04_29947665_299519TCCCCTCCAGCTTCCAGTGC---AK058218_Chr10_20790906_207951TCCCCACCGGCTTCATGTGCTCTAK058218_Chr02_28573573_285779TCCCTAGTGGCTTCATCTGTGCTAK058218_Chr04_26559317_265635TCCCCAGTGGCTACACCTGCGCT**********clustalw使用说明系统进化树构建软件之outputformat:#AK058218_Chr04_29947665_299519---------------------------------------------------------------------------------------------tacacccccaccccggcgacgccg------------------------acgccgtcgacgccgacg------gggaagtgcccggtgaacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaaggccagcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcgtcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc---#AK058218_Chr10_20790906_207951---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------tcgacgagcgggtggtacgggaagtgcccgacggacgcgctgaagctgggggtgtgcgcgaacgtgctg---gacctgataaaggcgaaggcgggggtgccggcgacggagccgtgctgcccgctgctgaacgggctggtggacctggaggcggcggtgtgcctgtgcacggccatcaaggccaacgtgctgggcatcaacctcaacctccccatccacctcagcctcatcctcaacttctgcggcaagggcgtccccaccggcttcatgtgctct#AK058218_Chr02_28573573_285779------atggcttccagggcattcctc---ctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggc---------aagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacg------------------acgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctg---ggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctgdeformat:pirformat:>DL;AK058218_Chr04_29947665_299519---------------------------------------------------------------------------------------------TACACCCCCACCCCGGCGACGCCG------------------------ACGCCGTCGACGCCGACG------GGGAAGTGCCCGGTGAACACGCTGAAGCTGCTGGCGTGCGTGGACGCGCTGAACGGGCTGGTGCACGCGGTGGTCGGCGCCAAGGCCAGCGACACCTGCTGCCCGCTGCTGTCCGGCGTCGCCGACCTCGACGCCGCGCTCTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAGGCGCTCGGCGTCAGCCTCGTCCTCCCCGTCGCCATCTCCGTGCTCGTCAACGAGTGCGGCAAGCACGTCCCCTCCAGCTTCCAGTGC---*>DL;AK058218_Chr10_20790906_207951---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCGACGAGCGGGTGGTACGGGAAGTGCCCGACGGACGCGCTGAAGCTGGGGGTGTGCGCGAACGTGCTG---GACCTGATAAAGGCGAAGGCGGGGGTGCCGGCGACGGAGCCGTGCTGCCCGCTGCTGAACGGGCTGGTGGACCTGGAGGCGGCGGTGTGCCTGTGCACGGCCATCAAGGCCAACGTGCTGGGCATCAACCTCAACCTCCCCATCCACCTCAGCCTCATCCTCAACTTCTGCGGCAAGGGCGTCCCCACCGGCTTCATGTGCTCT*clustalw使用说明系统进化树构建软件之outputformat:5423AK058218_C--------------------------------------------------AK058218_C--------------------------------------------------AK058218_C--------------------------------------------------AK058218_C------ATGGCTTCCAGGGCATTCCTC---CTCGTGGCTCTAAATCTGGTAK058218_C------ATGGCATCCAAGGTCCTCGTGTTTCTCTTGGCCATCAACCTC------------------------------------------------ACGC-------------------------------------------TACACCC--------------------------------------------------CCTCTTCTTCACCGTGGCCAGCGCCTGCGGC---------AAGTACTGCC-CTCTTCTTCACGACGGCCAATGCCTGCGGCTGCGCGTGCGGCAAATGCCCGCCGACGCCGGCGCCG------------------------GCGCCGTCGCCACCCCGGCGACGCCG------------------------ACGCCGTCG-----------------------------------------------TCGCGACGCCTTCGACGCCGTCGACG------------------ACGCCATCGCGACGCCGCCGCCCCCGGCCCTCCCGCCGCCGCCGCCTCCGACTCCAACTACGCCGACG------GGGAAGTGCCCGGTGGACACGCTGAAGCTGCTGGCACGCCGACG------GGGAAGTGCCCGGTGAACACGCTGAAGCTGCTGGCACGAGCGGGTGGTACGGGAAGTGCCCGACGGACGCGCTGAAGCTGGGGGTACGCCGTCCTACAACACCAAGTGCCCCAAGAACGCGCTCAAGTTCGCGGCACTCCGTCCTACCATAACAAGTGCCCCGTGAACACGCTCAAGTTCGGGGCclustalw使用说明系统进化树构建软件之outputformat:((AK058218_Chr02_28573573_285779:0.08280,AK058218_Chr04_26559317_265635:0.12553):0.06545,AK058218_Chr10_20790906_207951:0.14724,(AK058218_Chr04_29937165_299414:0.01970,AK058218_Chr04_29947665_299519:0.02791):0.13482);clustalw使用说明系统进化树构建软件之其他参考资料:软件下载:详细软件说明:clustalw使用说明系统进化树构建软件之程序运行:在当前目录下建立配置文件后,直接键入codeml运行就可以了，但在运行之前需要在当前目录下建好配置文件（codeml.ctl），在配置文件中指明读入的文件，输出的文件，以及相关的参数。codeml使用说明系统进化树构建软件之配置文件摘要：seqfile=test.seq*sequencedataoutfile=yn*mainresultfileverbose=0*1:detailedoutput(listsequences),0:conciseoutputicode=0*0:universalcode;1:mammalianmt;2-10:seebelowweighting=1*weightingpathwaysbetweencodons(0/1)?commonf3x4=0*useonesetofcodonfreqsforallpairs(0/1)?*ndata=1。。。codeml使用说明系统进化树构建软件之5417AK058218_Chr02_28573573_28577956atggcttccagggcattcctc---ctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggc---------aagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacg------------------acgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctg---ggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctAK058218_Chr10_20790906_20795157---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------tcgacgagcgggtggtacgggaagtgcccgacggacgcgctgaagctgggggtgtgcgcgaacgtgctg---gacctgataaaggcgaaggcgggggtgccggcgacggagccgtgctgcccgctgctgaacgggctggtggacctggaggcggcggtgtgcctgtgcacggccatcaaggccaacgtgctgggcatcaacctcaacctccccatccacctcagcctcatcctcaacttctgcggcaagggcgtccccaccggcttcatgtgctctAK058218_Chr04_26559317_26563577atggcatccaaggtcctcgtgtttctcttggccatcaacctc---ctcttcttcacgacggccaatgcctgcggctgcgcgtgcggcaaatgcccgacgccgccgcccccggccctcccgccgccgccgcctccgactccaactactccgtcctaccataacaagtgccccgtgaacacgctcaagttcggggcctgcgccgacgtgctg---ggcgccatcagcggcgaggtcggccaggtgcccgcccagccgtgctgcagcctcatcagcggcctcgccgacctcgaggccgccgtctgcctctgcacggccatcaaggccaacgtgctcggcgtcgtcgtcaacatcccggtgaagctgagcctccttgtcaactactgtggcaagtgcgtccccagtggctacacctgcgctAK058218_Chr04_29937165_29941416------------------------------------------------------------------------------------------------acgccgccgacgccggcgccg------------------gcgccgtcgacgccgacg------gggaagtgcccggtggacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaccgccggcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcctcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc---AK058218_Chr04_29947665_29951916---------------------------------------------------------------------------------------tacacccccaccccggcgacgccg------------------------acgccgtcgacgccgacg------gggaagtgcccggtgaacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaaggccagcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcgtcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc---codeml使用说明系统进化树构建软件之输入文件格式：codeml使用说明系统进化树构建软件之输出文件格式：((AK058218_Chr02_28573573_285779:0.08280,AK058218_Chr04_26559317_265635:0.12553):0.06545,AK058218_Chr10_20790906_207951:0.14724,(AK058218_Chr04_29937165_299414:0.01970,AK058218_Chr04_29947665_299519:0.02791):0.13482);其他软件系统进化树构建软件之Phyml:StéphaneGuindonandOlivierGascuel,"Asimple,fastandaccuratemethodtoestimatelargephylogeniesbymaximum-likelihood",Syst.Biol,52(5):696-704,2003.PAUP:看进化树的软件：TreeviewNJplot分子进化领域常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他程序运行:在当前目录下建立配置文件后,直接键入yn00运行就可以了，需要在当前目录下建好配置文件（yn00.ctl），在配置文件中指明读入的文件，输出的文件，以及相关的参数。yn00使用说明进化选择压力计算软件之配置文件格式：seqfile=test.seq*sequencedataoutfile=yn*mainresultfileverbose=0*1:detailedoutput(listsequences),0:conciseoutputicode=0*0:universalcode;1:mammalianmt;2-10:seebelowweighting=1*weightingpathwaysbetweencodons(0/1)?commonf3x4=0*useonesetofcodonfreqsforallpairs(0/1)?*ndata=1*Geneticcodes:0:universal,1:mammalianmt.,2:yeastmt.,3:moldmt.,*4:invertebratemt.,5:ciliatenuclear,6:echinodermmt.,*7:euplotidmt.,8:alternativeyeastnu.9:ascidianmt.,*10:blepharismanu.*Thesecodescorrespondtotransl_table1to11ofGENEBANK.进化选择压力计算软件之yn00使用说明5417AK058218_Chr02_28573573_28577956atggcttccagggcattcctc---ctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggc---------aagtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacg------------------acgccatcgacgccgtcctacaacaccaagtgccccaagaacgcgctcaagttcgcggcgtgcgccgacgtgctg---ggcctcgtcagcgccgaggtcggccagccgccgtacgagccgtgctgcggcgtcctcggcggcctcgccgaccttgaggccgccgtctgtctctgcaccgccatcaaggccaacgtgctcggcatcaccctcgacatccccgtcaagctcagcctcctcgtcaactactgcggcaagaacgtccctagtggcttcatctgtgctAK058218_Chr10_20790906_20795157---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------tcgacgagcgggtggtacgggaagtgcccgacggacgcgctgaagctgggggtgtgcgcgaacgtgctg---gacctgataaaggcgaaggcgggggtgccggcgacggagccgtgctgcccgctgctgaacgggctggtggacctggaggcggcggtgtgcctgtgcacggccatcaaggccaacgtgctgggcatcaacctcaacctccccatccacctcagcctcatcctcaacttctgcggcaagggcgtccccaccggcttcatgtgctctAK058218_Chr04_26559317_26563577atggcatccaaggtcctcgtgtttctcttggccatcaacctc---ctcttcttcacgacggccaatgcctgcggctgcgcgtgcggcaaatgcccgacgccgccgcccccggccctcccgccgccgccgcctccgactccaactactccgtcctaccataacaagtgccccgtgaacacgctcaagttcggggcctgcgccgacgtgctg---ggcgccatcagcggcgaggtcggccaggtgcccgcccagccgtgctgcagcctcatcagcggcctcgccgacctcgaggccgccgtctgcctctgcacggccatcaaggccaacgtgctcggcgtcgtcgtcaacatcccggtgaagctgagcctccttgtcaactactgtggcaagtgcgtccccagtggctacacctgcgctAK058218_Chr04_29937165_29941416------------------------------------------------------------------------------------------------acgccgccgacgccggcgccg------------------gcgccgtcgacgccgacg------gggaagtgcccggtggacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaccgccggcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcctcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc---AK058218_Chr04_29947665_29951916---------------------------------------------------------------------------------------tacacccccaccccggcgacgccg------------------------acgccgtcgacgccgacg------gggaagtgcccggtgaacacgctgaagctgctggcgtgcgtggacgcgctgaacgggctggtgcacgcggtggtcggcgccaaggccagcgacacctgctgcccgctgctgtccggcgtcgccgacctcgacgccgcgctctgcctctgcaccgccatcaaggccaaggcgctcggcgtcagcctcgtcctccccgtcgccatctccgtgctcgtcaacgagtgcggcaagcacgtcccctccagcttccagtgc---进化选择压力计算软件之yn00使用说明输入文件文件格式：主要输出信息:进化选择压力计算软件之yn00使用说明Nei&Gojobori1986.dN/dS(dN,dS)12_Hs.162757_NM_00233210_NM_0023321.364(1.1998

0.8799)EstimationbythemethodofYang&Nielsen(2000):seq.seq.SNtkappaomegadN+-SEdS+-SE212155.811224.25.28431.15400.17270.9940+-0.01815.7569+-20.1142ka/kskakskaksKaks_calculator使用说明简介：Kaks_Calculatorisacomputationaltoolkitforcalculationofsynonymous(Ks)andnonsynonymous(Ka)substitutionratesandcontainssevencurrentlyacknowledgedmethods(NG86,LWL85,ModifiedLWL85,LPB93,ModifiedLPB93,GY94andYN00).ItcanrunonLinuxandWindowsOS.ThekernelcodesarewritteninstandardC++,andforWindowsversionweuseMicrosoftVisualC++6.0forGUI(GraphicsUserInterface).进化选择压力计算软件之程序运行简单易用，只需要指定输入和输出文件名称即可：Kaks_calculator–iinput.axt–ooutput.txtKaks_calculator使用说明进化选择压力计算软件之程序运行：example1ACACCCGTGCTTGGCAATACCGATCCAAGCGCCGTGATGCTTGAGGCGGTTGACAATAATAAGGGCGTAGAGATCAGGGGCGAGTCTCGATTTAGAATTTTCCCCCCGTTCTCAAATGAGGGAATGGACGGTTTCGTTCTCTTCGAAAATCGAGGTAACTTCTCGTCTCCTGAGTTTCACATGCGCTTGCTTCTTGTATTTCAGGGCTCCCAGCAGCTTGCTGACAACGAACTTCAGTATGGCTTCGAAATCTCGATAGGTGGAAAGAGACTCCTTTCGTTCTTAGCGTTCATGACGCGCATCGTTTTAGGGAATGGTAAAGGAACCGAAGTGATCGCGGAGTTTGATGATGTCGCGTCTTTCAATGCTCTCGTTGGCTCGACAACCTATCCAAAGCGTTGCCCCTCACCTATTGGAGTACTGGAGGCCTCACTTGCCAATAGTCCGTCCAAGTGGTATAGCGAGTATGAACATCCGTTAAAGCTGGTGCAGGCCCCGGGAATCAGAAAGCACCTTCGCCACGATTCTGTCCATGACGTCCCTTATGGATTTCACTCTCCGGCTTTTACAGCATTCAATGGCGCGAATGTGGACAGCACAGCCAAGTTTTTCAAGTATTTTACCTCTGATCTGAAGGGCGGAGGGGGCGAACGTGCTGACGGCAATAGCGACTGTTATCTGGCGCAGGAACAGATTAACTACGCCGCGGAACTCATCGTTCAGCTCAACCAAGATGATTCCGTGGAGGGTCCACGCTACGTAGACGCCCACCCGAAGTACTTGAGAAGAGAGCAGTACATGCTGAGCGAGGCGTACGGGATACCAGTACTCGGCAAGACCGATCCAAACGCCGAGATGCTCGAGGCCGATGACAATAATAAGGGAGTAGAGATCATGGGCGAGTCACGATTCAAAATTTTTCCCCCGTTGTCAAAGGAGGGAAAGGATGGTTTTGTGCTCTTCGAAAAGCGCGGTATTTTCTCGTCTCCGGAGTTTCACAAGCGCTTGCTTCCGGTATTTCTGGACTCCCAGCAGCTGGCAGATAACGAATTTCAGTATGGCAACGAAATCTCGATCGGTATAAAGAGACTACTTTCGTCCTTAGCGTTCATGCCGCGCAACGTTTCGGCGAATGGTAAAGGATCCGAACAGATCGCGGAGTTCGATGTCGTGGCTTCTTTTGATGCTCTCGTTGGCTCCACAACCTACCCTAAGCGCCGCCCCTCACCTATAGAAGCCCTTGAGGCCTCACTTGCCAATAGTCCATTCATGTGGTATAGCGAGTACGAACATCCGTTAAAACTGGTTCATGCCCCGGGGATCCGGATGCACCTTCGCCACGCTTCGGTGCATGACGTTCCTGATGGATTTCAGTCGCCGGCCTTTATCGCATTCACTGGCCCTAATGTGGACAGCCCACCCGAATTTCTCATGTATTTTTCCTCTCAGTTGAAGGGTGGAAGGGGCGAACGTGCTGACGGCAATAGCGACTCTTATCTCGCTCAGGACCAGATCAACTCTGCCGCAGAACTCATCGTTCAACTCAACCAGGGTGATTCTGTGGAGGGTCCACGCTACGTAGAAGTCCTGCCGAAGTACTTGAGAAGAGAGGACGACATGCTCATCCAGGAATACGGGKaks_calculator使用说明进化选择压力计算软件之K-estimator:PAUP(PhylogeneticAnalysisUsingParsimony)其他计算工具进化选择压力计算软件之分子进化领域常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他snp检测软件之polyphred使用说明目录准备：

chromat_dir放置原始的峰图文件edit_dir工作目录phd_dir放置phd文件poly_dir适用于基因重测序，检测杂合子PolyphredPipline程序在edit_dir目录下运行:SudophredSTK6_5（构建虚拟峰图等）

togeneratefakechromat,PHDandPOLYfilesfromDNAsequencesinFASTAformat

options:-q[quality]-r-abi-h-vphredPhrap-new_ace-view-forcelevel1>phrap.out（序列组装）polyphred-refSTK6_5-ace-indel[-q25-w20]-outputstk6_5.snp.out（检测snp）snp检测软件之Polyphredsnp输出格式BEGIN_MESSAGEBEGIN_HEADER---------------------------------------------------------POLYPHREDVersion5.01Build2005.06.10---------------------------------------------------------POLYPHRED_THUMBPRINT1133887737TIME06/12/0516:48:57CURRENT_DIRECTORY/disk5/team08/conglj/Merck/analysis/STK/stk6_5/edit_dir/END_HEADERBEGIN_COMMAND_LINE-dir/disk5/team08/conglj/Merck/analysis/STK/stk6_5/-acestk6_5.fasta.screen.ace.1-score70-quality25-window20-taggenotype-refSTK6_5END_COMMAND_LINEBEGIN_CONTIGContig2REFERENCESTK6_5.REF.scfBEGIN_POLY46