白血病突变组分析基因突变筛查陆道培血液肿瘤中心刘红星

白血病突变组分析基因突变筛查陆道培血液肿瘤中心刘红星第1页/共23页白血病突变组分析（mutaome）暨基因突变筛查项目介绍第2页/共23页肿瘤突变组（mutaome）于2012年8月陆道培血液•肿瘤中心主办的血液病诊断和治疗研讨会上首次提出“突变组”的概念每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果在特定的患者、特定时间，其肿瘤细胞携带的突变组合不同不同的突变组合决定了每个患者独特的发病过程、病理生理学表现、治疗反应和病情发展有明确意义的基因突变越来越多被鉴定全面了解肿瘤基因突变情况更精细地诊断分型、评估预后、制定个体化治疗方案基因突变筛查是经济有效的方法第3页/共23页常见的肿瘤基因异常类型融合基因：

染色体宏观结构异常基因突变：

单个或多个碱基异常G>TJAK2V617F基因表达异常：

原癌基因活化或抑癌基因失活，WT1等第4页/共23页白血病分子诊断应用现状和展望融合基因历史：发现染色体易位—鉴定融合基因转录组测序—将发现更多隐匿性易位或微缺失形成的融合基因基因突变传统方法不易发现，目前鉴定较少肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定原癌基因正常组织器官也可能表达，特异性和灵敏性的问题Translocation第5页/共23页肿瘤的N次打击和克隆演变MichaelR.Strattonet.al,NATURE,Vol458,9April2009第6页/共23页每个肿瘤都是基因变异的团伙在犯罪主犯JAK2、MPL、CEBPA、NPM1等突变帮凶KIT、FLT3、DNMT3A、TET2、P53等突变从犯原癌基因活化：WT1、HOX11不明真相的参与者PIGA等突变过客突变无功能的突变。我只是来打酱油的。。。第7页/共23页不同突变在肿瘤发生中的作用不同信号传导NRAS、KRAS、PTPN11、CBL、JAK2、MPL。。。转录因子RUNX1、ETV6。。。表观遗传学TET2、DNMT3A、IDH1、IDH2、ASXL、EZH2。。。转录剪接SF3B1、SRSF2、U2AF1。。。抑癌基因失活、基因修复缺陷TP53、FA相关基因突变。。。免疫监视缺陷HLA缺失、PRF1突变。。。第8页/共23页肿瘤突变组分析临床应用的范例97.3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变预后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6预后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴IDH1/IDH2突变伴DNMT3A、NPM1突变、MLL易位患者，采用大剂量的柔红霉素治疗可提高生存率PrognosticRelevanceofIntegratedGeneticProfilinginAcuteMyeloidLeukemiaJayP.Patel,etal.,NEnglJMed2012;366:1079-89第9页/共23页MPN中常见的基因突变第10页/共23页MDS中常见的基因突变第11页/共23页不同类型白血病间的分子克隆演变第12页/共23页肿瘤突变组分析临床应用的意义只根据一种融合基因分类的患者仍有异质性AML1-ETO

VS.AML1-ETO+KIT突变只检测一种突变也是不够的NPM1VS.FLT3

VS.NPM1+FLT3新的突变出现可预示临床进展急变、耐药等对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个体化治疗第13页/共23页分子诊断的发展趋势及挑战LucyA.Godley,DOI:0.1056/NEJMe1200409第14页/共23页分子诊断临床应用遇到的问题临床医师如何认识新发现的基因突变的意义？实验室如果向临床医师推荐新的项目？如何提高突变的检测灵敏度？如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？第15页/共23页我们的解决方案--基因突变筛查AML基因突变筛查（11种）CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1ALL基因突变筛查（11种）FBXW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTDMPN基因突变筛查（7种）IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；SH2B3(LNK)；TET2MDS基因突变筛查（8种）DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2第16页/共23页不远的将来：高通量基因测序的应用降低单位检测成本加入更多的检测内容外显子组突变分析，真正的肿瘤“全突变组”分析成为可能深度测序–突变MRD监测IG、TCR免疫组库分析第17页/共23页基因突变筛查的特点和意义同一患者可能同时存在多种基因突变可与融合基因或其它基因突变同时存在同一患者的同一基因可能存在不同的突变克隆性判断；诊断分型；预后判断；个体化用药基因突变在疾病发展过程中可能会变化FLT3、IKZF1等，与疾病进展有关目前大多数基因突变作为MRD监测指标有困难用高通量测序进行深度测序分析可帮助实现可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析帮助选择合适的治疗方案、评估预后等第18页/共23页病例男，30岁，形态学为M1型，柔红霉素+阿糖胞苷化疗一疗程后NPM1突变阳性定量42.15%FLT3突变阳性31种融合基因阴性，HOX11表达阳性形态学证明未缓解，从当地医院转某大医院治疗第19页/共23页白血病分子诊断的建议初诊患者骨髓或外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查后续根据融合基因、基因突变结果定点监测外地治疗后来诊患者肿瘤细胞>30%：骨髓或外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查肿瘤细胞<30%：骨髓或外周血标本，融合基因筛查；初诊时骨髓片、病理组织、DNA标本，基因突变筛查后续根据融合基因、基因突变结果定点监测出现全面复发或疾病类型转化时基因突变筛查，需要时做融合基因筛查第20页/共23页基因突变筛查方案的关键技术操作便利性、效率、成本控制高性能的基因工程改造的聚合酶同一的反应条件、多重PCR、巢式PCR提高效率、防污染控制、节省标本、保证成功率通用测序引物的使用减少测序的工作量、简化操作片段长度控制兼容二代测序，特别设计的测序引物测序