云南省基因组健康检测标准

T/YEMSXX-2022团 体 标 准基因组健康评价技术规范Technicalspecificationforgenomichealthassessment（征求意见稿）2022-XX—XX发布 2022-XX—XX实施云南省环境诱变剂学会发布T/YEMSXX-2022T/YEMSXX-2022目次前言 1范围 2规范性引用文件 2术语和定义 2基因组健康检测实验室要求 3基因组健康检测人员要求 4核心技术要素 4人类遗传资源与信息保护规则 6附录A（规范性附录）基因组损伤生物标记信息表 7附录B(规范性附录)主要试剂和仪器设备 8附录C（规范性附录）基因组损伤识别图谱 9参考文献 11PAGEPAGE4前言本文件按照GB/T1.1-2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草原则》、GB/T20000《标准化工作指南》、GB/T20001《标准编写规则》、GB/T20004《团体标准化》的规定起草。本文件由云南省环境诱变剂学会提出。本文件由云南省环境诱变剂学会归口。本标准起草单位：云南省环境诱变剂学会（营养基因组学专业委员会）、云本文件主要起草人：汪旭、倪娟、范丽仙、郭锡汉、王晗、薛京伦、周滔本标准为首次发布。基因组健康评价技术规范范围本文件规定了基因组损伤无创检测的细胞分子生物学原理与技术、操作规范。规范性引用文件本文件没有规范性引用文件，局部参考：《遗传变异分类标准与指南》《ACMG遗传变异分类标准-中文版》《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》《分子遗传学基因检测送检和咨询规范与伦理指导原则2018中国专家共识》术语和定义下列术语和定义适用于本文件。Genome生物体一套完整遗传物质的总和。高等真核生物的基因组，为其配子所有染色体DNA的总和。基因组损伤Genomicdamage基因组中发生的核苷酸序列及其修饰等结构变异与功能异常、端粒长度异常改变、染色体行为错误等遗传学事件。binucleatedcells经细胞质分裂阻断，二个完成核分裂的子细胞核处于同一细胞质范围内的细胞。Micronucleusinbinucleatedcells经细胞松弛素B阻断细胞质分裂、完成核分裂的细胞中，游离于主核的染色质小体；由无着丝粒染色体断片或多种机制诱发的落后染色体构成。Nucleoplasmicbridgeinbinucleatedcells经细胞松弛素B阻断细胞质分裂的双核细胞中，细胞核之间形成的直径小于主核1/4的染色质丝状连接；为染色体断裂后错误重接、端粒融合或双着丝粒染色体等事件引起。Nuclearbuds无着丝粒或无端粒DNA在核内异常扩增后经核膜表面排除、形成未脱落的染色质小体。DNA-末端融合的重要染色体结构组分。端粒长度异常是基因组不稳定性增加的标志之一。实验室通用要求15030DNA实验操作过程产生的污物废液以灭菌消毒法进行安全处理。核心技术规范无创外周静脉血取样HBVHCVHIV和梅毒3ml，48DNA提取。淋巴细胞培养及制片RPMI164010%2mML-Glu30μg/mL1mM100IU/mL淋巴细胞分离和计数质量要求：外周静脉血样于室温（15-28℃）HBSS稀释铺于淋巴细胞分离液表面，离心后细胞计数。0.5×106RPMI16405%CO244B28固定、染色及封片。6.2标准曲线法测量平均端粒长度。1436B4序列制备单拷贝基因标准品，度量样本基因组倍数。反应结束后，依据标准曲线得到目标样本的端粒总长度T（kb/reaction）S（基因组拷贝数（TL/diploidgenome,Kb），除以染色体总数后得到样本的平均端粒长度（Kb）。基因组损伤判断标准B胞质阻断的双核细胞微核、核质桥和核芽频率1/3即提示基因组损伤的高水平。同一细胞质范围内；双核细胞中的两个细胞核大小均等，着色深浅和折光度基本一致；细胞质边界完整，与相邻细胞界限清晰。双核细胞微核判断标准：双核细胞中的微核的直径通常为主核的1/16～1/3，与主核的着色深度基本一致。1/4，其着色特征应与主核相一致。30~60天的两次平均端粒长度若出现显著差异，指示端粒长度的异常变化，异常改变的幅度与基因组损伤程度呈正比。基因组损伤评判质控：外周血抗凝取样后需在48小时之内完成淋巴细胞分离并立即进行细胞培养。细胞制片后需双盲显微分析，1000倍放大观察计数各个基因组损伤标志出现千分率，显微影像和数据信息均需准确留档备查。标准曲Ct值的标准误﹤1Ct（CV﹥5%）。10年。人类遗传资源与信息保护规则本文件所指的遗传资源为含有人体基因组的外周血淋巴细胞，信息指利用外周血淋巴细胞产生的数据资料。所有样本采集与保存、数据处理，遵循《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》（中华人民共和国国务院令，第717号）。PAGEPAGE7附录A（规范性附录）基因组损伤Th物标记信息表序号基因组判断标准1双核细胞（BN）两个细胞核均具有完整核膜，并位于同一细胞质范围内；两个细胞核应大小均等，着色深浅和折光度基本一致；两个主核可能接触但是理想的情况下不重叠；双核细胞的细胞膜完整，并与相邻细胞清晰分开。2（MN）1/16～1/色深度基本一致。3双核细胞核质桥（NPB）双核细胞中的核质桥通常不超过主核直径的1/4，其着色特征应与主核一致。4（NBUD）双核细胞中的核芽与微核有相似的形态和着色特征，但以小柄与主核相连。5端粒长度异常30~60均端粒长度出现显著差异。附录B(规范性附录)主要试剂和仪器设备主要试剂：1、淋巴细胞分离液，无菌，100ml，4℃保存。开瓶后暴露于空气后易变质，使用时应保留原包装蜡封，按需用注射器吸出，20-22℃使用。2、Hank’s平衡液，高压灭菌，4℃保存，20-22℃下使用。3、GibcoPPMI1640培养液，不含谷氨酰胺（L-Glu），无菌。4℃保存，使用前置室温1小时。437FBS43天，避免反复冻融。5L-Glueppendorf管分装后-20℃冻存，使用前室温解冻。6100mM，过滤灭菌，1.5mleppendorf管分装后-20℃冻存，使用前室温解冻。7、细胞松弛素B(Cyt-B)，以DMSO制备600μg/ml原液，分装，-20℃保存，使用前解冻。8、植物血球凝集素-P（PHA-P），以无菌生理盐水制备2.25mg/ml原液，分装，4℃保存。主要仪器设备：1、二氧化碳培养箱2、生物安全柜3、纯水仪4、高速冷冻离心机5、压力蒸汽灭菌锅6、研究显微镜7、涂片离心机8、低速离心机9、荧光定量PCR仪附录C（规范性附录）基因组损伤识别图谱(X1000)胞质阻断双核细胞 双核细胞微核双核细胞核质桥 双核细胞核芽PCR

端粒测量RT-qPCR引物及标准品序列引物及标准品 引物序列(5’-3’) 产物长度36B4-F（SF） CAGCAAGTGGGAAGGTGTCC 76bp36B4-R（SR） CCCTCATCAACGGGTACAACGGTTTGTTTGGGTTTGGGTTTGGGTTtelo-F（TF）Primers

telo-R（TR）

TGGGTTTGGGTT75bpGGCTTGCCTTACCCTTACCCTTACCCTTACCCTTACCCTTelomerestandard (TTAGGG)14 84bpCAGCAAGTGGGAAGGTGTAATCCGTCTCCACAStandards

36B4standard

75bpPAGEPAGE10 端粒标准曲线 单拷贝基因36B4标准曲线端粒长度在检测周期内变化分析样表参考文献MFenech.Cytokinesis-blockmicronucleuscytomeNatureProtocols,2007,2(5):1084-1104.MFenech.TheGenomeHealthClinicandGenomeHealthNutrigenomicsconcepts:diagnosisandnutritionaltreatmentofgenomeandepigenomedamageonanindividualbasis.Mutagenesis,2005,20(4):255-269.MFenech.Genomehealthnutrigenomicsandnutrigenetics-diagnosisandnutritionaltreatmentofgenomedamageonanindividualbasis.FoodChemical2008,46:1365-1370.XuXiayuZQLiang,Huang,MichaelFenech*,JinglunXue*.Acomparisonofgenomicinstabilityunderfolicaciddeficiencybetweenbreastcancerpatientsandnormalnor-cancercontrolsfromaChinesepopulationinMutagenesis,2006,21:41-47.JuanNi,LinLu,MichaelFenech*,XuFolateDeficiencyinHumanPeripheralBloodLymphocytesInducesChromosome8AneuploidybutThisEffectisnotModifiedbyRiboflavin.EnvironmentalandMolecularMutagenesis,2010,51(1):15-22.LingLu,JuanNi,TianningZhou,Xu,MichaelFenech*,XuCholineand/orFolicAcidDeficiencyisAssociatedwithGenomicDamageandCellDeathinHumanLymphocytesinvitro.Nutritionand2012,64(3):481-487.GuoX,H,NiJ,etal.Geraniinselectivelypromotescytostasisandapoptosisinhumancolorectalcancercellsbyinducingcatastrophic