网上医学数据库课件整理

网上医学数据库51、没有哪个社会可以制订一部永远适用的宪法，甚至一条永远适用的法律。——杰斐逊52、法律源于人的自卫本能。——英格索尔53、人们通常会发现，法律就是这样一种的网，触犯法律的人，小的可以穿网而过，大的可以破网而出，只有中等的才会坠入网中。——申斯通54、法律就是法律它是一座雄伟的大夏，庇护着我们大家；它的每一块砖石都垒在另一块砖石上。——高尔斯华绥55、今天的法律未必明天仍是法律。——罗·伯顿网上医学数据库网上医学数据库51、没有哪个社会可以制订一部永远适用的宪法，甚至一条永远适用的法律。——杰斐逊52、法律源于人的自卫本能。——英格索尔53、人们通常会发现，法律就是这样一种的网，触犯法律的人，小的可以穿网而过，大的可以破网而出，只有中等的才会坠入网中。——申斯通54、法律就是法律它是一座雄伟的大夏，庇护着我们大家；它的每一块砖石都垒在另一块砖石上。——高尔斯华绥55、今天的法律未必明天仍是法律。——罗·伯顿网上医学数据库—PubMed与GenBank中山医科大学医学文献检索学教研室黄晴珊PubMedP247

/entrez/query.fcgi

/Pubmed网上医学数据库51、没有哪个社会可以制订一部永远适用的宪法，1网上医学数据库课件整理网上医学数据库课件整理网上医学数据库课件整理网上医学数据库课件整理二、通过PubMed可检索

到如下的信息

MEDLINEPreMedline出版商提供的书目信息基因文库记录二、通过PubMed可检索

到如下的信息MEDLINE

MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近4000种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。PubMed与一些出版商建立“PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有[MedlineRecordinProcess]标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[Recordassuppliedbypublisher]的标记。出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文。出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分基因文库记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系，通过Medline记录链接获取相关的基因文库记录，也可以通过基因文库记录链接获取相关的Medline记录基因文库记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系三、PubMed页面的结构

检索提问区检索提问框

、相关数据库链接、辅助检索工具检索提示区对各项检索功能的简单描述辅助功能区Entrez简介、PubMed服务、特有检索、相关资源三、PubMed页面的结构检索提问区检索提问框、相关四、PubMed辅助检索工具Limits:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。Preview/Index：Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式；Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的索引词表，在索引表中选中所需的检索词四、PubMed辅助检索工具Limits:对检索词的限定和History:保留所有的检索策略和结果，最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。Clipboard：剪贴板可集中存放一次或多次检索结果当中的选定记录，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。History:保留所有的检索策略和结果，最多存贮检索式数五、特有检索功能P274ClinicalQueries：临床咨询JournalBrowser：期刊浏览器CitationMatcher：单篇/多篇引文匹配器

五、特有检索功能P274ClinicalQuerieClinicalQueries临床咨询

治疗（therapy)研究范畴诊断(diagnosis)

(Category)病因(etiology)预后(prognosis)强调程度灵敏度Sensitivity(Emphasis)专指度SpecificityClinicalQueries临床咨询JournalBrowser：期刊浏览器查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链journalswithlinkstofull-textwebsites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。JournalBrowser：期刊浏览器查找指CitationMatcher

单篇/多篇引文匹配器

单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。

多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。CitationMatcher

单篇/多篇引文匹配器六、PubMed的检索

1.分析课题确定检索词作者名检索期刊名检索自由词自动匹配检索截词检索词组短语检索布尔逻辑检索（要大写）六、PubMed的检索1.分析课题确定检索词2.输入检索词把确定的检索词检索框里2.输入检索词3.限制检索字段3.限制检索字段4.结果输出方式的选择4.结果输出方式的选择5.浏览检索结果5.浏览检索结果6.把检索结果存盘或打印

7.获取相关文献6.把检索结果存盘或打印

7.获取相关文献检索实例

FK506在肾移植中的应用

Tacrolimus，fk506;

KidneyTransplantation“演示”检索实例

FK506在肾移植中的应用

Tacrolimus七、PubMed与MEDLINE光盘检索比较

PubMedMEDLINE收录范围√数据更新√检索的规范性√提供相关链接√速度及费用√七、PubMed与MEDLINE光盘检索比较PubMedM美国基因数据库——GenBankP288基因库数据增长非常快，据统计，目前DNA序列正以每年2.1亿多个碱基对的速度加入到数据库中，至2001年2月美国基因库GenBank已有117亿个碱基对，1千万条序列的记录。美国基因数据库——GenBankP288基因库数据增长非一、基因库GenBank概述

GenBank是美国国立研究院（NIH）、美国国立医学图书馆（NLM）、美国国家生物技术信息中心（NCBI）于1982年建立的核酸序列数据库，免费提供所有公开发表的核酸和蛋白质序列及其生物学注释和书目文献等信息。它与日本DNA数据库（DDBJ）、欧洲分子生物实验室（EMBL）合作，形成国际核酸序列数据库协作体，每天交换数据，实行数据共享。一、基因库GenBank概述GenBan基因库的数据来源

P289从科学出版物中搜集核酸序列科学家直接发送的数据：通过基于WWW的专门投稿软件，如：BankIt和Sequin。测序中心以ESTs成批发送的数据。与其它核酸序列数据库之间的数据交换基因库的数据来源P289从科学出版物中搜集核酸序列/二、GenBank的检索P291/二、GenBank的检索GenBank主页GenBank主页GenBank检索页面GenBank检索页面三、Entraz浏览检索演示1.获取已知基因的序列例子：检索人脑源性神经营养因子cDNA的全长序列（brain-derivedneurotrophicfactor,BDNF)演示2.从基因角度对某些疾病进行研究例子：肺结核分支杆菌对青霉素的耐药性（MycobacteriumTuberculosis）青霉素结合蛋白（Penicillin-Binding）三、Entraz浏览检索演示1.获取已知基因的序列四、BLAST序列类似性检索

BasicLocalAlignmentSearchTool碱基局部对准检索工具BLAST四、BLAST序列类似性检索BasicLocalAli思考题1.通过PubMed，查最近一年有关“微量元素锌（zinc）在婴儿（infant）生长发育（growth）中的作用”，写出检索步骤并列出检索结果。2.通过基因库检索人脑源性神经营养因子（brain-derivedneurotrophicfactor,BDNF)cDNA（数据库中缩写形式为cds）全长序列。写出操作步骤。注：在检索框内输入bdnfcompletecds3.请通过基因库，查出“天花粉胰蛋白酶抑制剂基因(TTI)”的基因序列，并利用BLAST软件进行蛋白质序列同源性比较分析。写出操作步骤。注：检索结果包括检索记录的数量和其中第一个记录思考题1.通过PubMed，查最近一年有关“微量元素锌谢谢骑封篙尊慈榷灶琴村店矣垦桂乖新压胚奠倘擅寞侥蚀丽鉴晰溶廷箩侣郎虫林森-消化系统疾病的症状体征与检查林森-消化系统疾病的症状体征与检查11、越是没有本领的就越加自命不凡。——邓拓

12、越是无能的人，越喜欢挑剔别人的错儿。——爱尔兰

13、知人者智，自知者明。胜人者有力，自胜者强。——老子

14、意志坚强的人能把世界放在手中像泥块一样任意揉捏。——歌德

15、最具挑战性的挑战莫过于提升自我。——迈克尔·F·斯特利谢谢骑封篙尊慈榷灶琴村店矣垦桂乖新压胚奠倘擅寞侥蚀丽鉴晰溶廷35网上医学数据库51、没有哪个社会可以制订一部永远适用的宪法，甚至一条永远适用的法律。——杰斐逊52、法律源于人的自卫本能。——英格索尔53、人们通常会发现，法律就是这样一种的网，触犯法律的人，小的可以穿网而过，大的可以破网而出，只有中等的才会坠入网中。——申斯通54、法律就是法律它是一座雄伟的大夏，庇护着我们大家；它的每一块砖石都垒在另一块砖石上。——高尔斯华绥55、今天的法律未必明天仍是法律。——罗·伯顿网上医学数据库网上医学数据库51、没有哪个社会可以制订一部永远适用的宪法，甚至一条永远适用的法律。——杰斐逊52、法律源于人的自卫本能。——英格索尔53、人们通常会发现，法律就是这样一种的网，触犯法律的人，小的可以穿网而过，大的可以破网而出，只有中等的才会坠入网中。——申斯通54、法律就是法律它是一座雄伟的大夏，庇护着我们大家；它的每一块砖石都垒在另一块砖石上。——高尔斯华绥55、今天的法律未必明天仍是法律。——罗·伯顿网上医学数据库—PubMed与GenBank中山医科大学医学文献检索学教研室黄晴珊PubMedP247

/entrez/query.fcgi

/Pubmed网上医学数据库51、没有哪个社会可以制订一部永远适用的宪法，36网上医学数据库课件整理网上医学数据库课件整理网上医学数据库课件整理网上医学数据库课件整理二、通过PubMed可检索

到如下的信息

MEDLINEPreMedline出版商提供的书目信息基因文库记录二、通过PubMed可检索

到如下的信息MEDLINE

MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近4000种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。PubMed与一些出版商建立“PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有[MedlineRecordinProcess]标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[Recordassuppliedbypublisher]的标记。出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文。出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分基因文库记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系，通过Medline记录链接获取相关的基因文库记录，也可以通过基因文库记录链接获取相关的Medline记录基因文库记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系三、PubMed页面的结构

检索提问区检索提问框

、相关数据库链接、辅助检索工具检索提示区对各项检索功能的简单描述辅助功能区Entrez简介、PubMed服务、特有检索、相关资源三、PubMed页面的结构检索提问区检索提问框、相关四、PubMed辅助检索工具Limits:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。Preview/Index：Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式；Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的索引词表，在索引表中选中所需的检索词四、PubMed辅助检索工具Limits:对检索词的限定和History:保留所有的检索策略和结果，最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。Clipboard：剪贴板可集中存放一次或多次检索结果当中的选定记录，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。History:保留所有的检索策略和结果，最多存贮检索式数五、特有检索功能P274ClinicalQueries：临床咨询JournalBrowser：期刊浏览器CitationMatcher：单篇/多篇引文匹配器

五、特有检索功能P274ClinicalQuerieClinicalQueries临床咨询

治疗（therapy)研究范畴诊断(diagnosis)

(Category)病因(etiology)预后(prognosis)强调程度灵敏度Sensitivity(Emphasis)专指度SpecificityClinicalQueries临床咨询JournalBrowser：期刊浏览器查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链journalswithlinkstofull-textwebsites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。JournalBrowser：期刊浏览器查找指CitationMatcher

单篇/多篇引文匹配器

单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。

多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。CitationMatcher

单篇/多篇引文匹配器六、PubMed的检索

1.分析课题确定检索词作者名检索期刊名检索自由词自动匹配检索截词检索词组短语检索布尔逻辑检索（要大写）六、PubMed的检索1.分析课题确定检索词2.输入检索词把确定的检索词检索框里2.输入检索词3.限制检索字段3.限制检索字段4.结果输出方式的选择4.结果输出方式的选择5.浏览检索结果5.浏览检索结果6.把检索结果存盘或打印

7.获取相关文献6.把检索结果存盘或打印

7.获取相关文献检索实例

FK506在肾移植中的应用

Tacrolimus，fk506;

KidneyTransplantation“演示”检索实例

FK506在肾移植中的应用

Tacrolimus七、PubMed与MEDLINE光盘检索比较

PubMedMEDLINE收录范围√数据更新√检索的规范性√提供相关链接√速度及费用√七、PubMed与MEDLINE光盘检索比较PubMedM美国基因数据库——GenBankP288基因库数据增长非常快，据统计，目前DNA序列正以每年2.1亿多个碱基对的速度加入到数据库中，至2001年2月美国基因库GenBank已有117亿个碱基对，1千万条序列的记录。美国基因数据库——GenBankP288基因库数据增长非一、基因库GenBank概述

GenBank是美国国立研究院（NIH）、美国国立医学图书馆（NLM）、美国国家生物技术信息中心（NCBI）于1982年建立的核酸序列数据库，免费提供所有公开发表的核酸和蛋白质序列及其生物学注释和书目文献等信息。它与日本DNA数据库（DDBJ）、欧洲分子生物实验室（EMBL）合作，形成国际核酸序列数据库协作体，每天交换数据，实行数据共享。一、基因库GenBank概述GenBan基因库的数据来源

P289从科学出版物中搜集核酸序列科学家直接发送的数据：通过基于WWW的专门投稿软件，如：BankIt和Sequin。测序中心以ESTs成批发送的数据。与其它核酸序列数据库之间的数据交换基因库的数据来源P289从科学出版物中搜集核酸序列/二、GenBank的检索P291/二、GenBank的检索GenBank主页GenBank主页GenBank检索页面GenBank检索页