Discovery Studio30中基于药效团的药物设计方法和应用讲义

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DiscoveryStudio3.0中基于药效团的药物设计方法和应用讲义-2023年3月21日zi

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第三级第四级讲座14:00开始,听到声音的老师和同学请举手第五级赵冬梅创腾科技有限公司

DS3.0中基于药效团模型单击此处编辑母版文本样式其次级的药物设计工具

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主要内容药效团模型概述基于配体药效团模型

DS3.0新增模块：基于复合物构建(验证)药效团模型算法介绍

操作演示结果及报告分析

探讨

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药效团模型概述

并不是代表某个分子或某个具体官能团代表一组化合物与同一受体一些重要的相互作用可以认为是大量活性化合物的共同特征

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药效团模型概述药效特征元素(ChemicalFeatures)每个化学功能用不同颜色的球表示位置和方向(Locationandorientation)以绝对坐标定义，因此可区分对映体

距离和位置许可偏差(tolerance)球的大小代表位置确切度排除体积(Excludevolume)空间约束形式，可区分活性和非活性分子结构区别或限制配体和受体间产生不利碰撞区域

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模型的验证是关键步骤16compounds(trainingset)

实例分析一

构建

验证

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筛选对接36compounds

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实例分析一验证方法一：测试集验证(Testset)gpLigandPharmacophoreMappinggpSearch3DDatabaseFxr.aimrnMI~nrilfC'clirfN'l'(Ci0rltl.lVthll;nf10IC'U~,-.rmokYIIIC';C.;,mpouuclna.If11'l,dUt!b1().40.l~.liO:I

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实例分析一验证方法二：建立decoyset进行库筛能力评价8P8PNo

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实例分析一验证方法三：随机验证(Fischer)RP145

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FischerValidation

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实例分析二Elaborateligand-basedpharmacophoreexplorationandQ.SARanalysisguidethesynthesisofnovelpyridinium-basedpotentp-secretaseinhibitoryleadsBioorgan1cMediCinalChem1srry18(2023)3088-3115

构建…

验证方法四：分子对接11UUJZ

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实例分析二

验证方法五：QSAR模型

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基于配体药效团模型

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基于配体药效团模型

Ligand-based

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HipHopandHypoGen

HipHopNumberofcompoundsActivesActivitydataTypeofmodelDifferencesinmodelsNumberofhypotheses2-32allactivenodatarequiredfeature-basedstructurallydiverseuserdefined

HypoGenmorethan10activesandinactivesactivityvaluesrequiredpredictivemodelwiderangeofactivitymaximumof10best

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DS3.0保存经典功能

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HipHop结果分析Cl

IFeatures

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HipHop结果分析新增模型验证方法：LigandProfiler

需要decoyset,图中横坐标为所得药效团模型，纵坐标为命中分子

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HypoGen结果分析利用△Cost值判断模型置信度Nullcost–costofahypothesisforwhichweassumethereisnostructuredata–highestcost-upperboundfortheexperiment

Fixedcost–costofaperfecthypothesiswithno(minimum)deviationbetweenpredictedandexperimentalactivities–lowestcost-lowerboundfortheexperiment

Totalcost=errorcost+weightcost+configurationcost

△Cost=Nullcost—Totalcost

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HypoGen结果分析利用△Cost值判断模型置信度

–ifΔcost609

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HypoGen结果分析原有报告：文本显示，并需要手动计算每个模型的Δcost值1:5130QSARPharmacophoreieneo'ation.

DInput61Output

DReport

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