PubMed检索系统课件

PubMed

检索系统PubMed是美国国立医学图书馆（NLM）所属国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于Web的生物医学文献检索系统，是NCBI检索体系Entrez的一个组成部分。1997年，NCBI在Entrez集成检索系统上开发了基于互联网，并以MEDLINE数据库为核心内容的PubMed检索系统，并免费向全世界开放。一、PubMed收录范围

PubMed收录的期刊约2万种，其中MEDLINE收录了包括全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的1900多万条文献记录（每周都在增长中），绝大部分可回溯到1948年，部分早期文献可回溯至1865年。PubMed的部分文献可直接获取全文，包括PubMedCentral（PMC，收录期刊780余种）的文献，OA（OpenAccess）期刊的文献，以及部分出版商提供的免费期刊文献等2000余种。PubMed每条记录都有唯一的识别号PMID（PubMedUniqueIdentifier）。这些记录主要有四种形式：PubMed主页二、

PubMed主页简介二、PubMed主页简介

主页分检索区、主要功能区及辅助功能区三部分。检索区：基本检索、高级检索和帮助。

主要功能区：使用介绍、

PubMed工具及更多资源。辅助功能区：指南、其他数据库、常用数据库、特色数据库及相关信息二、PubMed主页简介三、PubMed主要特点2期刊转换词表（JournalTranslationTable）收录刊名全称、MEDLINE刊名缩写以及国际标准刊号（ISSN）三种不同表达形式。例：newenglandjournalofmedicine“NEnglJMed”[Journal]OR“newenglandjournalofmedicine”[AllFields]3短语词表（PhraseList）如果在上述两个词表中未找到匹配的词，系统则求助于短语词表。由MeSH、一体化医学语言系统、化学物质名称、篇名和文摘中出现多次的短语组成。三、PubMed主要特点4著者索引（AuthorIndex）当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，并且有1或2个字母在词后时，PubMed就会到著者索引中查找。若在上述四个表或索引中仍未找到相匹配的词，PubMed就将短语分开，用AND将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找，直到找到相应的词为止。例：pressurepoint

（“pressure”[MeSHTerms]OR“pressure”[AllFields]）ANDpoint[AllFields]三、PubMed主要特点㈣

布尔逻辑检索布尔逻辑运算符必须大写

ANDORNOT

优先级为：（）＞NOT＞AND＞OR三、PubMed主要特点三、PubMed主要特点㈤限定检索

PubMed在首次检索的基础上，可以根据检索需求实现二次检索界面的限定检索：包括文本呈现方式（摘要、免费全文、全文）、出版日期、物种（人或其他动物）、文献类型（临床实验、随机对照实验、综述、系统综述等）、语言和年龄等。字段标识符及释义ADAffiliation第一著者单位、地址ALLAllFields所有字段AUAuthor著者DPPublicationDate文献出版日期EDATEntrezDate文献被PubMed收录日期

LALanguage语种MAJRMeSHMajorTopic主要MeSH主题词MHMeSHTermsMeSH主题词

录入格式：检索词[字段标识符]布尔逻辑运算符检索词[字段标识符]Asthma/therapy[mh]ANDreview[pt]Crick[au]AND1999[dp]LivercancerANDYaleUniversity[ad]三、PubMed主要特点四、PubMed检索方法基本检索---------BasicSearch高级检索----------AdvancedSearch主题词表数据库检索-------MeSHDatabase期刊数据库检索---------JournalsinNCBIDatabases引文匹配检索---CitationMatcher临床问题查询----------ClinicalQueries㈠基本检索（BasicSearch）1.直接输入检索词检索vitaminc、commoncold“singlecell”biotin[mh]“lungneoplasms”[MeSH]

leukemia/therapy[mh]ANDreview[pt]ANDchild[mh]

可输入单词、短语或检索表达式，也可使用截词及双引号检索。使用双引号检索，系统会自动关闭词汇转换功能，做为词组来检索。㈠基本检索（BasicSearch）㈠基本检索（BasicSearch）2.著者检索姓（全称)+名(缩写）+[AU]例：SmithJ[AU]SmithJG,SmithJR姓（全称）例：Smith若限定某一作者,“作者”+[AU]例：“SmithJ”[AU]㈠基本检索（BasicSearch）㈡高级检索（AdvancedSearch）

在PubMed主页单击“Advanced”，进入高级检索。㈡高级检索（AdvancedSearch）例：检索癌的并发症或死亡率方面的文献（要求加权）。

㈢

主题词表数据库检索（MeSHDatabase）

在Results下面，单击主题词“Neoplasms”，显示副主题词表（Subheadings)。㈢

主题词表数据库检索（MeSHDatabase）

选择副主题词“complications”（并发症）和“mortality”（死亡率），在“RestricttoMeSHMajorTopic”选项前标记（加权检索），将检索式加入检索框（Addtosearchbuilder),执行检索（searchPubMed）。㈢

主题词表数据库检索（MeSHDatabase）若检出结果数量太多，可进行限定检索。系统默认对下位主题词进行扩检，如不需扩检，在“DonotincludeMeSHtermsfoundbelowthistermintheMeSHhierarchy”选项前标记。㈢

主题词表数据库检索（MeSHDatabase）㈣期刊数据库检索（JournalsinNCBIDatabases）

1在基本检索状态下，输入刊名检索

2在高级检索状态下，在“AllFields”中选择“Journal”字段，输入刊名检索

3进入“JournalsinNCBIDatabases”检索提供主题、刊名全称或缩写、ISSN等检索途径㈣期刊数据库检索（JournalsinNCBIDatabases）㈣期刊数据库检索（JournalsinNCBIDatabases）例：检索PubMed收录了哪些针灸（Acupuncture)方面的期刊及《中国针灸》的详细信息㈣期刊数据库检索（JournalsinNCBIDatabases）显示NCBI收录的针灸期刊名录㈣期刊数据库检索（JournalsinNCBIDatabases）选择PubMed，链接到PubMed收录的《中国针灸》文献信息㈣期刊数据库检索（JournalsinNCBIDatabases）㈤

引文匹配检索

（CitationMatcher）

在PubMed主页的“PubMedTools”栏单击“SingleCitationMatcher”和“BatchCitationMatcher”进入引文匹配检索页面。引文匹配检索是用不完整的题录信息线索来查找特定记录的工具，当论文中的参考文献信息不完整时，可利用引文匹配器来核对补充信息。SingleCitationMatcher检索项：刊名信息、出版年月、卷、期、起始页码、著者、篇名中的任意词等。SingleCitationMatcher允许省略以上一项或几项刊名用全称或缩写均可著者可以是第一或最后一个，按规范格式（smithjs）输入单篇引文匹配器可浏览到最新期刊的题录和文摘，如输入某刊名，当前卷数，当前期数，就可以检索到该刊最新一期上的文献了。SingleCitationMatcher例：已知《针灸和经络研究》杂志上发表了一篇关于桂枝茯苓丸的文章，检索这篇文献的详细信息SingleCitationMatcherBatchCitationMatcherBatchCitationMatcher多篇引文匹配器检索输入格式：刊名︱年︱卷︱起始页︱著者︱检索用户对文献的标识︱检索结果是PMID号。每次检索提问单独成行，刊名及著者姓名用MEDLINE标准缩写形式，文献标识可以是任意字符串，某选项可不填写，但“︱”不能省略，填写好邮箱地址，系统会将检索结果发送到邮箱里。进入邮箱，将PMID号粘贴到PubMed的检索提问框中进行检索，得到记录的详细信息。㈥临床问题查询（ClinicalQueries

）在PubMed主页的“PubMedTools”栏单击“ClinicalQueries”

进入临床文献检索页面。㈥临床问题查询（ClinicalQueries

）ClinicalQueries是专为临床医生设置的检索服务1ClinicalStudyCategories供查询疾病的治疗（therapy)、诊断(diagnosis)、病因(etiology)、预后(prognosis和预防(clinicalpredictionguides)五个方面内容的文献，同时还可选择倾向查全（Broad）或是查准（Narrow）。2SystematicReviews供检索疾病的系统评论、meta分析、临床试验评论和循证医学等方面的文献。3MedicalGenetics医学遗传学，包括鉴别诊断、临床描述、分子遗传及基因检测等文献。

倾向查全hypertensionTherapyBroad㈥临床问题查询（ClinicalQueries

）倾向查准hypertensionTherapyNarrow㈥临床问题查询（ClinicalQueries

）五、PubMed检索结果处理

1检索结果显示设置

在检索结果显示页面，单击,对检索结果进行设置和修改。默认格式为“Summary”（题录格式）。五、PubMed检索结果处理2检索结果保存

在检索结果显示页面，单击“Sendto“，系统显示7种保存方式。File：纯文本形式Clipboard：添加到临时粘贴板Collections：注册了MyNCBI账号的用户，可保存到My能NCBI中，方便以后处理数据E-mail：发送到用户邮箱Order：提交全文订购，需要付费MyBibliography：以目录形式保存在MyNCBI中Citationmanager：引文管理器五、PubMed检索结果处理3检索结果的二次处理

在检索结果显示页面右侧，提供了对检索结果进行二次处理的选项。Resultsbyyear:按年度显示文献记录数Relatedsearches：显示可使用的相关检索词PMCImagessearchfor

（检