医学交流课件：临床病原学诊断技术体系建设

呼吸学科建设明道讲坛

全国呼吸与危重症医学科主任研修班临床病原学诊断技术体系建设临床病原学诊断实验室功能定位实验室提供的病原学诊断结果对于感染性疾病准确的诊断和治疗是至关重要的实验室提供的医院流行病原体及耐药性趋势等相关重要的信息是医院内感染控制的重要支柱

实验室是抵御新发微生物的威胁包括抗生素耐药和生物恐怖威胁的前沿

实验室可以作为抗感染医生接受临床微生物培训的基地L.BarthReller.ClinInfectDis.2001;32(4):604临床病原学诊断对准确诊治感染性疾病至关重要功能一革兰染色抗酸染色：阴性弱抗酸染色肺组织切片×1000病例一：肺部感染亚洲奴卡菌病原学诊断革兰阳性细丝样杆菌弱抗酸阳性细丝样杆菌标本直接涂片染色鉴定方法：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪（MALDI-TOF）痰革兰染色痰弱抗酸染色VITEK®MS快速质谱鉴定系统布鲁克（Bruker）痰培养5天之后菌落形态

16srRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。16srRNA具有高度的保守性和特异性。16srRNA基因检测技术已成为病原菌检测和鉴定的一种强有力工具16SF

5′-AGAGTTTGATYMTGGCTCAG-3′

16SR

5′-TACGGYTACCTTGTTACGACT-3′鉴定方法：

16srRNA扩增后测序亚洲奴卡病例八：病例摘要病例二：肺毛霉菌病男，64岁间断性咳嗽、咳痰10余年，加重伴气短、喘息，痰多2月。头孢类及阿奇霉素治疗20天，自觉好转但停药后反复。随后的痰病原学检查结果报告曲霉菌，当地医院给予伏立康唑和哌拉西林/他唑巴坦静脉点滴治疗。但肺实变影增多4年前患糖尿病，血糖控制欠佳，入院血糖最高30mmol/L。病例二右肺中叶，左肺舌叶，双下肺多发团片空洞影病例二：痰培养油镜下棉兰染色形态（×1000）27℃，培养2天后菌落形态

继续两性霉素25mgqd抗感染治疗，但患者的影像及症状均无明显改善。

抗感染治疗的同时，调整诺和灵控制血糖3月4日出现带状疱疹并给予针对治疗。

患者诊断明确，家属经协商后要求回当地医院继续治疗，3月7日予出院

出院遗嘱建议继续使用两性霉素B抗感染治疗，同时治疗疱疹及控制血糖病例二：结局血糖控制不佳的患者

器官移植中心应用伏立康唑预防治疗的患者肺毛霉病（发病率为10%～11%，病死率为83%）

疾病进展非常快，通常因大咯血死亡

快速诊断有助于尽早的治疗，降低病死率分析小孢根霉稻根霉犁头霉菌落特征PCR-its区域基因测序肺毛霉病的分子诊断LuminexxTAG®多重呼吸道病毒检测试剂盒血流感染18种型呼吸道病原

沙门氏菌分型15种腹泻病原样本—结果（5h）BioMerieux的Filmarray检测平台设备口袋PCR技术2011年十大创新技术（thescientist杂志评选）样本—结果（1-1.5h）脑炎21种型呼吸道病原21种腹泻病原

血培养结果鉴定

24种病原3种耐药基因便携即时现场检测（POCT）即时诊断（point-of-care，POC）的方向临床病原学诊断是医院感染控制的重要支柱识别医院内感染的暴发流行感染控制干预措施的评估

医院内感染病原体及耐药性监测功能二

1.识别医院内感染的暴发流行--痰抗酸染色×1000患者3患者4×1000×1000×1000患者1患者2结核分支杆菌核酸检测罗氏固体培养基MGIT液体培养基：报阳提示有可能是非结核分支杆菌的感染结核分支杆菌复合群核酸检测：

三种不同的商品试剂盒全部为阴性分支杆菌培养条索状：索状因子（+）散在分布：索状因子（-）17结核分枝杆菌非结核分枝杆菌（多数）MGIT培养阳性-----抗酸染色MGIT纯培养或抗酸涂片阳性标本提取DNA靶基因PCR扩增

探针杂交

GenotypeMIGT培养阳性---PCR-杂交技术1，2，3，5，6，10代表脓肿分枝杆菌PC：为结核分枝杆菌NTM菌种鉴定---线性探针反向杂交GenoType®分枝杆菌检测仪器系列脓肿分枝杆菌XpertMTB/RIF一步法全自动医用PCR分析系统痰、脑脊液、淋巴结及组织、胃液即时诊断（point-of-care，POC）的方向2.医院内感染控制干预措施及效果研究同源性分析-PFGE××××××患者定植菌的筛查：入住之后、每周一次及出院时采集直肠拭子筛查VRE×揭示万古霉素耐药肠球菌耐药机制并提出防控策略耐药机制揭示新的耐药机制分子流行病学确定主要流行株感染控制万古霉素管控和监测MicrobialDrugResistance2011.Am

J

Infect

Control2012.DiagnMicrobiolInfectDis2009.——据以指导院内感染控制，显著降低VRE院内感染率临床病原学诊断实验室是抗击新发感染病包括抗生素耐药和恐怖袭击的前沿功能三）

FluA-M-F30:TTCTAACCGAGGTCGAAACGFluA-M-R264:ACAAAGCGTCTACGCTGCAG

M

gene(235bp)是甲型流感病毒的型特异性基因，保守性很强InfluenzaA(H1N1)---527bp

H1F1147:AAGAGCACACATAATGCCAT

H1R1673:CCATTRGARCACATCCAG

HAgene(527bp)是甲型H1N1流感通用的血凝素基因InfluenzaApandemic(H1N1)2009----153bpSW-H1F786:AATAACATTAGAAGCAACTGGSW-H1R920:AGGCTGGTGTTTATRGCACC

是新型甲型H1N1流感的血凝素基因RnasePF:AGATTTGGACCTGCGAGCG

RnasePR:GAGCGGCTGTCTCCACAAGT

人看家基因，扩增片段为80bP左右12MM阳性对照阳性对照3451.新发传染病散发病例的早期识别2009年5月23日检出北京第5例新型H1N1主因“热5天，咳嗽、呼吸困难2天”于2013年7月18日19时入院7月13日无明显诱因出现发热，在家吃“金感胶囊等”感冒按治疗7月14日就诊于当地诊所给予输液治疗2天，具体用药不详（有抗炎药、退热药），最高体温接近40.0℃7月15日就诊于另一家当地诊所，胸片示：左肺炎。肺部CT示：左上肺大片实变，先后头孢孟多、莫西沙星、美罗培南。出现剧烈咳嗽、粉红色泡沫痰，呼吸困难，胸片较7月15日明显加重。为进一步治疗遂于7月18日入我院病例三：新发传染病散发病例的早期识别病例三：患者入我院前的CT2013年7月16日既往体健无外地疫区长期居留史近2周无流感、发热病人接触史，无活禽、禽肉、蛋类接触史病例三：2013年7月18日19时转入RICU，积极完善病原学检查7-1811AM2016-7-157-192AM7-1810PM痰涂片：痰真菌涂片、培养，痰细菌培养等（7.18）:阴性支原体IgG、IgM、衣原体IgM抗体（7.19）：阴性G试验（7.19）：阴性血CMV-pp65抗原检测（7.19）：阴性腺病毒、季节性H1N1、新型H1N1流感病毒（痰）（7.19）：阴性。甲型流感病毒核糖核酸（痰）检测（7.19）：阳性人感染H7N9禽流感病毒核糖核酸检测（7.197pm）：强阳性EB病毒核酸检测（痰）（7.22）：阳性病例三：完善病原学检测2013年7月19日检出北京第1例重症H7N92.提供流行病学依据，有助于诊治与感控流感病毒核酸检测（2009-2014）北京朝阳医院数据国家流感中心北方数据“金标准”2219/8547（26%）宏基因组技术发现的微生物Mokilli,etal.Curr.Opin.Virol,2012,2:63-77Jasonetal,MolecularCell,2015,58:586-597测序技术平台的发展临床病原学诊断实验室是培训抗感染医师的重要基地功能四临床微生物教学技术人员的教育检验医学，5年增加临床感染性疾病的相关知识感染科医生及检验医师临床医学，5年增加临床微生物的相关知识实验室主任临床医学，MD再附加临床微生物相关课程1-2年临床病原学诊断实验室组织结构建设临床病原学诊断实验室主任资质

实验室主任的任职资格

博士学位，微生物学家或者临床医生

临床和微生物博士后培训

通过资格考试ThomsonRBJr.JClinMicrobiol.2010;48(10):3465–3469临床病原学诊断实验室主任职责

临床职责

管理职责

科研职责

教学职责

职业和志愿者的职责ThomsonRBJr.JClinMicrobiol.2010;48(10):3465–3469

招聘培训新主任

临床微生物培训

与其他实验室间的交流

基础研究

实验室未来发展规划当前职责远期职责

员工数量1000-3000张床位的医疗机构，员工数量与床位数比至少1：100

实验室主任资格准入：获得医师资格并接受临床微生物培训全面负责实验室管理、临床、科研、教学工作

医疗咨询组人员：20-30%资格准入：获得医师资格证书、研究人员资格证书或医学检验技术资格证书的人员发布病原学诊断报告资格：主治医师、助理研究员或副主任检验师及以上职称人员

检测技术组人员：70-80%资格准入：获医学检验技术资格证书的人员发布病原学检测报告资格：经培训合格的初级及以上职称的人员临床病原学诊断实验室人力资源结构与准入实验室主任医疗咨询组检测技术组研究组标本接收处理室涂片形态学检查室血清学检查室分子诊断实验室分离鉴定药敏室血培养组呼吸道组消化道组无菌体液组真菌组结核组生殖道组院感监测组POCT检查组病原学诊断临床沟通住院医培训感染性疾病相关研究检测新技术研发新药临床试验课题的病原学诊断儿科及产前筛查组医院感染控制研究感染性疾病的病原学诊断病原体如：病毒、非典型病原体、细菌、真菌、寄生虫等传统诊断方法、分子诊断方法、血清学方法等配合医院感染控制，为制定感染防控策略和各科室经验治疗提供数据协助医院感染控制科对疑似出现院内暴发流行的科室进行调查分析包括：调查方案、采样方法、及相应感控措施的确立及实施负责本院病原菌耐药监测数据统计、分析、审核，并定期上报数据给相关管理部门，同时定期给医院临床科室通报各科室的病原菌分离及药敏情况分离鉴定流行株，并对医院感染暴发流行菌株进行病原学分析、传播机制的分析公共卫生事件临床病原学检测技术组职能感染性疾病的病原学诊断结合标本类型、涂片及培养检测结果，分析所鉴定的病原体是否有临床意义、是否需要做药敏、是否需要临床申请进一步的检测基于病原学检测结果，通过查房或阅读病历，结合临床症状、影像学、病理等检查结果综合考虑做出病原学诊断临床感染性疾病查房、会诊参与查房，培养临床疾病诊疗思维参与临床会诊，从检验医学的角度提出诊疗建议教育培训制定病原学检测标本采集指南，并定期宣讲标本采集技术规范宣讲如何正确解读病原学检测报告介绍病原学检测的新技术、新项目及应用临床病原学医疗咨询组职能感染性疾病发病机制的研究宿主病原体感染性疾病病原体的研究耐药机制毒力机制医院内感染控制研究医院内感染细菌传播机制的研究医院内感染控制措施研究病原诊断新技术开发及应用新药的临床试验临床病原学研究组职能临床病原学诊断检测平台硬件建设

临床病原学诊断实验室基础设施

生物安全二级实验室

符合II级生物安全防护标准每1000床位至少300m2。每增加1000床至少增加100m2

独立设置临床基因扩增实验室（严格分区）、结核室、真菌室、病毒室培养室、培养基室、高压灭菌室、标本接收接种室、病原学分