多序列比较的实际应用课件

多序列比较的实际应用多序列比较就是把两条以上可能有系统进化关系的序列进行比较的方法。目前对多序列比较的研究还在不断前进中,现有的大多数算法都基于渐进比较的思想,在序列两两比较的基础上逐步优化多序列比较的结果。进行多序列比较后可以对比较结果进行进一步处理,尤其是在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中,人们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比较。多序列比较的实际应用1●由于这些比较通常都希望能够推测新蛋白的功能不管它们是双重比较还是多序列比较,都可以回答大量的其它的生物学问题。例如:在搜集的比较序列中,可以看出隐含于蛋白之中的物种进化关系,以便于更好地理解蛋白的进化。研究一个家族中的相关蛋白的差异,分析进化压力和生物秩序对于功能相关的蛋白进化影响。研究完多序列比较中的高度保守区域,我们可以对蛋白质的整个结构进行预测,并且猜测这些保守区域对于维持三维结构的重要性●由于这些比较通常都希望能够推测新蛋白的功能2●分析一群相关蛋白质时,很有必要了解比较正确的构成。发展用于多序列比较的程序是一个很有活力的研究领域,绝大多数方法都是基于渐进比较(progressivealignment)的概念。渐进比较的思想依赖于使用者用作比较的序列之间确实存在的生物学上的或者更准确地说是系统发生学上的相互关联。●分析一群相关蛋白质时,很有必要了解3与上一章的关系●1、对数据库比较,比较结果未知;比较后寻找到一组相似序列●3、构建进化树。与上一章的关系4第一节渐进比较方法●1.CLUSTALW●CLUSTALW算法是一个最广泛使用的多序列比较程序,在任何主要的计算机平台上都可以免费使用。这个程序基于渐进比较的思想,将得到的系列序列输入,对于每两个序列进行双重比较并且计算结果。基于这些比较,计算得到一个距离矩阵,反映了每对序列的关系,然后,基于邻近加入方法,这个矩阵被用来计算出一个系统发生辅助树。第一节渐进比较方法5这个辅助树,加权后可以证实极相近的序列,然后以双重比较极相近的序列开始,为组建比较提供基础,重新比较下个加入的比较序列,依次类推。如果加入的序列较多,那么毫无疑问,必须加入空位以适应序列的差异,但是加入空位必须接受空位开放罚分和空位扩展罚分。这个辅助树,加权后可以证实极相近的6●在绝大多数情况下,使用者不会在比较时加入结构信息,但是空位开放补偿利用了可以出现在a-螺旋或β-折叠末端的特殊残基以及空位罚分所偏好的残基经存在的空位的扩展原则很简单,只是要在那些极有可能在结构中形成弯曲的位点扩展空位,这些空位扩展罚分计算是由位置决定的●在绝大多数情况下,使用者不会在比较7●为了介绍CLUSTALW的使用,考察一下从四种不同物种来源的matrixmetalloproteinase9preproprotein蛋白Homosapiens,ParalichthysolivaceusRattusnorvegicus,bostaurus)。将下列蛋白序列放入一个独立的文件中●为了介绍CLUSTALW的使用,考察一下8EEYLYRYOGKMLLFSGRRLWRFDVKAOMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDWEQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNOVDQVGYVTParalichthysolivarQGPFLIARTWPALPAKLNSAFEDPOSKKIFFFSGRKMWVYTGOTVLGPRSVDPQSVTRLDNEFSGVPWNSHNVFHYQDKANQVDHVAYVTYDLLOCPHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGROVWVYTGASLLGPRRLDKLGAQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQM-PGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNOVDYEEYLYRYO9天要要强司AmB∠里幽MXE三牌、Bm2m112345m51m9101,,12mdwa16allportI院M,胃令天要要强司Am10多序列比较的实际应用课件11多序列比较的实际应用课件12多序列比较的实际应用课件13多序列比较的实际应用课件14多序列比较的实际应用课件15多序列比较的实际应用课件16多序列比较的实际应用课件17多序列比较的实际应用课件18多序列比较的实际应用课件19多序列比较的实际应用课件20多序列比较的实际应用课件21多序列比较的实际应用课件22多序列比较的实际应用课件23多序列比较的实际应用课件24多序列比较的实际应用课件25多序列比较的实际应用课件26多序列比较的实际应用课件27多序列比较的实际应用课件28多序列比较的实际应用课件29多序列比较的实际应用课件30多序列比较的实际应用课件31多序列比较的实际应用课件32多序列比较的实际应用课件33多序列比较的实际应用课件34多序列比较的实际应用课件35多序列比较的实际应用课件36多序列比较的实际应用课件37多序列比较的实际应用课件38多序列比较的实际应用课件39多序列比较的实际应用课件40多序列比较的实际应用课件41多序列比较的实际应用课件42多序列比较的实际应用课件43多序列比较的实际应用课件44多序列比较的实际应用课件45多序列比较的实际应用课件46多序列比较的实际应用课件47多序列比较的实际应用课件48多序列比较的实际应用课件49多序列比较的实际应用课件50多序列比较的实际应用课件51多序列比较的实际应用课件52多序列比较的实际应用课件53多序列比较的实际应用课件54多序列比较的实际应用课件55多序列比较的实际应用课件56多序列比较的实际应用课件57多序列比较的实际应用课件58多序列比较的实际应用课件59多序列比较的实际应用课件60多序列比较的实际应用课件61多序列比较的实际应用课件62多序列比较的实际应用课件63多序列比较的实际应用课件64多序列比较的实际应用课件65多序列比较的实际应用课件66多序列比较的实际应用课件67多序列比较的实际应用课件68多序列比较的实际应用课件69多序列比较的实际应用课件70多序列比较的实际应用课件71多序列比较的实际应用课件72多序列比较的实际应用课件73多序列比较的实际应用课件74多序列比较的实际应用课件75多序列比较的实际应用课件76多序列比较的实际应用课件77多序列比较的实际应用课件78多序列比较的实际应用课件79多序列比较的实际应用课件80多序列比较的实际应用课件81多序列比较的实际应用课件82多序列比较的实际应用课件83多序列比较的实际应用课件84多序列比较的实际应用课件85多序列比较的实际应用课件86多序列比较的实际应用课件87多序列比较的实际应用课件88多序列比较的实际应用课件89多序列比较的实际应用课件90多序列比较的实际应用课件91多序列比较的实际应用课件92多序列比较的实际应用课件93多序列比较的实际应用课件94多序列比较的实际应用课件95多序列比较的实际应用课件96多序列比较的实际应用课件97多序列比较的实际应用课件98多序列比较的实际应用课件99多序列比较的实际应用课件100多序列比较的实际应用课件101多序列比较的实际应用课件102多序列比较的实际应用课件103多序列比较的实际应用课件104多序列比较的实际应用课件105多序列比较的实际应用课件106多序列比较的实际应用课件107多序列比较的实际应用多序列比较就是把两条以上可能有系统进化关系的序列进行比较的方法。目前对多序列比较的研究还在不断前进中,现有的大多数算法都基于渐进比较的思想,在序列两两比较的基础上逐步优化多序列比较的结果。进行多序列比较后可以对比较结果进行进一步处理,尤其是在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中,人们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比较。多序列比较的实际应用108●由于这些比较通常都希望能够推测新蛋白的功能不管它们是双重比较还是多序列比较,都可以回答大量的其它的生物学问题。例如:在搜集的比较序列中,可以看出隐含于蛋白之中的物种进化关系,以便于更好地理解蛋白的进化。研究一个家族中的相关蛋白的差异,分析进化压力和生物秩序对于功能相关的蛋白进化影响。研究完多序列比较中的高度保守区域,我们可以对蛋白质的整个结构进行预测,并且猜测这些保守区域对于维持三维结构的重要性●由于这些比较通常都希望能够推测新蛋白的功能109●分析一群相关蛋白质时,很有必要了解比较正确的构成。发展用于多序列比较的程序是一个很有活力的研究领域,绝大多数方法都是基于渐进比较(progressivealignment)的概念。渐进比较的思想依赖于使用者用作比较的序列之间确实存在的生物学上的或者更准确地说是系统发生学上的相互关联。●分析一群相关蛋白质时,很有必要了解110与上一章的关系●1、对数据库比较,比较结果未知;比较后寻找到一组相似序列●3、构建进化树。与上一章的关系111第一节渐进比较方法●1.CLUSTALW●CLUSTALW算法是一个最广泛使用的多序列比较程序,在任何主要的计算机平台上都可以免费使用。这个程序基于渐进比较的思想,将得到的系列序列输入,对于每两个序列进行双重比较并且计算结果。基于这些比较,计算得到一个距离矩阵,反映了每对序列的关系,然后,基于邻近加入方法,这个矩阵被用来计算出一个系统发生辅助树。第一节渐进比较方法112这个辅助树,加权后可以证实极相近的序列,然后以双重比较极相近的序列开始,为组建比较提供基础,重新比较下个加入的比较序列,依次类推。如果加入的序列较多,那么毫无疑问,必须加入空位以适应序列的差异,但是加入空位必须接受空位开放罚分和空位扩展罚分。这个辅助树,加权后可以证实极相近的113●在绝大多数情况下,使用者不会在比较时加入结构信息,但是空位开放补偿利用了可以出现在a-螺旋或β-折叠末端的特殊残基以及空位罚分所偏好的残基经存在的空位的扩展原则很简单,只是要在那些极有可能在结构中形成弯曲的位点扩展空位,这些空位扩展罚分计算是由位置决定的●在绝大多数情况下,使用者不会在比较114●为了介绍CLUSTALW的使用,考察一下从四种不同物种来源的matrixmetalloproteinase9preproprotein蛋白Homosapiens,ParalichthysolivaceusRattusnorvegicus,bostaurus)。将下列蛋白序列放入一个独立的文件中●为了介绍CLUSTALW的使用,考察一下115EEYLYRYOGKMLLFSGRRLWRFDVKAOMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDWEQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNOVDQVGYVTParalichthysolivarQGPFLIARTWPALPAKLNSAFEDPOSKKIFFFSGRKMWVYTGOTVLGPRSVDPQSVTRLDNEFSGVPWNSHNVFHYQDKANQVDHVAYVTYDLLOCPHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGROVWVYTGASLLGPRRLDKLGAQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQM-PGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNOVDYEEYLYRYO116天要要强司AmB∠里幽MXE三牌、Bm2m112345m51m9101,,12mdwa16allportI院M,胃令天要要强司Am117多序列比较的实际应用课件118多序列比较的实际应用课件119多序列比较的实际应用课件120多序列比较的实际应用课件121多序列比较的实际应用课件122多序列比较的实际应用课件123多序列比较的实际应用课件124多序列比较的实际应用课件125多序列比较的实际应用课件126多序列比较的实际应用课件127多序列比较的实际应用课件128多序列比较的实际应用课件129多序列比较的实际应用课件130多序列比较的实际应用课件131多序列比较的实际应用课件132多序列比较的实际应用课件133多序列比较的实际应用课件134多序列比较的实际应用课件135多序列比较的实际应用课件136多序列比较的实际应用课件137多序列比较的实际应用课件138多序列比较的实际应用课件139多序列比较的实际应用课件140多序列比较的实际应用课件141多序列比较的实际应用课件142多序列比较的实际应用课件143多序列比较的实际应用课件144多序列比较的实际应用课件145多序列比较的实际应用课件146多序列比较的实际应用课件147多序列比较的实际应用课件148多序列比较的实际应用课件149多序列比较的实际应用课件150多序列比较的实际应用课件151多序列比较的实际应用课件152多序列比较的实际应用课件153多序列比较的实际应用课件154多序列比较的实际应用课件155多序列比较的实际应用课件156多序列比较的实际应用课件157多序列比较的实际应用课件158多序列比较的实际应用课件159多序列比较的实际应用课件160多序列比较的实际应用课件161多序列比较的实际应用课件162多序列比较的实际应用课件163多序列比较的实际应用课件164多序列比较的实际应用课件165多序列比较的实际应用课件166多序列比较的实际应用课件167多序列比较的实际应用课件168多序列比较的实际应用课件169多序列比较的实际应用课件170多序列比较的实际应用课件171多序列比较的实际应用课件172多序列比较的实际应用课件173多序列比较的实际应用课件