晶体解析步骤

-.z.AFI*,DFI*,HFI*,HIMP这些加氢的指令怎用阿(讨论一下加氢的根本步骤吧)想请教有关加氢的问题(讨论一下加氢的根本步骤吧)

1.AFI*,DFI*,HFI*,HIMP这些加氢的指令怎用阿

2.如果可以用Q峰加氢..要用哪个指令呢"指令怎样用"在哪个文件加"

3.如果找不到Q峰,除了hadd之外，大家都是怎样加氢的""要用哪个指令"指令怎样用"在哪个文件加""

4.除了这些指令...大家都是怎样加的...大家谈谈加氢的经历和过程吧...

有高手可以把加"做""劫...我想一定"成"精攘帖的...也可以"初"者"考...

感谢分享...这些都是我们初学者要学的阿...拜托...热心的人答复一下吧brokenpoem发表于2021-1-2711:20跟帖学习，就用过AFI*和DFI*，没闹明白到底是怎么回事，q峰加氢应该就是用name指令吧？找不到Q峰就就加大Q峰的数量，还是没有就可以根本判断没有H了吧？溶剂水的加氢一直没搞定。st0627发表于2021-1-2711:20有高手知道"""loyal*uan发表于2021-1-2711:20怎"是"人"""kong540801发表于2021-1-2711:20老弟是不是没有shel*的说明书啊"

再次建议你静下心来好好看看.

1.AFI*,DFI*,HFI*,HIMP这些加氢的指令怎用阿

AFI*内容比拟多,看书去.

DFI*DANG是分别固定键长键角的.形式

DFI*0.850.01O1H1

DANG1.350.01H1H2

HFI*和AFI*差不多,但在没加氢前用在.ins中,修正后,回直接帮你把理论的氢产生好.

himp用来在*p中改变*-H的键长.

比方himp0.82h1

2.如果可以用Q峰加氢..要用哪个指令呢"指令怎样用"在哪个文件加"

plan300

在.ins文件中加

3.如果找不到Q峰,除了hadd之外，大家都是怎样加氢的""要用哪个指令"指令怎样用"在哪个文件加""

碳上的氢,hadd足矣.

O上的氢,一般从Dif-fouriermap找,就是把适宜的Q命名为H.

在*p中

先用envio1之类的命令找到适宜的Q,

在用nameq1h1改名.

4.除了这些指令...大家都是怎样加的...大家谈谈加氢的经历和过程吧...

没有秘诀,反复尝试.

如果数据比拟好,可以找到H;

如果不好,要按照尽可能形成氢键的原则.pppppp发表于2021-1-2711:20我有个quickquestion....何时需要固定键长呢""哪些原子上的氢需要固定键长键角"

像是3.里面的O上加的氢...在指定名称之后...需要固定键长吗""怎固定"""

谢谢教师的回应阿....你人真的太好了

哀...凌晨快要三点了....看这些指令头都晕了.....c*wpf200发表于2021-1-2711:20引用*i2004老"的:""1.AFI*,DFI*,HFI*,HIMP这些加氢的指令怎用阿

AFI*内容比拟多,看书去.

DFI*DANG是分别固定键长键角的.形式

DFI*0.850.01O1H1

DANG1.350.01H1H2

HFI*和AFI*差不多,但在没加氢前用在.ins中,修正后,回直接帮你把理论的氢产生好.

himp用来在*p中改变*-H的键长.

比方himp0.82h1""

"何要固定或是限制嫔樘嫔角呢"

固定完之後精修呃些嫔樘"被精修""

呃"就好了""

很困惑AFI*,DFI*,HFI*,HIMP之间的关联性和使用的时机""

到底何时需要用afi*,dfi*,hfi*,himp"""晕....sunny03发表于2021-1-2711:20[quote]Originallypostedbystaphleeat2021-7-1117:53:

我有个quickquestion....何时需要固定键长呢""哪些原子上的氢需要固定键长键角"

理论加氢的就不说了,其键长键角都是固定的.

象N.O上的H,如果你既想修正之,又容易跑,就要用DFI*,DANG来固定.

如果不想修正,用himp得到理想键长后,直接AFI*3得了.

像是3.里面的O上加的氢...在指定名称之后...需要固定键长吗""怎固定"""

是要固定的.如何固定同上.

不固定,一般都会跑掉.除非数据特别好.标题:怎么将分裂处理？作者:alusia

时间:2007-9-2708:43

标题:怎么将分裂处理？

一个羧基上的氧原子无序，请问怎样加指令进展分裂？谢谢大家

PLAT241_ALERT_2_ACheckHigh

UeqasparedtoNeighborsfor

O1

PLAT080_ALERT_2_BMa*imumShift/Error............................

0.20

PLAT241_ALERT_2_BCheckHigh

UeqasparedtoNeighborsfor

O2B

PLAT242_ALERT_2_BCheckLow

UeqasparedtoNeighborsfor

C25

[本帖最后由alusia于2007-9-2710:17编辑]作者:crystalsnet

时间:2007-9-2709:45

至少画出图片吧作者:alusia

时间:2007-9-2710:19

请大哥指导。：〕。构造请见附件。这是没有分裂前的，分裂后，O2分成O2AO2B但是还是有如上所述错误。不知道分裂到底用那些指令，我也没人指导，自己在乱弄，所以搞不好，麻烦了。谢谢。。。。

原来lst文件中提示O2分裂，分裂后，LST文件中没有提示分裂了但是还是有这么多错误，可能我指令弄得不好。

[本帖最后由alusia于2007-9-2710:20编辑]作者:crystalsnet

时间:2007-9-2723:25

O1,O2都是有问题的，这种情况比拟少见，因为和重原子配位时，一般不会无序。

至于处理方法：

〔1〕在O1,O2附近找出适宜的Q峰，定出来无序

〔2〕从LST文件决定如何裂分

〔3〕直接在O1,O2上进展裂分

比方对于O1

O1n*yz11.00000.............

改为(两个坐标一样)

O1an*yz1.00000.............

O1bn*yz1.00000.............

精修完毕，在进展无序处理学习解晶体最初的动力肯定是想了解自己搞得那堆东西是怎么回事

第一：要了解的就是cif文件，cif文件只是格式比拟麻烦一些，他要在很短的篇幅中介绍您的构造，必定需要告诉：样品名称，分子式，对称性，元素种类，收集数据的条件，原子的三维坐标，热震动的大小，数据质量等等，这个呢可以去读一下陈小明教师的那本书，有一节专门讲了cif里各个条目的意思，如有不懂的可发帖向大家询问。

第二：目前解单晶软件最好用的并不是shel*系列的，但是shel*系列是最广泛的。初学者最好用带*shell版本的〔软件网上很多地方都可以下载，当然我也可以"非法"提供应您〕。由于衍射数据的信息无法直接读取，我们有必要将其含有的构造信息通过一定的软件复原并表达出来。比拟通用的方法就是最小二乘法，最小二乘法的核心就是通俗的说法〞逐步逼近"，这样就需要提供一个最初始得构造模型，本步骤可有shel*程序包中的*perp及*s来完成。*s出来的初始模型需要进一步的精修〔逐步逼近〕直到计算出来的模型和衍射数据所反映的理论模型相差很小时，构造也就修完了。接下来就要使用*shell了，该子程序可以自动读入您刚刚的初始模型，根据您化学方面的知识判定模型是否正确，模型中原子的种类等等是否合理，再稍微确定出更正确的构造，refine〔精修一下〕，再看看新出来的模型，是否还有原子没有确定〔即将鬼峰q指认成适宜的原子〕，屡次上面的循环，我们的构造就越完美，一直修到出现的q峰接近1.0左右〔有时会稍大〕。但是在前面我们忽略了一个问题，就是原子包括化学键在非绝对零度都是有震动的，因此它的电子云就肯定不是球状，也就是说原子表现出来的是各项异性而非各向同性，则只需参加anis命令〔在*shell中只需在选项前面打个勾就可以了〕，在修几轮，这时构造就差不多了。多练习几次，碰到具体问题可以向大家请教。如何在shle*软件中直接用鼠标点选改原子名字在shel*里，除了*P子程序可以为原子命名以外，还可以用*shell子程序，这种情况下，你可以一手点住键盘上的s，一手用鼠标去点选原子〔注意，是同一类原子，最好按顺序点〕，然后用菜单上的群命名，选中原子类型，它就可以自动将原子按序号命名好了。总的过程：1挑选直径大约为0.1–1.0mm的单晶。CCD的准直管直径有0.3mm，0.5mm，0.8mm；分别对应得晶体大小是0-0.3mm,0.3-0.5mm,0.5-0.8mm.2选择用铜靶还是钼靶？铜靶要求θma*〉=66度，最大分辨率是0.77埃钼靶要求θma*〉=25度，最大分辨率是0.36埃3用smart程序收集衍射数据得到大约一千*倒易空间的衍射图像，300M大小。其中matri*图像45*，分成三组，每组15*，用以判定晶体能否解析。4用saint程序复原衍射数据得到很多文件，但是只有三个文件是我们需要的：-ls，p4p，raw。-ls文件中包含有最大的和最小的θ角，有效地精修衍射点数目。好似不同的机器或者复原程序得到的文件不同，有的是hkl，abs。5用shel*tl程序处理上述数据，并画出需要的图形。6用platon程序检测cif文件，解决掉不可忽略的错误详细介绍上述5的操作过程5.1装好shel*tl程序，新建一个project，输入要建立工程的名字，然后翻开要解析的p4p或者raw文件。5.2用*prep程序确立空间群，建立指令文件这个过程根本上是一直按回车键的过程〔除了在要输入化学成分的时候改动一下和在是否建立指令文件的时候输入Y即可〕，一般不会出错。如果出错，那就要重新对空间群进展指认〔出错可能是出现在下面的精修过程中〕。一般Mean〔I/sigma〕〉2才可以，越大越好。得到ins，hkl，pcf三个重要数据文件。其中ins文件：包含分子式，空间群等信息；hkl文件：包含的是衍射点的强度数据；pcf文件：记录了晶体物理特征，分子式，空间群，衍射数据收集的条件以及使用的相关软件等信息。5.3选择要解析的方法：直接法〔TREF〕还是帕特深法〔PATT〕？如果晶体中含有重原子如金属原子，那就要用PATT法；如果晶体中没有原子量差异特别大的原子，就用TREF法。默认的方法是直接法。5.4用*s程序解析粗构造得到res文件：包含了ins文件的内容和所有的Q峰信息。5.5用*p程序与*l程序完成原子的指认，付利叶加氢或理论加氢，画图等。到达比拟好的结果标准：A化学上合理〔键长、键角、价态〕BR1<0.08〔0.06〕，wR2<0.18〔0.16〕，goof=S=1+-0.2(1.00)CR(int)<0.1,R(singma)<0.1DMa*imum=0.0005.6用platon程序检测有些错误要返回到5.5重新精修以解决详细介绍5.5的解析过程原子的指认翻开*p输入fmol出现一系列的Q峰信息。每次翻开*p后都要先输入此命令。输入pick进入Q峰之间连接的构造体系中。根据化学经历〔键长，键角以及连接方式〕和自己晶体的预测的构造，对Q峰进展取舍。取舍完毕后，进展原子的命名。当闪点在*个原子上时，从键盘上输入要命名的原子的符号，然后回车；闪点就会跳到下一个要命名的Q峰上。当闪点在*个Q峰上时，如果直接回车，会删掉此原子，用backspace可以复原；如果直接敲空格键，闪点会跳到下一个Q峰上。敲"/〞键，保存命名结果，退出；敲"esc〞键，不保存结果，退出。输入pers可以看棍球图，如果有错误的原子命名，可以继续用pick命令进展修改。输入proj可以看到构造图，并可以旋转观看输入grow可以长出对称的单元。如果没有对称的单元，则此命令无效。输入fuse删除grow出来的原子和其他操作长出的原子，这些原子不能带入精修的过程中。输入sort/n对原子进展排序，按照原子名称的序号；如果输入sort$C$N则按照原子种类进展排序。输入filename.ins保存所作的命名信息。会有提示询问是否从name.res中拷贝信息，直接回车。注意：name指用*s解析时命名的作业名，不能更改。输入quit退出程序，敲esc退出程序用*l进展精修点击*l出现精修过程，看是否符合5.5中的标准〔可以关闭*l后，通过增加ins中的ls的次数或者copyname.restoname.ins命令进展反复精修，切记每次*l精修后生成的是res文件，因此要将res拷贝成ins再次进展精修才有效〕。如果其他的条件不符合，则要修改ins文件：参加anis〔对所有指令后的非氢原子进展各向异性精修，anisn对指令后的前n个原子进展各向异性精修，anisC对指令后的指定原子进展各向异性精修〕omit〔忽略指定的衍射点，一般都要用到omit052〕afi*〔将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上，或者在指定的位置上产生原子〕afi*3表示固定H原子的坐标afi*13表示固定垂直于*个平面的H原子的坐标afi*23表示固定亚甲基上的H原子的坐标afi*137表示固定甲基上的H原子的坐标〔好似是afi*33〕afi*43表示固定类似于苯环上的H原子的坐标dfi*〔限定两个指定原子间的距离〕hfi*〔限制氢原子在固定的位置上，如hfi*43N6〕在原子的数字信息局部查找是否有H原子的产生〔即付利叶计算出来的H原子〕，如果有则要把它固定起来〔afi*2表示固定温度因子，精修坐标；afi*3表示固定坐标，精修温度因子〕，以防在精修时其随处飘动，引起漂移值不稳定等。保存后退出。继续用*l精修，看是否符合标准〔也可以省略此步，因为H原子还没有加完〕用*p程序进展理论加氢翻开*p输入fmol输入kill$q去掉所有的q峰输入hadd理论加氢〔constr〕输入pers或者proj查看H原子加的是否正确，如果不正确则要用"kill原子名〞干掉。输入filename.ins回车输入quit继续用*l精修几轮精修之后，看标准是否到达，如果没有到达，还要继续查找原因，修改ins文件。产生数据信息的ins文件中的命令，可以将这些命令加在unit和wght之间：Bond$h(产生包括h原子在内的键长键角)Conf〔产生扭角〕Acta〔产生cif文件〕Htab〔产生可能的氢键，在lst文件中找〕Eqiv〔和htab一起使用，指定形成氢键的两个原子的名称，将产生分子间和分子内有键合作用的原子的对称性代码，并将信息写在cif中〕Sizeabc〔晶体三个方向的大小，依此计算透过率〕mplac1c2c3cmplac7c8c9〔计算由c1c2c3c4andc输入这些命令后，精修一轮就可产生相应的信息。一直精修到到达标准，才能算是完成精修任务。可以通过调整wght来修正S值。用*p画图点击*pA画椭球图输入fmol输入info显示所有原子和q峰的坐标和位移参数信息等。输入kill$q输入proj调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。输入lablaba=0，表示没有任何标注a=1，表示不标注H原子，原子序号不用括号a=2，表示不标注H原子，原子序号用括号a=3，表示标注H原子，原子序号不用括号a=2，表示标注H原子，原子序号用括号b，表示标注字体的大小，一般简单的椭球图用300左右输入telpabcdcelltelpcell表示画出带晶胞框的棍球图telp0-500.0520less$h其中0表示：立体角度-50表示：位移椭球图的概率百分比，负值表示是椭球图，一般选择-30或者-500.05表示：键的半径，默认值是0.09，一般用0.0520表示：观察的距离如果用less$q则表示：不画所有的氢原子。回车后，将出现椭球图，对原子进展标记〔敲回车可以跳过原子，用backspace可以倒退，如果原子标记的字体大小不适宜，要从labl命令从新开场〕。标记完毕后，自动退出，此时会让输入要保存的*.plt的文件名。输入draw*选a后回车输入要输出的图像文件的名称选回车保存成黑白图，选c保存成彩色图等一分钟左右此时就会有*.ps文件生成，该文件可以用photoshop翻开。B画晶胞堆积图输入fmol输入kill$q输入proj调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。也可以用matr命令来调整视角。输入pbo*aba表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的宽度b表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的深度当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的高度是宽度的0.75倍输入matr**=1表示从a轴的方向看；*=2表示从b轴的方向看；*=3表示从c轴的方向看输入pack表示堆积。此时会出现堆积的图形，可以对堆积出的分子进展删减。