重建系统发育树方法

重建系统发育树1多重序列比对将待比对的序列以fasta格式保存，利用clustalx2.1或MEGA中的clustalW软件进行多序列比对。2保守区的选择将1得到的序列提交Gblock在线服务器(http:〃www.phylogeny.fr/one_task.cgi2task_type二gblocks)，得到保守区的序列.fasta，并通过MEGA软件将其转换为.nex；3核昔酸替换饱和度检测用DAMBE软件验证替换饱和。只要比较ISS和ISS.c值大小及显著与否，即可。当ISS小于ISS.c且p=0.0000(极显著)，就说明没序列替换未饱和，可以建树。4核昔酸替换模型的选择在进行系统发育分析过程中，建树序列的进化模型选择是至关重要的一步，尤其对进化模型敏感的ML法和BI法。通过MrMTgui软件选择核酸替代模型。4.1安装PAUP、ModelTest(或MrModelTest)软件，然后再安装MrMTgui软件。配置MrMTgui，分别设置PAUP、ModelTest和MrModelTest路径。win-paup4b4a.exe 2013/7/914:32 程序,■5win-paup4bl0-tensole.exe 2CQ6/1/1C14:15 应用程序

4.2运行PAUP点击RunPaup,选择2中.nex文件。

当模型参数值计算完毕，程序会提示是否立即启动分析，选择“否”，先保存scores文件。然后选择“，…?，运行MrModeltest,就得到模型数据了。一种是基于hLRT标准选择的模型，另一种是基于AIC标准选择的模型，一般选择AIC标准。3.3添加模型参数，添加到建树的文件.nex。4使用PAUP软件重建ML树将用AIC标准选择的模型直接拷贝到Nexus文件的最后。|p.veBicatuiD_XYX20110815021ACAACTTCCCTCrAGATTTAGCTTCTGTTGAAGCT3CTTC二GTAMTGGTTAATKTTTAGTT&TAATTTTqTT&TTTTAAAYnATRTAMATAGGATAACfACTTGMAAATAATGaCCTTAi；GGCT7TAAT"CCT^GGTCATTATTTTCTATTTAGrGC-mTCAA7AAATGGC二GACGTGGCCAaGTGGaTT.\AGGCAGTP.ve3icatum_m2011(i815041ACAACTTCCCTCrAGATTTAGCTTCTG7TGAACCT?CTTC?GTAA.\TGGT7AArA7TTTAGTTATA?.TT7TArTATTTTm\TTATATAAAATAGGATMCMCTTGAAAAArAATGACCTTAGGGCT7TAAT7CCTA/lGGTCATTATTTTCTATTTAGrGGAA.\TCAA7AAATGGCJGACGTGGCCAaGTGGaTTW-GCAGTer.d;BEGIMFAUP；LsetBaE==l.O.35780.12220.0980)Nst=27Ratio=2.0223F.ates=ganmaSkape=C.2416Pinyar=0;EMj：参数设置:setcriterion=likelihood转化为似然法。outgroup12 .设定外类群bootstrapnreps=1000keepall=yesbrlens=yes此命令设定循环次数为1000次（具体次数可根据实际情况自定），保存枝长。describetrees1/plot二bothbrlens=yes此命令设定了描述树的方式，即phylogram和cladogram均显示，显示枝长。最后用savetreesfrom=1to=1000保存树。5贝叶斯树5.1在Nexus文件的最后加入一个MrBayesblocko（MEGA输出Nexus格式文件不能被Mrbayes识别，因此要进行修改）_2|psbA-trnH-LneHU5-记事本***文件旧解旧格式好I查看田帮助〔Hi_#NEKJS -二Till=]begintax&;diner.sionsntax=3f;+ op.pIQbr：/mi_=apillai'e_YU1^21Br,/mi_argenteum_Y7J20110^120P.acuturo.WYF20091D185P.acuturoLY201207D5018P.acit]Tr_TTJ20090')12P.acutuin_WYF2011091S6P.ac.it-.iir_YGS20110?033end;begincharacters;|dilLci.iluJiLs1i-LclL=£0S,fuiiutL1乱=3上培一7 一—.uaLdiclit_L-.dilily^c-iiLiclcjtide,rratrix61-几口_二*山ar已_丫f」1B521ATAATTrOCCTCTAGATrT^GCTTCTGTTGMGCTCCTTCTGTMACAGTTAATATrTrTGT?ATMTnTAT7C?TAT.JW.TIA7ACA.kMT^GGATUCA.\CTT^A?JVLTAATGACCTTAAG弦nTAGTTCCTAAGGTCATTKTnTCATTTAATAMMTGAATAAGTGGCkACGTGG工心GTGGATTAAGGIAGT-记事才:matrixBrvriincapillareYYT16521打A.ATTT匚匚匚TCTaCATTT龊匚TTCTCTT匚心服H」tct二TAAK解TTAaTATTTTTCTTATAAT二TT上TTCTTATAAaATTATA二AAXATkCC上工业「AACTTaA^AAaTWATC也CCTr/AGGA7TrAG7TCCT.\AGGT；AT7AriTTTCATnAATWA\ATGA.\TAAGrC-GCGGAC3TGGCCAAjTGGAriMGGCAjTend;BEGINHRMg□itgroupBryun_capillare_YYJ15521;oitsroupBrvunarsen:ejirYY.-2J11C912J:I..HF十n^t=2THtF£=E?lTnTlH；Prceictatefreqpr-cirishlet、L1,1^0；mLirengen_1COOOprin7frcq-100□□inplcfrcc-10)r.chain3-4tcirp_0.1savebr1cns-；Tcj;匚5_mLL.uliLypc=alLt-.ullipaLLullil11=2D,EMD; -

5.2运行mrbayes.exe,在命令行界面中输入转换或者修改的Nexus文件，点击回车，最后生成*.tre,即最终的BI树。用Figtree查看生成.tre在运行1000代后都会显示Averagestandarddeviationofsplitfrequenciesoa.当这个值＜0.01时，说明两次运行的结果差异显著，Convergence已经达到，这时可以输入no终止运行；这个值＜0.05也可以，但不能＞0.05.b.当这个值＞0.01时，说明两次运行的结果差异不显著，可以输入yes，并输入继续运行的代数，直至上述值＜0.01为止。

注：NEXUS文件，一般有两种格式：一种是interleaved，一种是noninterleaved，两者可以在PAUP中实现互相转换。建树或进行模型选择时，推荐使用non-interleavedNEXUS格式。打开PAUP,输入下列命令即可将interleaved格式转为non-interleaved格式。exportfile=data.nexformat二nexusinterleaved=no;下图的data为序列名称，根据实际序列而定：II.11/XI.I—TGTGGcGCc-H-H-H|i]DisplayII.11/XI.I—TGTGGcGCc-H-H-H[TiatchesstateinfirsttaxonriUTE:FhlUF*doesnotsupporttheLodebEtcomniand. 11hasbeeriskipped-讣小抬Skippinq-C