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文档简介
ASP上机 几何结构优化(分子1.弛豫结21.H2OMedeA创建模型:打开昨天创建好的结File→Open→FilefromDisk→选择保存结 31.H2O创建输入文件:INCAR、POSCAR、KPOINTS、FileExport文件名:H2O保存类型:cif保41.H2O用UltraEdit打开H2O.cif文件→ 51.H2O切换至Xs界面,登陆,进入vasp文件夹将模板文件夹bak直接拷贝成H2O文件夹→cp-rbakH2O进入H2O文件夹cdH2O编辑POSCARviPOSCAR将其中模型坐标部分删 dd/d]]进入插入模 i右键粘贴,将UltraEdit 坐标信息粘贴替换模板中的坐标部分
cdvasp保存
Esc:wq
61.H2O !各种原子的个数(一个O原子,两个H原子71.H2O
catINCARSYSTEM=H2OISTART=0ICHARG=LREAL=.F.IBRION=2NSW=POTIM=EDIFFG=-
ENCUT=400eVNELM=60EDIFF=0.1E-04LCHARG=.F.LWAVE=.F.ISMEAR=0SIGMA=ALGO=
!不保留!不保留81.H2O
catKPOINTSmeshautoG 提示:对于10x10x10Å大小的晶胞,使用Gamma点计算91.H2O切换至vasp2015cd..将O和H的贋势文件连接成一个文件,命名为POTCARcatPAW/O/POTCAR进入H2Ocd
>qsubvasp.pbs1.H2O实时查看计算过程:OUTCAR、tail-f退出此模式:ctrl1.H2O计算结束后,查看主要输出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviOUTCAR到OUTCAR最末显示右图[[到最前1.H2O计算结束后,查看主要输出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviOUTCAR向上翻步离子弛豫过后子坐标及原子受。
1.H2O计算结束后,查看主要输出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviOSZICAR向后翻1.H2O计算结束后,查看主要输出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viviCONTCAR即子弛豫过后的体即同同POSCAR的格式完全一致如果在计算时,结构没有收敛或者结构优化之后要接着进行scf计算,则可业结束后生成的CONTCAR替代新作业中的POSCAR(cpCONTCARPOSCAR)。1.H2O计算结束后,查看主要输出文件:OUTCAR、OSZICARCONTCAR、viXDATCARvi弛豫过后的原子坐标时,取中间某一步结能量:建议采用本子记下来,注明体系及重要参数查看结构:采用MedeA直接打开CONTCAR文1.H2O
练习 O2分练习1O2MedeA中打开本地O2分子,并导出为cif文练习1O2创建O2文件夹准备四个输入文件 H2O的输出文件(cp–rH2OO2)修改POTCAR(cpPAW/O/POTCARO2,只含有O的贋势修改POSCAR、INCAR、cdINCAR文件需要填加KPOINTS不需修改,晶胞尺寸相同,k点不投作业练习1O2ISPIN=!打开ISPIN=!打开自旋极ICHARG=VOSKOWNNELM=!计算磁性需LREAL=EDIFF=0.1E-IBRION=LCHARG=NSW=ISMEAR=POTIM=EDIFFG=-SIGMA=ALGO=练习1
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